武藏與小霞在玩偶鎮為了得到娃娃節的娃娃而在比賽中大打出手。面對有小智與小剛的神奇寶貝支援的小霞,武藏無計可施,派出最新收服的大舌頭,使比賽有出人意料的發展....。
兒童節那天小智等人讓自己的神奇寶貝陪伴育幼院的小孩玩耍。阿勉要求跟喵喵玩,原來他曾經在森林被喵喵救過。可是其他學童沒見過喵喵,都說阿勉騙人,於是火箭隊決定派喵喵來給阿勉一個快樂的兒童節....。
森林中有座警犬卡蒂狗訓練所。火箭隊三人為了得到訓練所眾多的卡蒂狗,竟用氣體改變君莎與小智等人的聲音,並使卡蒂狗們鼻子失靈,企圖以假亂真,還命令卡蒂狗們攻擊君莎與小智等人…
天才攝影師阿徹被火箭隊所騙,想為皮卡丘拍照。不適應相機快門聲音的皮卡丘一直閃躲。阿徹執著地跟著小智,對掉進火箭隊挖的陷阱的小智伸出援手時,發現陷阱底下有個洞,小智與皮卡丘掉入洞內的水道,被水衝走。阿徹奮不顧身拯救小智,還與小智一起擊退火箭隊。
小智受到小霞刺激,去接受神奇寶貝檢定考。火箭隊的武藏與小次郎也到考場考試。這兩人由於成績不佳,腦羞成怒,竟動了向考場報仇的念頭。他們闖入考場與小智和教官一片大亂鬥,最後當然又被打跑了…。
火箭隊的亞馬多與小三郎開設撫養家,利用替人照顧神奇寶貝的機會,搜集優秀的神奇寶貝。小智與火箭隊的人不巧在那倉庫碰面,而且被亞馬多發現,兩隊人馬都被送到警局。幸虧及時逃出的小霞找到阿徹拍的證據照片,才證明小智等人的清白。
為了獲得第七個徽章,小智等人來到了紅蓮島。但是那地方已經成為觀光勝地,到處都沒看到道館。但是解開一個怪叔叔提出的謎題後,小智終於找到了紅蓮道館!原來那怪叔叔就是夏伯,道館的訓練家啊!
火箭隊為了得到鴨嘴火龍在紅蓮道館亂發射冰凍砲,害得岩石裂開,岩漿流出,眼看就要形成一場大災難。夏伯命令鴨嘴火龍,小智等人也拿出自己的神奇寶貝來幫忙阻止岩漿流出。危機解除後,夏伯再給小智一次挑戰機會,噴火龍與鴨嘴火龍便展開大對決…
小智等人遇到求救的卡咪龜,來到海中不知名的龜神奇寶貝王國。島上的眾龜全部不明原因昏睡,火箭隊趁機來搶走龜王水箭龜…火箭隊與烏龜群的大戰就此展開…最後還查出了大伙昏睡原因是胖丁的歌聲!
小智等人來到華藍道館,小霞被抓去表演水中芭蕾人魚公主。火箭隊也闖來搗亂,想搶走水系神奇寶貝,但是被進化的白海獅打敗。雖然如此,表演還是大受歡迎!
皮卡丘被製造火箭的皮皮給抓去當發動機。跟著小智偷偷到火箭的胖丁跟皮皮們發生爭吵,打昏了好幾個皮皮。最後火箭發動了,小智跟火箭隊還在火箭上面呢!他們命運將會如何呢?
小智等人來到常磐道館挑戰,遇到小茂。小茂先進入挑戰,遇到火箭隊老大拿出的神秘的神奇寶貝,遭到慘敗。輪到小智挑戰時,火箭隊的兩人一貓代替道館訓練家接受小智的挑戰。當然,他們被小智打敗了,小智於是得到第八個徽章。
馬戲團長阿津找小智扮演吸盤魔偶。因為她的吸盤魔偶訓練不當,不肯表演。火箭隊的人不知情地把小智扮演的吸盤魔偶搶走。小智表露身份逃回去,火箭隊的人又捲土重來,想再次抓走吸盤魔偶,而遭到阿津的吸盤魔偶跟小智媽媽的吸盤魔偶聯手攻擊,被啞劇製造出來的牆壁給困死…
武藏為了報復14年前被拿走寶貝娃娃的事,跟蹤幫助迷唇姐回去聖誕老人小島的小智一行人,計畫搶走所有禮物以做報復。乘龍解救了聖誕老人與小智等人的危機,雖然誤會冰釋了,兩人還是大打出手。最後武藏三個當然是慘遭修理啦!
小智一行人的旅途,被風雪阻礙地待在雪山當中,為了拯救皮卡丘,使得小智與小剛等人分散。神奇寶貝們共同度過寒冷,更藉著神奇寶貝們的幫助而越過雪山...
小智等人來到大木研究所,在那裡遇到了小茂,眾人一起順便了解大木博士的研究生活。想要搶奪皮卡丘的火箭隊這時又來搗亂,在研究所廣大的庭院中迷路許久以後,他們終於遇上小智等人,可是雙方還來不及大打出手,火箭隊二人一貓就被橫衝直撞的一群肯泰羅給撞飛了!
為了解開大木博士苦思不解的疑惑,小智一行人來到了風光明媚的比努海岸。藉著西野森教授所飼養的呆呆獸及武藏所收服的大舌貝,讓大木博士等人解開這進化之謎
小智等人來到比努海岸做特訓,小智在海中腳抽筋遇難時,幸好被敏川特與馬奎爾救起。這一人一皮卡丘的組合,背後有著感人的故事。敏川特是否能戰勝這20年一度的大海浪,為比努海岸創造一個的傳說呢?
小智等人來到村雨植物園,妙蛙種子在那裡喜歡上臭臭花,小剛在那裡喜歡上園主林子。林子有個煩惱,為了繼成家業,應該進化的臭臭花遲遲沒進化成霸王花。剛好火箭隊又來搗亂,在小剛的鼓勵下,林子拿出她的臭臭花應戰...
南野導演為了拍攝由神奇寶貝們演出的電影,所有的神奇寶貝均一一地躍上大螢幕,以胖可丁及可達鴨領銜主演的愛情劇,在火箭隊及小智們一番對戰下而熱熱鬧鬧地開拍著。
神奇寶貝電影即將於好來塢上映,大夥熱熱鬧鬧地來到這喵喵不堪回首的傷心地。昔日的喵喵為了得到佳人的芳心,努力地朝"人類"邁進,學習人類講話,學習人類走路,但仍是無法獲得佳人芳心而只能獨鳴悲歌。
為了習得四天王希巴的大絕技,小智們一同來到了山中;藉著希巴替大岩蛇解除痛苦,而使得山中亦獲得平靜,讓小智一行人瞭解到,與神奇寶貝們的心靈溝通比戰鬥收服來得更重要。
小智等人在獨立特訓的時候,遇到神奇寶貝考古學權威,天才少女懷特博士。考古挖掘現場挖出了超古代神奇寶貝的胡地與耿鬼,特大號的他們一鬧起來,無人能擋,莫非世界就要毀滅了?
向神奇寶貝聯盟邁進的路上,遇見了被火箭隊奪走徽章的齋藏及嘎啦嘎啦,小智一人更再次阻止火箭隊的搗亂,順利地將齋藏的徽章取回,更讓齋藏及嘎啦嘎啦重修舊好。
神奇寶貝聯盟傳遞的聖火,竟然被火箭隊給盜走了;失去了聖火因而無法舉行開會儀式的達馬嵐其會長,拿出了火燄鳥的火苗,就在聯盟即將展開之際,火箭隊又再次地出現了…
小智朝神奇寶貝大師邁進的第一戰:石英大會的水之場地,以華麗戰鬥技巧的多武,派出了椰蛋樹,海刺龍及大嘴蝠,均一一被小智的大鉗蟹打敗而取得了大勝利,小智的大鉗蟹更進化成了巨鉗蟹…
在第三場戰鬥之前,火箭隊又利用巧妙的化妝術騙走了小智的皮卡丘,幸好小剛沒有被武藏的偽裝所迷惑,搶回了皮卡丘;與小正對戰時,巨鉗蟹反被風速狗的龍之怒絕技所打敗,藉著皮卡丘的十萬伏特融合著水產生更大的威力,而小智更贏得了比賽,迎向第四回合的挑戰
一直與小智競爭的小茂,在比賽當中落敗而使得小智心生懼意,同伴們的支持,讓小智重新站上舞台,更與姑娘鎮的薰子對戰;連勝兩次的小智沒想到被喇叭芽以柔克剛的攻擊連續落敗,最後以臭臭泥,小智方得取得了勝利………
小智連戰連勝。在戰鬥之外的閒暇時刻,偶遇同是參賽者的阿弘,兩人成為好朋友。這時候神奇寶貝們卻被闖入的火箭隊搶走了。於是小智和阿弘聯合起來展開大追逐,所謂不打不相識,兩人因為共患難而加深友情,成為志同道合的好戰友。
小智受到火箭隊的阻擾,遲到十分鐘才抵達會場。傑尼龜、皮卡丘都被打敗了,最後小智把希望寄託在噴火龍的身上。可是噴火龍打倒小火龍之後,看到雷恩一個小不點的個子,居然戰意全失,在會場上睡起覺來,使得小智輸掉比賽。
小智受到打輸的影響,沮喪得連飯都不想吃。但是他從電視上知道第六場比賽開打的時候,馬上就趕去會場。第六回合開始了,阿弘要怎樣運用六個神奇寶貝戰鬥呢? 征霸石英大會的人究竟會是誰?
小智回到真新鎮以後,大木博士立刻為了獎勵小智在比賽中的優異表現而在研究所召開宴會。 這次火箭隊又照慣例的出場了,原來他們想把宴會中出席的神奇寶貝全部抓走! 於是宴會現場一片恐慌……
小智等人為了替大木博士拿東西決定前往橘子群島的岱柑島。但是怎樣去呢?這個問題就考倒小智等人了。正好這時某家店在辦抽獎活動,被小智湊巧抽中飛行船的機票。雖然有辦法去岱柑島了,可是任誰作夢也沒想到,飛行船的服務員是火箭隊…到底,什麼樣的旅行在等著他們呢?
小智一行人好不容易抵達岱柑島,在那南國豔日的陽光中,開始尋找內木博士的研究所。唯一線索在島上的神奇寶貝中心,到了那裡,被曬成黑銅色的喬伊出來迎接,帶領小智等人到博士的研究所,找到博士與不可思議的神奇寶貝球。
小智等人在飛行船上睡著了,不知飛行船正向樹葉一樣開始下降。墜落到樹林繁茂的島上以後,小智等人到處找人求救,卻一個人也沒看到。這裡是無人島嗎?就在這麼想的時候,一大團的觀光客出現了。小智他們跟著觀光客走,在觀光船的港口看到到處都是"歡迎到碰柑島"的招牌。就在觀光地走著走著,小智看到被小孩子欺負的小乘龍的影子…
小智等人來到夏干道館向訓練家敦美挑戰。在競賽的時候,火箭隊又出來搗亂。在一場混亂後重新開始比賽,乘龍的表現出人意料,打敗了水箭龜。
亞馬多和小三郎利用素利普的超能力,催眠金柑島上所有神奇寶貝加以捕捉。小智為了救回皮卡丘,和君莎等人一起對抗素利普的超能力,處於劣勢的小智等人會有何下場呢?
小智一行人這次來到椪柑島、發現正美漂流到海上的瓶中信、為了讓哥哥得到靈感希望能夠得知大岩蛇的消息、經過小智一行人的努力、終於讓哥哥阿功找到大岩蛇、得到製作水晶製品的靈感。
小智一行人這次來到了罕見的平柑島、島上的神奇寶貝全部都是粉紅色的、火箭隊一行人自然不會放過這個千載難逢的好機會、在小智等人齊心協力之下將他們趕走、繼續讓粉紅島保持神秘、留給這些粉紅神奇寶貝一個寧靜的生存空間。
小智三人意外的碰上一組採訪化石盔化石的電視台工作人員、表示願意幫忙、不信島上老人田所先生的規勸:破壞小島將會引發大災難、誰知當化石盔一碰上紅色的月光就復活了、小島也因而沉沒、好在他們及時做了竹筏、逃過一劫。
小智一行人這次來到豪華友輪上、看到各種神奇寶貝說唱逗趣、煞是熱鬧、誰知又碰上武藏一行人來搗蛋、想要把神奇寶貝搶走、在大家奮力合作下、終於保住了輪船、也讓凱兒和她的神奇寶貝雷丘關係更加親密。
小智一行人這次來到一個島上休息,認識了同樣是水系神奇寶貝收藏家的小樁,小霞和小樁提議拿自己的神奇寶貝較量一下,原以為可達鴨已經進化成了哥達鴨,原來是一場誤會。
小智一行人在海上遇到快速划著獨木舟前進的喬伊、原來她在橘子諸島上到處為神奇寶貝看病、卻碰上火箭隊的阻撓、最後在鯉魚王進化成的暴鯉龍搭救之下、終於突破困境、即時為小海獅看病。
橘子群島的奈普魯島上正中央聳立著一座雪山,奈普魯道館就在那上面。由於道館留下的約定,小智只好硬著頭皮爬上山。路上遇到的朋友小丹,自願與小智一起爬山。這個道館訓練家隱瞞身份確認小智的能力以後,才提出和小智比賽的要求。這時火箭隊出來搗亂,又照慣例的幫了小智倒忙。
為了出場橘子聯盟大賽,小智等人獲得了第二個徽章。接下來要去的是七個島上結很多文旦的果實七島。小智等人抱著輕鬆心情到島上,卻因為意外的事件被島上居民奈奈當成了小偷。解開誤會後,小智等人得知奈奈正在煩惱文旦小偷的問題。到底這個文旦小偷是誰?
在橘子群島旅行的小智一行人為了暫時休息,來到了斯達奇島。在那裡的海邊神奇寶貝中心和大木博士連絡後,知道正好在斯達奇島近海發現的沉沒船上有類似三百年前橘子連盟冠軍獎杯的寶物。而那個獎杯就放在小智等人現在所在的斯達奇博物館內。於是小智等人計畫隔天一早就去觀看,誰知火箭隊已經聽到這個消息…
小智等人今天依然在橘子群島旅行。跟蹤他們的火箭隊也是。火箭隊一如往常老是被小智等人擊敗,可是這次喵喵飛走的方向跟武藏和小次郎不同。喵喵著陸的地方是神秘貓之島,那裡的島民傳說在白色滿月的夜晚〞喵喵神〞會出現,而崇拜喵喵神像。島民們把偶然掉到島上的火箭隊的喵喵當成傳說中的喵喵神,開始祭拜…
小智一行人來到馬扣克島,救了一隻受重傷的飛天螳螂。原來他是捍衛頭目之位失敗被趕出來的老戰士。火箭隊來到島上使用卑劣手段捕飛天螳螂,老戰士奮不顧身想回去救同伴,感動小智等人…
小智一行人來到無人島,決定在那裡休息一天。剛好火箭隊也來到島上渡假。這次火箭隊利用大食花的睡眠粉,想把一行人迷昏後偷走神奇寶貝。誰知飛天螳螂跟噴火龍都沒有睡著,還把大伙都吵醒…
小智等人來到小橘子島,適逢四天王之一的科拿小姐到島上演講。面對小霞極度崇拜的科拿,小智自負的認定也許自己能夠打敗科拿。於是科拿給不知天高地厚的小智上了一課…