第1集--神奇寶貝，決定是你了
第1集--神奇寶貝，決定是你了故事主角是一個名叫小智的男孩，今年剛滿十歲，住在真新鎮中，與母親相依為命。原來在那裡，任何人只要一滿十歲，就可以獲得神奇寶貝訓練家執照，並從神奇寶貝學家大木博士手中領取一隻神奇寶貝。小智為了要成為一流的神奇寶貝大師而必須踏上修行的旅程接受考驗。不料出發的當天，小智卻因睡懶覺而誤了時間，比其他晚了一步。好不容易從博士那裡領來沒人要的「皮卡丘」，誰知「皮卡丘」卻難以照料又特別固執。但在與烈雀的戰爭中，小智終於和「皮卡丘」建立起珍貴的友誼，並擊退了烈雀，但「皮卡丘」卻受了重傷．．．
第2集--神奇寶貝中心大決鬥小智帶著受了重傷的「皮卡丘」來到常磐市治療中心，卻遇到了專門綁架神奇寶貝的火箭隊─武藏與小次郎，以及他們的神奇寶貝─阿柏蛇及瓦斯彈，外加一隻「喵喵」；但是小智及小霞根本沒辦法與火箭隊抗衡，就在千鈞一髮之際，利用腳踏車發電的「皮卡丘」終於 恢復了健康，也一舉把火箭隊打得落花流水．．．
第3集--收服神奇寶貝白天更加漆黑的常磐森林，充滿了許許多多的昆蟲神奇寶貝，小智收服的第一隻神奇寶貝─綠毛蟲，卻喜歡著害怕毛蟲的小霞，產生了一些趣事。在收服了第二隻神奇寶貝─比比鳥之後，火箭隊為了奪取「皮卡丘」的行動，而比比鳥又在阿柏蛇及瓦斯彈的雙重攻擊下受傷；綠毛蟲卻以反敗為勝的姿態更進化成鐵甲蛹。
第4集--武士少年的挑戰武士少年對小智提出了神奇寶貝的挑戰，致使剛被比比鳥收服的獨角蟲逃離了，連著兩次上場的比比鳥也因此而落敗；鐵甲蛹的堅硬贏了大甲的攻擊。大針蜂的群體攻擊使得小智們落荒而逃，而鐵甲蛹也被大針蜂給奪走了，小智為了奪回鐵甲蛹與大針蜂再次正面衝突，此時的鐵甲蛹又進化了；藉著巴大蝴的秘技─睡眠粉，小智一群人平安地度過了這次危機，而小智更朝著成為神奇寶貝大師的旅途繼續努力。
第5集--尼比市的決鬥離開常磐森林來到了尼比市，與小剛進行第一次決鬥，在皮卡丘的特訓之下，終於贏了大岩石，得到了第一個徽章。也與第三位夥伴─小剛，一同踏上成為神奇寶貝大師之路。
第6集--皮皮跟月亮石神奇寶貝的研究員─李科，以及破壞搗蛋的火箭隊，聚集在擁有月亮石的月見山；在一場保衛戰之後，小智等人和皮皮們終於趕走了壞人，在月見山過著幸福快樂的生活。
第7集--花藍市的水中花為了獲得徽章，小智與小霞展開了一場戰鬥，但卻遇上了火箭隊的搗蛋；皮卡丘再次發揮實力，讓小智獲得了第二個徽章。
第8集--通往神奇寶貝擂台之道小智與連贏九十八場的小明相遇了；穿山鼠連勝比比鳥及巴大蝴，火箭隊卻偷走了穿山鼠，在一串戰鬥當中，歷經嚴格訓練的穿山鼠，終於連勝一百場。
第9集--神奇寶貝必勝指南小智三人在森林中迷路，白茫茫的霧中見到一位少年被圍起來欺負。原來他們都是神奇寶貝學校的學生。小智為了替小淳出氣，打敗優點驕子。
第10集--神奇寶貝鄉的妙蛙種子迷路的小智等人掉落河裡，獲救後一路又是陷阱又是坑洞，最後到地圖上沒記載的神奇寶貝村。許多受傷被拋棄的神奇寶貝就在這裡療傷。好心收留它們的女孩名叫小翠。小智為她打敗圖謀不軌的火箭隊，最後小翠叫妙蛙種子跟隨小智離開，磨練自己。
第11集--走失的小火龍小智三人向枯葉市前進途中，在山頭遇見一隻體力衰弱的小火龍。它在岩上不知是在等誰,小智收服失敗後來到神奇寶貝中心，在那裡遇見佑大。他就是拋棄小火龍的飼主。最後由於小智救了小火龍，在小火龍的選擇下，決定跟小智一起走。
第12集--傑尼龜軍團登場傑尼龜軍團和火箭隊連成一氣欺負小智等人。皮卡丘接近死亡邊緣被關起來。小智為了買療傷的藥而奔走。眼看約定的時間刻刻逼近．．．．
第13集--正輝的燈塔小智一行人走出森林來到沙灘。在那裡遇見了住在燈塔的神奇寶貝研究家正輝。他在那裡等候全世界只有一隻的神奇寶貝。最後濃霧的另一邊出現巨大影子，傳說中的神奇寶貝真的存在嗎？
第14集--電擊對戰枯葉道館小智一行人終於來到枯葉市。首先到神奇寶貝中心填飽肚子，在那裡，小智等人目擊了好幾隻身受重傷的神奇寶貝。原來他們是向枯葉市道館的訓練家挑戰而被打傷的。皮卡丘對付進化型的雷丘，看似完全沒有勝算。小智他們會成功拿到第三個徽章嗎?
第15集--聖安奴號之戰小智等人來到停泊國外船隻的港口。在那裡得到神奇寶貝訓練家派對的招待券，他們不知這是火箭隊的陰謀，傻傻上船了，還在那裡與人交換神奇寶貝．．．．
第16集--神奇寶貝漂流記小智等人在船上受到火箭隊攻擊。就在一片混戰中，船不知不覺漂到灣外，還遇到暴風雨。船員與乘客們都搭救生艇逃脫了，只有小智等人與火箭隊昏迷在船上。眼看船隻漸漸沉沒，神奇寶貝逃亡劇開始了．．．．
第17集--巨大神奇寶貝之島小智等人與火箭隊被暴鯉龍的龍之怒給吹跑，還與自己的神奇寶貝們分散。他們在島上互相尋找對方。這座島有許多巨大無比的神奇寶貝，這裡到底是哪裡呢？
第18集--藍普爾其的假日渡假村藍普爾其，柳爺爺的夢想是乘著一艘船遊覽世界一周，於是小智等人便幫忙柳爺爺工作。但是火箭隊和附近的金婆婆想盡辦法破壞。最後火箭隊等人又被打飛出去了。而柳爺爺也開始了他的夢想。
第19集--瑪瑙水母與毒刺水母小智等人來到一個碼頭都市，在那裡遇見與金婆婆長相一模一樣的銀婆婆。她矢志要讓這小地方成為超越藍普爾其的渡假地，在海上大興土木，而引來瑪瑙水母和毒刺水母的反擊。
第20集--幽靈神奇寶貝跟夏天的廟會小智等人來到一個港都，那裡正在舉辦夏天廟會。小剛一到那裡就感受到少女的呼喚。火箭隊的小次郎也是同樣經驗。兩人為了少女而失魂落魄，原來那少女是兩千年前的亡魂。神奇寶貝鬼斯與她陪伴，搞得大夥嚇得魂都飛了。
第21集--巴大蝴再見小智等人來到海邊，遇到一群渡海的巴大蝴。巴大蝴正迎接戀愛的季節，連小智的巴大蝴也找到可愛的女朋友高興得要命。但是火箭隊的人居然又出現了，想捉走巴大蝴去賣，巴大蝴去英雄救美吧。
第22集--凱西，超能力大決鬥金黃市的道館訓練家是娜姿，她的神奇寶貝凱西會用超能力，把皮卡丘耍得團團轉。慘敗的小智等人還差點被變成娃娃囚禁起來，幸虧被一個老人救起，那個人指點小智獲勝的方法。
第23集--在神奇寶貝塔收服幽靈
為了打敗娜姿的超能力神奇寶貝，小智按照老人指示來到聳立在霧中的神奇寶貝塔，想收服這裡的幽靈神奇寶貝。最後雖然沒收服成功，但是離開時有隻鬼斯通自願跟上來，也算是小有收穫吧。
第24集--鬼斯通對抗超能力
小智有了鬼斯通跟蹤，又壯起膽子去向娜姿挑戰。可是臨陣時鬼斯通又不見影，跟在一旁的小剛與小霞成了代替小智受罰的倒楣鬼，被變成娃娃，小智忍無可忍，再度挑戰．．．
第25集--火爆猴別生氣哦
小智遇見猴怪想加以收服，反而遭受攻擊。此時火箭隊過來攪局，踹了猴怪一腿，使得猴怪氣憤進化成火爆猴，不管小智怎麼逃，火爆猴都一再追上來，最後小智只好向火爆猴挑戰。
第26集--艾莉嘉和臭臭花
小智在香水店批評香水，不只被趕出門，還不准進入道館。這時武藏獻計讓小智扮女生去當門徒，他們扮演小智的父母。火箭隊在道館內偷走東西後就縱火，小智救出臭臭花，獲得彩虹徽章。
第27集--索利柏與神奇寶貝催眠
彩虹市在三天前開始，就發生許多小孩失蹤，神奇寶貝昏沉的奇怪案件。小智等人循線追查，發現是三天前進化的索利柏的影響。這時火箭隊也出現來搶走索利柏，雙方又一場混戰。
第28集--六尾，飼育家大決鬥
小智等人來到頂尖飼育家們聚集的美容街，武藏與小次郎在這裡開店把神奇寶貝打扮得怪模怪樣，並企圖趁機偷走珍貴的神奇寶貝。小剛帶領小智來找小雪，得知火箭隊的作為，而與小智等人一起跟火箭隊火拼起來。
第29集--格鬥神奇寶貝大戰鬥
神奇寶貝的格鬥選手權大會，Ｐ－１大賽要召開了。為了讓愛美的父親不再沉迷於格鬥，小智帶著火爆猴想去打打愛美爸爸的艾比郎。不過火箭隊這次又跑來搗蛋．．．
第30集--小磁怪的電氣老鼠之夢
皮卡丘來到電廠附近就感冒了。小智帶他去神奇寶貝中心治療，因為全市突然停電而無法醫治，為了救皮卡丘，小智跑去電廠查明原因，在那裡遇到了臭泥．．．
第31集--好多地鼠
地鼠群使得工地現場一片混亂。不知為什麼，前來趕地鼠的神奇寶貝訓練家們，包括小茂的在內，他們的寶貝球都叫不出神奇寶貝，這到底是怎麼回事呢？
第32集--淺紅道館的忍者決鬥
小智一行人來到一所遍地機關的忍者屋。那是粉紅色徽章的淺紅道館。道館的館主阿桔一再派出了有劇毒的神奇寶貝，小智要怎樣運用戰鬥呢。
第33集--火燄的神奇寶貝大賽跑
拉拉美族的富子被陷害受傷，小智只好代她騎著小火馬參加比賽。火箭隊跟都利夫達成協議，要幫助都利夫得到冠軍，而在一路亂設陷阱，使得比賽一團混亂。
第34集--袋龍的搖籃曲
小智以為他們來野生原野區了，見到神奇寶貝就想收服，被君莎給阻止，原來他們只是在邊境而已。小智在這裡認識跟袋龍住在一塊的達山，以及前來尋子的達郎的爸媽。
第35集--迷你龍的傳說
小智等人來到野生原野區認識凱撒，看到傳說中的神奇寶貝迷你龍。迷你龍在三十年前引來一堆訓練師大肆獵捕神奇寶貝，導致野生原野區的神奇寶貝幾乎絕跡，這件事成了凱撒心中的痛。
第36集--暴風雨的單車路
小智等人為了到陽光鎮，必須過一座大橋才行，可是照規定，橋上只准單車通行，幸好喬伊拜託小智三人送藥到對岸去，並借出單車，但卻碰上了暴風雨來襲....
第37集--百變怪跟模仿少女
突來的傾盆大雨使得小智一行人不得不找地方避雨。雖然小霞滿腹牢騷，小智等人還是踏入了那間建立在空曠原野上的陰森小屋。可是小霞的預感果然沒錯，小屋裡有奇怪的動靜，這該不會是鬼屋吧？害怕的小智等人其實只是來到演藝屋，百變怪的訓練師伊美蒂居住的小屋。小智對百變怪深感興趣，提出讓皮卡丘與百變怪來神奇寶貝決鬥。
第38集--皮卡丘的森林
想成為神奇寶貝大師的小智，以及與小智共同旅行的小霞和小剛。三人經過一個美麗的森林，入內小憩一會兒。在大夥休息得正舒服時，皮卡丘注意到草叢中的影子。那雙注視著他們的，原來是野生皮卡丘。皮卡丘注意到他的存在而向森林深處追去，不顧小智的呼喊……。
第39集--伊布四兄弟
小智等人在林中小徑遇見一個備有水與食物的盤子，被人用繩子綁在樹幹上的神奇寶貝伊布。乍看之下像遭人拋棄的野狗，可伊布脖子上卻綁著〞石頭鎮三段１４號，太一〞刻著訓練師名字與地址的金屬牌。打開地圖發現石頭鎮就在前面不遠。小智等人帶著伊布按照地址尋找，來到超級大豪宅。裡面還傳出歡迎的鼓掌聲，這裡面真的有伊布的訓練師嗎？
第40集--醒來吧！卡比獸!
旅行久了是會肚子餓的。小智等人來到某個村子覓食。可是這個村子的麵包店跟青菜店全都沒有糧食，餐廳也是什麼都沒有。無計可施的小智等人因為餓得太厲害無法走動時，村子長老出現招待他們大吃一頓。小智等人在長老家中了解村子是因為遭到乾旱而落此現況。為了報達這一飯之恩，小智等人決定到河川上游調查原因。
第41集--神奇寶貝道館的決鬥
小智等人來到黑暗市，被捲入亞斯道館跟卡茲道館的糾紛。小智勸和不成，反遭攻擊，幸好皮卡丘大展神威，制伏他們。這時候喬伊出面．．．．
第42集--椰蛋樹軍團大前進
為了讓大家看他表演魔術，馬健使出險招，想利用椰蛋樹的催眠能力，誰知火箭隊埋伏在後，一番亂鬥，害得椰蛋樹叢失控向城市奔去．．．．。
第43集--派拉斯跟派拉斯特
發高燒的喵喵被清美救起，因而對清美一見鍾情，想施恩於清美製造機會留下來當店門口的招財貓。可是清美的神奇寶貝派拉斯卻是個膽小鬼，戰鬥意志太弱，怎麼也無法進化成派拉斯特．．．．
第44集--胖丁唱歌吧
小智等人來到霓虹鎮。鎮上的人因為睡覺太少，連君莎在內都變得脾氣火爆。受不了鎮上的吵雜，來到森林的小霞遇到一隻不能唱歌的胖丁，經過一番努力，胖丁終於唱歌了，可是聽眾全部睡著……。
第45集--復活？化石神奇寶貝
小智阻止火箭隊炸壞大傻谷失敗，與火箭隊等人一起掉進古代神奇寶貝沉睡的洞窟。一陣混亂之後，化石翼龍飛出洞窟咬走小智，火恐龍為了救小智，進化成噴火龍與化石翼龍決鬥．．．．
第46集--吉利蛋的病歷簿
皮卡丘吃果實卡住無法呼吸，小智急著抱它求救。杜醫生才剛治好皮卡丘，又有許多神奇寶貝因車禍受傷需要治療。醫院人手不足，在場的小智等人就被找來當助手了．．．．。
第47集--卡蒂狗跟小次郎
小次郎的父母假死引離家出走的小次郎出面繼承遺產。小次郎一直頑抗，而武藏與喵喵見錢眼開，強迫小次郎順應父母之意繼承遺產。誰知小次郎長得與武藏一模一樣的未婚妻魯美嘉是怪人．．．．。
第48集--大蔥鴨的鴨
小霞跟火箭隊的寶貝球都被帶著大蔥鴨的圭太給騙走。後來可達鴨自己逃出，在可達鴨帶領下，小智，小剛， 小霞帶著君莎去逮捕圭太。為了教訓圭太，小智要求做神奇寶貝比賽。大蔥鴨出人意料的打敗妙蛙種子．．．．。
第49集--波克比是誰的呢
小智在大傻谷騷動中撿到一個蛋，波克比。小智，小剛，小霞，還有喵喵舉辦淘汰賽，約定由獲勝的人得到波克比。喵喵沒有神奇寶貝，一人扮演兩種角色，與小智小剛的神奇寶貝決鬥．．．．。
第50集--妙蛙種子的不思議花園
妙蛙種子的進化祭典開始了。由長老妙蛙花主持，被吸引過去的妙蛙種子不願進化，激怒了所有妙蛙花與妙蛙草．．．．小智出面勸阻是否有效呢？