在以太基金會事件之後小智對於小星雲的事感到不安。就在這時，他得知了莉莉艾像格拉吉歐一樣離家出走了。被接踵而至的騷亂所困擾的小智，找到了島嶼之王哈拉商量。
小智一行人來到了波尼島日輪祭壇要與傳說中的寶可夢索爾迦雷歐見面，而在那兒等著的卻是阿羅拉地區的四位島嶼守護神，隨後小星雲與小智一同使出了日光迴旋下蒼穹，並搭載著小智一行人進入了究極空間。
藉著索爾迦雷歐的力量小智一行人穿越了究極之洞，好不容易來到了究極異獸所居住的世界。雖然試著救出露莎米奈，但擋在他們面前的是被究極異獸所操控的寶可夢們。
被究極異獸操縱的露莎米奈追著小智一行，然而露莎米奈的寶可夢們卻一直打不敗一直復活，讓大家陷入了危機。後來，莉莉艾決定不顧危險，要用真誠的心去感化被虛吾伊德控制的露莎米奈…。
解決了究極異獸事件之後，在恢復和平的某一天庫庫伊博士決定要向芭內特博士求婚，並在小智一行人的協助下舉行了婚禮，在此同時小星雲也將要離開了小智一行人…。
大木校長帶著樹枕尾熊來到了寶可夢學校。小智一行人從校長那裡聽到了關於樹枕尾熊的事情之後，這時胖丁突然出現了，會唱歌讓人睡覺的胖丁與一直在睡覺的樹枕尾熊不可思議對決即將展開…。
今天是寶可夢學校的休息日，庫庫伊博士、芭內特博士與小智一起出門，留在家裡的洛托姆，偶然狀況下通過形態變化變成清洗形態，而且還繼續變成了旋轉洛托姆與加熱洛托姆，似乎場面變的一團亂…。
火箭隊的小次郎想要嘗試收服輕飄飄但是最後失敗了，而在此同時好壞星遇見了超壞星，而小次郎發現好壞星對超壞星似乎有好感…。到底小次郎的選擇會是如何呢？好壞星最後結果是決定了…？！
瑪奧和水蓮在寶可夢學校聽說了水蓮的妹妹詩婷和詩涵在森林裡迷路的時候被神秘的寶可夢幫助了，這時他們想起來以前也是在森林被一隻叫「老爺爺」的寶可夢給救了，洛托姆怎麼猜也猜不出來到底是誰，而火箭隊這時卻…。
小智一行人來到了被雪終年覆蓋的拉納基拉山。他們在那裡與「寶可雪橇跳躍大賽」雪上運動專家莎拉見面了，而且小智與同學們也參加了這個比賽，島嶼之王哈拉也來參與這場比賽，勝負到底結果如何呢？
究極異獸突然出現在美樂美樂花園，在露莎米奈指示之下，小智一行人以究極防衛隊的隊員身分出動。他們的目的是捕捉究極異獸，並讓牠回到原來的世界！小智等人的第一次任務有辦法順利成功嗎…？
某一天喵喵珍藏的冰淇淋被武藏吃掉了，因此牠傷心欲絕地離開了秘密基地。就在這時牠偶然遇見了阿羅拉喵喵。阿羅拉喵喵非常機靈，因此武藏和小次郎都希望牠能加入火箭隊，但喵喵卻非常反對…。
小智在電視上看到阿羅拉傳統的4人混戰「皇家對戰」後，非常感興趣，因此前往了會場。在那裡，小智和火斑喵將挑戰在皇家對戰中全勝無敗的皇家蒙面人，最後贏家會是誰呢？
小智和皮卡丘到市場買東西時，遇見了爭吵中的投擲猴群。看來似乎是阿卡拉島和美樂美樂島的投擲猴在爭奪老大地位，而且美樂美樂島的投擲猴輸了。小智看到美樂美樂島的投擲猴這麼消沉，決定助牠們一臂之力。
小智等人某天在寶可夢學校進行對戰練習時，畢業生伊利馬突然現身了。瑪奧和馬瑪內說伊利馬是寶可夢學校創校以來的天才，而且還留下了許多傳說。小智等人為了親眼見證傳說，決定去找伊利馬。他究竟留下了哪些傳說呢？
今天寶可夢學校上的課程是訓練家和寶可夢一起打乒乓的寶可乒乓。庫庫伊請了伊利馬當特別講師，在他的指導下，小智等人也開始挑戰打寶可乒乓！課程結束後，小智等人受邀到伊利馬參賽的寶可乒乓大賽觀賽。伊利馬上次大賽敗在決賽，他這次能奪冠嗎？
寶可夢學校的課程進行到一半時，謎樣寶可夢突然出現在皮卡丘面前！其實牠和皮卡丘之前就見過面，牠似乎很在意皮卡丘，便將皮卡丘帶到學校外面去了。小智發現皮卡丘不見後慌張地開始找，但這時，火箭隊卻突然出現…。
今天是寶可夢學校的工作體驗日，但喬伊小姐卻感冒了。小智與寶可夢學校的好朋友們只好代替喬伊小姐做寶可夢中心的工作。這時，骷髏隊的人卻突然出現…。
某天，馬瑪內跟家人一起去露營時，在竹林裡發現了埋在土裡的謎樣銀色金屬。他和托戈德瑪爾還有蟲電寶將牠挖出來一看，才發現上面疑似長著一張臉。馬瑪內認為這可能是自己喜歡的童話故事「星舟輝夜」裡的輝夜也說不定。真相究竟為何呢…？
一位名叫布魯根的男人突然出現在卡奇家的牧場，還說要將牧場買下來改建成渡假飯店。卡奇的家人拒絕了他的要求之後，他卻用盡各種手段企圖阻礙牧場的經營。生氣的卡奇決定和布魯根進行寶可夢對戰，但是…。
在美樂美樂島的某座森林中，野生的滴蛛踏上了旅程，開始尋找屬於自己的水源。滴蛛在外面的世界第一次看到大海，在爭奪水源的對戰中輸給了別的滴蛛。就像這樣，滴蛛在旅途中有了各式各樣的經驗。但是，最令人意外的是，滴蛛居然愛上了偶然遇到的水蓮!?
出外旅行學習烹飪技巧的瑪奧哥哥－烏魯，難得又回到老家艾納餐館來了。烏魯說想參加一年一度的阿羅拉麵包嘉年華，但其實他還有別的目的…。看來艾納餐館或許會發生一陣小騷動!?
某天，火箭隊發現好壞星已經會用惡屬性的招式了，由於他們手上已經有惡Z，因此他們開始討論起該怎麼拿到Z手環。就在這時，阪木叫他們去找烏拉烏拉島的島嶼之王要Z手環。火箭隊有辦法得到Ｚ手環嗎!?
小智等人為了挑戰諸島巡禮，來到了烏拉烏拉島。可是他們到處都找不到島嶼之王。在島上的少女阿塞蘿拉的協助下，他們終於找到了島嶼之王默丹。默丹會讓他們接受大考驗嗎!?
小智為了變強，決定請島嶼的守護神卡璞．哞哞幫他特訓。在阿塞蘿拉的帶路之下，小智終於順利來到卡璞．哞哞面前了，但卡璞．哞哞卻不打算理會他…。
學會用Z招式的武藏等人，為了抓皮卡丘而展開行動。為了挑戰默丹的大考驗，變得更強的小智＆皮卡丘將和得到Ｚ手環的武藏＆謎擬Q展開一場激烈對戰！
小智終於要挑戰默丹的大考驗了。烏拉烏拉島的大考驗內容為挑戰者必須用一隻寶可夢連續打倒默丹的三隻寶可夢。默丹一開始派出的是流氓鱷。小智和鬃岩狼人是否能發揮特訓的成果，突破大考驗呢!?
小智一行人去看了美樂美樂島的煙火大會。在那裡，他們偶然看到一個煙火人做出了節目表上沒有的表演。隔天，一行人在學校聊這個話題時，突然接到究極防衛隊出動的指令。這次的指令似乎跟謎樣煙火人有關係，他的真面目究竟是什麼呢…？
今天是寶可夢學校的學生去校外教學的日子。小智一行人要到輝克拉尼天文台觀察流星寶可夢．小隕星。在那裡，小智一行人偶然遇見了掉到地面上的小隕星。雖然他們很快就和小隕星變成朋友了，但小隕星這種寶可夢其實還藏有一個秘密…。
小智等人為了回美樂美樂島，打算繞近路從洞穴走回乘船處，但卻迷路了，而且大家都走散了。就在這時，莉莉艾、瑪奧、馬瑪內遇見了阿羅拉穿山鼠，穿山鼠們似乎有個想戰勝的對手，莉莉艾為了幫牠們，會採取什麼行動呢…？小智等人能否順利走出洞穴呢？
皇家對戰在阿羅拉地區非常流行，小智在電視上看到皇家蒙面人的活躍後，決定和庫庫伊博士還有芭內特博士一起到皇家巨蛋去看比賽。但是，皇家蒙面人的對手卻一直使出骯髒的手段，看不下去的小智和炎熱喵居然也跑上了擂台？
寶可夢學校要舉辦訓練家幫寶可夢編舞，讓寶可夢跳舞的「寶可舞蹈」發表會。大家為了充分地將搭檔寶可夢的魅力表現出來，紛紛開始編舞。發表會上會看到哪些精彩的舞蹈呢？
今天寶可夢學校請到以太基金會的扎奧博當特別講師。為了讓孩子們對科學產生興趣，他準備了一台可以將任何東西變小的機器。本來大家很期待扎奧博示範它的功能，但機器卻完全不動。雖然之後好不容易才動起來，卻不小心將小智等人變小了…。
某天黃昏，小智在市場遇見了一位畫技很棒的女性。她的名字叫茉莉，似乎擁有感應寶可夢心情的力量。她一看到毒貝比就知道毒貝比喜歡畫畫，而且還感受到毒貝比的心情…毒貝比內心究竟在想什麼呢？
寶可夢學校的操場突然出現一個巨大的跳箱。小智等人以為那是庫庫伊博士為了上課準備的，紛紛上前想挑戰。但就在這時，究極防衛隊突然接到緊急出動的請求！到底又出現了什麼樣的究極異獸呢？
小智等人來到了專門為寶可夢打造的渡假村「寶可夢天堂渡假村」。由於最近究極防衛隊頻繁地出任務，因此露莎米奈特地招待他們到渡假村休息。可是火箭隊卻暗中盤算著想抓小智等人的寶可夢…。
某天早上，小智發現庫庫伊博士和芭內特博士看起來跟平常不一樣，非常沒有幹勁。在阿羅拉罕見的陰天中，小智來到了寶可夢學校。他和大家聊過後，發現大家的爸爸媽媽似乎都很沒有精神。為了解開這個謎，露莎米奈命令究極防衛隊出動，並告訴大家即將有成員要加入究極防衛隊。新成員究竟是誰呢…？
露奈雅拉和一隻神秘寶可夢突然出現在究極防衛隊面前。正當露奈雅拉和神秘寶可夢激戰時，企圖捕捉他們的火箭隊突然出現！而且連索爾迦雷歐都來了…！阿羅拉地區究竟會變成什麼樣子呢…？
為了拯救阿羅拉脫離危機，小智等人究極防衛隊的成員前往究極之洞另一頭的世界。在那裡等著他們的是什麼呢…？火箭隊真正的目的又是什麼呢？小智等人要如何讓阿羅拉地區恢復和平呢？
小智一行人終於查出光輝大神傳說的真相。但卻不知該怎麼做才能讓阿羅拉地區脫離危機…。正當小智等人煩惱時，卡璞・鳴鳴採取了某個行動！大家同心協力一同取回阿羅拉的和平吧！去吧！小智！加油啊！究極防衛隊！
小智一行人來到住了大群皮卡丘的皮卡丘山谷玩。在那裡，他們遇見了一位名叫皮卡菈，超喜歡皮卡丘的奇妙大姊姊。小智一行人受到皮卡菈和山谷中的皮卡丘歡迎，正要和樂融融地一起玩時，企圖抓皮卡丘的火箭隊卻突然出現在山谷裡…！
皇家巨蛋最強的皇家蒙面人要到美樂美樂島辦握手會了！小智和芭內特博士得知消息後，馬上說想跟庫庫伊博士一起去握手會。但庫庫伊博士不希望自己身為皇家蒙面人的秘密曝光，他要怎麼度過這個危機呢？
今天寶可夢學校要在體育館舉辦話劇發表會。小智和寶可夢學校的同學們雖然緊張，還是在家人面前努力地表演話劇。就在這時，火箭隊偶然撿到小智的劇本，就這樣跑上舞台跟他們一起演戲，發表會究竟會變成什麼樣子呢？
某天，水蓮的妹妹詩婷和詩涵突然說想要去鬼屋玩。水蓮在寶可夢學校跟大家說了之後，剛好來學校辦事的阿塞蘿拉便提議自己動手做鬼屋。他們究竟會將學校佈置成什麼樣的鬼屋呢？
以維拉火山為中心出現了磁力異常的現象！由於這樣會對究極氣場的探測造成影響，因此露莎米奈請小智他們究極防衛隊的成員到現場去調查。小智等人是否能查出異常現象的原因呢？
小智一行人來到了以太樂園。這一天，火箭隊剛好也來到了以太樂園。火箭隊的目的是將以太樂園保護區內的寶可夢全都一網打盡。但不知為何，他們卻遇到一隻一直纏著武藏不放的童偶熊。
小智在美樂美樂島的森林中，偶然遇見島嶼之王哈拉的孫子哈烏。得知哈烏為了接受大考驗正在特訓中，小智馬上就邀哈烏和自己對戰。哈烏的投羽梟和小智的木木梟，對戰的贏家會是哪一邊呢？
小智一行人到阿羅拉偵探拉奇的錄影現場觀摩。在那裡，洛托姆被節目製作人看上，並受邀參與節目的演出。雖然洛托姆很開心，可是…。
有隻伊布孤零零地在海邊吃樹果。這隻伊布似乎是為了見某人才到鎮上來的。可是牠卻被壞心眼的阿羅拉貓老大追著跑！伊布的命運究竟會如何呢？
某天小智前往寶可夢學校的路上，遇見了阿羅拉的守護神卡璞・鳴鳴。小智馬上向卡璞・鳴鳴提出對戰的請求。就在皮卡丘和卡璞・鳴鳴的電擊碰撞出激烈火花的瞬間，小智和皮卡丘一回過神來卻發現自己來到了陌生的地方…。