小智一行人在前往映雪市的途中來到了終結洞窟。進入洞窟不久後小軟就自己一個走開了！雖然他們在洞窟深處找到小軟，但小軟突然又消失了！此時，閃焰隊突然出現，並在小軟消失的地方不停攻擊！
雖然小智一行人把閃焰隊給成功擊退了，但小軟也失去了蹤影，這讓柚麗嘉非常擔心。大家在附近尋找小軟時，不小心觸怒了毒骷蛙，掘掘兔更因此受了傷！柚麗嘉覺得掘掘兔是因為自己而受傷非常的自責…。
小智一行人在森林附近休息時突然聽到嗡蝠慘叫，原來嗡蝠在森林飛翔時撞到了野生的斗笠菇因而惹怒對方，而且還因為對方的攻擊陷入中毒。此時，碰巧經過的花葉蒂為嗡蝠解毒，為甚麼此事會令斗笠菇更加憤怒呢？
莎莉娜突然收到了一封邀請信，內容是要招待她參加一個以神奇寶貝表演家為對象的舞會。表演家和神奇寶貝要以一男一女的組合參加，莎莉娜和伊布的舞伴是希特隆和掘掘兔，此時，米茹菲也出現並且邀請小智成為她的舞伴，這讓莎莉娜感到很不是滋味…。
小智一行人在旅程中再度與翔太重遇，並且提議來進行一場對戰。在對戰時小智的甲賀忍蛙再次改變形態！究竟是甚麼原因導致這個現象出現呢？另一早上，火箭隊襲擊熟睡中的皮卡丘！是誰把皮卡丘從危險中拯救出來呢？
死纏小智一行人不放的火箭隊，意外地與在卡洛斯地區暗中活躍的閃焰隊發生衝突。火箭隊在調查閃焰隊途中遇上和小軟很相似的神秘生物。此時閃焰隊出現並襲擊火箭隊，後來更出現了一個意料之外的人物…
小智一行人在旅程中遇見一個在荒野種植的機器人，經過調查後發現這個地方以前是一座茂盛的森林，但在某個時候急速枯萎。為了幫助機械人和同行的布里卡隆，他們運用希特隆的發明和神奇寶貝的能力不斷嘗試…
為了取得最後的公主金鑰，莎莉娜和小智一行人來到舉行新人級初階賽的芙麗市。當地名門出身的表演家艾米莉亞也參加了這次大會。面對強敵讓莎莉娜感到不安。同時有名的製作人兼前卡洛斯女王八汐也來到了會場…。
小智一行人在前往閃電鳥的祭典途中，因閃電鳥引發的雷電而躲進洞穴。他們在洞穴認識了思坦，並得知洞穴和舉辦祭典的雷土鎮相通，於是便前進了。但途中因岩石塌下，小智和其他人分開了…小智能夠繼續前進抵達祭典嗎？。
小智一行人來到加克烏魯鎮，正準備要去參觀一個寶石展時，這時警鐘突然響起，一個自稱怪盜拿酷的人在現場出現，把寶石箱的鎖打開，卻沒有偷走寶石。正當小智他們感到奇怪時，突然有一個黑影襲擊柚麗嘉…
終於來到了大師級高階賽舉行日！莎娜、米茹菲、寧寧、武藏薇等一群競敵都齊集會場！但是，能夠挑戰卡洛斯女王愛兒的就只有成功晉級決賽的一人。莎莉娜要把旅程中培養的技術和想法在舞台上表現出來！
經過了一連串的精彩對決，莎莉娜終於進入了三冠衛星賽大師級高階賽的準決賽！對手是武藏薇和好友莎娜。三個人出盡渾身解數表演，只要有少許出錯就足以影響結果。但是，莎莉娜在表演最後落地的時候卻…。
小智一行人在旅途中遇到一位帶著捲捲耳的女生，柚麗嘉請她接收哥哥後，發現原來她爸爸是世界著名的機械人公司社長，而她正在找伴侶做繼任人！她對希特隆製作的機器很有興趣，一切看來都進展得非常順利…
小智在做訓練時因為受寒而得了感冒，莎莉娜負責照顧小智，此時，自稱皮卡丘使者的吉米來找小智對戰，莎莉娜為了小智的安全，只好扮成小智和他進行對戰，此時火箭隊也出現了，事情似乎越來越奇怪了…。
小智一行人在旅途中再次與艾嵐相遇了，這時決定互相來一場對戰，順便觀察小智與甲賀忍蛙之間的情況，但是在對戰的過程中似乎出了問題，小智對戰到一半時暈倒，對戰也因此暫停…。
火箭隊來到了小木靈居住的森林裡，未經同意就吃掉了牠們的貢品而引起小木靈們的憤怒。然而其中一隻白色的小木靈卻為了搶武藏手上的馬卡龍而跟著被打飛，接著掉到了小智的頭上，於是小智一行決定要幫小木靈與夥伴團聚…。
小智在旅途中遇見了卡洛斯地方的冠軍卡露乃，把握這難得的機會提出了對戰的請求，而卡露乃也爽快的答應了，但是在對戰的過程中，小智與甲賀忍蛙又發生了令人不可思議的變化，對戰到最後小智卻又暈倒…。
小智一行在旅途中再次與翔太相遇，而翔太似乎在旅行的過程中變的更強大了，於是他們進行了一場久違的對戰，在熱烈的對戰中到底獲勝的人會是誰呢？
小智一行終於來到了映雪道館，並且向映雪道館的道館館長「得撫」先生發起了挑戰，而得撫持有著強大的冰屬性神奇寶貝，小智面對強敵是否有辦法獲得道館徽章呢？
小智因為失意自己一個人走到了一座森林裡面，途中和甲賀忍蛙思考著互相之間的關係，從以前呱呱泡蛙一路奮戰到這裡了，小智回憶著種種的過往，這時似乎雙方心意相通了，甲賀忍蛙的新型態呼之欲出！
小智經過在森林裡與寶可夢們深入交流再次得到成長。不再迷惘的小智，再次向道館館長發起挑戰。小智將竭盡至今學到的知識和經驗，以及對寶可夢們的回憶使出全力。 在他面前出現的是，最強大的敵人-超級暴雪王。
小智一行人再次路過濕地與黏美龍再次重逢，並且和他們與濕地的寶可夢們一同尋找一隻脫離群體的小碎鑽，但是這時在火箭隊又跑出來亂並且抓走其他的小碎鑽，小智一行人是否能保護牠們並且找到走失的小碎鑽呢？
小智一行人在旅途中遇到機械慶典並且也參與，火箭隊看見也想參與，但是過程中武藏一直被機械屋的機關給玩弄，而同時希特隆及小次郎對於裡面任何機關非常的瞭解，最後到底是誰能夠順利通過抵達終點呢？
卡洛斯聯盟終於盛大的開幕了，在此同時小智們的競敵也都一一聚集至會場了，小智、艾嵐、 瑅耶魯諾、翔太都很順利的通過第一輪的比賽，但是多羅巴似乎遇到了…。
卡洛斯聯盟熱情的比賽持續進行中，小智遇到了使用會超進化的阿勃梭魯，小智面對強敵是否有機會順利進到下一場比賽呢？另外競敵艾嵐和翔太也都很順利的持續獲勝中…。
卡洛斯聯盟終於來到了8強賽，小智對上了翔太，而2個人對於對方的戰鬥方式等非常了解，尤其翔太一路看著小智的對戰成長到現在，雙方在比賽碰撞出激情的火花，到底誰能夠獲勝呢？
卡洛斯聯盟小智與翔太來到了最後，翔太的蜥蜴王也會使用超級進化了，而小智派出了最終王牌甲賀忍蛙，就在最後甲賀忍蛙也變化了型態與小智同步，最後的戰鬥勝利女神會向誰微笑呢？
跟在艾嵐身邊的瑪農來到了卡洛斯聯盟，在此同時弗拉達利與布拉塔諾博士告訴小智甲賀忍蛙與他的現象是一種被稱為牽絆現象，是由於特殊的寶可夢和訓練家之間的信任關係而產生的，而小智與艾嵐的最終對決也即將開始…。
卡洛斯聯盟決賽終於要開始了，艾嵐和小智，從第一次擦肩而過起，命中注定成為勁敵的兩個人，終於一同站在這個舞台上，貫徹著自己一路走來所堅持的信念，還有贏得優勝成為最強的決心，雙方進行你來我往的全面對戰過程中，最終誰能獲勝呢？
隨著比賽的推進場上的局面越發緊張，雙方也都相繼派出了自己最後的，也是一直以來最信任的夥伴上場應戰，小智版甲賀忍蛙以勢如破竹的攻擊將超級噴火龍Ｘ的步步緊逼！雷電拳與飛水手裡劍一攻一守的激烈碰撞，將戰鬥推向白熱化的高潮！
卡洛斯聯盟決賽剛結束而已，這時閃焰隊把小智和他的寶可夢抓起來，這時閃焰隊的首領出來了，竟然是研究超進化的弗拉達利，而小軟在這個危機下也出現了變化…。
小軟與弗拉達利召喚來的「Z2」基格爾德進行對抗，在此同時布拉塔諾博士、瑪農、莎莉娜在火箭隊三人組的幫助下前往弗拉達利實驗室，而這時弗拉達利控制了小智跟他的甲賀忍蛙想要獲得他們的力量，這時弗拉達利漸漸說出來想要創造新世界的可怕目的…。
小智和艾嵐一同聯手對抗弗拉達利，而在此同時希特隆則前往被控制的道館核心要擊敗閃焰隊的幹部庫瑟洛斯奇，雖然成功的把他打跑，但是為了要停止植物的暴走，希特洛伊特決定要進入系統內部，但也因為這樣希特洛伊特犧牲了自己…。
小智一行人在希特隆和柚麗嘉的活躍下成功救回了小軟。原本以為密阿雷市遭受襲擊這一大事件落下帷幕之時，弗拉達利一方擁有的傳說中巨石發生了異變，巨石的形態發生了變化，朝著某個方向移動…。
為了救出哈力君，也為了拯救世界，小智一行人向擁有壓倒性的力量的巨石發起了挑戰。在夥伴們的幫助下，小智和艾嵐成功進入了巨石內部，小智和艾嵐能否成功救下哈力君呢？
希特隆雖然修好了希特洛伊特，但希特洛伊特失去了之前的記憶。為了接受了訓練者的挑戰，希特隆在與之前長期代理道館館主的希特洛伊特陪伴下，復任為密阿雷道館訓練家。
在莎莉娜因為身為寶可夢表演家的下一步該怎麼做而苦惱時，為了振奮正在重建密阿雷市的市民，莎莉娜計劃了一場表演賽的特別賽事。正為前路所困擾的她看著因為看了表演而恢復了笑容的人們，她做出了一個決定。
大家都以為閃焰隊的事件已經徹底結束了，但是默默逃出的庫瑟洛斯奇再次開始了他的行動。為了阻止他的野心，於是小智與小智版甲賀忍蛙向他進行對戰。隨後，小軟和Z2出現並說需要甲賀忍蛙的力量，與小智討論後的結果是...？
大家都要走向各自的道路，而咚咚鼠因為太傷心不想與大家分離而自己跑掉了，小智他們是否能找回走失的咚咚鼠呢？而大家也將陸續各自走向未來，這時莎莉娜對小智終於…？
特別播出--XYZ的傳說！
哲爾尼亞斯、伊裴爾塔爾以及基格爾德…卡洛斯地區的傳說的寶可夢。這次講述的是跨時代的卡洛斯神話，逐步揭秘卡洛斯地方的傳說的寶可夢的特別篇。布拉塔諾博士和記者三色堇到訪了卡洛斯地區最近發現的遺跡。在遺跡裡發現了一座少女石像，據說這座石像能成為解開關於傳說的寶可夢的神話之謎的鑰匙…。
特別播出--最強的二人！希特隆與天桐!!
去參加密阿雷市釣魚大會的希特隆和柚麗嘉與正在旅行中的寶可夢酒侍天桐相遇。三人互相認識一番後，希特隆兩人了解到天桐想要去稜鏡塔，所以為他帶路。隨後，由於天桐希望乘坐地下鐵以滿足心願，希特隆決定兩人一同乘坐地下鐵。這時，柚麗嘉乘坐的無人試驗車突然開走了……