小智來到了卡洛斯地方的密阿雷市，小智一得知這座城市也有道館相當開心，於是就直接前往道館，小智因為還沒有收集到其他徽章而不能掉入道館的機關，眼看就要掉下去了，這時有2個路過的人前去救了小智與皮卡丘，究竟他們是…？！
小智一行人帶著受傷的呱呱泡蛙前往布拉塔諾博士研究所，博士正在講解超進化時火箭隊也闖進了研究所，並把控制器套在烈咬陸鯊的脖子上。烈咬陸鯊也因此失去了理智，在研究所和密阿雷市大肆破壞，小智一行人是否有辦法阻止火箭隊的陰謀呢？
小智在希特隆和柚麗嘉的帶路下來到神奇寶貝中心並且完成挑戰卡洛斯聯盟的登記手續，之後往第一個要挑戰的道館所在城市出發。一行人在途中遇見一隻時正在摘果實的咚咚鼠，在咚咚鼠快要取得果實的同時，這時有一隻小箭雀把果實給搶走了。呱呱泡蛙為了教訓小箭雀於是展開了戰鬥…
小智一行人在旅行途中暫時休息並且用餐，這時上次遇見的咚咚鼠突然出現並吃掉了他們的東西。小智他們一路追著咚咚鼠想要把牠給收服，然而皮卡丘和咚咚鼠卻在洞穴追逐的時候不小心與小智他們分開了，更遭的是竟然遇上了火箭隊…
小智一行人來到白檀市，到了白檀市小智他們立即前往白檀道館進行道館戰，之前曾經和小智一起旅行的三色堇也來到道館，所來她是道館訓練家紫羅蘭的姐姐。簡單的介紹之後小智開始了他在卡洛斯地方的第一場道館戰，不過面對紫羅蘭的神奇寶貝卻讓小智陷入了危機…
小智在白檀道館的道館賽輸給了紫羅蘭，為了要進行復仇戰，在三色堇和希特隆的協助下進行了特訓。特訓完成後的小智再次挑戰白檀道館。面對之前令他們毫無反擊之力的碧粉蝶，小智究竟有什麼進攻對策呢？
鐵甲犀牛競跑是卡洛斯地方一種很受歡迎的運動，小智一行人來到比賽的斯密魯村附近。小智由君莎口中得知可以現場馬上報名後決定參加比賽，莎莉娜因為對鐵甲犀牛競跑非常瞭解，於是協助小智進行練習。然而在比賽過程中，火箭隊設下了陷阱把所有鐵甲犀牛捉起來，小智一行人是否可以阻止火箭隊呢？
小智一行人來到了一個城鎮，這時莎莉娜提議說想去見在旅遊書看到的大師級美容師，之後他們遇見了大師級美容師的徒弟潔西卡，她正因為不被多麗米亞認同而感到煩惱，在此同時他們遇上另一個大師級美容師武藏麗，武藏麗與旁邊的助手說要替火狐狸美容。於是莎莉娜將火狐狸交給武藏麗，然而他們的真正身份竟然是…！
小智一行人回到了密阿雷市，在街上遇見希特隆和柚麗嘉的父親利莫內。小智得知希特隆原來是密阿雷道館的道館訓練家，然而道館卻被自己發明的機器人希特洛伊特給佔據。為了從希特洛伊特手中奪回道館，小智一行人潛入道館，並與希特洛伊特進行道館對戰。
小智一行人要前往遙香市前，決定先去研究所拜訪法桐博士。另一方面火箭隊為了獲得關於超進化的資料，計劃要捉走法桐博士，莎莉娜和柚麗嘉在拯救法桐博士的同時也被帶走。此時莎莉娜留下讓小智尋找的線索，貪吃的哈力栗跟著食物的痕跡帶著小智找到了箭隊。然而火箭隊也準備了一件秘密武器，小智是否能順利救出同伴與博士呢？
小智一行人在旅途中停下來休息吃午餐，卻被兩隻一直觀察他們的頑皮熊貓把食物全部吃掉。在此時火箭隊把小智等人的神奇寶貝全部捉走，然後順利的逃走。逃走的過程火箭隊雖因為一些小事情而吵架，最後使得熱氣球爆炸，皮卡丘與其他神奇寶貝分別掉落到不同的地方。雖然之後他們陸續找回同伴，卻不小心激怒了中途遇見的流氓熊貓…
小智一行人在旅行途中遇見了君莎小姐，原來她正在追捕逃走中的神奇寶貝黑市商人達茲。達茲是一個以販賣碧粉蝶賺錢的壞人，小智聽見後決定要和君莎小姐一起追捕達茲，於是跟在達茲後面。途中他們發現了從達茲車上跌了下來的神奇寶貝粉蛹，這時莎莉娜有個提議…
小智一行人在路上碰見神奇寶貝訓練家普魯蜜耶並且進行對戰。普魯蜜耶用仙子精靈與小智的呱呱泡蛙進行對戰，並說如果贏的話就要小智陪她去一個地方，結果小智打輸了這場對戰並且與普魯蜜耶來到她工作的幼稚園。原來她是為了讓裡面的小朋友有接觸神奇寶貝的機會才會找上小智，學生們看見許多神奇寶貝非常開心。但其中有一個叫蘭迪的學生似乎很害怕神奇寶貝而不敢接近…
旅途中小智一行人因為碰到上大雨而進入了一間大房子內，火箭隊因為要躲雨也隨後進入了房子內，房子內空無一人，但是裡面的燈會自動開啟，門窗也會自動關上，正當以為來到了鬼屋的同時，在他們面前出現了一個奇怪的身影，原來是一隻一直等著原本主人回來的妙喵…
小智一行人在旅途中發生了哈力栗把莎莉娜製作的馬卡龍全部吃光的事件，而且因為吃太飽而變得十分遲鈍。小智和希特隆為了讓他做飯後運動於是開始對戰。不過哈力栗因為動作太遲鈍，不僅輸給了呱呱泡蛙，連咚咚鼠也打不贏。希特隆於是發明了一部讓哈力栗可以做運動的機器，但是完成之後哈力栗卻不知跑哪去了…？
小智一行人在神奇寶貝中心休息的過程中，由於柚麗嘉的袋子和旁邊女生的袋子非常相似，所以兩個人不小心都互相拿錯了，女孩袋子內的神奇寶貝是皮丘，小智他們從喬伊小姐得知那位女孩戴著一個大的紅色蝴蝶結，於是依照這個線索在鎮內四處尋找，柚麗嘉最後是否能找回咚咚鼠呢？
小智和呱呱泡蛙在進行特訓時遇見忍者訓練家三平與他的神奇寶貝呱頭蛙。小智與三平談完話後隨即進行神奇寶貝對戰，然而呱呱泡蛙卻被三平的呱頭蛙使出的電光一閃擊敗。小智向三平請教希望他能教呱呱泡蛙電光一閃這個絕招，於是小智與三平一起展開了特訓，究竟小智的呱呱泡蛙是否可以學會電光一閃呢？
小智一行人來到了古木鎮，看見廣場上有一隻卡比獸在睡覺並且發出噪音，想要叫醒牠只有一個方法就是需要懶洋洋城主的神奇寶貝之笛的笛聲。不過笛子被巴爾法姆香殿的任公主拿走了，小智為了要取回笛子前往巴爾法姆香殿拜託公主，公主說可以歸還笛子，但是必須要答應她一個條件…
火箭隊在討論如何捕捉皮卡丘的計劃時，突然遇上了神秘人Ｘ夫人和烏賊王。烏賊王突然發出了光線並且控制住武藏與小次郎。喵喵在混亂中成功脫逃並且跑去向小智一行人求救。此時烏賊王也再次出現，操縱了皮卡丘和小智的其他同伴。小智究竟是否可以救出大家？而Ｘ夫人和烏賊王的目的又是什麼？
小智一行人來到了對戰的社交場地對戰城堡，在這也再度與白檀道館的道館訓練家紫羅蘭相遇。除此之外也遇見了下一個要挑戰的道館「遙香道館」的道館訓練家查克洛。紫羅蘭和查克洛一樣，在對戰城堡只要再打贏一場就能提升自己的稱號，兩人展開了一場激烈的對戰，這場道館訓練家之間的對戰究竟是誰勝誰負？
小智一行人在旅行途中在一間神奇寶貝中心內稍做休息，在裡面看到卡洛斯地方最受歡迎的偶像愛兒和火狐狸的神奇寶貝短片。神奇寶貝短片是指把神奇寶貝和訓練家的魅力，以影片的方式拍攝下來，然後上傳去短片網站的活動。在柚麗嘉和希特隆的鼓勵下，莎莉娜也決定要和自己的火狐狸拍一部神奇寶貝短片，於是在同伴的協助下影片開始拍攝了，但過程中卻…
小智一行人來到了古香鎮，這時決定去古香水族館參觀水系的神奇寶貝，他們在那裡遇上了水族館館長魯丹和他的神奇寶貝鐵臂槍蝦，館長和小智他們提到他的夢想是想釣到黃金鯉魚王，小智他們聽完後決定和館長一起釣魚。此時希特隆為了要幫館長釣到黃金鯉魚王，拿出了新發明的特別機器，究竟最後他們是否能釣到黃金鯉魚王呢？
在古香鎮進行特訓的小智一行人，在化石研究所與前來取材的三色堇再次相遇。小智和希特隆對遠古的神奇寶貝十分有興趣，於是和三色堇一起前往研究所。在低溫的房間內有從化石復活的古代神奇寶貝冰雪龍與冰雪巨龍。小智他們和冰雪龍一起玩雪，但因為房間太冷了，因此需要出去休息一下，火箭隊這時也偷偷的來到冰雪龍面前…
小智一行人離開古香鎮來到岩壁海岸，之後他們在海岸邊釣魚，這時小智用魚竿釣到了受了傷的垃垃藻，柚麗嘉為牠貼上膠布後卻受到攻擊，此時皮卡丘被垃垃藻的毒液打到中毒陷入猛毒狀態，正當小智要帶皮卡丘去神奇寶貝中心時，他們遇到了海底考古學研究者夫婦艾迪和玲季，皮卡丘在他們的協助下解了毒，之後得知他們要去調查一艘已經沉沒的豪華巨輪卡斯拉號，因此小智一行人決定與他們一起去調整，而火箭隊聽見了之後也展開了行動…
【註：本集播出同時適逢韓國世月號沉造造成重大死傷，因此延播】
小智一行人終於來到遙香市，並且馬上跑去遙香道館跟查克洛進行道館戰。小智派出了呱呱泡蛙挑戰查克洛的大岩蛇，小智之前在對戰城堡就見識過大岩蛇的岩石封閉並為此進行特訓，究竟他跟呱呱泡蛙的戰術能夠成功嗎？最後皮卡丘跟寶寶暴龍展開激烈對戰，到底小智最終是否可以獲得第二個徽章呢？
小智一行人在旅途中休息時，莎莉娜拿出親手做的神奇寶貝甜品「波伏蕾」，大家也都吃的很開心。此時奶油神奇寶貝胖甜妮和牠的訓練家突然出現，並說莎莉娜的波伏蕾並沒有特別好只是普普通通。兩人之間立即激起對決的火花，並決定在鎮中舉行的波伏蕾大賽上一決勝負。
小智一行人在旅行途中，莎莉娜用可愛的花型頭飾為柚麗嘉打扮，突然有隻叫花蓓蓓的神奇寶貝撲上柚麗嘉的頭飾，原來花蓓蓓失去了原本的花朵才以為柚麗嘉的頭飾是自己的花朵，而且牠也變得愈來愈沒精神。小智一行人決定幫花蓓蓓尋找牠喜歡的「妖精之花」，然而開花的季節已經過去了，究竟小智他們是否可以成功找到呢？
小智一行人來到了比內克鎮，鎮內聽說將要舉行神奇寶貝對戰大賽，而卡洛斯地方的冠軍卡露乃小姐將會在熱身賽登場。小智非常希望能跟冠軍卡露乃進行對戰，於是也來到會場，並且也遇上了布拉塔諾博士，剛好他在請求卡露乃協助他進行超進化的研究，於是帶著小智他們與卡露乃見面。最後卡露乃也答應跟小智進行對戰，到底這場對戰誰勝誰負呢？
小智一行人來到了某個城鎮，剛到不久就被君莎小姐帶走。原來是有人通報穿著與他們相似的人到處作亂、吃飯不結帳等，小智他們知道後與君莎小姐解釋才被釋放，並且決定要把犯人給找出來，原來假扮他們的人竟然是火箭隊，到底小智他們是否可以拆穿火箭隊的詭計呢？
小智一行人在旅行途中，遇上一個叫可爾妮的女孩和她的拍擋路卡利歐。小智接受了可爾妮的挑戰，但他的路卡利歐實在是太強了，小智的皮卡丘完全沒有招架的餘地。對戰後小智才知道原來可爾妮是娑羅道館的道館訓練家，而且可爾妮的手套上裝有進化鑰石，難道她的路卡利歐會超進化？
可爾妮和小智一行人為了讓路卡利歐能夠超進化，於是一起去尋找路卡利歐的進化石，來到了石林鎮。他們聽說在深山洞窟內有路卡利歐進化石，於是一行人就前往洞窟尋找，但這時看見火箭隊被打飛了。原來眼前有一隻火焰雞守在前面，這隻火焰雞的目的是什麼？而可爾妮是否可以得到路卡利歐進化石？
可爾妮和路卡利歐得到了路卡利歐進化石，並且成功進行了超進化，為了測試能力於是可爾妮立即和小智進行對戰，雖然可爾妮的超級路卡利歐獲得壓倒性的勝利，但卻因為無法控制強力的波導而失控，開始不斷的亂攻擊皮卡丘，究竟可爾妮是否可以成功與路卡利歐控制這強大的能量呢？
可爾妮和路卡利歐因為無法控制超進化帶來的強力波導，超進化大叔因此建議他們前往幕斯頓山進行修行。小智一行人陪著可爾妮來到了一個洞窟，原來這個洞窟是通往幕斯頓山的捷徑，但這時火箭隊也在後面跟蹤他們，並且讓洞窟內的嗡蝠四處亂飛造成混亂。小智一行人在這場混亂中分別走失…
可爾妮和小智一行人來到幕斯頓山，並且見到了梅普露婆婆後向她請教如何控制波導的方法。梅普露的神奇寶貝是會超進化的大嘴娃，她隨即和可爾妮的路卡利歐進行對戰，最後由超級大嘴娃獲得勝利。這時梅普露卻叫可爾妮與路卡利歐去摘花和插花，連續幾日都沒有進行特訓，讓可爾妮感到非常不解，到底梅普露控制波導的方法是什麼呢？
小智一行人在經過一處森林時碰上了一隻正在欺負神奇寶貝的圈圈熊，正當要準備阻止牠的時候突然出現了一隻戰鬥飛鳥，看他在出招時總是有一種特殊的動作，小智看見後十分欣賞這隻戰鬥飛鳥，並且想要幫他學好絕招，在小智幫戰鬥飛鳥特訓時突然又出現了幾隻看起來很兇惡的神奇寶貝…
小智他們來到了一座峽谷並且遇見了天空訓練家娜米和她的神奇寶貝烈箭鶲，她們正在進行一種叫做「空中對戰」的比賽，空中對戰是訓練家需要一邊飛行，一邊與神奇寶貝進行空中的對戰，小智決定要派出戰鬥飛鳥來和娜米的神奇寶貝進行空中對戰，而且約定只要贏了就可以讓小智的小箭雀挑戰娜米的烈箭鶲，到底結果如何呢？
小智一行人在旅途中來到了一個充滿鏡子的一個洞穴，小智在照到一個鏡子時，裡面的小智竟然把皮卡丘給抓進鏡子裡了，小智也跟著衝進鏡子裡，原來鏡子的另一端是另一個世界，裡面的人和現實世界的人個性是完全相反的，鏡子世界裡的小智是很柔弱又很愛哭的個性，這時火箭隊也闖進去了鏡子世界並想要抓走皮卡丘，小智是否有辦法阻止火箭隊並且安全回到原來的世界呢？
小智一行人持續往娑羅市前進，途中小智與希特隆進行雙打對戰，但是小智的呱呱泡蛙和戰鬥飛鳥在對戰中沒有默契還互相打了起來，小智為了要讓他們能夠合作對戰，提出要練合體技，過程中雖然不太順利但依然持續的進行練習，這時突然有一隻不明的神奇寶貝將小智給抓進了森林裡面，呱呱泡蛙和戰鬥飛鳥是否可以合力將小智給救回來呢？
小智一行人在旅途中決定要去參加布拉塔諾博士舉辦的神奇寶貝夏令營，夏令營內參加的人分成不同的隊伍，在各個活動中進行比賽，每一場比賽都會獲得分數，得到最高分的人就可以進入訓練家殿堂，小智在夏令營中遇見認識了莎娜、瑅耶魯諾和多羅巴這三人組，他們各自擁有妙蛙種子、傑尼龜和小火龍，在這場夏令營中有什麼冒險在等著小智他們呢？
布拉塔諾博士舉辦的神奇寶貝夏令營進入了第三日，今天的比賽是要製作神奇寶貝短片，莎莉娜對這場比賽非常有自信，要以神奇寶貝為主角來突顯出牠們的魅力，不過一直找不到適合拍攝場地的莎莉娜不小心掉下山崖，而小智也因為要救她也一起掉了下去，他們是否能平安並且順利拍攝神奇寶貝短片完成比賽呢？
神奇寶貝夏令營即將進入尾聲，小智和瑅耶魯諾這二隊隊伍目前都是同分暫列第一，下一個活動是神奇寶貝定向越野賽，每個隊伍在不同的檢查站蓋上印記，然後抵達終點，小智這隊在互相合作下順利通過所有的檢查站，不過在終點前碰上了大霧，並且柚麗嘉和皮卡丘也走散了，小智他們是否能夠趕緊找回柚麗嘉與皮卡丘，而迷失在森林的柚麗嘉竟然遇見了傳說的神奇寶貝…！
神奇寶貝夏令營最後一天的比賽是神奇寶貝對戰，在此之前小智與瑅耶魯諾他們仍然同分，於是將在這場比賽中決定勝負，在進行決賽之前瑅耶魯諾他們到神奇寶貝中心進行休息，但是這時火箭隊出現把他們的神奇寶貝給拿走了，他們是否可以阻止火箭隊的計劃？另外夏令營最終的勝利將會是哪一組隊伍呢？
小智一行人終於來到了娑羅市，並且去找可爾妮，小智在夏令營中將瑅耶魯諾的節奏戰術學了起來，但是終究還是沒有辦法完全一模一樣，一行人來到了精練之塔並且決定明天再進行道館賽，然後這時候火箭隊利用大家都睡著的同時偷走了超進化大叔的真傳祕笈，到底小智他們是否可以從火箭隊的手中奪回真傳祕笈呢？
終於來到小智與可爾妮進行道館賽對決的時候了，但小智的節奏戰術還沒有練的很純熟，面對可爾妮的格鬥系神奇寶貝，小智派出戰鬥飛鳥、火箭雀和皮卡丘進行挑戰，最後果然還是與超級路卡利歐進行對決，到底小智面對這個強敵是否可以順利打贏獲得道館徽章呢？
小智一行人在旅途中遇見了龍司和創一這兩兄弟，他們都是使用超能妙喵的訓練家，兩個人是完成了一年的修行才回到家，雖然是兄弟但關係似乎不是很好，回到住的房子後兩人的爸爸說要進行挑選繼承人的試練，小智他們分別成為他們的助手也參與了這場試練…
小智他們來到了一間神奇寶貝中心，這間神奇寶貝中心喬伊小姐的助手胖可丁似乎做什麼事情都容易失敗，感覺不太可靠，這時村內發生神奇寶貝被一隻失控的暴蠑螈攻擊而受傷，在處理的過程中喬伊小姐這時被暴蠑螈襲擊，在危急瞬間胖可丁鼓起了勇氣站在喬伊小姐面前…
小智他們在途中遇見莎娜並且去看卡洛斯女王「愛兒」的表演，後面進行三冠衛星賽新人級初階賽的時候有一隻頑皮熊貓突然跑上舞台，使得比賽不得不中斷，這時莎莉娜感覺這隻頑皮熊貓似乎是想要表演給大家看才會跑上舞台，因此去尋找牠，希望能夠和她一起進行神奇寶貝表演，到底頑皮熊貓是否會跟著莎莉娜走呢？
小智一行人來到了希特隆以前的學校，過程中遇上了一隻勒克貓，希特隆覺得越看越熟悉，原來牠以前是和希特隆一起研究、互相信賴的好夥伴，但是原本約定一次的見面因為希特隆有事被迫無法赴約而讓勒克貓覺得被拋棄了，到現在勒克貓始終覺得希特隆欺騙了牠，到底他們之間的誤會是否可以化解，能夠回復往日的友誼呢？
在森林中柚麗嘉遇見了自稱是乘龍保衛隊的三人組，原來他們在森林內發現受傷的乘龍，後來為牠療傷及照顧牠，而乘龍一心還是想回到大海去，柚麗嘉他們覺得要保護乘龍將牠送回大海，但這時候火箭隊想要抓走乘龍，柚麗嘉他們是否可以成功保護乘龍讓牠回到大海呢？
小智一行人在旅途中遇見也是要參加三冠衛星賽的寧寧，之後莎莉娜與寧寧進行三冠衛星賽前的熱身賽，正在進行的過程中火箭隊出現並且要搶走大家的神奇寶貝，而化解這次危機的竟然是常常吵架的頑皮熊貓與哈力栗？！