第1集 出發！？雙葉鎮到真砂鎮！
小光是住在神奧地方的十歲少女。今天是她以新人神奇寶貝訓練家身份出去冒險旅行的日子。她為了拿到第一隻神奇寶貝，朝向隔壁鎮的神奇寶貝研究所前進，但是中途卻迷了路。而此時，新人用的神奇寶貝，草苗龜、小火焰猴、波加曼，剛好在研究所內大打出手，導致研究所內的神奇寶貝們也竄逃出去…。
第2集 尋找皮卡丘！202號道路！
小光以祝慶市為目標旅行的途中，撞見了受傷的皮卡丘，本來想收服牠，但是卻發現皮卡丘已經是有訓練家的神奇寶貝。此時，火箭隊出現，開始攻擊皮卡丘，小光路見不平救了皮卡丘，而後她帶著體力耗盡的皮卡丘到神奇寶貝中心，並決定要幫皮卡丘尋找牠的訓練家。另一方面，在尋找皮卡丘的小智，遇上了君莎小姐，小智聽從君莎小姐的建議，先到了山梨研究所去，結果…。
第3集 勁敵對戰！三對三！！
使用剛收服到的姆克兒來找皮卡丘的小智，遇上了正在收服姆克兒的少年。雖然小智對於這個少年收服神奇寶貝的態度，感到很不悅，但是當少年提出要和小智做三對三的對戰時，小智因為身邊只有兩隻神奇寶貝所以無法跟他對戰。而此時，火箭隊剛好在附近襲擊皮卡丘，雖然皮卡丘用「伏特攻擊」還擊，但仍然敗給了火箭隊的新機器。發現「伏特攻擊」的電擊而趕到的小智，跳上機器想要救皮卡丘，企圖阻止他的火箭隊也因此自取滅亡。救回皮卡丘的小智在回到山梨研究所後…。
第4集 波加曼對含羞苞！小光的初次對戰！！
才剛開始一起旅行就已經鬧不合的小智與小光，小光幹勁十足地準備要收服野生的捲捲耳，但是因為小智在一旁多嘴，結果兩人就這樣吵了起來。而此時出現在他們面前的是帶著「花苞神奇寶貝」含羞苞的吟遊詩人「尚志」。小光想要讓小智認同自己的實力，於是就向尚志提出對戰比賽的邀請，不過…。
第5集 收服草苗龜吧！
在前往祝慶市的途中，皮卡丘被火箭隊的熱氣球帶走。小智在姆克兒幫助下，成功的擊落熱氣球。可是，熱氣球墜落的地方是在有點遠的湖泊邊，小智一行人立即往湖泊的方向跑去。另一方面，皮卡丘被野生的草苗龜搭救了。幹勁十足的草苗龜保護皮卡丘，趕走了火箭隊，甚至連隨後趕到的小智一行人也被牠誤會成敵人…。
第6集 迷幻之森！再次遇見真司！！
收服到新同伴草苗龜之後，繼續旅行的小智一行人，在他們面前出現了以前曾向小智挑戰的少年真司。他跟小智一樣計劃去鋼鐵道館挑戰，而他現在為了道館賽正在增加自己的戰力。於是小智使用草苗龜，真司使用小火焰猴來對戰。對戰中，火箭隊又過來搗蛋，使得小智一行人又分散開來…。
第7集 波加曼加油！！
以神奇寶貝華麗大賽為目標的小光，雖然對波加曼展開特訓，但是進行得不是很順利。這時候波加曼偷偷離開小智和小光等人，獨自進行特訓。然而，還是一直不斷地失敗。這時候，沼王、烏波、蚊香蝌蚪背著渾身是傷的哥達鴨出現在波加曼面前。哥達鴨好像是因為別的神奇寶貝搶了牠們的樹果，所以才受傷的。知道這件事的波加曼，對牠們表示「一切都交給我！」但是…。
第8集 神秘道館裡的不良蛙！
火箭隊的喵喵在便利商店買完東西之後，在商店門口看到一隻滿臉不高興、十分奇妙的神奇寶貝。喵喵在一瞬間和牠眼神相對之後，覺得牠形跡可疑而想要早點離開。可是那隻神奇寶貝，卻一副有氣無力的樣子一直跟在喵喵後面。覺得很不舒服的喵喵，雖然邁步逃命卻…。這隻神秘的神奇寶貝，牠的真面目究竟是？
第9集 和捲捲耳一起玩！？
小智一行人的旅程，總是從慌慌張張的早晨開始。小光唉唉叫著頭髮梳不順，小智則是被長尾怪手惡作劇，手忙腳亂地想要拿回自己的帽子。這時候，幫忙奪回帽子的皮卡丘一股腦地飛奔到車道上，正好迎面遇上君莎小姐的白色機車！眼看就要發生交通事故時，有人衝出來救了皮卡丘。展現出過人跳躍力的人物究竟是誰呢！？
第10集 神奇寶貝錶難以入手！？
小智一行人抵達了神奧地方最繁榮的大都會祝慶市。小光邊拿著雜誌邊尋找東西，她似乎是無論如何都想要得到現在最流行的便利手錶「神奇寶貝錶」。小光衝勁十足地說「絕對要得到手才行」，可是突然聽到神奇寶貝錶停止販售的消息，卻讓她心情低落。這個時候，在她的面前出現了溫柔的小丑…。
第11集 小光！首次的華麗大賽！！
小光即將在祝慶市，參加她的第一場神奇寶貝華麗大賽。雖然她換上了比賽用的禮服，情緒非常高昂，但卻因為把重要的首飾弄丟，在比賽之前就開始感到不安。之後，小光和波加曼為了參加大賽，以小智和皮卡丘為對手進行特訓，但是看到這個狀況的長尾怪手，突然打斷練習，展現了驚人的招式…。
第12集 華麗對戰賽！勁敵對決！！
參加神奇寶貝華麗大賽祝慶大會的小光和小智，平安地通過了第一次審查，晉級到第二次審查華麗對戰賽。小智信心滿滿地表示要照這樣一路贏下去，連鋼鐵道館的徽章也一起得到手，但是聽到他這麼說的少女小望卻對他說：「如果把目標放在道館，希望你不要來參加華麗大賽」…。
第13集 姆克兒加油！
在前往鋼鐵市的途中，小智和姆克兒為了準備挑戰神奧地方最初的道館賽，在森林裡進行特訓。他們在森林裡偶然遇見一位觀察兼管理森林中鳥神奇寶貝的女性「夕雁」。經由她的推薦，小智一行人也嘗試觀察鳥神奇寶貝的工作，但是狀況看起來很奇怪。依照夕雁的說法，最近森林裡的鳥神奇寶貝數量驟減，所以她正在調查原因。一行人決定要協助調查，結果卻遇上了意想不到的事件！
第14集 就交給小剛吧！
小智、小光和小剛一行人在前往鋼鐵市途中的山上，遇見了喬依小姐以及受傷的長鼻葉。畏懼人類的長鼻葉，不斷嚇阻喬依小姐。小剛活用了身為神奇寶貝培育家的經驗，讓長鼻葉解除警戒並接受他的治療。之後小剛還代替忙碌的喬依小姐，將這隻長鼻葉帶回牠所居住的大樹，但是途中，有人把長鼻葉和小剛的愛哭樹給抓走了。
第15集 鋼鐵道館！瓢太對抗真司！！
為了挑戰在神奧地方最初的道館賽，小智一行人來到了鋼鐵市，可惜的是道館訓練家外出了。一行人前往郊外的炭坑，並在那裡遇到一名和化石說話、不可思議的男子「瓢太」。原來他就是這個地方的道館訓練家。小智立刻向他要求進行道館賽，可是卻因為有人搶先一步挑戰，所以必須依序等待。而那名先到的人，竟然就是小智的勁敵真司！小智一行人觀摩了瓢太對真司的道館對戰賽，而他們所看到的是…。
第16集 頭蓋龍對抗皮卡丘！
真司早一步進行的驚人對戰，讓小智見識到道館訓練家瓢太的實力。隔天早上終於要輪到小智挑戰鋼鐵道館了！心想著瓢太所持有的神奇寶貝，小智雖然有些猶豫，但還是選出了三對三對戰賽的成員。然後，早晨來臨，他與瓢太的道館賽就這樣揭開序幕。瓢太使用的第一隻神奇寶貝，竟然是在對真司之戰時，最後才派出來的頭蓋龍！面對突然登場的強敵，小智到底該如何應戰！？然後就在同一時間，鋼鐵市的炭坑博物館出現了可疑的人影…。
第17集 古代神奇寶貝大進擊！
雖然努力奮戰，小智還是很可惜的敗給了道館訓練家瓢太。雖然小光勸他使用在關都或城都地方收服的神奇寶貝再度挑戰，但小智堅持「我絕對會用在神奧收服的成員獲勝給大家看的」。這時候，小剛對小智提議了某個練習方法。然後在同一時間，市區的炭坑博物館那裡，有古代神奇寶貝開始大鬧，造成一陣恐慌！到底是發生了什麼事情呢！？
第18集 再戰鋼鐵道館！決戰戰槌龍！！
小智在對付火箭隊的戰鬥中，從波加曼的動作得到攻略鋼鐵道館的訣竅。可是，道館訓練家瓢太的頭蓋龍竟然進化為戰槌龍，威力更加升級，變得更難對付了！然後，小智再度挑戰鋼鐵道館的時候終於又來了，面對瓢太拿出的第一隻神奇寶貝大岩蛇，小智派出皮卡丘應戰了！滿懷信心挑戰的小智，他的最後王牌到底是…？
第19集 收服到帕奇利茲…就沒問題了！？
小智一行人前往下一間道館的所在地百代市，在途中的草原上遇見了「電氣松鼠神奇寶貝」帕奇利茲。那可愛的外表和惹人憐愛的舉動讓小光對牠一見鍾情，決定無論如何都要收服牠而向牠挑戰。靠著波加曼和捲捲耳的努力，小光在苦戰之後總算是成功的收服了帕奇利茲。但是，這隻帕奇利茲卻有著令人頭大的個性！！
第20集 神奇寶貝獵人J！
在小智一行人面前，突然出現了一名乘著暴蠑螈的神祕女性。她是利用高科技機械將神奇寶貝如銅像般固定之後，再加以掠奪的邪惡的神奇寶貝獵人之一！目擊到搶奪神奇寶貝現場的小智，追上了獵人，沒想到不但遭受反擊，就連皮卡丘也被奪走了！為了擊潰神奇寶貝獵人的邪惡企圖，並且奪回皮卡丘，小智和同樣被搶走喵喵的火箭隊攜手合作，但是…。
第21集 最強的鯉魚王和最美麗的笨笨魚！
在前往百代市途中，再度造訪祝慶市的小智一行人，接受了祝慶電視台的街頭採訪。採訪記者告訴大家有個叫「B按鈕同盟」的社團，他們主張在不進化的情況下培養神奇寶貝，著重於磨練神奇寶貝的強韌度及美麗度，讓小智聽了非常感興趣。為了看看傳說中社團領導人所擁有的「最強的鯉魚王」和「最美麗的笨笨魚」，一行人前往「B按鈕同盟」所在的大樓，但是卻有別的自稱「C按鈕同盟」的集團出現…。
第22集 帕奇利茲對抗長尾怪手！華麗對戰賽！！
繼續旅行的小智一行人，在經過某個村莊時，知道村莊祭典上即將舉辦神奇寶貝華麗大賽，於是決定前往參加。小光鼓足幹勁，想要以才剛收服到的帕奇利茲出賽。不過途中，邊走邊玩的長尾怪手掉到懸崖下去了，然而把長尾怪手從生死危機中解救出來的，竟然是火箭隊的武藏…。
第23集 大鋼蛇失控！守護大牙狸的村落！！
小智一行人在寧靜的森林裡，遇到一隻受傷的大牙狸。這隻大牙狸，似乎是和同伴走散了，於是小智一行人決定送牠回到附近的瀑布去時，火箭隊就突然出現了！可是，他們感覺跟平常不太一樣。而跟在他們後頭出現的竟然是一隻怒氣沖天的大鋼蛇！而大鋼蛇扭動巨大軀體，根本不管四周是什麼只是一直攻過來！小智一行人和火箭隊一起慌張逃命，但是…。
第24集 對決！小智對皮卡丘！？
小智和小光在原野上進行神奇寶貝對戰練習時，突然出現一位女性拜託小智將皮卡丘借給她三天。詢問緣由之後，知道她和老奶奶一起經營蛋糕店，但是在店裡幫忙做蛋糕、名叫糖糖的皮卡丘卻突然不見了，這使得她們無法參加三天後要舉辦的點心大賽，而煩惱得不得了。雖然小智的皮卡丘裝成糖糖的樣子去幫忙老奶奶做蛋糕，但是他們真的能平安無事地迎接舉辦點心大賽的日子嗎？
第25集 怪傑羅絲雷朵與花之傳說！
小智一行人抵達即將舉辦神奇寶貝華麗大賽的苑之鎮了。那裡是個百花盛開的美麗城鎮，還流傳著以花為中心的不可思議傳說。就在那時小光發現有人開辦「麵寶製作教室」，於是便勸說小智他們也一起去參加。所謂的麵寶就是用樹果所製作的神奇寶貝點心，讓以參加華麗大賽為目標的神奇寶貝們吃下的話，就會產生不同的效果。在有「捧花神奇寶貝」羅絲雷朵負責照顧花朵的花店裡，小智一行人立即開始挑戰製作麵寶，但是卻有可疑的身影正在看著他們…。
第26集 神奇寶貝華麗大賽！苑之大會！！
隔天就要參加神奇寶貝華麗大賽苑之大會的小光，正請皮卡丘當教練幫帕奇利茲進行特訓。而此時，偶然經過附近的少年，很親暱地跑來打招呼。原來他是小光的青梅竹馬「健悟」。他比小光還早出發旅行，而且已經讓最初得到的波加曼進化為波皇子了，是個實力相當強的對手。看輕小光的健悟拒絕了小光的對戰挑戰，反倒向小智挑釁。小智接受了健悟的挑戰，於是皮卡丘將和波皇子戰鬥。究竟這場對戰會有什麼結果？還有小光對華麗大賽的挑戰到底會如何演變呢？
第27集 決戰！波加曼對抗波皇子！！
小光和帕奇利茲參加神奇寶貝華麗大賽苑之大會，一開始就遇上料想不到的意外。雖然小光臨機應變，驚險地完成表演，但是其他參加者也相當強，要通過審查似乎是個難關。然後，小光的青梅竹馬「健悟」也開始表演了。健悟派出的神奇寶貝是「念力神奇寶貝」胡地。他們精采的搭檔表演吸引了觀眾的目光。究竟小光能不能通過第一次審查，晉級到下一個階段呢？
第28集 飄飄球與北風的使者！
朝著百代市繼續旅行的小智一行人，中途到了某個村子的神奇寶貝中心。那是個由
第29集
小智與小光！打雙打對戰沒問題！？小智一行人在旅行途中，接受了電視節目「神奧NOW！」的記者「由佳」的訪問。據說她和工作人員，是要去採訪聚集在附近露營區的那些自信滿滿的神奇寶貝訓練家。小智和小光也立刻就開始尋找能一試身手的對戰對手，就在此時，他們聽到有亂強一把的訓練家二人組的傳聞。前去找人的小智一行人遇見的是已經對戰16連勝的雙胞胎兄弟，勇崎和勇武。小智和小光決定要與他們進行雙打對戰，但是臨時組成的拍檔究竟能不能與他們相抗衡呢？
第30集 百代森林！結草兒進化作戰！！
朝向下一座城鎮前進的小智一行人，來到位於半途的百代森林，並在大樹下遇見了帶著「蛋神奇寶貝」吉利蛋、名叫芽米的女性。她把「甜蜜」塗在大樹上，正在收服因此被吸引過來的「包葉蟲神奇寶貝」結草兒。詢問之下，才知道芽米是為了尋找存在於這座森林深處的「可怕的甜蜜」而來。據說這種效果是「甜蜜」的數萬倍的蜜，就存在於森林中還沒有任何人涉足過的地方。被芽米挑起冒險心的小智一行人，打算和她共同行動，但是…。
第31集 草苗龜對草苗龜！速度對決！！
小智一行人和在百代森林認識的芽米一同尋找傳說中的「可怕的甜蜜」，但是卻在森林中迷路，遲遲找不到目標。這時候，突然冒出了一位男孩子氣的大姐姐。她一看見小智的草苗龜，就情緒高昂地要求進行2對2的神奇寶貝對戰。面對接受對戰的小智所使用的草苗龜，那位大姐姐所使用的是「櫻桃神奇寶貝」櫻花寶。可是，櫻花寶很快就和第二隻神奇寶貝換手了。而那隻神奇寶貝，竟然是和小智一樣的草苗龜！能打贏這場對戰的究竟會是…！？
第32集
琥珀之城的蜂后！小智一行人得到發現「可怕的甜蜜」的重要線索之後，跟在三蜜蜂後頭，往森林深處前進。在三蜜蜂最後飛到的地方有一座大瀑布，而在那後面竟然隱藏著洞窟的入口！在黑暗之中，小智一行人仰賴皮卡丘的鼻子所嗅到的些微甜味前進。在洞窟深處等待著他們的驚人之物為何？小智一行人可以平安達成目的，並脫離洞窟嗎？
第33集 我喜歡！神奇寶貝扮演大會！！
小智一行人正巧遇上熱門電視節目的特別企劃「神奇寶貝扮演大會」簡稱為「神奇扮演」的活動轉播現場。節目的內容是讓神奇寶貝藉由化妝或扮裝的方式扮演成其他的神奇寶貝，並且競爭其扮演相似度，是個像熱鬧慶典的綜藝節目。小智聽說優勝者可以獲得神奇寶貝蛋之後，馬上就讓皮卡丘登記參賽，但是小光和小剛也是鬥志十足！而且，因為火箭隊聽到傳聞後也跑來參加比賽，簡直是糟透了！這個胡搞瞎搞的節目，究竟會變成什麼樣子！？
第34集 泳氣鼬！邁向最強之路！！
小智一行人在森林中，遇見一群帶著負傷的神奇寶貝的訓練家。詢問之下，原來是附近的河邊有非常強大的泳氣鼬出沒，並且接連打敗牠所挑釁的對戰對手。「既然是那麼強的泳氣鼬，那我就要收服牠」，小智幹勁十足地往河邊去，卻在那見到小光的勁敵「小望」的身影。她似乎也已經打算要收服泳氣鼬…。
第35集 四天王悟松與青銅鐘！
小智一行人在前往百代市的旅途中，為了讓在對戰特訓後感到疲累的神奇寶貝們休息，就到順路的神奇寶貝中心去。候診室的電視正好在播放著神奇寶貝對戰的畫面，四天王悟松正展開令人讚嘆的神奇寶貝對戰。小智和小光，都受到對戰的驚人水準吸引而看電視看得出神，但是突然聽到人聲轉頭一看，悟松本人竟然就在身旁！雖然小智立刻就提出對戰邀約，但悟松卻給了他意外的答覆。
第36集 神奧時空傳說！
抵達百代市的小智一行人，在百代的歷史博物館裡被捲入強盜事件之中。犯人在光天化日之下將展示於博物館內的秘寶「金剛玉魂」給奪走了。趕到現場的君莎和「臭鼬神奇寶貝」臭鼬噗一起封鎖了博物館，然而逮捕到的人，竟然是以前在旅途中認識的神奇寶貝吟遊詩人「尚志」！尚志本人當然否認犯案、湊巧在現場的道館訓練家「菜種」也主張他無罪，但尚志完全被當成犯人，所說的話完全不被相信。就在這時候，隨著「我有異議！」的聲音，另一位君莎出現了！
第37集 百代道館！對抗菜種！！
小智終於要在百代道館挑戰道館對戰賽了，對手是身為草系神奇寶貝使用者的道館訓練家菜種。菜種派出的第一隻是「櫻桃神奇寶貝」的櫻花寶，而小智則是派出了草苗龜。草木茂盛，沒有屋頂的對戰場地對草系神奇寶貝來說是絕佳的條件。究竟小智能不能，一雪之前敗給菜種的前恥，得到在神奧地方的第二個道館徽章呢！？
第38集 爆誕！單車路！！
朝向下一個目的地，緣之市前進的小智一行人，騎著腳踏車奔馳在單車路上。因為天氣開始變壞，所以一行人往位在單車路附近的神奇寶貝中心去，但在同一時間，小剛帶著的蛋似乎就快要孵化出神奇寶貝了。一行人急忙趕到神奇寶貝中心時，映入他們眼中的是蕭條的神奇寶貝中心，以及失去自信、意志消沉的喬伊小姐。小剛要把蛋交給失意的喬伊小姐照顧，但是…。
第39集 皮卡丘留守記！
在前往緣之市的路途中，遇上大河的小智一行人，決定搭觀光用的蒸汽船來移動。為了讓神奇寶貝們欣賞從甲板上所看到的漂亮風景，小智一行人將他們持有的神奇寶貝全都從神奇寶貝球裡放了出來。結果，大家都興奮得不得了。因為還要一段時間才會開船，所以小智、小光和小剛決定到附近的商店去買東西。這段時間，由皮卡丘牠們在船上留守，但是訓練家一不在，帕奇利茲牠們就開始瘋狂大鬧！事情到底會變成怎樣！？
第40集
冠軍•竹蘭登場！小智一行人以神奇寶貝道館和華麗大賽會場的所在地、緣之市為目標持續旅行。途中，他們聽說比神奧地方的四天王更強的冠軍「竹蘭」來到了附近。穿過聚集在附近公園裡的圍觀人群後，小智一行人看到了竹蘭的身影。然而同時映入眼簾的人物，竟然是宿敵真司！真司無所畏懼的挑戰地位崇高的竹蘭，要求進行神奇寶貝對戰。從容接受挑戰的竹蘭派出烈咬陸鯊，真司則是派出小火焰猴！究竟在這場對戰中，真司會有勝算嗎！？
第41集 小光與小望與雙人演出！
旅行途中，在森林裡突然有夢妖和魅力喵出現在小智一行人面前。在這些似曾相識的神奇寶貝帶領之下，一行人前進到最後居然發現腳受傷的小望。緊急治療之後，小智一行人把小望送回她在附近搭的帳篷。小光這時候才從小望口中得知，下次的神奇寶貝華麗大賽「緣之大會」的第一次審查和第二次審查，都得使用兩隻神奇寶貝來挑戰雙人演出。面對沒有雙人演出經驗而感到不安的小光，小望提議要一起練習，但是…。
第42集 落雷獸訓練中心！
以緣之市為目標持續旅行的小智一行人，在寬廣的原野當中遇上了連續的雷擊。慌忙逃命的小智一行人，見到了「閃電神奇寶貝」落雷獸的身影，而雷擊正是牠的傑作。這時出現一位名叫裕輔的青年，他是神奇寶貝訓練師，正在幫落雷獸做控制雷電的訓練，但是落雷獸卻不聽使喚。看見這情況的小剛，主動提議要照顧落雷獸。究竟，這隻連專家都感到棘手的落雷獸，小剛能夠成功地幫牠完成訓練嗎？
第43集 夢妖魔！從惡夢中逃脫！！
在旅行的途中，小智一行人在迷路的狀況下迎接夜晚的到來，並且因為下雨的關係躲入附近朽爛的門廊下。這一躲，才詭異的發現門的對面完全沒有下雨。雖然小智一行人通過充滿謎團的門向前走，然而等待著他們的，竟是愛死小剛的
第44集 幫助迷路的怪河馬！
小智一行人在旅途中，發現了困在高聳懸崖半空中而動彈不得的「河馬神奇寶貝」怪河馬。雖然一行人總算是成功幫助怪河馬脫困，但沒有安心多久，祝慶電視台的採訪人員就出現了！原來他們在為節目拍攝追蹤怪河馬生態的紀錄片時，發現有一隻怪河馬走散，然後在尋找途中遇到了小智一行人。為了讓迷路的怪河馬回到同伴身邊，小智一行人決定要幫忙，但是…。
第45集 獵人Ｊ再度現身！保護盾甲龍！！
以成為神奇寶貝大師為目標，在神奧地方旅行的小智一行人。又再度遇上神奇寶貝獵人Ｊ為惡的場面。這次獵人Ｊ受集團委託要抓盾甲龍，此時小茂也出現並且保護盾甲龍不被獵人Ｊ抓走，但是仍然有一隻盾甲龍不小心被捕獲走，小智一行人決定侵入獵人Ｊ的飛船中救出盾甲龍，到底小智一行人有辦法將獵人Ｊ的計畫給破壞嗎？
第46集 迷宮內大洗牌！全員齊心協力！！
旅途當中，小光得到情報指出，可以在森林對面的神奇寶貝中心取得神奇寶貝錶的新的應用程式。可是，追加應用程式的限定優惠時段只到今天傍晚！！為了趕時間，小光和小智一行人決定穿越聽說是捷徑的洞窟。但是突然間，他們在洞窟裡遭到成群的隆隆石和隆隆岩襲擊，小智一行人和神奇寶貝們，全都分散開來了。而且在洞窟外頭，是一座岩石迷宮。究竟小智一行人能夠平安脫離迷宮，得到神奇寶貝錶的新的應用程式嗎？
第47集 小麥與凱西與水底！
小智一行人在旅途中，被帶著「念力神奇寶貝」凱西、名叫小麥的女孩子搭訕。她竟然主動說要用凱西的瞬間移動帶大家到緣之市去。覺得很幸運的小智一行人，在瞬間移動之後，出現在他們眼前的卻只有一座湖。向小麥詢問理由之後，才知道她想要到沉入湖底的學校去尋找神奇寶貝球…。
第48集 神奇寶貝華麗大賽！緣之大會！！
終於抵達緣之市的小智一行人，和神奇寶貝吟遊詩人「尚志」久違重逢。看來，他好像也要和「蟋蟀神奇寶貝」音箱蟀一起參加華麗大賽。而且，華麗大賽會場前方的廣場，因為在練習雙人演出的協調訓練家們而變得非常熱鬧。其中，也包括想以魅力喵與無殼海牛來贏得優勝的小望。這次的緣之大會，是使用兩隻神奇寶貝的雙人演出，以及雙人對戰！在強敵環繞的大會中，小光能夠贏得第二個緞帶勳章嗎？
第49集 全員參加！雙打對戰！！
小智一行人總算是抵達了緣之市。然而，緣之道館的道館訓練家外出旅遊了，所以道館賽只好延期。取而代之的，是大家一起參加緣之市有名的雙打對戰大會。為期三天的大會中，集合在會場的神奇寶貝訓練家將以登記參賽時拿到的卡片為依據組成雙打，以贏得優勝為目標，就像是神奇寶貝聯盟一樣熱鬧非凡！小光是和自稱擁有必勝神奇寶貝對戰方程式的考平一組，而小剛則是與帶著長翅鷗的美麗大姐姐焰華搭檔。然後，被選為小智搭檔的人，竟然是宿敵真司！
第50集 小火焰猴對抗貓鼬斬！命運的對戰！！
步調無法一致的小智與真司這組雙打，有驚無險的打贏了第一輪。為了準備第二輪比賽，真司強迫小火焰猴進行更加嚴格的訓練。小智一行人看不下去，於是質問真司為什麼要把小火焰猴逼到那種地步。一問之下，真司靜靜的道出他與小火焰猴的相遇、以及「貓鼬神奇寶貝」的貓鼬斬與小火焰猴的過去…。