結束了卡洛斯地區的旅行後小智來到了新的地方「阿羅拉地區」。小智在這裡體驗了從未有過的校園生活。他與許多各式各式的同學相遇，還見到許多在阿羅拉地區的新人所使用的寶可夢，他在阿羅拉地區的旅行即將展開！
小智在阿羅拉地區得到了Ｚ手環與電Ｚ，而持續在寶可夢學校上學，與他同班的新朋友為他準備了驚奇歡迎會，在見識到大家的實力之後，眾人在午餐的時候見到卡璞・鳴鳴，小智更追到森林和牠展開對戰，在卡璞・鳴鳴教導下使出Ｚ招式…
小智在庫庫伊博士的幫忙下得到寶可夢圖鑑，經寶可夢洛托姆進入之後，成為會說話的解說員並且變成小智的夥伴。另一邊，來到阿羅拉地區的火箭隊三人組：武藏、小次郎和喵喵遇上痛恨皮卡丘的謎擬Ｑ，又很巧合地再遇上小智…
小智得到了洛托姆圖鑑之後正想收服在阿羅拉地區的第一隻寶可夢，但卻因爲皮卡丘在對戰時受傷而失敗。就在休息的時候，一隻飢餓的木木梟被甜竹竹的香味引來。正當餵飽了牠的小智想收服牠的時候，牠卻向森林飛走，要跟夥伴們會合。
小智因為要釣魚借釣竿而來到水蓮家，沿途聽到水蓮和球球海獅相遇的事跡和她們的理想：利用球球海獅吹氣球的能力潛入深海尋找寶可夢。洛托姆卻對氣球的可塑性存有很大懷疑。隔日戶外課時球球海獅竟做出令洛托姆意想不到的事 。
小智前往街上要買食材，途中剛好遇上了馬瑪內。正當兩人逛街的時候，購物街的防火閘突然全部關上，使兩人和他們的寶可夢分開。突發事件竟然是和火箭隊三人組有關。再次遇上勁敵謎擬Ｑ的皮卡丘，陷入了危機。
小智來到阿羅拉地區這段期間經常遇到一隻流浪的火斑喵，有一天牠搶了小智的午餐，小智即決定要找出牠並將牠收服。放學時小智在路上卻遇到受了傷的牠，把牠帶回家休養後沒想到半夜火斑喵獨自出門，跟著牠的小智終於發現牠的用心…
小智他們今天接到了一個任務，就是要他們照顧一隻寶可夢的蛋。眾人都建議由莉莉艾來照顧，但莉莉艾連自己寶可夢的蛋也不敢碰，顯得很沒信心。放學後小智幫忙護送寶可夢的蛋到莉莉艾家，即興和管家詹姆斯進行寶可夢對戰切磋，就在這時，房間傳來莉莉艾的叫聲…
小智決定要挑戰諸島巡禮，首先要在美樂美樂島通過考驗，才能挑戰島嶼之王哈拉先生，而考驗的挑戰，就是要解決目前島上的嚴重鼠患。拉達和小拉達群的搗亂，再加上哈拉先生事先聲明不以對戰解決的要求下，小智能否找到解決的辦法呢？
通過考驗的小智，不但因為解決拉達和小拉達的問題而得到讚揚，更得到挑戰島嶼之王哈拉先生的大考驗的機會，而且擊敗霸主寶可夢之後得到的Ｚ純晶，令小智他們的實力提升，而戰勝哈拉先生的秘訣，就在於Ｚ招式。
今天因為寶可夢學校放假，所以小智一大早就和庫庫伊博士一起努力地進行Ｚ招式的特訓。之後偶然遇到了在父母經營的牧場幫忙的卡奇，於是，小智為了與卡奇進行對戰，決定一同前往卡奇家幫忙。
火箭隊三人組在阿羅拉地區一直都沒有抓到皮卡丘和立功，有一天突然接到了火箭隊本部的來電，被問到如今在阿羅拉地區的活動是否順利。雖然勉強矇混過關，但他們也有了強烈的危機感，於是決定要去捕捉新的寶可夢來增加戰力…。
小智從瑪奧那裡得到將舉行寶可夢鬆餅競跑大賽的消息。這是訓練家與寶可夢協力在不弄倒的前提下以最快速度搬運堆積在盤子上的鬆餅的賽跑。頗有興趣的小智與皮卡丘一同參加了比賽。可是，衛冕冠軍諾雅的雷丘卻似乎和皮卡丘較上了勁，處處挑釁皮卡丘。加上火箭隊三人組前來搗亂，小智能順利完成比賽嗎？
在大家一段時間的照料下，寶可夢的蛋終於要孵化了。小智等人非常興奮。莉莉艾孵出了阿羅拉型態的六尾並叫取名叫白滾滾，但由於自己無法接觸寶可夢，莉莉艾很快又消沉了下來。這天放學回家路上，火箭隊盯上了帶著白滾滾的莉莉艾……
在某一天的晚上，回到家中的小智和庫庫伊博士發現看家的岩狗狗居然受了傷。為了找出它受傷的原因，庫庫伊博士在家中安裝了監控，秘密監視著岩狗狗的動向。監控中的岩狗狗居然跑到了外面。慌忙追趕的小智，親眼目睹了意外的景象。
小智、水蓮、瑪奧與寶可夢們今天在海邊玩耍。正當木木梟與球球海獅一起進入水氣球裡玩鬧時，突然一陣狂風吹來，木木梟與球球海獅連同氣球一起被吹向了遠方。在兩隻寶可夢正因迷路困惑不已時，野生的火斑喵出現了。看樣子，火斑喵似乎能把兩隻帶回原來的地方，只是…
小智今天到學校了之後發現自己重要的電Ｚ不見了。就在小智慌忙地尋找時，沉迷偵探劇阿羅拉偵探拉奇的洛托姆決定化身成偵探去尋找小智的電Ｚ，然而電Ｚ卻出現在了意想不到的地方…。
小智因為要幫助瑪奧製作出特色的燉菜，所以決定與瑪奧一起外出尋找製作特色燉菜的重要材料「金黃色花蜜」；在過程中瑪奧的甜竹竹也進化成了甜舞妮…，到底他們是否能夠成功找到呢？
馬瑪內提議小智進行特訓，這時給予小智Ｚ手環的寶可夢「卡璞・鳴鳴」再次出現了！為了要測試小智他們的實力，於是與「卡璞・鳴鳴」的第二次對戰馬上就要開始了！
小智在聽說有關寶物島的資訊後，決定與皮卡丘一起前往小島進行探險。羈絆進一步加深的小智和皮卡丘，在黃昏時發現了懸浮在空中閃耀著光芒的寶可夢，原來其真實面目是…？
這天，以前和小智一直碰到面的火斑喵前來求助。似乎和火斑喵一起生活的年老的長毛狗的身體狀況變差了，小智一行決定前往查看，發現長毛狗已經快不行了，而長毛狗也知道自己來日不多，想讓火斑喵能夠過著屬於自己的生活…。
小智為了要幫助火斑喵學會絕招「火焰牙」，於是與卡奇來到沙灘上進行特訓。這時，一個鏟子朝他們移動過來了，原來牠是寶可夢「沙丘娃」，而過程中牠發生了可怕的變化…。
小智和庫庫伊博士去聽阿羅拉非常著名的DJ雷歐和他的夥半「阿羅拉三地鼠」的演唱會，而此時在他們身後，一個小小的身影探出頭來，與此同時三地鼠似乎相互之間鬧不合，到底演唱會還能開得成嗎？
寶可夢學校即將要舉行教學觀摩活動，小智即將作為代表上台發言，而小智的媽媽花子也應校長成也・大木的邀請從關都地方千里迢迢趕過來，而這時沒想到骷髏隊也來亂，到底結果會如何呢？
火箭隊三人組偷偷觀察小智在寶可夢學校和卡奇使用Ｚ招式，受到了很大的衝擊。他們決定去找Ｚ純晶，卻面臨一大群阿羅拉的樣子的拉達和小拉達的攻擊。不僅如此他們還在途中遇上了同樣看上Ｚ純晶的骷髏隊……
馬瑪內在某一天偶然聽到父母的談話說到似疑要搬家的相關話語，聽到消息馬瑪內內心百感交集，一想到和同學相處時光即將結束就覺得難過，而害怕和同學們分開的他陷入了矛盾和糾結當中，但事實卻不是這樣…。
小智在學校與同學們討論最近大街上出現一個很厲害的訓練家，他便想去一探究竟。但是在他見到那個訓練家並努力和他搭話時，莉莉艾突然過來了，原來那個訓練家是莉莉艾的…。
小智與他的同學們熱烈議論前一天晚上寶可棒球賽的時候，庫庫伊博士告訴他們，今天職棒選手奧魯奧魯將會來教授寶可棒球課程。小智一行人會在激烈的比賽中，會打出怎樣的風格呢？
小智一行人來到一座森林中露營，就在他們玩得起勁之時，水蓮向他們講述了這個森林的一個可怕傳說：人們會在這個森林中突然睡著，起來後會變得骨瘦如柴。強行鎮定下來的一行人，卻在自由活動時一個一個接連倒下……
今天在學校，庫庫伊博士表示為了讓學生們熟悉除了自家以外的寶可夢提出了互相交換寶可夢的課題，並以抽籤決定交換對象。抽籤結果，小智與莉莉艾互相交換皮卡丘與六尾，然而莉莉艾卻還是不敢摸皮卡丘。
小智與同學今天向阿卡拉島出發，同行的是阿卡拉島島嶼女王麗姿，帶著鬃岩狼人的麗姿出現後讓小智大為感動，但其實麗姿似乎很容易受感動而哭，但有時又大笑，是個性情中人，到底小智的阿卡拉島之旅會有什麼有趣的事發生呢？
今天在阿卡拉島小智他們的課程是，與擁有在移動中發現隱藏物品的能力的寶可夢長毛狗一起進行尋寶。在選好作為搭檔的坐騎寶可夢長毛狗後，小智他們立刻開始了行動。但是，水蓮所選擇的長毛狗卻因為不聽水蓮的話而陷入苦戰。
小智他們今天依然在阿卡拉島持續特別教學。這天是自由活動時間，小智看到水蓮在準備釣竿，於是興致勃勃地和她一起去釣魚。麗姿見到後建議他們去潺潺之丘，但是在那裡他們卻遇到了特別的東西…！
今天島嶼女王麗姿帶領小智他們參加阿卡拉島上位於維拉火山公園的祭典。就在小智的火斑喵將被戴上維拉之冠的時候，一隻阿羅拉的樣子的嘎啦嘎啦出現並奪走了維拉之冠。卡奇追了上去並與其戰鬥，但即使使用Ｚ招式也敗陣下來。
充滿鬥志的小智已經迫不及待地想與島嶼女王麗姿進行大考驗，可這之前他還有課程要上。於是麗姿安排了這麼一次考驗，臨行前還偷偷向與小智一同行動的瑪奧囑咐了什麼。
小智在阿卡拉島一直不斷的訓練後，終於要來到與島嶼女王麗姿進行大考驗的這一天了。面對阿卡拉島上最困難的寶可夢決戰，小智的岩狗狗卻表現得異常亢奮，到底小智是否有辦法打贏麗姿呢？
小智與麗姿的大考驗結束之後，阿卡拉島的戶外課程也接近尾聲。這一天晚上，小智的岩狗狗失蹤了。小智急著出門尋找，結果並沒有找到岩狗狗。第二天，和夥伴們一起繼續尋找岩狗狗的小智面前，某隻寶可夢出現了。
今天火箭隊三人組又是為了小智的皮卡丘向小智發起了對戰。結果在對戰後被擊敗的武藏和謎擬Ｑ與夥伴失散了！這時候，武藏發現謎擬Ｑ的畫皮破了！她該怎麼辦呢？而武藏為了謎擬Ｑ決定…。
今天火箭隊三人組又是為了小智的皮卡丘向小智發起了對戰。結果在對戰後被擊敗的武藏和謎擬Ｑ與夥伴失散了！這時候，武藏發現謎擬Ｑ的畫皮破了！她該怎麼辦呢？而武藏為了謎擬Ｑ決定…。
小智與水蓮今天在海邊碰到了正在進行精彩表演的花漾海獅和它的訓練家。他們是在周遊世界的「海洋居民」，正在附近尋找沉沒的船隻。對他們說的內容很感興趣的小智和水蓮，決定幫他們一起找船。但是，這時候火箭隊三人組出現了。
小智和學校的朋友們一起參加利用蟲電寶的電力運作的汽車拉力賽，小智與卡奇和馬瑪內以「馬瑪內研究室隊」為隊名參加蟲電寶競跑大賽，但是隊友馬瑪內的蟲電寶卻怎麼也跑不快…。
小智與同學們前往小智的出身地關都地區進行校外教學。回到了久違的故鄉真新鎮的小智，因為與小剛和小霞，大木博士和懷念的寶可夢們再會而十分高興。然而沒想到寶可夢們，在大木研究所裡迷路了。
寶可夢學校的學生們在華藍市體驗道館戰，同學們接受作為特別講師的小剛和小霞的授課。對此感到不滿足且喜歡對戰的小智和同學卡奇提出了認真進行道館對戰的申請。於是小智與小霞、卡奇與小剛進行了對戰。
在某一天小智的夢裡出現了不可思議的情況，索爾迦雷歐和與露奈雅拉出現在日輪祭壇與小智進行了一個「約定」。隨著這兩隻傳說的寶可夢消失在一道光芒裡，小星雲誕生了…。
小智將小星雲帶來學校，但寶可夢學校的學生們陸續被小星雲使用瞬間移動變到了奇怪的地方，大家到底被變去了哪裡呢？而也因為這樣寶可夢學校陷入了混亂，到底最後會如何呢？
這一天小智與學校的同好們往以太樂園去參觀，過程中百變怪因害怕打針而逃跑，而且變身成了其他在寶可夢保護區的寶可夢，究竟大家有沒有找到百變怪呢？而一場混亂中…。
小智與莉莉艾的哥哥格拉吉歐再次相遇了，小智發現他身邊帶著一隻陌生的寶可夢，而這時小智在與格拉吉歐對戰的過程中，鬃岩狼人似乎因為被弄髒了而起來不得了的變化…。
今天小智和他的同學們在庫庫伊博士的家裡舉辦了一場過夜派對。大家進行著遊戲、吃著好吃的食物，場面十分熱鬧，而這時小星雲把莉莉艾傳送到格拉吉歐和他的寶可夢那，使莉莉艾受到了不小的驚嚇…。
因為以前某個事件的關係，莉莉艾的記憶有部分想不起來。在回家途中，小星雲使用了瞬間移動，將她和小智傳送到了多個記憶中的地點。最後，他們到達了以太基金會的地下實驗室，卻發現…。
莉莉艾恢復了過去的記憶，另一方面，以太基金會的分部長扎奧博對自己工作失敗使得自己的立場很危險感到非常不滿。他為了能在基金會得到權力，展開計劃將小星雲誘拐到以太基金會…。