小智和皮卡丘由於某個原因來到了一個陌生的地方。那個地方不但沒有人影，連城鎮都變成荒蕪的廢墟了…。小智和皮卡丘得知造成這一切的元兇是某隻強大的究極異獸後，決定和捷拉奧拉還有迪亞並肩作戰！小智有辦法拯救孤軍奮鬥的迪亞和捷拉奧拉嗎？
當小智一行人準備放學時，小剛和小霞來到了寶可夢學校。由於他們兩個是第一次來到阿羅拉地區，所以小智一行人興沖沖地要帶他們去觀光。他們會去哪些地方玩呢？
小剛和小霞來到阿羅拉玩了。今天在小剛的提議下，小智一行人為了見島嶼女王麗姿而前往阿卡拉島。麗姿一聽說小剛以前是道館館主，馬上就對小剛提出對戰請求！兩人熱血的對戰結果會是…？
小智等人來到波尼島做自由研究。他們各自決定了自己的研究主題後，開始努力進行研究。這時，他們遇見了一位叫哈普烏的女孩子，但哈普烏卻以為小智是偷白蘿蔔的小偷…，而且連骷髏隊也登場了，看來這將會是不平靜的一天！
小智一行人在波尼島上做自由研究。正當莉莉艾在觀察波尼島的寶可夢時，卻遇見了哥哥格拉吉歐！格拉吉歐在波尼島做什麼呢…？小智和格拉吉歐的鬃岩狼人將展開一場激烈對戰！
想讓蟲電寶進化成鍬農炮蟲的馬瑪內，決定到有著奇妙力量的波尼大峽谷去。馬瑪內有辦法讓蟲電寶進化嗎!?另一方面，見到師傅伊雅跟西獅海壬的水蓮跟球球海獅，鼓足了幹勁想把師傅的招式全都學起來…。
小智和卡奇為了見波尼島的守護神「卡璞・鰭鰭」，在彼岸遺跡進行了激烈的對戰。但他們在神聖之地進行對戰的行為觸怒了卡璞・鰭鰭，害小智被抓了起來！卡奇必須在時限內將卡璞．蝶蝶的鱗粉拿過來才能解救小智。小智和卡奇的命運究竟會如何呢？
格拉吉歐為了見彼岸遺跡的守護神「卡璞．鰭鰭」而來到波尼島，因為卡璞．鰭鰭似乎擁有神奇的力量能讓人們見到已經過世的對象。聽到這個消息後，瑪奧吐露出的真心話是…？
在彼岸遺跡舉行完島嶼女王的就任儀式後，哈普烏就正式成為波尼島的島嶼女王了。小智終於得以挑戰大考驗了！小智會派哪隻寶可夢挑戰哈普烏的重泥挽馬呢!?他有辦法成功突破大考驗嗎？
在阿羅拉非常受歡迎的寶可夢合作運動就是「寶可高爾夫」。某天，小智一行人遇見了知名的職業高爾夫選手卡希麗和她的搭檔銃嘴大鳥阿鰹。他們決定在課堂上一起打寶可高爾夫！
小智等人從波尼島搭船回來時，船上居然有一群神祕生物…？牠們不只闖入火箭隊的秘密基地，將小次郎最珍惜的收藏品吃掉，還跑到寶可夢學校吃掉馬瑪內帶來的工具，引發了一陣大騷動！這群神祕生物會是新種寶可夢嗎？
小智請大木博士幫忙調查後，發現神祕生物真的是新種的寶可夢，因此他們幫牠取了美錄坦這個名字！可是才剛取完名，美錄坦就陷入了快被火箭隊捉走的危機！事情到底會怎麼發展呢？
小智一行人來到了電視台，要幫參加猜謎節目的馬瑪內加油。他們和「阿羅拉偵探拉奇」的製作人再會之後，受邀到錄影現場觀摩。在現場，他們看到了天才童星鯉魚王－小鯉。可是，小鯉的模樣看起來似乎有點不太對勁…？
某天晚上，突然發生了持有Z純晶的訓練家接連遇襲的案件！這起案子的犯人是究極異獸－費洛美螂！費洛美螂似乎正在收集Z純晶…？就在這時，喵喵居然愛上了費洛美螂？
為了聽庫庫伊博士宣布重大消息，小智一行人來到了以太樂園。博士發表的內容是「阿羅拉寶可夢聯盟」的舉辦消息。阿羅拉地區的民眾得知後都非常開心。就在這時，從電視上得知這個消息的骷髏隊老大－古茲馬居然闖進了寶可夢學校！他以前似乎和庫庫伊博士有過什麼過節…？
莉莉艾和格拉吉歐堅信父親莫恩還活著，因此到扎奧博的研究室尋找莫恩的研究資料。看到他們的模樣，露莎米奈決定帶他們去莫恩的房間。在那裡，莉莉艾找到了某樣東西！
小智一行人來到了烏拉烏拉島的馬利埃靜市觀光。在忍者導遊－ 穿孔竹輪的帶領下，眾人沉浸在觀光的樂趣中。就在這時，瑪奧的髮飾突然被風吹走了！為了追回瑪奧的髮飾，謝米、小渚還有美錄坦就這麼和大家走散了？
小智一行人來到了馬利埃靜市以關都地區的道館為原型建設的遊樂設施－關都之道館。在那裡等著小智一行人的是不知為何穿著忍者裝的道館訓練家們！只要贏過各樓層的道館訓練家，就能在最高層和頭領進行寶可夢對戰。誰會最先抵達最高層呢？
馬瑪內要參加鍬農炮蟲競跑。為了得到冠軍獎品「蟲Z」，他拼命特訓！大賽當天，馬瑪內遇見勁敵疾風，兩人間擦出了激烈的火花。但火箭隊卻企圖趁比賽時將鍬農炮蟲一網打盡…。
小智一行人來到了無人島玩，正當他們在海邊玩時，傳說的寶可夢蓋歐卡突然出現了！可是蓋歐卡看起來很沒精神…!?而且還出現了想捕捉蓋歐卡的寶可夢獵人！小智一行人有辦法保護蓋歐卡嗎？
為了拿大蘑菇，瑪奧來到了智揮猩的店裡。店裡有很多寶可夢來光顧，非常忙碌，因此瑪奧也留下來幫忙！正當她忙著配合寶可夢的喜好端出一道道料理時，卡璞・鳴鳴居然也來了！瑪奧有辦法做出合卡璞・鳴鳴胃口的料理嗎？
火箭隊的武藏一行人不小心騙總部他們抓到穿著熊了。正當他們不知道該怎麼辦時，真鳥特地來到阿羅拉要帶走穿著熊。武藏們究竟該如何是好呢？
為了參加阿羅拉寶可夢聯盟，寶可夢學校的同學們開始進行Z招式的特訓。在卡奇的提案下，小智和馬瑪內決定到卡奇家集訓。爆焰龜獸在集訓期間，一下陪鍬農炮蟲特訓，一下阻止調皮的嘎啦嘎啦亂來，就像是大家的好哥哥一樣。爆焰龜獸和卡奇又是怎麼相遇的呢…？
在童偶熊座流星雨即將登場的這天，阿羅拉各地發生了東西莫名被斬斷的事件！犯人是究極異獸紙御劍！小智等人究極防衛隊有辦法順利將紙御劍送回原本的世界嗎!?除此之外，還發生了驚人的事件…。
某天，芭內特博士找到庫庫伊博士小時候的照片。照片裡的庫庫伊抱著寶可夢超級招式圖鑑，和火斑喵站在一起。同一時刻，小智在森林中特訓時，幻之寶可夢時拉比突然出現。時拉比使出穿越時空，讓小智和炎熱喵回到了過去，這時他們遇見的是…。
小智和炎熱喵被時拉比的穿越時空傳送到過去了。他們後來順利回到現代和皮卡丘牠們會合了，但皮卡丘牠們卻全身髒兮兮的…。在小智和炎熱喵回到過去時，皮卡丘牠們究竟經歷了什麼樣的冒險呢？
莉莉艾為了成功使出Ｚ招式，請小智等人一起來到家裡特訓。在那裡，莉莉艾為小智等人介紹靜止不動的幻之寶可夢－瑪機雅娜。莉莉艾無論如何都想讓瑪機雅娜動起來，可是…。另一方面，格拉吉歐在美樂美樂島的森林中遇見了某隻寶可夢…。
小智一行人終於來到阿羅拉寶可夢聯盟的舉辦地點－瑪納羅競技場了。他們各自去逛對戰場地和購物中心，但骷髏隊卻突然來攪局，引發了陣陣騷動。庫庫伊博士和古茲馬以前究竟有什麼過節呢…？
阿羅拉寶可夢聯盟的預賽－皇家對戰拉開序幕了！151組參賽選手將進行大混戰，最後剩下的16組選手才能晉級決賽淘汰賽！小智一行人有辦法打贏強敵，晉級決賽淘汰賽嗎？
阿羅拉寶可夢聯盟的決賽淘汰賽開始了！第一輪比賽的第一場比賽是小智對上扎奧博，小智會如何破解扎奧博的策略呢!?第二場比賽是伊利馬對上古茲馬！第三場比賽是哈烏對上大木校長！然後第四場比賽是瑪奧VS水蓮超越友情的熱血對戰！
決賽淘汰賽第一輪賽程的第五場比賽是馬瑪內對上茉莉！最令人驚訝的是第六場比賽是武藏對上小次郎！火箭隊之間的對決，果然翁和好壞星，贏的會是哪邊呢!?然後第七場比賽是卡奇對上阿塞蘿拉，第八場比賽則是莉莉艾對上格拉吉歐的兄妹對決！
為了和哈烏的狙射樹梟對決，小智和木木梟特地早起特訓。就在這時，銃嘴大鳥和小篤兒牠們也來了，牠們想教木木梟學會「羽毛舞」！木木梟能順利學會羽毛舞嗎!?小智跟哈烏的對決終於要開始了…！
阿羅拉寶可夢聯盟決賽淘汰賽第二輪賽程，小智和哈烏的對戰正如火如荼的進行中。小智的木木梟千鈞一髮躲過了哈烏的狙射樹梟施放的Z招式。木木梟有辦法使出特訓的羽毛舞嗎？在小智和哈烏的對戰告一段落後，接下來就是卡奇對上馬瑪內的比賽了！
阿羅拉寶可夢聯盟決賽淘汰賽第二輪賽程的第三場比賽是卡奇對上馬瑪內。卡奇和噴火龍面對徹底研究過卡奇戰鬥方式的馬瑪內和鍬農炮蟲，陷入了苦戰。他們兩個哪邊會獲勝呢？第四場比賽是水蓮對上骷髏隊的老大古茲馬…前四強終於要出爐了！
為了幫卡奇加油，他的妹妹星兒來到了瑪納羅競技場。就在這時，骷髏隊突然出現，這時拯救她危機的是卡奇準決賽的對戰對手－格拉吉歐！看到星兒，讓格拉吉歐想起了小時候的莉莉艾。準決賽第一場比賽是卡奇VS格拉吉歐。同樣身為哥哥的兩人將展開激烈的一戰！
阿羅拉寶可夢聯盟準決賽第一場比賽－卡奇VS格拉吉歐終於分出勝負了！第二場比賽是企圖毀掉阿羅拉寶可夢聯盟的骷髏隊老大－古茲馬對上小智。小智會怎麼迎戰擁有不敗傳說的古茲馬呢？
準決賽第二場比賽，由於具甲武者的特性是「危險迴避」，因此巨鉗螳螂突然被換上場，而且還輸給了炎熱喵。具甲武者擅作主張讓古茲馬非常生氣。他原本在比賽中佔上風，卻因為在小智身上看到年輕時的庫庫伊的影子，而逐漸亂了自己的步調…。
順利晉級阿羅拉寶可夢聯盟決賽的人是小智和格拉吉歐！雙方在家人朋友還有觀眾的熱烈歡迎之下，終於站上了決賽的舞台！能成為阿羅拉寶可夢聯盟初代冠軍的會是哪一邊呢？
阿羅拉寶可夢聯盟的決賽終於開始了！小智VS格拉吉歐！小智的美錄梅塔被銀伴戰獸打敗後，他派出了皮卡丘打敗銀伴戰獸，然後皮卡丘和索羅亞克的對戰就這樣開始了。能奪下阿羅拉寶可夢聯盟初代冠軍寶座的會是哪一邊呢？
在阿羅拉寶可夢聯盟的初代冠軍頒獎典禮上，突然出現了究極異獸．惡食大王！面對破壞會場的惡食大王，小智一行人和皇家蒙面人還有島嶼之王、島嶼女王們將會挺身而出！
小智一行人順利將惡食大王送回究極之洞了！就在這時，大家得知了皇家蒙面人就是庫庫伊博士！當會場充滿驚訝與興奮的聲音時，小智和庫庫伊博士的表演賽終於要開始了！6對6的全面對戰，最後會鹿死誰手呢？
小智和庫庫伊博士的表演賽越來越精彩了！小智的鬃岩狼人有辦法閃過勇士雄鷹使出的岩崩嗎!?還有，庫庫伊博士的妙蛙花和小智的木木梟究竟哪邊會贏呢…？
小智VS庫庫伊博士的表演賽來到了四顎針龍VS路卡利歐的對決！四顎針龍的十字剪和路卡利歐的近身戰激烈碰撞！然後，下一場是炎熱喵和熾焰咆哮虎的對決。炎熱喵有辦法打贏至今從未贏過的熾焰咆哮虎嗎？
卡璞・鳴鳴臨時和庫庫伊博士搭檔，代替庫庫伊博士的第6隻寶可夢參加了表演賽。因此最後一場比賽變成皮卡丘VS卡璞・鳴鳴的命運對決！雙方的Ｚ招式在對戰場地上激烈碰撞，最後贏得表演賽的會是哪一邊呢？
阿羅拉寶可夢聯盟結束後，大家又回到了平凡的日常生活中。庫庫伊博士在寶可夢學校問大家放長假有什麼打算。小智聽了大家的預定和夢想後，內心默默下了某種決心。
小智決定回到真新鎮，但卻無法對大家說出口…。同一時刻，火箭隊和謎擬Ｑ牠們道別的時刻也近了…。小智與學校的好朋友們，將迎接全新的未來與走向各自的旅程…。