第101集--尼多朗的戀愛故事
第101集--尼多朗的戀愛故事小智等人來到洋貝拉市，認識了椰米莉與賴而夫。這兩人水火不容，可是所養的神奇寶貝，尼多朗與尼多蘭卻深深相愛。小霞堅持要撮合這兩個相愛的神奇寶貝，可是她使用的辦法卻惹來反效果…
第102集--大平原的小磁怪小智等人在大平原遇見了放牧小磁怪的佛得先生，並與其同行。剛好這時傳來附近的城市停電的消息。急著前往供電的佛得先生遭到火箭隊的阻擾，受傷無法前往。小智遂自告奮勇要帶領小磁怪到城裡…
第103集--地下道的怪物小智等人掉入火箭隊的陷阱，在地下道中遇到了神秘生物。小智急著想救妙蛙種子回來，可是因為蠻橫的市長選舉將近，竟然用水泥把地下道出口封起來。在在地下道內尋找妙蛙種子的小智等人與火箭隊，他們會怎麼樣呢?
第104集--柚子道館類型格鬥三比三柚子島的道館訓練家阿義對小霞一見鍾情。在與小智的道館挑戰賽中，宣稱要將勝利的成果獻給小霞。但是傑尼龜出人意料的使出水砲絕招，粉碎了阿義的夢想…
第105集--皮卡丘對抗喵喵火箭隊設計把皮卡丘搶過來。為了不讓皮卡丘逃走，把皮卡丘跟喵喵綁在一起。可是誰也沒想到，抓到皮卡丘以後 ，喵喵和皮卡丘卻受到大比比鳥攻擊，被叼走了。就這樣 ，拯救皮卡丘和喵喵的兩班人馬開始行動…
第106集--噴火龍，就決定是你了!小智接受小英的挑戰，拿出噴火龍對抗快泳蛙。噴火龍輕視小智等級太低，依然不肯聽從命令。果不其然，這場戰鬥輸得很難看，噴火龍也被冷凍光線給凍成冰塊。小智日以繼夜的照顧噴火龍，感動了噴火龍的心。第二天恢復健康後， 噴火龍又和小智向小英的快泳蛙挑戰，而且打贏了!
第107集--滅火大戰
傑尼龜對抗卡咪龜小智等人來到了蜜柑島。傑尼龜滅火失敗，還被卡咪龜消防隊救了一命。小智看到傑尼龜不甘心的樣子，就央求讓卡咪龜和傑尼龜比賽一場。這場比賽讓卡咪龜和傑尼龜成了好朋友。當然，火箭隊又跑來插花，浪費了大伙不少時間，差點趕不上去鎮上救火...
第108集--燃燒吧!卡比獸!小智等人來到香橘島，因為海浪洶湧，不只無法離開，還面臨了饑餓問題。島上的人們也面臨同樣狀況。好不容易期待的食物運到了，火箭隊的人竟把食物奪走。卡比獸因而一改平日的溫和，和駕駛機器人的喵喵決鬥，把火箭隊打到天上去．．．．。
第109集--接棒決鬥!
最後的道場!橘子連盟之中，擁有最後一個道館的島嶼，龍神島。為了得到琉璃徽章，小智要向最後一個道館挑戰了。 道館的規矩是派兩個神奇寶貝做接力戰鬥。小智選擇的皮卡丘和噴火龍一開始就自己人內鬥，使得比賽陷入苦戰。後來噴火龍幾乎被打倒，皮卡丘才決定幫助噴火龍，兩個一起團結起來打敗琉璃子的神奇寶貝。
第110集--鯉魚王進化的秘密很多的鯉魚王聚集在一起，丹柑島是鯉魚王的進化與出生之島。小建遇到來島上進行觀察的神奇寶貝觀察家綠川，和綠川一同觀察鯉魚王。湊巧火箭隊一伙人也跑到島上來，想抓走鯉魚王，成立暴鋰龍軍團。 他們不只濫捕濫抓，還企圖抓走皮卡丘，於是烏龍的大混戰又展開了。
第111集--蚊香蝌蚪和小霞小智和小建吸入霸王花的麻痺粉病倒在床。無獨有偶，火箭隊的武藏也誤吸霸王花的花粉。小霞尋找解毒的水草時遇上火箭隊的喵喵和小次郎，雙方為了爭奪水草大打出手。
第112集--勝利者盃，全員大對決六VS六橘子連盟的勝利者杯決鬥方式是六比六，利用六隻神奇寶貝來決定。小智拿睡著的卡比獸跟大木博士換來一隻肯泰羅。第一場皮卡丘獲勝，第二場傑尼龜獲勝，第三場的肯泰羅卻打敗了。接下來的乘龍，會有什麼樣的表現呢?
第113集--最後戰鬥
快龍登場勝利者杯的激烈戰鬥到下半場，勇次的快龍把小智剩下的神奇寶貝全部打倒，最後成了皮卡丘和快龍的對決。在皮卡丘臨機應變的反擊下，原本就已體力不支的快龍終於被打倒!
第114集--再見了
乘龍得到勝利者杯之後, 小智一行人坐在小乘龍的背上，忽然遇到一大群乘龍。小乘龍的媽媽也在其中。照理來說母子相會應該很感人，可是乘龍群卻對小智等人及小乘龍非常敵視。 原因是有盜獵集團專門在獵捕乘龍。打跑盜獵集團之後，與乘龍群化解歧視，小乘龍終於回到母親的身邊了。
第115集--頑皮蛋大爆炸小智和小霞等人來到凸橙島想去出島搭船回鄉，卻得知出島太危險無法出航。遍地的頑皮蛋不時在爆炸，使得出島的居民向外逃跑，當然也沒有船隻出航。小智等人遇到頑皮蛋，情況危急時，地鼠訓練師強哥出來拯救，原來他是島上居民請來去除頑皮蛋的……
第116集--真新鎮，我回來了小智回家了,家裡多了一個意料不到的人迎接他們。應該留在內木博士研究所的小剛不知出了什麼事,對過去表現不敢觸及的異常態度。小霞推測小剛被內木博士甩了。 這時火箭隊又來攻擊了,在大木研究所發生危機時,小茂出現了,他擊敗火箭隊,還向小智挑戰。
第117集--宿敵對決,小智對抗小茂小智的皮卡丘敗給小茂的伊布。從大木博士口中得知小茂已經出發旅行到西部,向城都聯盟挑戰時,小智決定也要向城都聯盟挑戰。就在出發前的踐別宴餐會上, 火箭隊出現了。跟平時一樣,火箭隊最後又被大家的神奇寶貝趕跑…
第118集--若葉鎮!!
吹起開始之風的城鎮!空木博士誤把火箭隊的武藏當成喬伊小姐,傻呼呼的讓武藏拿走小鋸鱷。這隻小鋸鱷是明天要送給新人訓練家的。小智深知事情嚴重,主動要求幫忙君莎小姐把小鋸鱷搶回來。打倒火箭隊以後,小智正式登記參加城都聯盟。
第119集--投手的菊草葉小智遇到若葉鎮的新人訓練家奈奈。奈奈向小智提出挑戰,結果輸得一踏塗地。火箭隊看上奈奈,利用奈奈設下一個棒球陷阱,伺機搶走菊草葉和皮卡丘。奈奈知道上當受騙,遂和小智聯手打倒火箭隊。
第120集--赫拉剋羅斯對抗大甲赫拉剋羅斯的森林突然受到大甲攻擊。原來是火箭隊貪圖大甲森林的樹汁，趕走大甲，使得大甲群往赫拉剋羅斯的森林移動。為了恢復森林的平衡，小智打敗火箭隊，讓大甲得已回到原來的棲息地。
第121集--頓甲之谷小智等人來到一座山谷，遇見頓甲訓練家衣其小姐。衣其小姐的頓甲有尋找瑪瑙的能力，被財迷心竅的火箭隊搶走。於是小智等人找到火箭隊，雙方一場激戰。當然，火箭隊自然是被打敗了。於是衣其小姐找回了她的小頓甲，並且和小智做神奇寶貝戰鬥，以做答謝。
第122集--咕咕跟迷惑森林迷惑森林有許多惡作劇的神奇寶貝,使進入森林的人們迷路走不出去。小智一行人也在森林中迷路。先是遇到小茂 ,被嘲笑一番,接著遇到怪婆婆鈴金。跟鈴金借來的咕咕是隻能力不足的咕咕,根本沒有能力帶路。這時候又巧遇火箭隊,跟火箭隊打沒多久,火箭隊就被幻覺騙走了。緊接著 換小霞發生危險。咕咕喜歡小霞,因而發揮潛力,帶領小智等人走出森林。
第123集--美麗花的戰鬥之舞小智一行人在東門鎮遇到訓練美麗花準備參加神奇寶貝表演大會的阿麗。火箭隊追蹤小智等人隨後來到這個地方，想用表演發財，失敗後又想重操舊業，偷走參加大會的神奇寶貝。當然，這個陰謀又被皮卡丘和阿麗的美麗花粉碎了。
第124集--線球大搜索線火箭隊的武藏、小次郎、喵喵以怪盜貓八自居，到處犯案。 君莎帶著警察神奇寶貝線球一起出動調查。小智等人剛好旅行到鎮上，遂答應君莎一起逮捕神奇寶貝小偷。在小智和皮卡丘及君莎的線球協助下，火箭隊又被打得落慌而逃了。
第125集--布盧的華麗生活阿札拉鎮是有錢人的高級住宅區。住在那裡的布盧卻老是很不高興，還離家出走。小智等人因為找到離家出走的布盧， 而被請入有錢人家裡作客。在那裡目睹了有錢人溺愛寵物的千奇百怪的行為。火箭隊見布盧是難得一見的神奇寶貝，就發動爛計畫想偷走布盧。哪知布盧卻大發神威，和小智等人一同打跑火箭隊。
第126集--驚角鹿，幻影森林小剛在公園遇見應該住在深山的小驚角鹿。沒多久，一大群驚角鹿就猛衝過來，嚇得大伙雞飛狗跳。緊接著沒多久，火箭隊也加入攪局，想捕捉驚角鹿群圖利。殊不知，這群驚角鹿只是小鹿製造出來的幻影。火箭隊拿出秘密武器想活捉小鹿，而與小剛展開對戰。最後在皮卡丘的活躍下，成功的救出小鹿，把小鹿送回原來生活的地方。
第127集--好勝的菊草葉小智在雪山山麓遇見了一隻菊草葉，想把它收服成自己的神奇寶貝。可是這隻菊草葉很好勝，即使明知沒勝算，也絕不服輸，而搞得自己傷痕累累。小智好心將菊草葉送到神奇寶貝中心，卻被火箭隊把菊草葉帶走了。於是兩隊人馬又展開追逐戰。
第128集--沼王和gs球小智等人來到吉野市，小智發現新的神奇寶貝〞沼王〞，想加以收服，卻反而被沼王搶走了GS球。後來在君莎的阻止下 ，小智等人才知道在吉野市沼王屬於保育動物，不可隨意獵捕。既然無法出手，就只好跟著沼王等沼王自己丟棄ＧＳ球 了。在這等待與跟蹤的過程中，小智他們經歷一趟沼王的神奇之旅。
第129集--芭瓢蟲之笛前往桔梗市的途中，必須經過一條河才行。但是過河的唯一的橋被火箭隊弄壞了。就在小智等人無計可施時，一位少女駕馭著許多芭瓢蟲飛過來了。她是利用笛子控制芭瓢蟲為農作物授粉的小真。火箭隊得知這把笛子存在，就使出卑鄙手段搶奪。然而其實控制芭瓢蟲的並不是笛子，而是人類與芭瓢蟲真正交流的心靈。
第130集--幸福蛋的快樂護士小智一行人在快樂鎮遇到了幸福蛋，這個幸福蛋的主人是喬伊小姐，但是遇到窮途末路的火箭隊的武藏，牠卻高興得把倉庫裡的東西都奉送給武藏。原來很久很久以前，這個幸福蛋與武藏是同班同學，也是互相扶持的好友。然而幸福蛋一口氣搬出這麼多東西給火箭隊，是很明顯的違法行為。武藏為了保護幸福蛋，自動出面要脅以倉庫的東西交換皮卡丘，來解開幸福蛋的嫌疑。當然，結果是又被小智等人修理了一頓。
第131集--喇叭芽之塔大危機到桔梗市時小智一行人先到喇叭芽之塔。這時候火箭隊又出現了。他們以破壞喇叭芽之塔做威脅，要小智將皮卡丘交出來。為了保護大家的喇叭芽之塔，小智又跟往常一樣，用他的神奇寶貝把不學好的火箭隊教訓一頓。
第132集--桔梗道館，空中大戰
在桔梗市的桔梗道館賽，是小智打入城都連盟的第一場比賽。阿速因為熱愛飛行的感覺而立志當最優秀的鳥神奇寶貝訓練家。面對阿速的空戰優勢，小智也不甘示弱的拿出有他的壓軸王牌，脾氣古怪的噴火龍，最後以智取勝，贏得他在城都連盟的第一個徽章。
第133集--愛哭鬼瑪力露
小智一行人來到高級別墅區遇見了一隻迷路的瑪力露。這個瑪力露跟主人走失，一直哭個不停。在忽然降下的傾盆大雨和響個不停的雷鳴聲中，小霞、皮卡丘與瑪力露一起掉到谷底去了。在小霞與皮卡丘忙著安撫柔弱的瑪力露時，又巧遇愛搗蛋的火箭隊。正好小智也來到附近，打敗火箭隊後，總算把瑪力露送回主人美雪小姐的身邊。
第134集--暴走，尾立和波克比
火箭隊的機器人怪怪阿柏號被貪玩的尾立與波克比闖入。兩個貪玩的小不點在怪怪阿柏號裡面玩耍，一路撞出一條路和一個隧道，向城市的方向奔去，讓追在後面的小智一行人與火箭隊疲於奔命。幸好最後在尾立們的協助下，讓怪怪阿柏號停下來了。可是小智要如何收拾波克比惹出的爛攤子呢？
第135集--噴火龍山谷
噴火龍山谷是野生的噴火龍們的修行之地。小智的噴火龍來到那裡以後顯得完全不堪一擊，甚至還被轟出來。火箭隊旁觀整件事的經過，勾起了過去慘痛的記憶，而決定犧牲小我來成就噴火龍，故意自導自演讓噴火龍打敗他們，找回以往的信心。最後，噴火龍山谷終於接納了小智的噴火龍。小智就在這個山谷與噴火龍告別了。
第136集--向日花怪會場大恐慌
小智一行人快到陽光鎮時差點渴死，幸好美麗的千莎伸出援手。來到了鎮上，又碰到千莎。小剛按慣例又對美人獻起殷勤。一陣聊天之後，曉得千莎也要參加向日花怪選美比賽，可是她的向日葵不只不笑，還總是悶悶不樂的樣子。於是小智等人決定替幫助過他們的千莎解決一個心頭上的問題。
第137集--菊草葉不高興了
菊草葉在戰鬥中被小智用皮卡丘替換下陣，誤以為小智只疼愛皮卡丘，而氣得在戰鬥中跑掉了。小智不只輸掉一場比賽，還得忙著找回耍脾氣的菊草葉。幸好遇到喬伊小姐的幫忙，小智才了解菊草葉的心理。此一同時，皮卡丘追上菊草葉，拼命的解釋，想帶回菊草葉。不懷好意的火箭隊此時出現想一箭雙鵰，搶走皮卡丘和菊草葉，但還是被趕上來的小智給打敗。
第138集--毽子草飛跑了！大草原之戰！
小智一行人在草原遇到另外一位也叫千紗的小姐。她正在研究利用毽子草的特性來預測天氣。在起風之前，毽子草會圍起來，像浦公英一樣隨風飛舞。可是有隻毽子草很奇怪，怎樣都不飛。細看之下原來是一個走路草。小智決定達成走路草飛起來的心願。此時搗蛋的火箭隊又來了。當然又是跟小智大打出手，然後被打敗。一波未平一波又起，緊接著一個好大的龍捲風來了．．．。
第139集--神秘超級英雄，天蠍人登場
火箭隊帶著怪獸在街上出現了。小智想加以阻止，卻又誤入陷阱無法行動。此時天蠍跟天蠍人出現了。為了守護城市而戰的天蠍人，他的真正身份其實是玩具店的老闆。他有個心願就是讓自己的女兒由香當下一代天蠍人。面臨火箭隊的惡勢力，小智與天蠍人的苦鬥終於打動了由香的心，指揮自己的天蠍挺身而戰。
第140集--咩利羊和牧場的少女
小智一行人在牧場遇到少女香蓮，她想帶她的咩利羊參加神奇寶貝大會，卻一直無法受到母親愛蓮的承認，說她的實力不夠。好勝的香蓮遂獨自偷偷做神奇寶貝戰鬥訓練。她對小智提出戰鬥的要求，雖然這場比賽以落敗收場，但也使得香蓮悟出了過去自己錯在哪裡。在這時火箭隊的人來攻擊了。香蓮的表現果然讓媽媽刮目相看。
第141集--巨鉗螳螂對抗赫拉克羅斯
新吾是個認為電腦萬能的神奇寶貝訓練家。他帶著他的巨鉗螳螂，從來沒打過敗仗，而變得非常自大。新吾的父親為了點醒新吾，到處找人跟新吾挑戰，卻從沒贏過。小智向新吾挑戰，新吾拒不接受。這時火箭隊出來了。打倒電腦上沒有的小嘍嘍後，新吾決定和小智一戰。他靠著電腦記錄分析出小智的行為模式，卻還是被小智的赫拉克羅斯的直覺戰打敗。這才脫離了電腦的迷思。
第142集--收服火球鼠
小智一行人來到森林中遇到了火球鼠。這個火球鼠正遭到訓練家浩二追逐。浩二以不擇手段的方式追捕火球鼠，令小智義憤填膺。這時連火箭隊也加入攻擊，使火球鼠陷入空前的大危機了。小智擊退這些居心不良的傢伙的同時，也獲得了火球鼠的友誼，而收服了火球鼠。
第143集--檜皮鎮的呆呆獸之井
小智一行人來到檜皮鎮。那個地方的人把呆呆獸當神明一樣的崇拜。小智他們不小心踩到呆呆獸尾巴，遭到全鎮瘋狂大圍捕。幸好後來出現一個穿著呆呆獸布偶的人所救。告別那個人後，為了完成大木博士交代的差事，小智開始尋找鋼鐵先生，這才曉得救他們的人就是鋼鐵先生。鋼鐵先生為了守護呆呆獸到井邊去了。小智一行人又趕到呆呆獸之井，發現濫捕呆呆獸的火箭隊，雙方又大打出手。
第144集--榛果球與圓柑果實，後山之戰
小智一行人從鋼鐵先生口中得知後山的圓柑果實可用來製作不同的神奇寶貝球.於是鋼鐵先生的孫女帶領小智來到了後山.但是就在這個時候,貪心的火箭隊想把圓柑果實一網打盡.小智他們有辦法阻止火箭隊嗎?
第145集--檜皮道館!森林的戰鬥場地!
小智一行人抵達了檜皮道館.道館訓練家是使用蟲系神奇寶貝的高手.小智一開始就輕忽了蟲系神奇寶貝的力量而輕敵.結果幾乎要被打敗,小智他能反敗為勝嗎?
第146集--桐樹林,尋找大蔥鴨
大蔥鴨不見了.原來牠跑到了桐樹林,小智他們也來幫忙找尋.但是,火箭隊卻想把大蔥鴨給搶走.到底小智他們能比火箭隊先找到大蔥鴨嗎?
第147集--果然翁與神奇寶貝交換大會
小智他們今天來到了神奇寶貝交換大會,遇見一位擁有果然翁的小孩.他也想用他的果然翁來和別人的神奇寶貝交換.但是小智他們真的有辦法順利的替他找到願意和他交換的人嗎?
第148集--傑尼龜軍團,一起燃燒吧!
小智一行人遇上了神奇寶貝消防大賽,當初小智一行人在橘子群島遇見的卡咪龜消防隊也來參加,在參賽隊伍中意外的發現以前的傑尼龜軍團,在君莎帶領下也來參加.到底勝利是屬於誰的呢?
第149集--好多烏波!
小智一行來到一間烏波的育幼院.但當他們在參觀時園長臨時有事卻不知找誰來照顧一群烏波.小剛這時自告奮勇要幫忙.但是園長才離開沒多久,烏波們卻到處亂跑,到底小智他們能把烏波找回來嗎?
第150集--布盧和胖丁
小智一行人在路上又碰到了胖丁,結果小智他們因為胖丁歌聲又睡著了,跟在小智他們附近的布盧也因為歌聲而睡著了.結果胖丁用他的筆把他們的臉亂畫一通.布盧醒來後非常生氣,一生氣就把胖丁自以為是麥克風的筆給搶走了.到底這場混戰會演變成如何呢?