第201集--月桂葉到那裡去了,在藥草園抓住牠
第201集--月桂葉到那裡去了,在藥草園抓住牠月桂葉突然不見了,因為牠以為受到小智的討厭而逃走了.於是小智一行人開始拼命尋找月桂葉,當小智發現牠時,這時火箭隊又來搞破壞了.到底小智能否把月桂葉救出來並且能和好呢?
第202集--天然雀的占卜,預測未來的神秘小智一行人遇到了一個人叫小勇,他想朝神奇寶貝雜耍等方面目標前進.但是他的個性很內向,自己的天然雀也訓練不出預測未來的能力.這時火箭隊又出現了,並且把小勇的天然雀搶走了.到底小智能否幫小勇把天然雀搶回來呢?
第203集--神奇寶貝氣球大賽,超越暴風雨小智他們來到一場神奇寶貝熱氣球大賽.他們在小飛父子的協助下也參加了這場比賽.但是比賽過沒多久,卻遭受到火箭隊的干擾,而且還受到了暴風雨襲擊,情況可說是非常混亂.到底小智他們能獲得優勝嗎?
第204集--迷唇娃迷死人,超級明星喜歡神奇寶貝小智一行人遇到了一位行跡可疑的男子,並且幫他保管迷唇娃.但沒想到這隻迷唇娃其實是一位動作明星所擁有的.這時,火箭隊也出現想搶走迷唇娃,到底小智他們有辦法保護住迷唇娃嗎?
第205集--踏浪追逐鐵甲暴龍,湖之戰小智一行人來到一座岩山附近遇見一位女孩,為了要在岩山中開穴道,她拼命的追逐鐵甲暴龍,小智他們也幫忙捕捉,沒想到火箭隊竟把鐵甲暴龍給搶走了.到底小智他們能成功嗎?
第206集--變隱龍在那裡?看不見的神奇寶貝,大混亂!小智一行人突然被一片巨大的黑影給覆蓋著,原來是一艘巨大的飛船通過小智們的上空.船艙內,小智他們遇見一對姊妹,她們的神奇寶貝是叫做變隱龍的神奇寶貝.就在這時,火箭隊開始攻擊飛船,且企圖想要奪走飛船,到底小智他們能阻止火箭隊嗎?
第207集--討厭水系神奇寶貝的喬伊小姐,小霞的憤怒小智一行人來到一間以治療水系神奇寶貝而聞名的神奇寶貝中心,這裡有很多治療中的神奇寶貝.這時,火箭隊也跑來,並且想奪走這裡的神奇寶貝,小智他們能阻止火箭隊嗎?
第208集--聖母大奶罐,沙漠的秘密小智一行來到了一座沙漠中的綠洲,這裡有一種擁有神奇力量的大奶罐,是屬於神奇寶貝的樂園.此時,火箭隊又想搶走這裡的神奇寶貝,綠洲裡的神奇寶貝遇上了危險了.小智能維護綠洲的和平嗎?
第209集--光輝燈塔!淺蔥市的戰鬥小智等人終於來到了淺蔥市.好久沒有到道館挑戰了,小智興奮地敲淺蔥道館的大門.在裡面等著他的,是一個勇敢迎接小智等人的嬌小女孩.為了得到徽章,小智提出挑戰的要求,可是突然被眼前出現的美少女給阻止.原來這個美少女才是真的道館訓練家.接受挑戰的女孩叫做可夏,是道館的見習生.道館訓練家阿蜜很遺憾的說現在不能舉行道館比賽.為什麼?其中到底有什麼原因呢?
第210集--湛藍道館,正面決勝負,格鬥大對決小智一行人暫時放棄淺蔥市的道館戰.接下來是去湛藍道館挑戰了!於是一行人就坐船來到湛藍市.途中,沿海的路上傳出搏鬥的聲音,一行人好奇瞧瞧.原來是一個穿著道服的中年人跟豪力在做猛烈的特訓.這個中年人很厲害,詳細探問,竟然就是湛藍市的道館訓練家!知道是這麼強的對手,小智嚇得渾身冒冷汗…到底,他有沒有辦法從這個中年人手中得到徽章呢?
第211集--漩渦列島,新的挑戰!小智從當地人口耳相傳中得知,漩渦列島的海底潛藏有神秘神奇寶貝的蹤影,而興奮的搭船往該島前進.可是,那艘船又被火箭隊找上了.皮卡丘為了解決火箭隊,發出攻擊,不小心破壞了船身的一部份.海上的漩渦渦流激烈,小智等人就這麼被拋入海中.這樣下去,大家都會被渦流給吞沒的!小智等人將會如何呢?
第212集--波波與大波波,飛向未曾見過的天空!以漩渦列島大賽為目標,展開漩渦列島之旅的小智一行人,途中遇到叫做飛太的青年…知道大波波島的事情.這個島名奇特的島嶼,據說住在那裡的神奇寶貝並不尋常.原來那個神奇寶貝是波波啊.外形看起來很普通,可是…體型卻是普通波波的三倍以上,而且不會飛.在這不可思議的島上,到底發生什麼事了呢?小智一行人在飛太帶領下,踏入了大波波島.
第213集--向大海出發吧,燈籠魚大遊行小智等人來到漩渦列島的青岩島,向下一個城鎮前進的途中,來到了青湖所在的山頂.途中,眼前突然出現魚夫神奇寶貝燈籠魚與叫做阿義的少年.為什麼山中會有燈籠魚呢?尋問之下得知,青湖是燈籠魚卵孵化長大的故鄉.然後,如同小智等人要踏上旅行一樣,燈籠魚們也要離開故鄉,踏上前往大海的旅行.
第214集--太陽珊瑚好朋友!黃岩島的對決為了參加漩渦列島大賽而持續旅行的小智一行人來到了黃岩島.黃岩島是名符其實的,岩石呈黃的顏色,生長許多太陽珊瑚的島嶼.小霞為了可以收服垂涎已久的太陽珊瑚而興奮極了.這時候一幕驚人畫面出現了,海面上居然漂來一棟房子.屋頂上是一個活潑的太陽珊瑚跟一個少女.為什麼會發生這種令人難以想像的事呢?
第215集--巨翅飛魚跟沉船,神秘神奇寶貝的秘密為了搭船去舉辦漩渦列島大賽的赤岩島,小智等人來到了歐奇市的港口.可是沒有趕上一天一班的船班,一伙人都不知如何是好.這時候,一個女人向一伙人打招呼,她的名字叫露佳.於是大家就決定搭她的船到赤岩島去.小智等人在老舊的船上,發現古老的海圖.這是什麼海圖呢?難道那地方藏有寶物嗎?
第216集--章魚桶跟鐵炮魚,漩渦列島大賽預賽!小智一行人終於來到漩渦列島大賽的舉辦地--赤岩島.這地方爆滿了像小智等人一樣過來挑戰的神奇寶貝訓練家.明天大賽的預賽就要開始了,鬥志高昂的小智等人,不知背後有可疑的黑影在追蹤他們..後來才曉得,這出現在小智等人面前的可疑人物,原來是神奇寶貝訓練家八郎.大伙在猜測他的來意時,他卻提出拜託小智等人陪他打一場的要求.八郎的挑戰,好像內情並不簡單....
第217集--漩渦列島大賽,在水的運動場大戰鬥小智與小霞都漂亮地贏得了漩渦列島大賽的預賽,接下來就是正式比賽了.開會典禮在運動場響徹雲宵的歡呼中開始.一位穿著華麗服裝的美麗女性出現了.她是守護漩渦列島的文化與傳統的海神官麻亞.據她說,將贈送禮物給大會的優勝者.那個只有優勝者才能得到的禮物,到底是什麼東西呢?為了得到冠軍,小智等人燃起了熊熊鬥志.
第218集--小智對抗小霞,漩渦列島大賽最後的戰鬥!漩渦列島大賽的下一場比賽竟然就是小智對小霞.可以使用的神奇寶貝只有二隻,當二隻神奇寶貝都失去戰鬥能力的時候,勝負就分出了.為了水系神奇寶貝大師的面子,這一戰決對要贏,小霞這樣發下豪語.另一方面,小智也表現出自己不管在什麼樣的戰鬥中都要獲勝的決心.雙方互不相讓的決鬥即將展開..到底結果會是如何呢?
第219集--保護地鼠的村子,陷阱大作戰漩渦列島大賽結束,小智等人決定返回淺蔥市,而搭乘定期船班去鯧魚鎮.可是在小智等人不知情的地方,又有可疑的黑影在秘密進行某種陰謀.火箭隊這時又在挖地洞陷阱了,這時代誰會那麼傻,誤入這種單純的陷阱呢?想是這麼想,小智等人真的就掉進陷阱裡面了.可是,連火箭隊也掉入自己挖的洞穴裡面.小智等人和火箭隊就在洞中無路可走的情況下,遭遇到最出乎意料的事件.
第220集--銀色之翼的傳說,銀岩島的戰鬥!小智等人之前在海底的沉船中發現了銀色之翼,後來到了鎮上,看見林立街頭的土產店都在販賣小島的特產,銀色之翼商品.途中,小智等人遇到了飾品店老闆百合子,而到她的店裡參觀.店中排列的許多美麗裝飾品都是用只有銀岩島才能採集得到的銀岩石做的.據說用這種石頭做出的裝飾品有護身符的作用.島民們深信的銀色之翼,到底隱藏著什麼樣的力量
第221集--神秘神奇寶貝X小智等人在沖島與阿弘重逢了,他們跟阿弘馬上決定一起尋找神秘神奇寶貝,這個時候遇到的是被火箭隊追逐的少年修一....有人要把修一的神秘神奇寶貝搶走!那到底是甚麼神奇寶貝呢?
第222集--被抓走的洛奇亞洛奇亞的小孩--小銀,被火箭隊抓走了.小智他們拼命的尋找,可是都找不到小銀,最後,洛奇亞憤怒起來,開始攻擊人類住的地方,小智他們有辦法把小銀救出,平息洛奇亞的憤怒嗎?
第223集--與洛奇亞的約定洛奇亞媽媽被抓走了,而小智一行人也被火箭隊抓起來了,他們的神奇寶貝球也被搶走了.小智他們面臨了空前危機.小智他們是否能夠逃出,並且阻止南波博士的計畫,把洛奇亞母子從火箭隊手中救出來呢?
第224集--飛吧,咕咕號!以淺蔥市為目標小智一行人準備要回淺蔥市進行道館比賽,他們搭上了飛鷹爺爺的咕咕號,可是這個咕咕號是個古董老飛機,而且路上又出現了暴風雨和火箭隊..到底小智他們能平安的抵達淺蔥市嗎?
第225集--淺蔥道館VS大鋼蛇小智在淺蔥市的道館比賽開始了.道館訓練家阿蜜小姐的神奇寶貝是很難纏的鐵蛇神奇寶貝--大鋼蛇.小智雖然盡全力比賽,但是大鋼蛇的強力絕招鋼鐵尾巴把皮卡丘擊敗了.最後剩火球鼠上場了,到底小智能反敗為勝嗎?
第226集--再見,妙蛙種子,大木家的冒險真新鎮的大木研究所的草系神奇寶貝們開始爭起地盤了,大木博士和小健拼命的想阻止,但是騷動卻越來越大.小智便把妙蛙種子送回大木研究所,到底牠有辦法解決嗎?
第227集--太陽精靈與櫻花,再度回到圓朱市小智一行人回到了圓朱市並且和櫻花重逢了,櫻花的伊布已經進化成太陽精靈了,這時,火箭隊出現並且把櫻花的姐姐們的神奇寶貝都奪走了.小智他們和櫻花能把神奇寶貝搶回來嗎?
第228集--水君跟米那君,鳳凰的傳說火箭隊把圓朱市鈴鈴塔的透明鈴鐺弄壞了,傳說透明鈴鐺是人類與鳳凰連繫的重要寶物,結果造成憤怒的神奇寶貝在圓朱市大鬧特鬧,小智一行人能阻止這場騷動嗎?
第229集--在神奇寶貝勁速賽中,向前衝!小智參加了神奇寶貝與訓練家合為一體奔跑的神奇寶貝勁速賽,大會中小茂也會參加,小智使用月桂葉向小茂挑戰,可是,小茂與風速狗合作無間一直搶佔第一名,小智和月桂葉會贏嗎?
第230集--名偵探君莎,蛋不見了,大解謎小智一行人到神奇寶貝中心避雨,在他們睡覺的時候蛋竟然消失不見了.小智等人非常地著急,這時君莎小姐出現了,到底他們能否解決這件懸案呢?
第231集--蛋要孵化了!小智的蛋終於快孵化了,小智非常的興奮,可是這時火箭隊又出現想把蛋奪走,在這時候蛋忽然發光了,到底即將出生的神奇寶貝是什麼呢?
第232集--火箭隊與信使鳥火箭隊碰到小智他們,結果又和以前一樣失敗了.在火箭隊想再收服神奇寶貝時,火箭隊的挖角人員出現,並借給他們信使鳥去對付小智他們,火箭隊會成功嗎?
第233集--霧中的九尾小智一行人在霧中遇到了洛珂小姐和九尾,洛珂小姐帶著他們到一間大房子休息,但是小智他們發現鏡子竟然照不出洛珂小姐的身影.突然,小智和小霞被一股奇怪的力量擋住在外頭,到底小剛會有危險嗎?而洛珂小姐的真實身份是什麼呢?
第234集--巴爾郎與空手道王信彥小智一行人在斯里巴吉山遇到了空手道王信彥與巴爾郎,巴爾郎特別喜歡惡做劇,村子裡的人都很討厭他.信彥用沙瓦郎想要讓巴爾郎打破定心,可是巴爾郎的實力太堅強了,到底信彥的熱誠能不能打動巴爾郎呢?
第235集--天然鳥的大預言!小智一行人來到山間的一座村落,聽說這裡有預測未來的天然鳥,受到村民們的珍愛.可是,火箭隊又冒出來想要抓走天然鳥,到底小智能不能守住天然鳥呢?
第236集--渡,與紅色暴鯉龍憤怒之湖出現紅色的暴鯉龍,暴鯉龍因為火箭隊的陰謀而被強迫進化,披著斗篷對抗火箭隊的男子,原來是龍使者,渡.到底小智和渡能不能把紅色暴鯉龍救出來呢?
第237集--紅色暴鯉龍之憤怒火箭隊的人想把紅色暴鯉龍用直昇機載回總部,結果沒想到暴鯉龍自己掙脫並且開始發狂了起來.眼看牠就要逼近卡吉鎮了,到底小智一行人能阻止這場危機嗎?
第238集--長毛豬與冬天的柳伯小智一行人來到卡吉道館準備挑戰,可是被拒絕了.道館訓練家柳伯說跟小智交手沒意義,小智拼命的拜託,可是柳伯的心就像被冰封起來一樣.到底小智的毅力之火能不能打動他呢?
第239集--卡吉道館,冰之戰鬥小智在卡吉道館的戰鬥開始了,雖然小智拼命地想要擅長的速度絕招一決勝負,但是在冰的戰鬥場地根本就無法使用.這時小智受到了猛烈的攻擊,讓道館訓練家柳伯給逼入了絕地,到底小智和皮卡丘有辦法打贏這場戰鬥嗎?
第240集--美麗花VS霸王花！草原之平和小智一行人來到神奇寶貝研究所,在這裡的美麗花和霸王花因為地盤的關係,只要風向改變,就會因數量多少而爭吵.到底小智能不能用月桂葉來阻止他們呢?
第241集--熔岩蝸牛,用火熱的心來收服!小智一行人以下一個目的地--煙墨市為目標旅行，途中天氣熱得要命，大家都熱暈了，原來他們好像誤入火山地帶,為了早點離開，一夥人加快了腳步，但在途中遇到呼嚕大睡的熔岩神奇寶貝、熔岩蝸牛.由於路被堵住無法通過，只好叫醒熔岩蝸牛，卻因而激怒了熔岩蝸牛發狂攻擊.小霞拿出擅長的水系神奇寶貝想加以阻止，可是卻被心情惡劣的熔岩蝸牛給一一打敗.在旁看到事情始末的開朗少年亞克西忍不住出聲大笑.但是以小霞的個性是不會默不吭聲的.......
第242集--神奇寶貝魔法大變身一個少女突然大喊「皮卡丘∼」，跑過來抱住皮卡丘！小智一行人目瞪口呆，旁邊帶著黑暗鴉的小孩，自稱是神奇寶貝魔法師小璃.據說小璃擁有的魔法秘傳書，上面寫著代代相傳的魔法用法.她正在搜集書中迄今為止尚未有人成功使出來的「了解神奇寶貝的心的魔法」所需的材料.秘傳書上寫著需要皮卡丘的十萬伏特.小智一行人對這件事很感興趣，為了讓魔法成功，決定與小璃一起去尋找其餘的材料，但是……！
第243集--閃電鳥跟水晶，湖的秘密!以煙墨道館為目標而持續旅行的小智一行人，因為想抄近路，反而在森林中迷路了.這時出現在他們面前的，是拿出強大吸電器、企圖捕捉皮卡丘的火箭隊.皮卡丘的電力被完全吸光，使得小智等人陷入大危機之中，就在這時候，叫做羽莎的女性出手搭救了.羽莎看皮卡丘情況危急，告訴一行人：「我可以讓皮卡丘復原，但是你們要保證之後看到的事絕不洩露出去.」在嚴肅的要求下，小智一行人保證保密.然後，在緊張的氣氛中，一行人踏入禁忌之地.他們所看到的是……!?
第244集--雙胞胎的寶寶丁對抗胖丁以煙墨道館為目標而旅行的小智等人，來到一個小城鎮時，波克比突然跑進路旁民宅的庭院，小智等人緊追在後，進入庭院，一行人面前突然出現兩隻寶寶丁.接著是一個手拿ＣＤ夾，跑出屋子的女孩叫做綺菲洛.原來這兩隻寶寶丁是在電視台與演唱會唱歌跳舞的雙胞胎偶像神奇寶貝.小智等人參觀寶寶丁演唱會前練習表演.看著寶寶丁配合節奏的歌舞表演，眾人不禁陶醉其中，讚嘆「太可愛了！」.這時，突然出現一隻胖丁，不服氣寶寶丁雙胞胎大受歡迎，也踏上舞台開始唱歌……
第245集--呆呆獸之悟，小智之悟為了得到最後的徽章，小智一行人以煙墨市為目標，繼續旅行.這次來到了叫做開悟之湖的「呆呆獸湖」.這時火箭隊又冒出來了.緊繃的氣氛中，雙方眼看就是一場決鬥.然而，突然一隻咬著黃旗子的憨憨神奇寶貝呆呆獸悠哉悠哉的過來了.這隻呆呆獸什麼也沒幹，只是一直發呆.旁觀的小智等人不禁看傻了眼.據尼姑雅子說，呆呆獸一直在思索自己是什麼人，這個很深奧的問題.小智一行人、火箭隊突然被問到自己是什麼人時，也不知如何作答了.於是雅子帶領眾人到幫人開悟的呆呆獸寺院修行…
第246集--假大木博士,神奇寶貝川柳對決!小智一行人在神奇寶貝中心休息.這次，聽說大木博士主持的廣播節目要辦公開錄音了.一行人期待與睽違已久的博士重逢.當天趕到舉辦地點，一進入會場就撞見了大事件.自稱大木博士的竟然有兩個人！雖然其中必有一然是假的，可是兩個人都宣稱自己是真的大木博士.由於博士一定很了解神奇寶貝，最後就變成舉辦猜謎大會來判斷真偽了.會場因這場意外一陣嘩然.這難得一見的決鬥，到底會如何發展呢...!?
第247集--皮寶寶跟皮皮跟流星小智一行人在旅行途中暫時停下來賞月.可是唯有小智一人不顧美麗的月亮，自顧自的拼命吃東西.忽一抬頭，看見天空有幸運的流星劃過.眾人忙著許願，但是，很快就發現流星的異樣.漸漸接近地面的流星並不是星星，是巨大的飛行物體.「難道是飛碟嗎!?」一行人對著這夢一般的光景看呆了.不只這樣，神秘飛行物體之中還有東西掉到小智等人附近.小小象跑出來很漂亮的接住那個物體，原來，那個物體是星型神奇寶貝"皮寶寶".皮寶寶從飛碟裡面掉下來，難道它是宇宙人嗎？
第248集--蚊香蛙的進化以下一個目的地煙墨市為目標而持續旅行的小智一行人，看到一群人不知在喧嘩什麼.靠近一看，原來是有人在做神奇寶貝對戰.聽說一個叫做安治的人的水系神奇寶貝,「蝌蚪神奇寶貝」快泳蛙很厲害，已經打倒許多人，從來沒有吃過敗仗.小霞一聽對手是水系神奇寶貝，自然不會放過機會.她用自己的蚊香蛙挑戰，可是對手是進化後的快泳蛙，實力差太多了.小霞被打敗之後，深深體會到神奇寶貝的等級的差距.在不甘願的同時，也對快泳蛙投以尊敬眼光…
第249集--競技公園vs水箭龜、噴火龍、妙蛙花以下一個目的地煙墨市為目標而旅行的小智等人，途中遇到一位女子，得知了競技公園的存在.聽說各種神奇寶貝那裡幾乎都有，還可以自由選擇想要對戰的神奇寶貝.喜歡神奇寶貝對戰的小智等人聽到這消息，自然興奮得不得了.在那裡迎接小智等人的神秘工作人員，特別推薦挑選最強神奇寶貝的特殊戰鬥套餐.小智聽到最強兩字，眼睛為之一亮.到底，他要面對的是什麼樣的對手呢？
第250集--牛蛙君跟啦啦隊旅行途中，小智等人在湖岸邊睡午覺.醒著沒睡的牛蛙君找到小剛親手做的飯糰，想拿來吃的時候，卻不小心讓飯糰滾了下去.慌慌張張追著飯糰的牛蛙君身邊，突然有個啦啦隊女郎打扮的女人靠近了.她把牛蛙君與別的牛蛙君搞混，硬是把牛蛙君帶走了.等著牛蛙君的，竟然是以為了參加全國大賽而天天練習的神奇寶貝啦啦隊.....