有一隻孤獨的皮丘在關都地區的某個森林裡面生活著，那隻還年幼的皮丘被一隻袋獸媽媽撿到並收養了，之後皮丘便與袋獸媽媽和小袋獸寶寶愉快的生活在一起。時間慢慢過去，皮丘和小袋獸寶寶都長大了，這時皮丘意識到自己可能是袋獸母子的累贅。意識到這點後，牠便在一個夜晚悄悄地離開了袋獸母子。在月光下，皮丘進化為了皮卡丘。這是在小智和同伴皮卡丘出去旅行的數年前發生的故事，小智的皮卡丘還是皮丘，小智、小豪和小春還是幼童時的故事…。
在大木博士的邀請下小智前往枯葉市參加櫻木研究所的開幕典禮，在典禮期間，人們察覺到一隻巨大寶可夢的身影，朝港口走去，一探究竟。在那裡，一群寶可夢訓練家聚集在洛奇亞面前，新的冒險即將開始！
小智與小豪成為櫻木研究所特別研究員接到的第一份工作是調查大量出現在街上的妙蛙草，因此他們儘速前往街上有妙蛙草出現的地方去調查，小智與小豪將探索妙蛙種子、妙蛙草與妙蛙花的秘密。
聽聞在伽勒爾地區的寶可夢發生極巨化現象的小智與小豪，他們為了調查這個不可思議的現象，儘速前往了當地。抵達目的地後，他們對美麗的宮門市和著名的司康餅著迷的兩個人，與在這城市中惡作劇的陌生寶可夢們相遇了。
為了調查寶可夢巨大化的現象，小智和小豪來到了伽勒爾地區。他們在曠野地帶遇見了一隻特別大的卡比獸。另一方面，兩人昨天在宮門市遇見的炎兔兒也悄悄追著小豪來到了曠野地帶…。
小豪收服了第一隻寶可夢「炎兔兒」後，對收服寶可夢有了興趣。為了收服更多寶可夢，他跟小智一同前往枯葉市的森林。雖然一開始收服得不太順利，但收服綠毛蟲後，小豪就慢慢將枯葉森林的蟲屬性寶可夢都收服了。他有辦法收服關都地區所有蟲屬性寶可夢嗎？
小智與小豪前往豐緣地區參加對戰大會「對戰開拓區・玻璃哨杯」。首次挑戰寶可夢對戰的小豪的對手是來自釜炎鎮的芳士。要對付芳士派出的大狼犬，小豪須以良好屬性的攻擊來進行挑戰。另一方面，小智展現出連戰連勝的攻勢。這樣的小智將派出難道是最重要的那隻寶可夢？
在枯葉市的港口小智和小豪遇見了一隻消瘦憔悴的波加曼，將波加曼帶回研究所後，從波加曼的訓練家美咲那接到了尋回波加曼的委託，並得知這隻波加曼是從神奧地區游泳過來的。為了將波加曼送回美咲的身邊，小智和小豪向著神奧地區出發了！激烈競爭的波加曼和不良蛙，究竟這兩隻寶可夢之間發生了什麼呢？
城都地區的圓朱市不斷有傳說的寶可夢．鳳王的目擊情報。小智和小豪前往圓朱市一探究竟，馬上就看到了疑似鳳王的身影！可是，那是一位名叫栗生的少年讓寶可夢假扮的冒牌貨。栗生說他無論如何都想讓祖父慈英見到鳳王。鳳王究竟會不會現身呢…！？
小智與小豪從櫻木博士那裡得知了「據說有座快龍們棲息的島嶼」的傳聞，為了尋找那座島嶼他們踏上了旅途。搭乘途中小豪收服的白海獅出海的兩人捲入了突如其來的暴風雨，被海浪沖走了。當兩人在某座島的海岸醒來時，出現在他們面前的是數量繁多的快龍們……。
小春的父親雖然是寶可夢博士，但她卻對寶可夢沒特別有興趣。雖然家裡的來電汪很黏她，但同學們擅自認為「既然妳是寶可夢博士的女兒，一定很喜歡寶可夢吧」，這讓她有點苦惱。就在這時，讓眾人傷透腦筋的神祕耿鬼突然出現在櫻木研究所裡…。
櫻木博士拿了寶可夢世界錦標賽的門票送給小智和小豪。為了觀賞寶可夢世界錦標賽的決賽，小智和小豪前往伽勒爾地區的競技場。備受矚目的決賽是關都地區的四天王杯冠軍•阿渡VS伽勒爾的不敗冠軍．超級明星丹帝。從未輸過的丹帝，他的實力究竟有多強呢…？
為了觀看寶可夢世界錦標賽，小智和小豪來到了伽勒爾地區。就在觀眾還沉浸在阿渡和丹帝精彩對戰的餘韻中時，暴噬龜突然極巨化了！小智和小豪挺身對抗巨大的暴噬龜。就在這時，小智的皮卡丘突然被一陣紅光包圍…！？
合眾地區的沙漠地帶度假地發現了一座名為「巨神遺跡」的新遺跡。為了解開巨神遺跡的謎團，小智和小豪一起前往合眾地區調查。他們穿越沙漠後，好不容易抵達了遺跡。但遺跡裡卻處處都是陷阱！這是古代人想警告他們別靠近巨神而設下的陷阱嗎？兩人是否能順利解開遺跡的謎團呢？
由於櫻木研究所的系統故障，小豪回到許久不見的雙親與外祖母的家。但是在久別重逢的喜悅心情下，小豪的父母因為突然的工作而晚些回家。小豪在家附近的公園看到被猴怪攻擊的卡拉卡拉，於是與炎兔兒一起拯救卡拉卡拉。但是卡拉卡拉最重要的骨頭被猴怪給拿走了，因此小豪與寶可夢們一起幫忙尋找卡拉卡拉的骨頭。
最近在櫻木研究所中發生了物品被破壞、房間被弄得一團糟等不可思議的事件。引發這些事件的犯人竟然就是以前出現在研究所的耿鬼。小智與小豪下定決心要把耿鬼給收服。但就在這時，小智險些摔下台階、誤飲花瓶中的水……小智突然變得奇怪，難道是被耿鬼給詛咒了？
小智和小豪在櫻木公園練習著戰鬥，此時達摩狒狒卻過來挑釁道「試著使出火屬性招式吧」。小豪和他的搭檔炎兔兒受到了挑戰。炎兔兒想使出火花卻不是很熟練，結果被達摩狒狒當作笨蛋嘲笑了。一邊是因為不甘心而不斷練習著招式的炎兔兒，而另一邊是抱著「火花不能用的話就用現在能用的招式戰鬥就可以了」這種想法的小豪。兩人的想法出現了分歧，不知不覺就吵了起來……
以世界最強的寶可夢訓練家的王者丹帝的對戰為目標，小智決定要挑戰「寶可夢世界錦標賽」。值得紀念的初戰對手是受枯葉道館的道館館主馬志士所託而看守道館的擅長使用電屬性寶可夢的碧絲葵絲。2對2的寶可夢對戰，首先是碧絲葵絲的雷丘對上小智的皮卡丘，到底勝負結果為何？
為了推薦女星武藏而來到電影的拍攝地的火箭隊。在那邊有個無法順利變身讓導演憤怒與低落的百變怪。由拍攝地逃出的百變怪，不知什麼時候躲入武藏的包包裡而被帶到火箭隊的據點。在那邊武藏發出「女演員要重新訓練百變怪」的宣言。就在這時，小智與小豪也在尋找不見的百變怪。
在櫻木研究所舉辦的「寶可夢定向運動」中，小智與小豪擔任領隊。與參賽的孩子們一起愉快地進行寶可夢對戰與收服的兩個人，重新確立各自未竟的夢想。在那邊，洛奇亞又出現了！？
寶可夢的蛋仍然有許多的謎團，這讓從來沒有看過寶可夢蛋的小豪很感興趣，因此他和小智馬上去尋找，但是寶可夢的蛋不是那麼容易就可以找到。在他們尋找的時候，他們在寶可夢中心遇到了一顆不可思議的蛋。這顆寶可夢蛋是從神奧地區輾轉過來的，並且無論如何都無法孵化出寶可夢。寶可夢中心的喬伊決定把這顆寶可夢蛋交給小智，並讓他照顧這顆蛋，裡面的寶可夢能否順利孵化出來呢？
為了調查狩獵鳳蝶遷徙的現象，小智和小豪來到了豐緣地區的未白鎮。在那裡，小豪邀請騰蹴小將一起去捕捉刺尾蟲，騰蹴小將卻視若無睹。這件事讓小豪備受打擊。這天晚上，騰蹴小將從他們借宿的寶可夢中心溜了出去。
在櫻木公園中，寶可夢的食物不知不覺中消失了！？餓著肚子的寶可夢們開始吵架了！為了抓住犯人，小智和小豪決定夜晚留在櫻木公園中。在愈演愈烈的寶可夢們的打鬥中，盾甲繭它們出現了進化的徵兆。然後，想要保護盾甲繭它們免受騷動的泥偶巨人胸前的封印脫落了。泥偶巨人開始暴走，整個公園陷入了大危機！
因為阪木老大的命令而休假的火箭隊三人組來到神奧地區的名勝區有限度假時偶然遇到來這裡調查「霸主寶可夢」的小智與小豪。原本說著「這是一個抓住皮卡丘的好機會！」並熱血沸騰的火箭隊三人組發覺現在這個時候工作的話是違反命令。就在這時，阪木的秘書真鳥率領火箭隊的精銳部隊突然出現，四處掠奪名勝區的寶可夢。於是，和真鳥有私人恩怨的火箭隊三人組決定隱瞞身份，協助小智他們救出被抓走的寶可夢！？
小智決定參加在卡洛斯地區的娑羅市舉辦的對戰慶典，這個慶典聚集了很多參加寶可夢世界錦標賽的參賽者，對於一般級的參賽者是提升等級的絕好機會。順利晉級的小智與曾經在卡洛斯地區戰鬥過的道館館主可爾妮進行了一場事關能否進入超級級別的對戰，小智將如何面對可爾妮的超級路卡利歐呢？
小豪報名參加了「鯉魚王跳高大賽」。但是小豪的鯉魚王太過肥胖，於是為了贏得冠軍，小豪參考了大賽的絕對王者春旺的肌肉訓練動畫，開始對鯉魚王進行特訓。小智和小豪來到了呆呆獸之島，在那裡，放眼望去到處都是呆呆獸。隨著呆呆王的出現，讓小智發生了神秘的變化。
為了觀看大型比賽寶可夢世界錦標賽的大師級比賽，小智與小豪來到了伽勒爾地區，兩人對八大師之間的對決充滿期待，十分興奮。備受矚目的兩名選手分別是伽勒爾地區的超級明星、小智的目標—最強王者丹帝和他的勁敵、伽勒爾地區的龍之道館的館主奇巴納，熱血男兒們之間的對戰現在開始了。
繼續停留在伽勒爾地區的小智與小豪，他們在那裡遇到了膽小愛哭的寶可夢淚眼蜥。淚眼蜥很害怕，馬上就哭了起來。由於受到淚眼蜥的眼淚中含有的成分影響，小智他們也變得淚流不止。隨著淚眼蜥遇水消失，小智他們的眼淚也止住了。與此同時，火箭隊也來到了伽勒爾地區。
櫻木博士一家今天依然過著跟往常一樣的日子。身為家中一份子的來電汪，發現了一隻受傷的豆豆鴿，便把它帶回了家裡。小春與蒼太在照顧豆豆鴿的過程中，被它那可愛的樣子深深吸引，這讓來電汪心生醋意……？
在贏得了寶可夢世界錦標賽之後，利歐路感覺很高興。但小智只顧著訓練利歐路，而使感覺被冷落的皮卡丘忍耐到了極限，最終決定離開櫻木研究所。魔牆人偶追上它，嘗試著勸它回去，但皮卡丘卻心意已決。皮卡丘與魔牆人偶，這兩隻寶可夢的奇妙旅途的目的地是…真新鎮？！
蒼太找到小智和小豪尋求幫助，他告訴兩人他的朋友奈海非常難過，因為大家都說她的寶可夢小醜一點都不可愛。這隻寶可夢是一隻醜醜魚，據說它是世界上最醜的寶可夢。然而，奈海和醜醜魚的目標是想在凱那市水屬性寶可夢交流華麗大賽中獲勝。事實上，醜醜魚隱藏著一個驚人的秘密。
三年前，小豪在城都地區的檜皮鎮的一次家族旅行中遇到了一名叫做時央的男孩，時央正在尋找幻之寶可夢時拉比，兩位志同道合的男孩決定一起去尋找時拉比的蹤跡，但時拉比並不是那麼容易就能被找到的，他們最後只好分別，並相約隔天見面繼續尋找，但到了當天時央並未出現在他們約好見面的地點。時過境遷，當小豪再次拜訪檜皮鎮時，他們重逢了…。
小智和小豪來到了寶可夢中心舉辦的寶可夢交換活動，在那裏，小智等人遇見了想要凱羅斯的訓練家、自稱「神奧的蟲寶可女王」的可洛美。小豪不捨得自己的凱羅斯，決定幫助可洛美尋找野生的凱羅斯以交換。可洛美利用她的特製甜甜蜜實行引誘凱羅斯出來的作戰。不料，被引誘出來的卻不是凱羅斯。
小智與小豪為了尋找寶可夢世界錦標賽的下一個對手造訪了位在金黃市的格鬥道場，雖然小智很想挑戰道場的主人空手道大王，但空手道大王正在和其他挑戰者進行寶可夢對戰。在前去觀戰的小智等人面前，看到的是空手道大王敗北的身影。挑戰者是來自伽勒爾地區的格鬥道館館主彩豆和她的搭檔八爪武師。小智向彩豆提出了挑戰。
看著小智與皮卡丘，小豪突然自己也想收服皮卡丘。從櫻木研究所的櫻木所長那裡得知在某個地方大量出現皮卡丘的消息後，小豪立刻決定前往該處。在那裡，小豪遇見了以喜歡照顧同伴的雌性皮卡丘為首的大量皮卡丘。皮卡丘們從岩壁上鑿出了雷之石，想要使用這股力量進化成雷丘。在這種情況下，小智的皮卡丘也散發出了進化的光芒…？
自小智和彩豆的對戰以來，小智一直在正式對戰中處於失調的狀態。在這種情況下，豐緣地區的紫菫市發生了奇怪的巨大沙暴。據說這場沙暴會發出美妙的歌聲吸引人們進入。為了確認是不是未知的寶可夢所為，小智與小豪前往當地調查。挑戰沙暴謎團的兩人不久與強大的寶可夢沙漠蜻蜓戰鬥。小智被沙漠蜻蜓的速度所擺布，而小豪實施了驚奇的作戰。
小智與小豪為了收服「阿羅拉的樣子」的椰蛋樹來到阿羅拉地區的美樂美樂島。然後，小智與庫庫伊博士還有過去在寶可夢學校的大家以及寶可夢們再會。對小豪來說，這是大家初次見面，他顯得有些緊張的樣子。在大家於寶可夢學校為兩人舉辦的歡迎派對上，小智的同學卡奇對小豪說道：「想看清楚你是否適合作為小智的勁敵！」，而向他提出進行寶可夢對戰的挑戰。小豪決定接受這場挑戰！！
小智與小豪參觀了在深灰市的科學博物館舉辦的「大化石寶可夢展」，小豪的青梅竹馬小春為了完成學校的自由研究也一起來到了這裡。三人決定參加只要挖到狀態完好的化石就能將其復原成寶可夢的充滿浪漫的「挖掘化石體驗」。為了收服化石寶可夢，全神貫注地尋找化石的小豪挖到了攜帶古代寶可夢遺傳因子的「秘密琥珀」。究竟會是怎樣的寶可夢被復原呢？
小智為了與在寶可夢世界錦標賽的正式對戰上將他完全打敗的伽勒爾地區的道館館主彩豆再戰，造訪了她修行的地點城都地區的湛藍道館。彩豆接受了小智的挑戰，在小豪以及湛藍道館的道館館主阿四的見證下，對戰開始了。充滿復仇心的小智和利歐路面對上次使他們完全落敗的八爪武師的蛸固，嘗試了某種破解方法。勝負的走向究竟會如何發展呢？
藍天白雲的好天氣。突然有一朵巨大的雷雲正迫近在櫻木研究所開心地享用刨冰的小智等人。他們偵測到強大的生物能量，竟得知傳說的寶可夢・閃電鳥可能就在附近。在櫻木研究所周邊不斷停電的情況下，小智與小豪因為小豪的「靈光一閃」而來到某個地方，成功遇到閃電鳥。立刻挑起對戰但敵不過對手的兩人決定跟在場的令人意想不到的「幫手」合作進行一場團體戰！
火箭隊的喵喵突然病倒了！一直依賴喵喵翻譯「小智的皮卡丘在說什麼」的武藏和小次郎決定藉此機會進行特訓讓自己也能理解皮卡丘的語言。他們一邊看著偷拍的皮卡丘的影片，一邊朗讀台詞配音。小智與小豪在雨後的森林裡遇到一隻被埋在地裡動彈不得的沼躍魚，正當他們打算想辦法幫助沼躍魚脫身的時候，出現了一隻樂天河童。
一天夜裡，小智看到他從伽勒爾地區最強的訓練家丹帝那裡得到的極巨腕帶自然地發出了光芒。另一方面，在伽勒爾地區，本來不可能的地方發生了寶可夢極巨化的現象。為了解開極巨腕帶的謎團，小智與小豪前往伽勒爾地區打算拜訪研究極巨化的第一人木蘭博士。但途中兩人在被濃霧籠罩的森林裡走散，遇到了不可思議的寶可夢們。
在伽勒爾地區，小智和小豪正在分頭行動。小智與丹帝一同成功制止了在礦山大鬧的超極巨化巨炭山，並遇見來到這裡視察的馬洛科蒙集團的總裁洛茲。另一方面，偶然重逢的小豪和探索伽勒爾地區的英雄傳說的索妮亞一起來到住在木桿鎮的木蘭博士那裡。身為索妮亞祖母的博士所告訴他們的是有關極巨化的秘密！
為了解開英雄傳說之謎而來到溯傳鎮遺跡的小豪和索妮亞遭遇可疑男子的襲擊，在雙方進行極巨化對戰的過程中，在因衝擊而毀壞的壁畫深處，他們發現了某兩隻寶可夢的石像。小豪跟小智通話，告訴他關於英雄傳說的新的真相。與此同時，拳關市出現了巨大的衝擊和紅色光芒！洛茲一直在暗中助其復活的傳說的寶可夢・無極汰那，終於飛了出去！
朝著傳說的寶可夢・無極汰那的方向前進的小智和小豪，分別遭到洛茲和奧利薇的阻撓，展開對戰。千鈞一髮之際，小智的利歐路和小豪的騰蹴小將發生了變化…!?另一方面，先一步與無極汰那展開對峙的丹帝，跟它進行了激烈的交戰。終於，無極汰那提升力量變為最終形態。在窮途末路的小智和小豪面前，那些寶可夢出現了！
在遠海的孤島・賽羅島發現了被認為是夢幻的精神能量！小智與小豪滿懷期待地前去調查，兩人為了找到夢幻，一邊和寶可夢相互協作，一邊在嚴酷的島上前進。在冒險的盡頭，他們遇到的是夢幻…不，是超夢！小智與小豪賭上「夢想」的對戰，就此開始！
小豪和貪心栗鼠決定參加在枯葉市舉辦的「寶可夢大胃王大賽」，在上屆大賽的冠軍卡比獸以及世界大胃王界的傳說火焰雞等眾多強敵雲集的情況下，小豪以贏得冠軍為目標採取了出人意料的策略。但是，混入工作人員中的火箭隊卻在密謀著什麼……？
小智與小豪來到了合眾地區的飛雲市。為了抓到皮卡丘搶先一步抵達這裡的火箭隊，企圖用跟皮卡丘長得一模一樣的秘藏機器「擬真皮卡丘」跟皮卡丘掉包。目擊到這一幕的閃焰王牌和路卡利歐於是開始對火箭隊進行追擊，這兩隻寶可夢的奇妙旅途就此展開。
枯葉市的「伊布進化研究所」是研究伊布及其8種進化形的特別研究機構。在那裡，有一隻跟水伊布、雷伊布、火伊布等8種進化形生活在一起的「特別的伊布」。這樣的伊布偶然遇到了小春的來電汪，從研究所逃了出來，好不容易到達的地方竟然是小春就讀的學校！
受到以前結識的科學博物館館長的委託，小智、小豪、小春來到了伽勒爾調查珍貴的化石。3人來到曠野地帶遇到了正在進行挖掘調查的兩名研究員「冒失」的茂詩和「粗魯」的楚魯。他們合作將挖掘出來各式各樣的化石組合起來，全部一起放進復活裝置，究竟會出現什麼呢？