莉可是來自帕底亞地區的一位少女，她就讀關都地區的全寄宿學校石英學園。莉可拿到第一隻寶可夢新葉喵後非常高興，但新葉喵卻完全不聽她的話，莉可為了能夠與新葉喵加深牽絆而不停努力著。同時，為了獲取莉可所佩戴的「神秘墜飾」而尋找她的一群可疑人物也出現了？！
為了獲得莉可所佩戴的「神秘墜飾」，名為「探夢隊」的神秘組織對莉可進行追捕。這時一位叫做弗里德的人與他的噴火龍一起從天而降救下了莉可，但莉可不敢信任他。等待他們的是弗里德的夥伴「昇龍伏特攻擊隊」和他們乘坐的飛船「英勇淺蔥號」！！
沒想到新葉喵被探夢隊給抓走了，莉可想要把新葉喵奪回來，弗里德等人也決定幫助她。莉可和弗里德找到了探夢隊的藏身之地，但探夢隊的艾梅吉歐已經在那裡等著他們了！莉可能夠成功把新葉喵帶回來嗎？！
昇龍伏特攻擊隊的英勇淺蔥號發生故障而迫降在關都地區的一座孤島上。之後他們發現飛船上的呆火鱷不知何時突然失蹤了。為了尋找呆火鱷，莉可和新葉喵登上了島嶼。另一方面生活在孤島上的少年羅伊目擊到一隻從未見過的神秘寶可夢！！
想再次見到呆火鱷的羅伊來到昇龍伏特攻擊隊的飛船上。但是因為運氣不佳，他沒能見到呆火鱷。眼看出航的時刻即將到來，他們究竟是否可以再次相見？就在這時，艾梅吉歐率領的探夢隊潛水艇正在接近飛船？！
探夢隊為了奪取莉可持有的墜飾再次登上了孤島，並且擋在昇龍伏特攻擊隊的面前。莉可和羅伊相互配合，依靠新葉喵和呆火鱷的組合奮力抵抗，但艾梅吉歐與鋼鎧鴉趁隙朝他們逼近。就在這時，莉可的墜飾再次發光，在此同時羅伊持有的「遠古精靈球」也發生了變化？！
昇龍伏特攻擊隊繼續他們在空中的旅程。莉可和羅伊為了想在對戰中變得更強，接受了船長皮卡丘的特訓。在強大無比的船長皮卡丘面前，新葉喵和呆火鱷完全不是對手。不過從與船長皮卡丘的特訓中，莉可注意到了一些細節。
昇龍伏特攻擊隊飛船上的食物即將耗盡。到底是誰一直在偷吃……？在別無選擇之下，大家只能分頭去購買食物，以便補充糧食。另一方面在大家不在的時候，被安排看守飛船的莉可，很高效地完成她洗衣打掃的工作。之後她前去一窺從羅伊那裡打聽到的「特別秘密」。
昇龍伏特攻擊隊終於抵達莉可的家鄉帕底亞地區。莉可的父親亞歷克斯出來迎接莉可、弗里德和羅伊他們。然而回到久違的家裡放鬆的莉可，不經意間聽到亞歷克斯「希望她今後能一直待在家裡」的心裡話。莉可剛開始沒多久的冒險難道要在這裡結束嗎？
在莉可的父親亞歷克斯的指引下，莉可和羅伊前往深缽鎮拜訪道館館主寇沙。兩人在深缽鎮遇到了冠軍級訓練家妮莫！莉可和羅伊跟著妮莫一起前往拜訪寇沙，不料道館目前卻是關著的……？！寇沙到底發生了什麼……？
莉可與羅伊正前往寇沙所說的遇到黑色烈空坐的森林，昇龍伏特攻擊隊的莫麗也決定和他們一起同行。途中三人目睹了山火帶來的殘跡，但他們的目的地竟然還保留了下來沒有被燒毀。莉可等人開始尋找烈空坐，但不久後三人就走散了。就在這時，住在森林裡的奧利瓦也有了動靜……？
莉可與羅伊再次親眼看到了森林大火帶來的慘狀。為了在那邊生活的野生寶可夢，莉可決定讓森林恢復生機。莉可他們藉助昇龍伏特攻擊隊同伴的力量，埋下樹的果實，耕地……奮力地行動著。看到他們辛勤工作的奧利瓦發生了奇怪的變化。就在這時，莉可的墜飾再次發光了。
得知莉可的外婆在伽勒爾地區後，一行人立即出發，然而沒想到飛船的控制系統發生了故障。昇龍伏特攻擊隊決定在系統恢復前進行一次野餐。莉可和其他人一起享受著做三明治的樂趣，但她心裡一直牽掛著留在飛船上的小點……
羅伊和呆火鱷對在野餐時見到的那隻奇怪的電海燕感到非常好奇，決定再去看看。為什麼這隻電海燕會離群獨處，這其中到底是什麼原因？另外一邊，昇龍伏特攻擊隊的寶可夢博士弗里德發現有一隻可疑的寶可夢出現在飛船附近。當他朝著那隻轉身逃走的寶可夢追過去時，又會有什麼在等著他？！
莉可外出購物時失蹤了！昇龍伏特攻擊隊通過小點在網絡上搜集到的情報在深缽鎮內尋找，卻沒有找到她……察覺到有無形敵人存在的他們開始感到緊張起來。而身為搜尋王牌的小點為了加快搜尋速度，竟然聯繫到了釀光市的道館館主兼人氣動畫直播主奇樹？！
莉可的墜飾不知被誰搶走了。昇龍伏特攻擊隊推斷罪魁禍首仍在附近，於是展開了將其奪回的行動。而正在尋找墜飾的莉可一行人，突然發現和遠古冒險者露西昂司一起旅行的「六英雄」寶可夢之一的奧利瓦的遠古精靈球發出了光芒。這道光指向的地方是……？！
羅伊的電海燕與呆火鱷時常在爭吵，因為無法解開兩隻寶可夢的心結而感到苦惱的羅伊，這時他希望通過讓它們並肩作戰挑戰船長皮卡丘來加深它們之間的感情。但是它們在戰鬥中也無法默契配合，結果再次發生爭執。就在同時，航行中的英勇淺蔥號即將遭遇亂流……
船長皮卡丘竟然會飛上高空？在對戰時，船長皮卡丘看起來就很像在空中飛翔。為了想知道這個秘密，莉可和羅伊向弗里德詢問，但似乎得不到一個答案。在奧莉歐等同伴的幫助下，弗里德終於拗不過，說出了他和船長皮卡丘邂逅的故事。而這也是昇龍伏特攻擊隊建立的秘密……
莉可和羅伊一行人抵達了伽勒爾地區。得知莉可的外婆黛安娜在一座古城中，眾人決定離開飛船經由陸路前往。然而由於火車停開，他們決定在機擎市度過空閒時間。莉可與羅伊跟著馬德克一起前往對戰咖啡館。在那裡，他們遇見了馬德克以前的同事糕點師米切爾。但是兩個人之間好像有一段什麼恩怨……？
莉可與羅伊遇見了機擎市道館館主卡蕪。他們得知卡蕪是來自於豐緣地區，認為他可能知道同樣也來自豐緣地區的傳說寶可夢烈空坐，因此向他詢問。卡蕪被他們的精神感動，決定對他們進行訓練。人生就是修行不止，至死方休！卡蕪的火之特訓，現在開始！！