小智跟小豪來到了伽勒爾地區的曠野地帶，他們在那裡遇見了一隻啪咚猴。啪咚猴是敲音猴的進化形，所以敲音猴對牠懷抱著憧憬的心情。可是，小智一行人注意到這隻啪咚猴不知為何只有一根木棒，不像普通的啪咚猴都拿著兩根…
夢幻計畫的下一個入隊測驗是「跟急凍鳥進行團體戰」。小智跟小豪在尋找急凍鳥的路上，遇見了小豪的朋友時央，還有小智的童年玩伴小茂。小智他們四人將跟急凍鳥展開一場激烈的團體戰！
「寶可夢世界錦標賽」，小智下個對戰對手是目前位居高級級第12名的卡洛斯地區的四天王．朵拉塞娜！來到比賽會場的小智和以前一同旅行過的希特隆還有柚麗嘉重逢。希特隆會如何協助小智特訓寶可夢呢？
小智跟卡洛斯四天王．朵拉塞娜的對戰終於開始了！面對擅長使用龍屬性寶可夢的朵拉塞娜，小智派出了蔥遊兵跟鰓魚龍應戰！小智有辦法戰勝這個強敵嗎？
小春聽說豐緣地區的水靜市有隻在華麗大賽上大受矚目的仙子伊布。因此，她跟伊布一起前往水靜市。可是，在因緣際會下，居然變成小春跟伊布也要參加華麗大賽…！另一方面，小智跟小豪為了與小春會合，正打算前往華麗大賽的會場，不過，他們在路上居然遇見了道館館主．米可利…！？
「在世界各地招募火箭隊的新隊員吧」。武藏、小次郎、喵喵接到了來自坂木老大的命令，為了招募新隊員，決定開始製作廣播節目。雖然他們努力向世人傳達火箭隊的美好，但收聽人數居然掛零…。受到打擊的火箭隊三人組忘記當初的目的，一心只想著要製作出好的節目，沒想到…。
來電汪是櫻木公園的寶可夢們最可靠的大哥！牠華麗地解決了櫻木公園內發生的種種危機和紛爭。可是某天，不知為何櫻木公園的河川居然被汙染了！為了生活在公園裡的寶可夢，小智、小豪和小春還有來電汪，決定找出汙染的源頭…。
以戰勝奇巴納成為八大師為目標，小智為了讓路卡利歐變得更強，決定帶牠到卡洛斯地區見甲賀忍蛙。雖然路卡利歐跟甲賀忍蛙打了一場，但牠完全不是甲賀忍蛙的對手…。甲賀忍蛙想教會路卡利歐的是什麼事呢…？路卡利歐跟甲賀忍蛙，兩者的波導將在此重疊……！
為了參加大師淘汰賽，小智將和目前排名第8的伽勒爾地區道館館主奇巴納進行換位戰。有著馭龍至尊稱號的奇巴納，在對戰中巧妙地操控天氣，讓小智陷入了苦戰！
為了參加夢幻計畫新的入隊測驗，小智跟小豪來到了豐緣地區的海洋設施海紫堇。這次的測驗內容是生存戰！必須跟設施內其他的挑戰者對戰，留到最後的人就是勝者。
在伽勒爾地區的王冠雪原，有人目擊了「不可思議的寶可夢」。小智、小豪還有小春收到情報後，便前往王冠雪原進行調查。同一時刻，小智在阿羅拉地區交到的朋友莉莉艾，也跟哥哥格拉吉歐還有母親露莎米奈一起，為了尋找長年下落不明的父親莫恩而來到了王冠雪原…。
小智、小豪跟小春與莫恩一家一起來到了阿羅拉地區，久違地跟寶可夢學校的同學們重逢了。然後，在當地人的安排下，小智將參加四組選手同時上場進行激烈對決的皇家對戰！
小豪收到了夢幻計畫最終測驗的通知，測驗內容為「收服雷吉艾勒奇跟雷吉鐸拉戈」。為了通過測驗，小豪決定獨自一人前往位於伽勒爾地區王冠雪原的抉擇遺跡。最後能通過測驗加入追跡者小隊的究竟是哪些人呢…？
當小智跟寶可夢們正在為了大師淘汰賽特訓時，大木博士突然來電叫小智跟小豪一起到大木研究所玩。小智在研究所附近遇見以前在神奧地區旅行時的勁敵．真司！跟真司重逢，會讓小智有什麼收穫呢？
賭上世界最強訓練家寶座的寶可夢世界錦標賽大師淘汰賽終於拉開了序幕！小智來到了決戰之地．伽勒爾地區的宮門競技場。以跟丹帝對戰為目標的小智，有辦法在淘汰賽中晉級到最後嗎！？史上最大的挑戰正要開始！第一輪的第一場比賽是丹帝VS艾嵐！
大師淘汰賽第一輪的第二場比賽，是關都．城都的新冠軍阿渡VS卡洛斯冠軍卡露妮！實力相當的兩人，將會進行一場一進一退的大激戰！互不相讓的兩人，賭上了彼此身為冠軍的尊嚴。最後贏得勝利的會是哪一邊呢？
大師淘汰賽第一輪的第三場比賽是神奧冠軍竹蘭VS合眾冠軍艾莉絲！對艾莉絲而言，竹蘭是曾指導過自己，令人尊敬的前輩。同時也是想超越的目標之一。面對使出猛攻的艾莉絲，竹蘭保持著一如既往的冷靜。氣勢VS經驗，能晉級準決賽的會是哪一邊呢？
大師淘汰賽第一輪第四場比賽。小智終於要上場對戰了！他的對戰對手是豐緣冠軍大吾。面對大吾派出的強力寶可夢們，小智陷入了苦戰。為了一路走來聲援自己的夥伴們，小智能戰勝大吾，晉級準決賽嗎！？
小春跟伊布一路以來遇見了各式各樣的伊布的進化形。伊布到底想進化成什麼呢？寶可夢的進化又象徵著什麼意義呢？小春不禁為此感到非常煩惱。櫻木博士看到這樣的小春，決定邀她一起去露營。在那裡，小春將會聽到父親．櫻木博士小時候所經歷過的故事…。
寶可夢世界錦標賽大師淘汰賽．準決賽當天。小智趁比賽前的時間跟寶可夢們一起特訓時，遇見了對戰對手．神奧冠軍竹蘭小姐。小智從竹蘭口中聽見了她和搭檔的烈咬陸鯊是怎麼相遇的。另一方面，準決賽第一場比賽，丹帝VS卡露妮的比賽正在宮門競技場準備開打…。
大師淘汰賽準決賽的第二場比賽是小智VS神奧冠軍竹蘭。贏的一方就能晉級決賽跟丹帝對戰。雖然小智一開始派出快龍努力應戰，卻被竹蘭使出的巧妙戰術玩弄於股掌中，一開始就陷入了大危機！面對竹蘭與她強大的寶可夢們，小智有辦法改變對戰的局勢嗎…？
大師淘汰賽準決賽的第二場比賽正在進行中。沒想到皮卡丘居然會在中途倒下，小智面對竹蘭使出的巧妙戰術，陷入了前所未有的大苦戰。為了突破眼前的困境，小智派出鰓魚龍和蔥遊兵想扭轉局勢，但竹蘭又使出了令人意想不到的戰術…。
大師淘汰賽準決賽第二場比賽，終於迎來了最高潮！小智的寶可夢只剩下路卡利歐一隻。即使被逼入絕境，路卡利歐仍呼應小智永不放棄的精神，發揮出驚人的波導力量。小智跟竹蘭，最後能勝出的是哪一邊呢！？
小豪跟閃焰王牌回到了兩人當初相遇的司康餅店。在那裡，閃焰王牌與以前一起生活的偷兒狐們再會。偷兒狐牠們已經改過自新，成了街上的人氣王。就在閃焰王牌開心與牠們敘舊時，喵頭目卻率領著兩隻伽勒爾喵喵打算胡作非為…。
大師淘汰賽的決賽終於要開打了。小智終於可以跟一直當成目標的丹帝在官方對戰中正式對決。絕對王者丹帝跟跌破觀眾眼鏡一路晉級到最後的小智，他們的決賽讓會場的氣氛嗨到了最高點。就在比賽要開始時，丹帝突然提出了某個提案…。
大師淘汰賽的決賽是小智VS丹帝。比賽才剛開始，就上演了一進一退的激烈攻防戰。面對丹帝派出的寶可夢還有使用的策略，小智逐漸被玩弄在股掌中。雖然小智透過交換寶可夢來應戰，但這似乎也在丹帝的計算中…！？
丹帝跟小智正在進行大師淘汰賽的決賽。可是，小智的寶可夢們已經全都傷痕累累了…。即使如此，小智跟寶可夢們還是拼命挺身而戰，丹帝見狀則是露出了笑容。最強王者VS最強挑戰者，這場對決最後會由哪邊勝出呢…！？
無極汰那突然出現在宮門競技場！牠的目的究竟是什麼呢…！？然後，小智跟丹帝的對戰也來到了最後的精彩高潮！丹帝派出王牌噴火龍，而小智則是派出皮卡丘，用盡最後的力氣奮力戰鬥！賭上了至今經歷的所有冒險，小智這次是否能順利拿下冠軍的稱號呢！？
在小智進行決賽的時候，小豪為了尋找夢幻，跟追跡者小隊的成員一起前往位於豐緣地區的「邊境的小島」。小豪一行人雖然來到了島上，卻突然跟實驗室的穗高博士失聯，連精靈球都無法使用。在這種危險的狀態下，小豪一行人有辦法找到夢幻嗎…！？
在尋找夢幻的過程中，由於在島上遭遇許多狀況，追跡者因而兵分兩路。小豪、時央和朝日遇到了蓋歐卡，小茂和阿劍遇到了固拉多！為什麼傳說的寶可夢會出現在這裡？在繼續深入腹地的過程中，小豪和其他人看到了什麼？究竟小豪能否找到夢幻並實現他的夢想？
各自的挑戰結束後，小智跟小豪在櫻木公園重逢了。他們兩個跟小春一起出發去露營！三人來到了滿是寶可夢的森林中，聊彼此小時候跟寶可夢有關的回憶。可是，小豪似乎有什麼事情想要告訴小智…？
小智與小豪向洛奇亞發起了團體戰。可是洛奇亞實在太強了，兩人受到洛奇亞的氣旋攻擊後，摔下了懸崖，被洛奇亞從空中接住。洛奇亞載著兩人環遊關都，在路上，他們還遇見了意想不到的寶可夢！小智跟小豪回到研究所後，向櫻木博士表明想要踏上旅途的決心…。