莉可是來自帕底亞地區的一位少女，她就讀關都地區的全寄宿學校石英學園。莉可拿到第一隻寶可夢新葉喵後非常高興，但新葉喵卻完全不聽她的話，莉可為了能夠與新葉喵加深牽絆而不停努力著。同時，為了獲取莉可所佩戴的「神秘墜飾」而尋找她的一群可疑人物也出現了？！
為了獲得莉可所佩戴的「神秘墜飾」，名為「探夢隊」的神秘組織對莉可進行追捕。這時一位叫做弗里德的人與他的噴火龍一起從天而降救下了莉可，但莉可不敢信任他。等待他們的是弗里德的夥伴「昇龍伏特攻擊隊」和他們乘坐的飛船「英勇淺蔥號」！！
沒想到新葉喵被探夢隊給抓走了，莉可想要把新葉喵奪回來，弗里德等人也決定幫助她。莉可和弗里德找到了探夢隊的藏身之地，但探夢隊的艾梅吉歐已經在那裡等著他們了！莉可能夠成功把新葉喵帶回來嗎？！
昇龍伏特攻擊隊的英勇淺蔥號發生故障而迫降在關都地區的一座孤島上。之後他們發現飛船上的呆火鱷不知何時突然失蹤了。為了尋找呆火鱷，莉可和新葉喵登上了島嶼。另一方面生活在孤島上的少年羅伊目擊到一隻從未見過的神秘寶可夢！！
想再次見到呆火鱷的羅伊來到昇龍伏特攻擊隊的飛船上。但是因為運氣不佳，他沒能見到呆火鱷。眼看出航的時刻即將到來，他們究竟是否可以再次相見？就在這時，艾梅吉歐率領的探夢隊潛水艇正在接近飛船？！
探夢隊為了奪取莉可持有的墜飾再次登上了孤島，並且擋在昇龍伏特攻擊隊的面前。莉可和羅伊相互配合，依靠新葉喵和呆火鱷的組合奮力抵抗，但艾梅吉歐與鋼鎧鴉趁隙朝他們逼近。就在這時，莉可的墜飾再次發光，在此同時羅伊持有的「遠古精靈球」也發生了變化？！
昇龍伏特攻擊隊繼續他們在空中的旅程。莉可和羅伊為了想在對戰中變得更強，接受了船長皮卡丘的特訓。在強大無比的船長皮卡丘面前，新葉喵和呆火鱷完全不是對手。不過從與船長皮卡丘的特訓中，莉可注意到了一些細節。
昇龍伏特攻擊隊飛船上的食物即將耗盡。到底是誰一直在偷吃……？在別無選擇之下，大家只能分頭去購買食物，以便補充糧食。另一方面在大家不在的時候，被安排看守飛船的莉可，很高效地完成她洗衣打掃的工作。之後她前去一窺從羅伊那裡打聽到的「特別秘密」。
昇龍伏特攻擊隊終於抵達莉可的家鄉帕底亞地區。莉可的父親亞歷克斯出來迎接莉可、弗里德和羅伊他們。然而回到久違的家裡放鬆的莉可，不經意間聽到亞歷克斯「希望她今後能一直待在家裡」的心裡話。莉可剛開始沒多久的冒險難道要在這裡結束嗎？
在莉可的父親亞歷克斯的指引下，莉可和羅伊前往深缽鎮拜訪道館館主寇沙。兩人在深缽鎮遇到了冠軍級訓練家妮莫！莉可和羅伊跟著妮莫一起前往拜訪寇沙，不料道館目前卻是關著的……？！寇沙到底發生了什麼……？
莉可與羅伊正前往寇沙所說的遇到黑色烈空坐的森林，昇龍伏特攻擊隊的莫麗也決定和他們一起同行。途中三人目睹了山火帶來的殘跡，但他們的目的地竟然還保留了下來沒有被燒毀。莉可等人開始尋找烈空坐，但不久後三人就走散了。就在這時，住在森林裡的奧利瓦也有了動靜……？
莉可與羅伊再次親眼看到了森林大火帶來的慘狀。為了在那邊生活的野生寶可夢，莉可決定讓森林恢復生機。莉可他們藉助昇龍伏特攻擊隊同伴的力量，埋下樹的果實，耕地……奮力地行動著。看到他們辛勤工作的奧利瓦發生了奇怪的變化。就在這時，莉可的墜飾再次發光了。
得知莉可的外婆在伽勒爾地區後，一行人立即出發，然而沒想到飛船的控制系統發生了故障。昇龍伏特攻擊隊決定在系統恢復前進行一次野餐。莉可和其他人一起享受著做三明治的樂趣，但她心裡一直牽掛著留在飛船上的小點……
羅伊和呆火鱷對在野餐時見到的那隻奇怪的電海燕感到非常好奇，決定再去看看。為什麼這隻電海燕會離群獨處，這其中到底是什麼原因？另外一邊，昇龍伏特攻擊隊的寶可夢博士弗里德發現有一隻可疑的寶可夢出現在飛船附近。當他朝著那隻轉身逃走的寶可夢追過去時，又會有什麼在等著他？！
莉可外出購物時失蹤了！昇龍伏特攻擊隊通過小點在網絡上搜集到的情報在深缽鎮內尋找，卻沒有找到她……察覺到有無形敵人存在的他們開始感到緊張起來。而身為搜尋王牌的小點為了加快搜尋速度，竟然聯繫到了釀光市的道館館主兼人氣動畫直播主奇樹？！
莉可的墜飾不知被誰搶走了。昇龍伏特攻擊隊推斷罪魁禍首仍在附近，於是展開了將其奪回的行動。而正在尋找墜飾的莉可一行人，突然發現和遠古冒險者露西昂司一起旅行的「六英雄」寶可夢之一的奧利瓦的遠古精靈球發出了光芒。這道光指向的地方是……？！
羅伊的電海燕與呆火鱷時常在爭吵，因為無法解開兩隻寶可夢的心結而感到苦惱的羅伊，這時他希望通過讓它們並肩作戰挑戰船長皮卡丘來加深它們之間的感情。但是它們在戰鬥中也無法默契配合，結果再次發生爭執。就在同時，航行中的英勇淺蔥號即將遭遇亂流……
船長皮卡丘竟然會飛上高空？在對戰時，船長皮卡丘看起來就很像在空中飛翔。為了想知道這個秘密，莉可和羅伊向弗里德詢問，但似乎得不到一個答案。在奧莉歐等同伴的幫助下，弗里德終於拗不過，說出了他和船長皮卡丘邂逅的故事。而這也是昇龍伏特攻擊隊建立的秘密……
莉可和羅伊一行人抵達了伽勒爾地區。得知莉可的外婆黛安娜在一座古城中，眾人決定離開飛船經由陸路前往。然而由於火車停開，他們決定在機擎市度過空閒時間。莉可與羅伊跟著馬德克一起前往對戰咖啡館。在那裡，他們遇見了馬德克以前的同事糕點師米切爾。但是兩個人之間好像有一段什麼恩怨……？
莉可與羅伊遇見了機擎市道館館主卡蕪。他們得知卡蕪是來自於豐緣地區，認為他可能知道同樣也來自豐緣地區的傳說寶可夢烈空坐，因此向他詢問。卡蕪被他們的精神感動，決定對他們進行訓練。人生就是修行不止，至死方休！卡蕪的火之特訓，現在開始！！
根據卡蕪提供的情報，莉可和羅伊一行人前往伽勒爾礦山尋找黑色烈空坐。在路上，他們發現了一隻昏迷的迷布莉姆。莫麗診斷它因為「心的問題」而無精打采；換句話說，這隻迷布莉姆可能是因為不斷捕捉到周圍生物的感受而受傷。莉可不忍心丟下迷布莉姆不管，決定獨自照顧牠……？！
莉可和羅伊一行人為了尋找黑色烈空坐而再次來到伽勒爾礦山。莉可和羅伊在探索時聽到奇怪的聲音而前往深處。在那裡，他們居然發現了不知出於什麼原因而耗盡氣力、失去精神的人和寶可夢！與此同時，探夢隊的艾梅吉歐一行人也追著黑色烈空坐而來到礦山……
在伽勒爾礦山裡出現的並不是黑色烈空坐，而是和遠古冒險者露西昂司同行的六英雄寶可夢之一「持有遠古精靈球」的伽勒爾火焰鳥！莉可他們嘗試通過某種方法接近燃燒著憤怒之火、令人不敢接近的伽勒爾火焰鳥。「贏得對戰並不是寶可夢訓練家的唯一道路」，道館館主卡蕪的話所啟發的究竟會是怎樣的策略？
莉可的墜飾變成了一隻神秘的寶可夢。為了得知它的真實身份，莉可一行人前往她的外婆黛安娜的所在處，最終在一座隱蔽的古城裡和她重逢。黛安娜提到了露西昂司的冒險故事以及神秘的寶可夢「太樂巴戈斯」。與此同時，跟蹤莉可等人的探夢隊的艾梅吉歐一行人正朝著古城逼近……
艾梅吉歐一行人為了搶奪太樂巴戈斯而出現了。在古城中展開一場激烈的戰鬥！有過多次交鋒的弗里德和艾梅吉歐這次會分出勝負嗎？還有經過無數歷練的莉可和羅伊能否擊退吉爾和可妮亞？此外，探夢隊的漢貝爾、姍瑚與昂尼斯也加入戰鬥之中？！
莉可的外婆黛安娜也來到了飛船上，昇龍伏特攻擊隊繼續著他們在空中的航程。長時間沉睡的太樂巴戈斯因為從未見過飛船，所以在飛船上四處探索，把莉可折騰得手忙腳亂。另一方面，新葉喵似乎對只關心太樂巴戈斯的莉可感到不大高興……
根據小點獲得的關於烈空坐的最新目擊情報，昇龍伏特攻擊隊一行人來到伽勒爾地區的曠野地帶。只是可惜情報是假的……小點對此感到沮喪，而莉可建議一起做咖哩來消遣，於是他們決定在曠野地帶休息。與此同時，探夢隊總部的幹部們也集結到了一起。
莉可、羅伊、弗里德拜訪了黛安娜的熟人泰彭的古董店。他們希望能夠獲得有關遠古精靈球的情報，但是詢問後也得不到任何答案。正當莉可他們打算返回飛船時，卻發現羅伊的遠古精靈球不翼而飛了！偷走它的難道是……？
根據泰彭提供的情報，莉可、羅伊、弗里德和奧莉歐四人前往位於伽勒爾地區的精靈球工廠。而工廠的負責人是對稀有的精靈球感興趣的精靈球工匠卡娜！曾是同行的奧莉歐和她志趣相投、一拍即合。只不過，卡娜隨後提出了一點建議……
今天一如往常的進行對戰特訓！然而沒想到，呆火鱷卻突然被神秘液體絆倒了？！而其中原因，是落在對戰場地上的紫色神秘液體……於是羅伊和呆火鱷一起對紫色神秘液體的身份進行調查。另外一邊，莉可也聽到了「咔嚓」的神秘聲音……？！在英勇淺蔥號上到底發生了什麼事情？
白霧中的歌聲……那是關於神秘寶可夢的傳聞，相傳它會用歌聲來引導和幫助在霧中迷失方向的船隻。昇龍伏特攻擊隊從情報中得知它的真實身份是發著光的拉普拉斯，於是朝著傳言中的海域出發了。「或許就會遇見六英雄中的拉普拉斯呢……！」莉可和羅伊他們對此滿懷期待，但是在水面登陸行海路的英勇淺蔥號卻突然被濃霧包圍了。
在弗里德的作戰策略下，拉普拉斯終於在白色的霧中出現。它閃閃發光的身姿和太樂巴戈斯發生了共鳴，果然它是露西昂司的六英雄之一嗎？然而，拉普拉斯和它的寶可夢同伴們向英勇淺蔥號發起了進攻。昇龍伏特攻擊隊和拉普拉斯它們的海戰開始了？
昇龍伏特攻擊隊一直追尋的黑色烈空坐突然出現在上空！雖然羅伊已經做好了戰鬥準備，但是探夢隊的艾梅吉歐突然出現和插手！受到攻擊的烈空坐變得憤怒起來，莉可等人陷入了危機……就在這時，太樂巴戈斯的身體開始發光了？！
莉可的外婆黛安娜決定離開英勇淺蔥號。得知消息的莉可、羅伊和同伴們一起秘密籌劃一場為黛安娜送別的宴會！與此同時，在和黑色烈空坐的戰鬥中深刻意識到自身實力不足的艾梅吉歐，為了追求更上一層樓，向漢貝爾提出了一個請求……
昇龍伏特攻擊隊的旅行資金即將耗盡……為了賺錢，弗里德和船長皮卡丘他們接受了尋找迷路的寶可夢納噬草的委託。而即將在課堂上演講「理想的羈絆」的莉可決定和羅伊一起尋找納噬草，以便協助弗里德和船長。但是……
「我想去參加雙打對戰比賽，但我的搭檔飄香豚卻不想和任何人組隊，我感到很苦惱。」一位聽眾在咕嚕咪的直播間提出了這一問題。於是咕嚕咪委託莉可、羅伊和潤水鴨幫忙解決問題。而從聽聞的情況來看，似乎是因為飄香豚戀愛了……？
在接到弗里德一位考古學家朋友的「挪移在遺跡發掘現場的岩石」委託後，昇龍伏特攻擊隊前往挖掘現場。然而工作卻難以開展……而其中原因是兇惡的混混鱷和流氓鱷在阻撓工作。於是莉可、羅伊和弗里德為查明其中真相而在遺跡裡一探究竟……
昇龍伏特攻擊隊的飛船英勇淺蔥號因為遭遇暴風雨而暫時停泊，船上負責治療寶可夢的莫麗正在為寶可夢進行健康檢查。當莉可帶著迷布莉姆接受檢查時，迷布莉姆察覺到不知是誰的氣息存在。沒想到，在船上發現一隻一對鼠溜了進來。一般情況下一對鼠都是結對行動的，現在卻只剩下孤零零的一隻，著實有些奇怪。該不會是有什麼緊急情況發生了吧？！
莉可、羅伊和小點前往以工業品聞名的鐵龍鎮購物。不過在這途中，小點卻和莉可、羅伊走散了。就在不情願地單獨行動時，小點遇到了通過敲打鐵屑來製作錘子的寶可夢小鍛匠。而這隻小鍛匠似乎對小點購買的某樣東西感興趣……？
莉可和新葉喵、羅伊和呆火鱷一起進行對戰練習！但是沒想到，在對戰練習時發生了意外，新葉喵誤傷了莉可。「這不是新葉喵的過錯」，儘管莉可這樣安慰新葉喵，但新葉喵似乎有什麼心事？從英勇淺蔥號上逃離的新葉喵，竟然前往自己出生和成長的培育家的家裡？！
小點的母親布蘭卡來到了英勇淺蔥號上面。布蘭卡似乎是來迎接小點的，因為小點只是在「試用期」。莉可和羅伊想要阻止小點離開，因此想聽聽她的真實感受。小點加入昇龍伏特攻擊隊的前所未聞的秘密，是時候揭曉了！
昇龍伏特攻擊隊一行人來到帕底亞地區的海邊。莉可和羅伊正在盡情享受和海洋寶可夢共處的時光，但是呆火鱷突然被海水沖走了，陷入了大麻煩！在危急之時海之英雄海豚俠將其救下，這讓羅伊對它的酷炫感到興奮不已。與此同時，似乎有人潛伏在附近計劃拍攝「從未有人見過」的海豚俠變身場面……？
著名的特產點心「海地鼠饅頭」一天只有30份，需要排隊才能搶購到。而作為對店長幫助的答謝，莉可和羅伊他們無需排隊就得到了一些「海地鼠饅頭」。與此同時，探夢隊也有人在商店裡排隊購買「海地鼠饅頭」。就在返回英勇淺蔥號的路上，羅伊發現了貼在呆火鱷背上的一封戰書……？！
探夢隊的姍瑚留下了「要去召喚烈空坐」這句話。昇龍伏特攻擊隊的領隊弗里德通過了這條線索，終於找到了探夢隊藏身的島嶼。然而就當莉可、羅伊、弗里德和藍道前往島嶼時，等待著他們的卻是斯琵奈爾設下的陷阱！莉可他們到底能不能阻止探夢隊捕捉烈空坐的計劃呢？
探夢隊的計劃終於讓黑色烈空坐現身了！莉可和羅伊在它不可思議的力量面前完全不知所措。但是，如果說希望傳達太樂巴戈斯以及他們自己的想法……那麼機不可失，時不再來！自從和寶可夢一起踏上冒險之旅以來，兩人有了許許多多的相遇和經歷。現在，他們是時候將所有這些都用在和烈空坐的對戰上了。大戰一觸即發！！
為了學習太晶化，莉可、羅伊和小點決定在橘子學院接受「太晶化研修」！學校裡有校長克拉韋爾、理事長也慈，以及帕底亞四天王辛俐、波琵、青木和八朔……以初次使用太晶化為目標的三人，在以帕底亞地區為舞台的冒險即將拉開序幕！
為了對莉可的太晶化研修進行評估測試，莉可、羅伊和小點三人決定要前往圓模鎮拜訪道館館主「阿楓」，他們順利地抵達阿楓的商店「派舒蕾・慕滋」。但隨著後來探夢隊的姍瑚的闖入，情況不知為何演變成一場甜品製作對決……？！莉可和蒂蕾喵的太晶化研修將如何進行呢？
羅伊的太晶化研修基礎評估測試的對手是寇沙！雖然羅伊渴望儘快進行，但因為深缽鎮正在舉辦藝術節，寇沙忙著籌備工作，所以他的對戰推遲了。羅伊接受了碰巧路過的妮莫的邀請，和她進行對戰。看了兩人對戰之後的寇沙似乎對羅伊的對戰方式有了一些想法……？
最後一個接受基礎評估測試的小點從對此負責的道館館主奇樹那裡得知，基礎評估測試對戰將在「奇樹奇述直播」節目中現場直播。小點在拍攝彩排期間和羅伊對戰時，卻因為在鏡頭前太過緊張而無法和潤水鴨很好地配合？！
小點和潤水鴨終於要和奇樹一起進行基礎評估測試了！事先研究了奇樹的對戰，制定了作戰計劃，確定了完善的對策……然而，面對對自身屬性不利的電肚蛙，還是陷入了苦戰，甚至發生了預料之外的突發情況……？小點能順利地通過考核嗎？！