第1集 前往合眾地方!捷克羅姆的身影!!
還沒有見過的神奇寶貝…還沒有見過的城鎮…。為了見到未知的事物,小智與皮卡丘到了全新的冒險之地──合眾地方!正為了在新天地的冒險雀躍不已時,眼前出現了這地方的神奇寶貝研究權威、紅豆杉博士!大家立刻前往研究所,此時,天上突然出現黑雲、雷鳴大作!在那中心,有像是黑色巨大神奇寶貝的影子。下一秒,影子放出的雷電直接擊中小智的皮卡丘!兩頰不斷放電讓皮卡丘很難過。眾人急忙前往博士的研究所詳細檢查,但是結果卻出人意料…。皮卡丘竟然不能用電系絕招了!以混亂揭開序幕的旅程,到底會怎麼樣呢!?
第2集 艾莉絲與牙牙!
雖然皮卡丘身上發生的異變令人困惑,小智他們仍決定要在合眾地方旅行。首先是為了收服這個地方的神奇寶貝而進入森林,然後就發現搖搖晃晃的草叢!急忙用圖鑑判別,結果顯示是"牙神奇寶貝"牙牙!小智馬上丟出神奇寶貝球要收服牠!但是,神奇寶貝球擊中草叢後卻傳出人的聲音!?接著,衝出來的並不是牙牙,是個女孩子!她叫做艾莉絲,而目標牙牙躲在她的頭髮裡!究竟這名神祕少女的真實身分為何…!?
第3集 水水獺!黑眼鱷!危在旦夕!!
小智首先以第一間道館的所在地三曜市為目標。接著,不知為何同行的艾莉絲,在路上遇到叫做阿丹的少年。他家好像在附近開設溫泉渡假旅館,有很自傲的沙浴的樣子。正當大家準備做沙浴的時候,周圍卻不斷冒出"沙漠鱷魚神奇寶貝"黑眼鱷!照阿丹的說法,牠們平常非常溫順,會和訓練家一起享受沙浴。但是,這些黑眼鱷卻突然開始拼命的挖掘地面!在牠們掀起的煙塵中出現的是,帶著墨鏡的黑眼鱷!無視於一旁驚訝的小智等人,牠張開大嘴把皮卡丘與牙牙、以及偷偷跟來的水水獺帶走了!這隻黑眼鱷的目的到底是什麼!?
第4集 對戰俱樂部!神秘的神奇寶貝現身!!
朝著三曜市持續旅行的小智一行人,在途中經過的城鎮發現有趣的設施。那是被稱為「神奇寶貝對戰俱樂部」、讓訓練家可以自由對戰的場所。幹勁十足的小智猛衝進對戰俱樂部!出來迎接的是俱樂部的經理東•喬治。一番對談後,他很快就讓帶著合眾地方很少見的皮卡丘的小智上場。然後,對戰開始!但是,正準備一口氣發動攻擊取得先機的時候,刺耳的警報聲大作!似乎是有什麼人侵入倉庫的樣子。調出攝影機拍到的影像進行確認後,在那裡的竟然是…!!
第5集 三曜道館! VS爆香猴、冷水猴、花椰猴!!
終於到了三曜市!小智為了在合眾地方的第一場道館賽興奮不已,這時他面前出現一名叫做天桐的青年。天桐看到艾莉絲與牙牙相處融洽的樣子,判斷他們的適性很好。原來他具有「神奇寶貝酒侍」的資格,可以看出訓練家與神奇寶貝的適合度。因為難得遇到,於是一行人一邊聊一邊請他帶路到三曜道館。然後,眼前出現了期待已久的三曜道館!小智進入戰鬥模式衝了進去!但是,建築物當中卻是一片令人覺得走錯地方的景象…。
第6集
夢的遺址! 食夢夢和夢夢蝕!!
結束道館賽,小智一行人來到神奇寶貝中心讓疲累的神奇寶貝復原。這時艾莉絲抱著牙牙急急忙忙衝進來!她懷中的牙牙發出淺淺的粉紅色光芒,沉沉昏睡。照她的說法,睡著的牙牙完全叫不起來!就在大家為這件事困惑的時候,一位帶著"食夢神奇寶貝"食夢夢的女性出現了!她叫做真菰博士,而且好像知道這種昏睡的原因。小智一行人為了解決這件事而衝出中心,卻看到驚人的景象!粉紅色光點從天而降,君莎小姐也發出緊急警告。城裡陷入恐慌…。
第7集 藤藤蛇.迷人收服!?
小智、艾莉絲、天桐,決定一起旅行的3個人在森林裡休息時,"草蛇神奇寶貝"藤藤蛇出現,擅自吃起天桐做的蛋糕!皮卡丘急忙要去阻止牠,卻莫名其妙地眼冒愛心!看來,似乎是中了藤藤蛇的「迷人」。擺出一副輕視模樣看皮卡丘的藤藤蛇,以敏捷的動作逃走。但是,因此燃起熊熊鬥志的小智,下定決心非收服牠不可,於是開始緊追不捨。究竟小智能不能成功的收服藤藤蛇呢!?
第8集 火紅不倒翁與達摩狒狒!鐘塔的秘密!!
朝著下一個目的地前進的路途中,小智一行人與神奇寶貝在河邊吃午餐。正當大家和樂融融的用餐時,皮卡丘與牙牙的神奇寶貝食物不見了!正要找出是誰搞的鬼時,出現了2隻"不倒翁神奇寶貝"火紅不倒翁!牠們使出「噴射火焰」甩開追上去的小智等人,一轉眼就逃跑了。雖然想抓牠們,不過治療受傷的神奇寶貝比較重要,所以大家趕往神奇寶貝中心。可是,2隻火紅不倒翁居然出現在那裡,而且還再度搶走食物!到底火紅不倒翁的目的是什麼…!?
第9集 蜈蚣王發飆!救出牙牙!!
艾莉絲與牙牙、天桐與花椰猴,相對的兩組人馬正在練習對戰!但是,面對目前還力量不足的牙牙,花椰猴也降低了絕招的威力。艾莉絲告訴牙牙慢慢變強就好了。牙牙最喜歡總是溫柔照顧自己的艾莉絲,於是決定去森林裡找樹果送她。然後,發現某棵高聳的樹上有似乎很美味的樹果!牙牙不理會急忙跑來阻止的皮卡丘,爬上了尖細的樹枝要摘樹果。就在只差一點點的時候,樹枝折斷讓牠倒頭摔了下來!還落在"巨大蜈蚣神奇寶貝"蜈蚣王身上!受驚的蜈蚣王於是拖著牙牙開始橫衝亂撞…!
第10集 勁敵對戰!強敵輕飄飄!!
以七寶道館為目標,繼續旅行的小智一行人,在路過的城鎮發現神奇寶貝對戰俱樂部!小智馬上就跑去找對戰對手。結果竟然發現修帝的資料!他立刻提出對戰要求,請東•喬治先生用實況轉播器聯絡修帝。為了意料外的再戰熱血沸騰的小智,與一如以往冷淡登場的修帝,展開5對5的對戰!小智派的第一隻是水水獺、修帝則選擇了"野鴿神奇寶貝"波波鴿。小智與水水獺利用扇貝貝進行獨創的攻擊!可是,修帝的波波鴿也不遑多讓的使出絕招!這場比試,誰會勝利!?
第11集 石居蟹!去奪回自己的房子吧!!
持續朝著七寶市旅行的小智一行人,在路途中遇見在切割岩石打造住居的"石居神奇寶貝"石居蟹。在他們觀察著這珍貴景象時,又新冒出了三隻石居蟹!其中一隻頂著特別大的石塊,就像是當中的老大一樣。這個老大看重的,就是石居蟹努力打造出來的家!下一刻,這3隻竟然一起攻擊石居蟹,奪走了牠的石頭住家!目睹這種卑劣舉動的小智一行人,主動表示要幫石居蟹把家搶回來。石居蟹一開始還是很警戒,不過後來漸漸打開了心扉,接著作戰行動終於展開!到底會有何結果呢!?
第12集 破破袋戰隊與秘密基地!?
在旅途中經過的某條路上,眼前出現了騎著三輪車的孩子們…接著,孩子們突然往這邊投泥丸子!這些孩子興高采烈地從遭到直擊的小智一行人身邊通過。而且,在這個軍團中的"垃圾袋神奇寶貝"破破袋還把小智的寶貝帽子撿走了!小智等人急忙要追上去時,一位叫做由梨 和菊代的女性叫住他們。原來,由梨是剛才那些孩子的幼稚園老師,現在遇上了很大的困擾。大家為了弄清楚來龍去脈而前往幼稚園,卻被眼前的景象嚇了一跳!幼稚園竟然被垃圾山圍起來,建了一座秘密基地,而且孩子們還守在裡面不肯出來!
第13集 泡沫栗鼠有潔癖!?
小智一行人朝著七寶道館繼續旅行。途中突然冒出一名少女撞向他們!原來她叫白露,是紅豆杉博士拜託她來轉交東西給小智的。而轉交的物品則是徽章收集盒!…但是,被收在包包底層的盒子沾滿灰塵、髒兮兮的。不過,拿到重要收集盒的小智還是很高興。可是他高高舉起的徽章收集盒突然從手中消失了!同時,有一隻"栗鼠神奇寶貝"泡沫栗鼠跑走!牠口中就咬著重要的徽章收集盒!小智他們立刻慌張地追上去。兵荒馬亂的追逐戰,到底會怎麼樣呢!?
第14集 七寶市!博物館大冒險!!
終於抵達七寶市的小智一行人,目標當然是在七寶道館獲勝、得到第二個徽章!大家與幹勁十足的小智一起前往七寶道館!可是,位於博物館的七寶道館門戶緊閉,而且看來不太對勁…。正當小智準備進行確認、伸手要開門探看的時候,從一名男性發出慘叫、從長廊另一頭跑來!這名驚慌失措的男性叫做木立,是博物館的副館長,而他似乎被捲入了大麻煩。仔細詢問木立之後才知道,這座博物館似乎有如妖怪作祟,連續發生了奇妙的現象…!
第15集 七寶道館賽! VS道館訓練家.蘆蕙!!
解決博物館奇妙謎團的小智一行人,見到了道館訓練家蘆蕙,終於要開始期待已久的道館賽!不過,要前往對戰場地,好像得要回答蘆蕙出的任務才行。雖然對意外的發展感到困惑,大家還是驚險過關!總算抵達對戰場地。使用一般系神奇寶貝的蘆蕙,高聲宣告要派出步哨鼠與小約克。向對手展現自己的陣容來觀察反應,似乎是七寶道館的風格。小智也緊握自己選好的2顆神奇寶貝球,接著,對戰賽開始!蘆蕙最初派出的"小狗神奇寶貝"小約克!小智則是派出暖暖豬。可是這場對戰賽,竟然出現難以置信的發展…!
第16集 再次挑戰七寶道館!新絕招爆發!!
賭上第2個徽章,與蘆蕙進行的道館賽。可是小智卻因為「吼叫」與「黑色眼光」這組聯合招式而敗下陣來。一心雪恥的小智,到對戰俱樂部接受東•喬治的特訓。當然,暖暖豬與水水獺也一起受訓!小智首先與暖暖豬一起,為了對付蘆蕙的小約克那招強力「影子球」,進行閃躲球的特訓,接著是與水水獺一起下泳池,做逆流而上的特訓。他與學會新絕招的2隻神奇寶貝,再度前往七寶道館!可是,對手是身經百戰的道館訓練家。對戰賽出現意外的發展…。
第17集 蛋中孵出的小霸王!
之前幫助幼稚園老師由梨時得到的神奇寶貝蛋出現變化!大家對它一邊不斷搖晃又一邊發光的樣子興味盎然。尤其是牙牙,大概是很高興增加新同伴,特別熱心地一直觀察。就在閃爍速度變快,看來終於要孵化的時候,開心得手舞足蹈的牙牙竟然撞到了蛋!而蛋就以飛快的速度滾下斜坡!小智等人急忙追上去,可是不斷加速的蛋被石頭彈起,飛向空中了!這樣直接砸到地面的話蛋會破掉的!突然發生重大危機!到底會有什麼結果呢!?
第18集 矢車森林!蟲寶包與亞堤!!
繼續踏上旅程,前往下一間道館所在地飛雲市的小智一行人,在矢車森林遇到一隻""裁縫神奇寶貝"蟲寶包。為了收服好強不認輸的蟲寶包,小智熱血沸騰地直接往森林深處衝!結果,大家在像迷宮一樣的森林裡迷路了!3人努力想要回到進森林的路,於是爬上高聳大樹找路。可是,小智沒有找到路,卻找到了吊在樹枝上的巨大樹葉堆!下一個瞬間,樹葉散開,飛雲道館的道館訓練家•亞堤竟然颯爽現身!大家一邊談話一邊走入森林,就看到剛才見過的蟲寶包…。
第19集 酒侍對決!石居蟹VS雙刃丸!!
在前往飛雲道館的路上,躍入小智一行人眼簾中的,是新開幕的友好商店!興奮期待的往裡面一看,可以看到最裡面出現排隊人潮。看樣子,似乎是公認神奇寶貝酒侍,在那裡品評訓練家與神奇寶貝的樣子!很感興趣的小智一跑進去,就遇到一個女孩子。她的名字叫赤霞珠,據說確實具有公認的酒侍資格。小智讓她看自己最自豪的神奇寶貝。可是下一個瞬間,瞇起眼睛、對著神奇寶貝圖鑑開口的赤霞珠,說出令人不敢置信的話…。
第20集 皮卡丘對黑眼鱷對鴨寶寶!!
小智與皮卡丘目前陪著從蛋裡孵出來的滑頭小子進行特訓。就在打算休息一下吃午餐的時候,他們掉進隧道狀的洞穴裡了!在抵達地點等著他們的,是以前見過的戴墨鏡黑眼鱷!牠似乎是為了挑戰皮卡丘要求對戰,才會挖洞找大家來的。面對鬥志高昂的黑眼鱷,小智與皮卡丘決定答應對戰。可是,這時冒出一隻"水鳥神奇寶貝"鴨寶寶,搶走了黑眼鱷的墨鏡!其實這隻鴨寶寶超愛惡作劇,牠接二連三地做出讓小智他們感到困擾的惡作劇,但是…。
第21集 天之箭橋與哥德小姐!
小智一行人抵達通往飛雲市的大橋「天之箭橋」,但是橋上卻起了霧、讓人看不清楚。無論如何都要趕著過橋的小智他們,毫不在意的開始過橋。這時候,"天體神奇寶貝"哥德小姐從霧中現身,出手攻擊他們!不得以之下,小智派出藤藤蛇應戰,四周卻突然被光線包圍,回神過來就發現大夥又回到橋下了。可是,周圍看起來卻不太對勁…。在小智等人正感到不安的時候,一個叫莎麗的少女向他們打招呼!而帶著笑容跟在她身邊的,正是襲擊小智他們的哥德小姐!
第22集 飛雲市! 百足蜈蚣恐慌!!
總算抵達飛雲市了。當地不愧是被稱為合眾地方中心的城市,四處都是高聳的建築大廈。小智的目的當然是與亞堤進行道館賽…可是,在街上與一行人偶遇的亞堤卻說,現在有很掛心的事情,沒心思進行道館賽。問題就在,城裡的蟲系神奇寶貝們出現奇怪的反應。為了查明原因,小智他們展開共同行動,最後追到了地下水道。就在那裡,出現了一隻"蜈蚣神奇寶貝"百足蜈蚣。而且,牠就像亞堤說的一樣,情緒躁動又顯出強烈的敵意。而這個變異,隱藏著令人恐懼的事實!!
第23集 飛雲道館賽!
純情之心的蟲系神奇寶貝對戰!!
小智終於要與飛雲道館的道館訓練家•亞堤展開道館賽!擅長使用蟲系神奇寶貝的亞堤,在充滿綠意的道館迎接他們。他最初派出的神奇寶貝是石居蟹,小智則是穩紮穩打的派出暖暖豬。面對打算用炎系絕招一口氣決勝負的小智,亞堤的石居蟹展現出驚人的敏捷度,以強大的「岩石炮」擊倒暖暖豬!適性有利的暖暖豬失去戰鬥能力…。小智難以抵抗趁勝追擊的亞堤!比賽到底會變成怎樣呢!?
第24集 要小心可愛臉蛋! 被導電飛鼠電到發麻!!
在與白露同行前往雷文市的途中,"飛鼠神奇寶貝"導電飛鼠出現在小智一行人面前!導電飛鼠幫牙牙撿回樹果的可愛模樣,把神奇寶貝們都迷倒了。那可愛的模樣讓白露興奮不已,馬上決定要進行對戰收服牠!可是,導電飛鼠在對戰中使用迷人讓對手無法戰鬥,直接逃走了。白露急急忙忙追上去,但是牙牙不知道為什麼也一起追過去了。牠似乎是想要向幫了自己的導電飛鼠回禮。可是這隻導電飛鼠有著令人意想不到的秘密…。
第25集 導電飛鼠VS藤藤蛇!
交換伏特大混亂!!
艾莉絲才剛收服導電飛鼠,就馬上開始進行對戰特訓。可是,一開始和白露的泡沫栗鼠對戰,導電飛鼠就在沒有指示的狀況下使出「交換伏特」,和其他神奇寶貝交換!而且,牠的交換伏特有點奇特,就連小智和天桐的神奇寶貝都被拉出來交換!躲在樹上高高興興看大家慌成一團的導電飛鼠,似乎很愛惡作劇的樣子。牠使用迷人使喚異性神奇寶貝,又裝哭讓大家向牠道歉,為所欲為!但是,有隻以銳利眼神觀察這一切的神奇寶貝…。
第26集 燭光靈大宅的恐~怖故事!
以雷文市為目的地,持續旅行的小智一行人,因為突然下起大雨而四處找地方躲雨。接著小智他們總算找到一棟在山丘上的洋房,決定進去休息一下。但是這時候,書架和花瓶自己動了起來,開始攻擊小智一行人!大家一邊逃命,一邊靠皮卡丘的十萬伏特勉強甩開攻擊。其實這是"蠟燭神奇寶貝"燭光靈搞的鬼!發現這點的小智等人,追問燭光靈這麼做的原因。而透過螢幕監視他們的人影是…。這座宅第隱藏的恐怖秘密即將真相大白!
第27集
通往龍之大師之道!牙牙對赤面龍!!
在牙牙與滑頭小子進行對戰特訓時,森林中傳來神奇寶貝的吼叫聲。那聲音是"洞穴神奇寶貝"赤面龍發出來的!牠還突然使出集氣彈攻擊,讓小智一行人急忙閃避。這時候,有位追著赤面龍而來的訓練家。名叫艾咪的少女是赤面龍的訓練家,她似乎是跟丟了突然開始大鬧的赤面龍。對龍系神奇寶貝特別有興趣的艾莉絲靠近一看,發現赤面龍的腳上纏了粗重的鋼索。看來牠是因為這樣才開始大鬧的。看到艾莉絲的應對方式,艾咪拜託她教導自己龍系神奇寶貝的養育方法…。
第28集 消失的扇貝貝!水水獺最大的危機!!
朝雷文市繼續旅行的小智一行人,遇上帶著"帶電神奇寶貝"斑斑馬的訓練家•肯尼洋要求對戰!自願在這場對戰中出場的,竟然是水系的水水獺!牠幹勁十足,打算用自傲的扇貝貝把任何攻擊都打回去。水水獺在對戰剛開始的時候華麗的閃躲過電系絕招,但是在被斑斑馬威力強大的「連環腿」擊中時,重要的扇貝貝被打飛到很遠的地方去!水水獺與小智急忙跑去尋找,可是到處都找不到扇貝貝…。失去最大的武器,讓水水獺啞然失色。為了鼓勵水水獺,小智等人開始尋找可以代替扇貝貝的東西,可是…。
第29集 戀愛中的木棉球乘風飛翔!
小智他們像往常一樣進行特訓,結果有一隻"棉球神奇寶貝"木棉球跑了出來。照天桐的說法,這個時期木棉球會集體行動,然後成雙成對的踏上旅程。這隻木棉球似乎是和團體走散了。可是牠這樣是有理由的。滑頭小子在草叢的對面發現另一隻木棉球!看來最初遇到的木棉球,是因為喜歡上這一隻才追過來的。要得到芳心就得展現自己的堅強實力,這是木棉球的規矩。可是,最初遇到的那隻木棉球在對戰中被輕鬆打敗了。看到牠後悔不甘的樣子,小智一行人決定幫忙進行對戰特訓…。
第30集
小灰怪與不明飛行物體!
為了準備應付前往雷文市的漫長旅程,小智一行人沉沉睡去休養生息時,突然有發出驚人光芒的神秘飛行物體飛過,那行動看來就像幽浮一樣…。天亮之後,小智他們馬上四處打聽有關神秘飛行物體的情報,得知有位井守博士住在郊外的研究所。為了向他請教,大夥決定前往研究所,可是,到了門口的3人卻遇上不可思議的現象!腦中突然浮現從來沒有看過的影像!突然發生的事情讓大家感到不安,而且,有個在暗處觀察這狀況的身影。那是手上光點會不規則閃爍的"腦神奇寶貝"小灰怪…!
第31集 勁敵對戰!迷你冰、搬運小匠參戰!
小智一行人繼續旅行,在準備吃午餐的時候,意外遇到了帶著"新雪神奇寶貝"迷你冰,打算進行對戰收服藍蟾蜍的修帝!但是,小智打亂狀況,讓藍蟾蜍跑掉了。在修帝打算離開的時候,小智要求進行對戰。原本要拒絕的修帝,因為被艾莉絲笑他想逃走,答應進行3對3對戰!小智最先派出的是藤藤蛇!而修帝派出的是藤藤蛇的進化型,青藤蛇!第3次的勁敵對戰,會由誰獲勝!?
第32集 藍蟾蜍、泥巴魚!水邊的戰鬥!!
在與修帝對戰時,小智發現到水水獺的意外弱點,那就是「在水中睜不開眼睛」。為了立刻開始特訓,它們來到一個大水池!小智將其他同伴交給艾莉絲照顧,陪著水水獺特訓,但是卻一直沒有成果。同一時間,艾莉絲放任神奇寶貝四處玩耍,可是滑頭小子竟然對躲在草叢中的"蘑菇神奇寶貝"寶貝球菇"使出鐵頭功!結果,生氣的寶貝球菇對大家噴出毒粉末,讓大家都中毒倒地!附近沒有神奇寶貝中心,在這種危急狀況下,能依靠的只有水水獺…。最後到底會怎麼樣呢!?
第33集 龍之破壞者登場!艾莉絲與龍頭地鼠!!
在前往雷文市的旅途中,突然出現一名攔路挑釁的少女•藍葛雷。她的目標是來自龍之鄉的艾莉絲!藍葛雷似乎是被稱為「龍之破壞者」的冰系訓練家,而且好像是為了與艾莉絲對戰而刻意埋伏等待。受到囂張挑釁讓艾莉絲非常憤怒,決定答應進行對戰!藍葛雷派出的是"結凍神奇寶貝"凍原熊。艾莉絲則是理所當然地選了牙牙應戰!可是,不只是適性不佳,遇上凍原熊壓倒性的力量,牙牙一下子就失去戰鬥能力。懊悔不已的艾莉絲,對小智他們說出了藏在心裡的想法…。
第34集
石丸子!發射電炮光澤吧!
繼續踏上旅程前往雷文市的小智一行人,在某座森林休息。這時候,冒出了一隻"地幔神奇寶貝"石丸子,而且大鬧一場!牠的舉動挑起小智的收服意願,馬上派出水水獺、暖暖豬應戰,沒想到卻慘敗!最後還不得不到神奇寶貝中心去治療。石丸子看著一行人離去,而牠會大鬧似乎是有原因的…。結束治療後,大家與喬伊小姐聊天的時候,有位男性出現了。他好像是來為突然斷水的神奇寶貝中心維修管線。但是,建築物內都沒有問題,原因似乎出現洞窟的水源。而且,這個水源地似乎隱藏著不得了的秘密…!!
第35集 酒侍偵探天桐!差不多娃娃失蹤事件!
持續旅行的小智一行人,在濃霧瀰漫的森林中迷路了。這時眼前出現人影…。大夥兒為了問路靠過去,才發現那是"聽力神奇寶貝"差不多娃娃!可是,牠看起來不太對勁,完全無視小智他們,搖搖晃晃的走掉了。大家正急著要追上去時,君莎小姐卻像要攔路一樣的出現了。而且,她竟然還說要逮捕小智一行人!大家想盡辦法解開君莎小姐的誤會,向她打聽詳細的狀況。根據她的說法,城鎮裡各處的差不多娃娃都突然失蹤了!小智等人也決定協助處理這種異常狀態!可是,這個事件卻有著意想不到的結局…!!
第36集 化石復活!古代怪鳥始祖大鳥!
小智一行人,在某個城鎮與紅豆杉博士及真菰博士重逢。2位博士正打算以「羽之化石」讓"最古鳥神奇寶貝"始祖小鳥復活。將化石放入巨大機械中按下開關、靠夢夢蝕的能量將輸出力提高後,伴隨著機械中傳來的吵雜叫聲,一隻始祖小鳥出現了!只是,才剛醒過來、處於興奮狀態的始祖小鳥向各處胡亂使出「龍吸」!成功安撫始祖小鳥的是小智一行人。感情融洽的小智與始祖小鳥展開了飛上天的特訓,火箭隊卻在這時出現…。
第37集 釣魚酒侍•天桐登場!
繼續旅行的小智一行人,又遇到那個很吵鬧的人物…。被猛力撞上的小智,照例摔進了河中。一直鞠躬道歉的少女,原來是白露!她是為了報名參加附近城鎮的釣魚大賽而急著趕路。天桐一聽說這件事就徹底變臉!他似乎是熱愛釣魚到有了釣魚酒侍的別名。敗在幹勁十足的天桐的氣勢下,於是大家和白露一起去登記參賽。在河邊特別設置的會場裡,有一大群充滿活力的水系神奇寶貝!可是,這場釣魚大會隱藏了某個秘密…。
第38集 索羅亞電影!神奇寶貝騎士傳說!
小智他們在半路經過的電影院,有了驚人的邂逅!竟然有"惡狐神奇寶貝"索羅亞出現!訓練家路克總是用這隻愛變成電影女主角的索羅亞當主角拍電影,受到他的邀請,小智一行人也一起參加了電影拍攝!小智演出的,是為了解救索羅亞扮演的公主,勇敢對抗海盜天桐的神奇寶貝騎士!一邊為不習慣的演戲苦戰,一邊努力拍到了劇情高潮場景,也就是完成在傳說的龍之大師•艾莉絲指導下的修行,終於要與天桐決戰的時刻!可是這時候,出現意想不到的人來搗亂,讓電影陷入作廢的危機…!
第39集 全體集合!東•喬治對戰!
完成電影拍攝工作的小智一行人,為了參加東•喬治主辦的「東•喬治對戰」,與路克一起來到了雷文鎮。至今在旅途中遇到的訓練家們也都齊聚一堂!名字很容易叫錯的肯尼洋、神奇寶貝酒侍赤霞珠、龍之破壞者藍葛雷、吵吵鬧鬧的白露,還有勁敵•修帝!而且連天桐、艾莉絲與路克都決定參賽,小智的鬥志飆到最高點!伴隨著東•喬治的開賽宣言,對戰分組也陸續出爐。終於到了發表小智對戰對手的時候,螢幕上應出來的,竟然是…!
第40集 激戰東•喬治對戰!藤藤蛇VS駒刀小兵!!
雷文鎮的「東•喬治對戰」終於開始了。在神奇寶貝對戰俱樂部的東•喬治所主辦的這場對戰錦標賽中,小智與赤霞珠展開對戰!大顯身手的藍蟾蜍讓小智漂亮的通過第一輪。但是,從天桐VS修帝、白露VS肯尼洋開始,第一輪就接連出現火熱的對戰!繼藍葛雷、安東尼、小智之後,能夠晉級第2輪的究竟是誰…?接著發表的第2輪對戰分組,小智的對手出人意料的是…!而藤藤蛇也面臨危機!?小智能夠扳倒強敵、順利的打入東•喬治對戰的準決賽嗎?而最後獲勝的又會是誰…?
第41集 火熱的東•喬治對戰!導電飛鼠VS打擊鬼!!
雷文鎮神奇寶貝對戰俱樂部的東•喬治舉辦了對戰錦標賽「東•喬治對戰」。小智在第2輪與龍之破壞者•藍葛雷展開激戰,被逼入走投無路的絕境。藍葛雷的駒刀小兵銳利的攻擊,讓小智的藤藤蛇苦於應對。小智能夠突破這個危機,晉級準決賽嗎…!?隨後上場的是天桐VS路克、艾莉絲VS肯尼洋的對戰。天桐的泥巴魚與路克的燃燒蟲、艾莉絲的導電飛鼠與肯尼洋的打擊鬼火花四射的猛烈衝突!白熱化的對戰之後,贏得準決賽的人物,究竟是誰…!?
第42集 決戰 東•喬治對戰!小智對艾莉絲
東•喬治舉辦了對戰錦標賽「東•喬治對戰」。小智一路過關斬將,朝著決賽前進。接下來的準決賽第2場比賽是艾莉絲VS路克。艾莉絲的牙牙在大賽中初次參加對戰賽,路克的泥偶小人發出的連續攻擊令牠束手無策,陷入只能閃躲逃避的危機。可是,牙牙在緊要關頭使出了新絕招,漂亮的逆轉擊敗路克的泥偶小人,讓艾莉絲拿下通往決賽的門票。到了決賽,小智與艾莉絲展開了熾烈的對戰!小智•艾莉絲在決賽中會選擇什麼神奇寶貝!?稱霸命運之戰,成為東•喬治對戰優勝者的到底是誰!?
第43集 交涉喵•喵喵!頭巾混混說服作戰!!
小智他們為了達成得到第4個徽章的目標,繼續旅行前往下一間道館的所在地雷文市…可是,他們發現火箭隊的喵喵遍體鱗傷地倒在路邊。在小智等人的治療下,喵喵恢復了意識。喵喵說,牠是因為執行任務失敗而被總部宣布開除,與武藏、小次郎分道揚鑣,身心俱疲的四處流浪。看到喵喵這個樣子,小智、艾莉絲與天桐提議要牠跟大家一起旅行。喵喵也決定答應不再做壞事的約定,加入他們旅行。這時候,牙牙被頭巾混混綁走了…!?
第44集 小心扒手貓!喵喵與水水獺!!
因緣際會下開始與喵喵一起旅行的小智他們,遇上了一隻扒手貓。一眼就被"刁蠻神奇寶貝"扒手貓的可愛模樣迷倒,喵喵與水水獺竟然為了吸引扒手貓的注意,展開了追求大戰。扒手貓則對牠們表示自己的朋友被困在洞窟,拜託牠們前去幫忙。以前曾經在扒手貓手下吃過苦頭的天桐,表明了他不信任對方的立場。但是,小智和艾莉絲還有喵喵和水水獺相信扒手貓,決定跟著牠到洞窟去…!?
第45集 大宇怪與雙卵細胞球與夢境小偷!!
小智一行人帶著喵喵這個新成員,一起前往雷文市。因為天色暗了下來,一行人開始準備露營,喵喵則去尋找適合當柴火的樹枝。在喵喵找不太到適當枯枝的時候,"腦神奇寶貝"大宇怪出現,送給牠一整捆木柴。大宇怪表示「可以幫大家實現任何願望」,提供了現在正缺少的食材。看到這情景,天桐說出了希望在度假飯店套房好好睡一覺的願望。跟著大宇怪走的小智一行人,在應該什麼都沒有的森林中找到一家氣派的度假飯店。 雖然感到不可思議,他們還是住了下來,可是…!?
第46集 交涉喵•喵喵! 突破凍原熊的森林吧!
在前往雷文市的途中,小智一行人來到了某座山上。當他們在因為暴風雨而一片混亂的山路上前進時,發現了倒在路邊的"結冰神奇寶貝"噴嚏熊。為了讓噴嚏熊回復體力,大家分頭去找食物,但是就在終於找到樹果時,"結凍神奇寶貝"凍原熊出現了。喵喵以交涉喵的身分介入,想要安撫激動的凍原熊,可是凍原熊卻毫不留情地使出"凍風"攻擊過來。在山林保安官克力弗的神奇寶貝"武術神奇寶貝"功夫鼬幫忙下,驚險逃過一劫的他們,能夠順利讓噴嚏熊回到原本的族群嗎!?
第47集
疾奔!對戰地下鐵!(前篇)
第48集
疾奔!對戰地下鐵!(後篇)
抵達雷文市的一行人,搭乘地下鐵前往神奇寶貝中心。天桐這個地下鐵酒侍興奮不已地凝視著駕駛座,但是列車卻突然緊急停車。往窗外一看,隔壁的軌道上有從未見過的車型駛過。他們在查探時,與管理雷文市地下鐵的地下鐵總控官北尚、南廈會合。根據兩人的說法,最近出現了不在時刻表上的"幽靈列車"。雖然很在意幽靈列車的真面目,一行人還是前往神奇寶貝中心。聽說提供了平常的神奇寶貝中心沒有的,讓神奇寶貝身心都獲得療癒的特別服務,小智一行人決定把所有神奇寶貝都寄放在這,結果卻是!?
第49集 道館訓練家是超級模特兒!小菊兒登場!
小智等人為了得到第4個徽章,與白露來到雷文道館。雷文道館的道館訓練家,是使用電系神奇寶貝的當紅模特兒小菊兒。白露馬上就要求進行道館賽,沒想到到了對戰場地,卻發現白露的父親已經等在那裡要帶她回家。白露試著說服父親讓她繼續旅行,但是她父親卻完全聽不進去。這時候,小菊兒提議進行道館賽,讓白露的父親看看她有多少成長。接著白露答應了父親的條件,只要在與小菊兒的道館賽中輸了就會回家。於是,小菊兒的"雷電神奇寶貝"雷電斑馬與白露的"蝸牛神奇寶貝"小嘴蝸展開火熱的對戰。
第50集 雷文道館!華麗的電擊對戰!
小智在與小菊兒進行道館賽之前苦思對策。為了對抗小菊兒強大的電系神奇寶貝,他決定跳過難以讓小菊兒的神奇寶貝受到損傷的皮卡丘,另外挑選道館賽成員。這讓幹勁十足的皮卡丘感到不滿。接著,道館賽開始。面對小菊兒的"雷電神奇寶貝"雷電斑馬,小智派出"震動神奇寶貝"藍蟾蜍對抗。具有地上系屬性的藍蟾蜍讓雷電斑馬的電系絕招失效。藍蟾蜍就像小智預料的一樣,打贏了雷電斑馬。可是,面對下一個對手"飛鼠神奇寶貝"導電飛鼠,在第一場比賽消耗不少體力的藍蟾蜍似乎開始顯露疲態…!?