為了寶可夢世界錦標賽而幹勁十足的小智和大蔥鴨來到出現大量小拳石的岩山隧道進行特訓。在那裡，他們偶然遇見訓練家源場和他的搭檔鐵骨土人並進行了官方對戰。大蔥與鋼骨火花四濺的超力量對決會如何發展？然後，大蔥鴨面臨的考驗又是什麼呢？
櫻木研究所收到了大量的蔬菜和一封來信，這是櫻木博士的學生，現從事農業的遠藤所贈。據信中所說，最近突然出現地鼠和三地鼠開始糟蹋遠藤的田地，所以讓他感到非常困擾。地鼠它們為什麼要做那種事呢，小智、小豪、小春來到遠藤的田地展開調查。
傳說的寶可夢水君週遊世界，淨化污水。小智等人得知那個水君停留在了某個湖上的情報。面對收服傳說的寶可夢的機會，小豪突然卯足幹勁。立刻趕往湖邊的小智和小豪看到的是邪惡的寶可夢獵人集團以及即便受傷也在守護湖的野生寶可夢和水君。
一直都很膽小的小豪的淚眼蜥在跟小豪以及小智一起到訪的人氣電影的拍攝現場遇到了飾演特工的千面避役。千面避役將突然闖入拍攝現場的火箭隊，宛如電影一般華麗地擊退。淚眼蜥對自己的最終進化形的身姿抱有強烈的憧憬。這時，發生了寶可夢誘拐事件，淚眼蜥鼓起了小小的勇氣。
小春和伊布在櫻木研究所裡面找到一本書名叫做「與你在迷光森林的故事」的書，那裡面描繪了伽勒爾地區小火馬和烈焰馬的故事。對這2隻寶可夢十分感興趣的小春決定跟小智與小豪一同前往伽勒爾地區的迷光森林。在森林中探索的時，這時小火馬在小春和伊布的面前現身了…!?
小智正在為大蔥鴨進行特訓，同時從櫻木研究所的助手蓮司那裡得到情報，據說卡洛斯地區的四天王雁鎧會對追求真正強大力量的寶可夢和訓練家進行熱血指導。於是小智與大蔥鴨以及小豪與飛天螳螂一同前往了位於卡洛斯地區的騎士精神之館。等待著小智和小豪的四天王雁鎧的熱血指導究竟是什麼呢？
小春和伊布因為意外在櫻木研究所的助手菊菜家裡參加留宿過夜女子會，買完家常菜和蛋糕而開始的女子會非常熱鬧。在這樣的情況下，小春在菊菜家裡看到一張照片，上面拍到了菊菜和一位青年以及一隻圍著圍巾的可達鴨。菊菜看上去對這名青年和可達鴨抱有特別的情感，小春因此為菊菜的戀情而奔走。
火箭隊的各位都玩累睡著了，這時，大嘴鷗來了。他們轉動火箭隊的專用扭蛋機•火箭扭蛋機，溶食獸一隻接一隻地出來。由於溶食獸的特性「黏著」，小智、小豪以及街上的寶可夢全都黏在了一切，引發了一場大騷動!?在剛剛睡醒的喵喵和果然翁面前，不知為何出現了氣氛緊張的咬咬龜和草苗龜。看起來有點相似的兩隻寶可夢之間的激烈競賽，現在開始。
小豪在睡夢中夢見變成轟擂金剛猩的父母將弟弟敲音猴要託付給他。這時小豪驚醒發現有一隻敲音猴竟然睡在他的手上，而這隻敲音猴似乎看起來已經被誰收服了，小智和小豪於是開始去尋找敲音猴的搭檔。他們藉由來電汪的幫忙去尋找敲音猴的痕跡，結果發現了驚人的事實…!?
為了讓特訓疲勞的大蔥鴨和巨鉗螳螂恢復體力，小智和小豪前往了寶可夢中心。在那裡，寶可夢裝置•手機洛托姆接收到了寶可夢世界錦標賽官方對戰的申請。不料，對手竟是曾經打敗過小智的凜斗和艾路雷朵。小智與大蔥鴨能否一雪前恥呢？賭上騎士尊嚴的對戰，現在開始了！
楚法和澄法是「正電拍拍負電拍拍便利屋」的兄妹，他們來到櫻木研究所修理水管。在招牌寶可夢正電拍拍負電拍拍的協助下，自來水管道的故障得以解決！本以為是這樣但沒想到卻因為澄法的原因而使楚法受傷了，小智和小豪因此代替楚法幫助兄妹倆工作。另一方面，負電拍拍似乎對讓楚法受傷的澄法感到十分生氣‥‥‥？
憧憬著千面避役而進行邊逃脫邊攻擊特訓的淚眼蜥，在解救了無人知曉的走路草的危機之後，竟然進化成了變澀蜥！但是，深信自己能進化成千面避役的變澀蜥在看到水面上倒映的自己的樣子後離開了。變澀蜥躲進洞窟裡，疏遠了小豪…?
小智和小豪觀看了「寶可夢海上樂園競賽」的轉播，那是以海為舞台的寶可夢們的障礙賽。在比賽中獲得冠軍的海里與搭檔水伊布是櫻木研究所助手菊菜的朋友。看到為水伊布著迷的伊布，小春為了讓它和水伊布見到面，於是決定跟小智和小豪一起去前往拜訪海里。
以前和小智對戰過的豐緣地區的芳士向小智和小豪發出了委託。原來是他叔叔經營的溫泉旅館的溫泉水好像出不來了。鎮上的人們都認為這一切都是災禍寶可夢「阿勃梭魯」的錯。但真的是因為阿勃梭魯的原因還是另有其他事要發生了嗎…？
小智收到了一封來信，那是以龍之大師為目標的艾莉絲的對戰邀約。小智一行人立刻動身前往了合眾地區的雙龍道館。能夠感受到龍屬性寶可夢心情的艾莉絲察覺到了小智的快龍的心情。小智VS艾莉絲，晉升「寶可夢世界錦標賽」高級級的激烈對戰開始了！
某天小豪的花蓓蓓們一起進化成了花葉蒂…！不料，小豪發現5隻花蓓蓓裡面只有白色花蓓蓓不在。他在周圍尋找，發現白色花蓓蓓乘著的花朵的花瓣少了一片，導致它無法飛起來。小豪等人為了幫丟失花瓣的白色花蓓蓓尋找新花，來到了當初收服花蓓蓓的卡洛斯地區，展開旅途。
君莎和德克刑警來到了櫻木研究所。原來在枯葉市的住宅發生了連續多起電力被盜的案件，他們想要調查研究所裡的電屬性寶可夢來確認那個犯人。在來電汪等電屬性寶可夢被懷疑的情況下，小智與皮卡丘被當作犯人逮捕了。
小智與小豪來到了關都真新鎮的大木研究所。小豪從大木博士那聽說正式的探尋夢幻的隊伍「夢幻計劃」正在招募成員。另一方面，小智得知寄放在大木研究所裡的烈焰猴最近都沒有露面，於是就和小豪一起去尋找。在途中，他們竟然遇見了小智的童年玩伴兼勁敵的小茂。
小智、小豪、小春3個人來到寶可夢中心。在那裡，頑皮的敲音猴和伊布令3人感到很困擾。小豪和小春無奈地說敲音猴和伊布「明明是個好孩子！」。看著它們兩個，小智提議讓它們一起去幫忙跑腿。它們首次的跑腿會不會順利呢？
在火箭隊基地住著的莫魯貝可一如既往地貪吃，它把武藏留著的蛋糕和小次郎藏在金庫裡的糧食全部都吃的一乾二淨，而且莫魯貝可最近的食量也變得更大。火箭隊三人組認為再這樣下去會無法完成火箭隊的使命，於是考慮將莫魯貝可放回野生環境…!?
某天小豪收到了來自「夢幻計劃」的郵件，裡面提到要讓他前往位於天冠山山腳的研究所。於是小智與小豪前往研究所，終於被告知了小豪的首個任務，那就是「到天冠山北部廣闊的冰川地帶收服阿羅拉九尾」。小豪究竟能不能完成任務呢?!
小智、小豪、小春3人得知有發現齒輪兒新進化形的情報，於是一行3人來到了合眾地區的帆巴市。在那裡他們發現了通往地下的洞穴。敲音猴和伊布興致勃勃地跳了進去，小智等人也只好跟上，發現裡面簡直像迷宮一樣。追著小智的皮卡丘的火箭隊也跳進洞裡，結果一同遭遇大混亂…!?
來到伽勒爾地區的小智和小豪遇到了默契不佳的列陣兵。因為意外，列陣兵的隊長和小兵們失散了，小豪幫助隊長，小智幫助小兵們。但是作為隊長的列陣兵，好像因為不能好好地指揮剩下的列陣兵們而感到失落……！？
小智和小豪得知神奧地區連續發生了人們因惡夢而無法入眠的事件，為了調查這是不是讓人做惡夢的寶可夢「達克萊伊」所造成的而前往當地調查。另一方面，獨自來到神奧地區旅行的小春遇到了以前與小智一起旅行的同伴小光以及波加曼，到底會有怎麼樣的相遇故事呢？
小光與來到神奧地區旅行的小春進入某個森林後，竟然發現了遍體鱗傷的克雷色利亞。治療完克雷色利亞，總算入睡的2人做了達克萊伊和克雷色利亞相遇的不可思議的夢。她們從夢中醒來，和克雷色利亞一同度過了一段時間之後，這時達克萊伊突然在那裡出現，事態一觸即發!?另一方面，小智和小豪也追著達克萊伊來到了森林裡…
小智和小豪得知阿羅拉地區將要舉辦一場「寶可夢收服冒險競跑」，這是一邊收服寶可夢一邊以終點為目標前進的比賽，於是他們也決定參加。同時崇拜小智能使用Ｚ招式的全力兄弟也參加了比賽。但是，他們的Ｚ招式好像有點怪怪的…？
小智在寶可夢世界錦標賽已經升級到高級級別，而他的高級級初戰對手是神奧地區濱海市的道館館主電次！面對曾經展開過激戰的強力電屬性使者電次，小智準備要拿出Ｚ手環來一決勝負！到底結果如何呢？
小智跟小豪以特別研究員身分從各地收集回來的寶可夢的資料居然從研究所的電腦中消失了！似乎有人入侵了研究所的主資料庫並刪除了那些資料。晚上在外面獨自特訓的變澀蜥，似乎察覺了研究所的園區內有可疑的身影…！
為了見太陽伊布跟月亮伊布，小智跟小豪還有小春來到了日蝕城。在那裡，他們遇見了一位名叫春日、跟小春長得一模一樣的少女。春日告訴小智一行人，要是日蝕城的日蝕祭典能順利舉辦，自己就能繼承城主的位子。正當眾人忙著準備祭典的相關事宜時，有位可疑的少年正觀察著城內的樣子…。
小豪終於收到夢幻計畫發來的第一個入隊測驗。測驗的內容是「採集火神蛾的黃金鱗粉」。為了尋找火神蛾，小智跟小豪再次來到合眾地區的荒野名勝區。小豪有辦法順利通過測驗嗎？
小智和小豪還有小春遇見了一位自稱是藍色寶可狂熱迷的青年 - 阿貝爾。他說他來自卡洛斯地區，為了享受藍色寶可夢的美好，才會千里迢迢來到關都地區。而且他還邀請小智一行人跟他一起進行所謂的「藍活」！？
舞姿鎮的道館館主．波普菈突然打電話給小智，還邀請小智到舞姿鎮參加奇巴納和丹帝都會參加的特別大賽。為了跟丹帝對戰，小智滿心期待的來到了伽勒爾地區的舞姿鎮！可是，波普菈舉辦的卻是一種出乎意料之外的特別大賽…。
城都地區有座城鎮突然變成永夜狀態，已經好幾天沒有迎來白天了。小智跟小豪得知了這個消息後，決定前往當地調查！在調查途中，他們在公園遇見了一位叫星彩的小女孩。小女孩說自己一星期前遇到不可思議的寶可夢後，這座小鎮就一直是黑夜的狀態。小智跟小豪能查出城鎮變成永夜狀態的原因嗎？
為了在寶可夢世界錦標賽中繼續取勝，小智決定讓路卡利歐學會超級進化。他們來到卡洛斯地區拜訪娑羅道館的道館館主可爾妮。小智從可爾妮那邊得到鑰石後，為了尋找路卡利歐進化石來到了一座叫「超級島」的島嶼。小智的路卡利歐能順利學會超級進化嗎！？
小智在寶可夢世界錦標賽的下一場對戰對手終於出爐了。這次的對手是伽勒爾的道館館主彩豆，小智跟彩豆之前曾在超級級的時候對戰過兩次，一次是小智輸了、一次打成平手，這是他們的第三次對決。小智這次有辦法戰勝彩豆嗎？
小智和彩豆依舊持續進行著一進一退的攻防戰！雙方誰也不讓誰，最後終於各剩下最後一隻寶可夢，也就是路卡利歐和怪力。面對超極巨化的怪力，小智則是讓路卡利歐超級進化來應戰！最後贏的究竟會是哪一邊呢！？
由於小豪要上台報告，小智今天跟小豪和小春一起來到了學校。剛好今天有位名叫蕾吉娜，帶著冰伊布的女孩子轉入了小豪跟小春的班上。小春和伊布第一次看到冰伊布，對冰伊布很感興趣。可是，戒心很強的冰伊布為了保護蕾吉娜，居對班上同學使出了暴風雪…！？