小智一行人在旅途中看見不同顏色的一隻戰鬥飛鳥正在攻擊人，被攻擊的人名叫布魯，弄清楚後才知道原來是布魯在做舞台的練習，但也不小心讓舞台主角艾路雷朵受了傷，因此小智的戰鬥飛鳥就代替主角進行舞台演出，但演出時卻碰上火箭隊來擾局，到底這場舞台的演出結果如何呢？
小智一行人在進行對戰的特訓時，遇見了之前認識的忍者三平與他的甲賀忍蛙，但是三平受了傷，原來三平接受一個機密任務，要把卷軸送去指定的地方，但中途被神秘的面具男子攻擊，小智他們決定要協助三平一起運送卷軸，途中面具男子再度出現，小智他們陷入了危機…
小智一行人旅途中來到了一間牧場，這時再度與莎莉娜的媽媽碰面，雖然莎莉娜的媽媽想要培育她女兒成為一年的鐵甲犀牛騎師，但莎莉娜已經下定決心想要成為神奇寶貝表演家，兩個人的想法有衝突，於是提議以咩咩羊競跑比賽來決定勝負與之路的道路，究竟最後莎莉娜會怎麼決定未來的路呢？
小智他們在路上再次碰到上次邪惡的烏賊王，烏賊王們控制了小智與火箭隊，剩下希特隆、小次郎和喵喵從烏賊王的手上逃了出來，他們想辦法要把小智他們給救出來，但更驚人的是這些烏賊王竟然有想要毀滅掉這個世界的終極計劃…
小智一行人在前往海翼市的途中，遇上最弱的龍屬性神奇寶貝黏黏寶。火箭隊趁小智他們幫助虛弱的黏黏寶時，利用機會搶走了皮卡丘與黏黏寶。皮卡丘和黏黏寶在危機當中，能否合力成功脫逃呢？
小智一行人在旅行途中來到河邊，這時他們讓神奇寶貝們出來玩水。不過火箭隊已在那裡設下了陷阱。小智一行也因此走散了，黏黏寶雖然跟莎莉娜會合但最終仍然走失。咚咚鼠非常怒力去找黏黏寶，卻發現牠被火箭隊捉走了！
小智一行人來到海翼市，得知神奇寶貝中心正在保護一隻迷路的迷你冰，於是立即出發去與牠見面。然而火箭隊在中途捉走了迷你冰，小智他們在追捕火箭隊時突然颳起暴風雪，到底是發生了什麼事呢？
小智終於要來挑戰海翼道館，道館館主是使用草屬性神奇寶貝的福爺。福爺用多變的絕招把小智逼入絕境，小智決定用屬性不利的呱頭蛙應戰！究竟小智有甚麼策略呢？最終他能否成功取得道館徽章呢？
今天是海翼市一年一度舉行祭典的日子。小智和莎莉娜聽到大家會在誓約之樹下送禮物給神奇寶貝來增強羈絆後，決定一起去買禮物。這是他們第一次留下自己的神奇寶貝二人獨處的時間…。
今天是莎莉娜第一次在三冠衛星賽參賽的日子。隱藏不住緊張心情的莎莉娜，這時與與莎娜會合之後下定決心準備出場。莎莉娜究竟能否擊敗莎娜、武藏等競爭對手取得勝利呢？三冠衛星賽海翼大會即將揭開序幕！
小智一行人在荒野遇到了一隻受傷的跳跳豬。跳跳豬與夥伴原本在綠洲平靜地生活，卻被一隻突然出現的噗噗豬趕走。小智他們為了幫助跳跳豬前往綠洲，卻中了火箭隊的陷阱並被囚住，咚咚鼠和黏黏寶決定拯救大家…
小智一行人在旅行中經過卡洛斯發電廠，但皮卡丘和其他電屬性神奇寶貝一接近發電廠就立即變得很奇怪！原來火箭隊佔領了發電廠並用電波操縱著電屬性神奇寶貝！小智他們究竟能否救出牠們呢？
火箭隊在與小智對戰後，武藏和果然翁跟小次郎和喵喵失散了。他們掉進河裡遇險，被醫生偉特所救。武藏醒後對偉特一見鐘情！果然翁也跟偉特的拍檔果然翁相處得很好。武藏究竟會選擇自己的幸福還是繼續待在火箭隊呢？
莎莉娜為了下一次三冠衛星賽努力練習，但是火狐狸和頑皮熊貓接連失敗令她大發脾氣。莎莉娜為了調整心情於是自己一個人外出，遇上一個自稱愛蓮娜的神秘大姐姐，並邀請莎莉娜一起購物。但是好像在哪裡見過這位大姐姐…
小智一行人向密阿雷市前進，並在森林再次相遇瑅耶魯諾。小智和瑅耶魯諾對戰時，火箭隊的機械人突然出現，捉走了瑅耶魯諾的雷丘、卡咪龜和小智的黏美兒！雖然眾人最終找到了火箭隊，卻身陷火海之中！
小智一行人回到密阿雷市，準備和希特隆進行約定好的道館戰。但是君莎小姐突然衝進來逮捕了希特洛伊特！似乎有個和希特洛伊特長的很像的機械人在密阿雷市四處作亂。究竟小智他們能否證明希特洛伊特清白呢？
密阿雷道館戰即將展開，小智和希特隆實現約定的時候終於到了！他們之前都一起旅行，熟悉對方的寶可夢和對戰風格，他們的對戰前所未有地激烈！雙方全力對戰當中，學會戰負關鍵的神奇寶貝是…？
小智一行人來到研究所。布拉塔諾博士分析出他發現到的超級石是烈咬陸鯊超進化石，大家都很興奮，但此時火箭隊出現並搶走鑰石、 超級石和烈咬陸鯊！他們更想讓烈咬陸鯊超級進化，然後利用去攻擊布拉塔諾博士和小智一行人！
小智一行人來到一片濕地，原來那裡是黏美龍的故鄉！黏美龍遇見以前相處的同伴雖然顯得很高興，但看起來似乎有些煩惱。此時，濕地的支配者花潔夫人率領著大軍來襲！黏美龍為了守護夥伴和故鄉的和平，勇敢地擋在大家前面！
小智一行人在黏美龍的故鄉遇襲，皮卡丘，咚咚鼠和烏波被花潔夫人率領的神奇寶貝群帶走！黏美龍雖然受了重傷仍未完全回復，但仍然和小智一起尋找皮卡丘的下落。希特隆也在錄影片段中找到了幕後黑手…。
小智一行人和火箭隊對戰時，三隻流氓熊貓突然出現襲擊他們。大家在混亂之中走散，柚麗嘉醒來後發現喵喵在身邊，並被樹藤纏在一起，雖然不願意但也只能一起行動。她們在路上不停遇上麻煩，最後能否成功找回夥伴呢？
小智一行人在森林裡面迷路了，他們來到傳聞中會出現怪物的「恐怖之家」！在他們面前出現的是一個叫做科爾的長者，科爾提議他們入屋避雨，他們有些懷疑不過仍然接受科爾的好意，但是奇怪的事情接二連三地發生…。
小智一行人來到香薰市，一來到這個城市想立即挑戰香薰道館，但是今天要舉行道館館主瑪綉的時裝表演所以不能進行道館戰。雖然小智很失望，但立刻就與新認識的訓練家翔太對戰。但是，莎莉娜和柚麗嘉不知不覺間失去了蹤影……
等了一整天，小智終於可以挑戰香薰道館！雖然小智充滿鬥志，但是道館館主瑪綉是個擅長利用詭異戰術的強敵。小智說這次他並沒有事先為道館戰制定作戰策略，究竟他能否挑戰成功，取得徽章呢？
翔太觀看完小智對瑪綉的道館戰後，受到了很大的鼓舞，但走在路上時不小心跌倒並弄掉了一直以來很重視的對戰筆記。小智他們幫忙分頭尋找筆記但是無功而還。原來拾起了筆記的人是火箭隊！究竟翔太能否取回筆記呢？
摔角鷹人在旅行途中撿到一顆神奇寶貝的蛋，大家合力把蛋孵化後原來是一隻嗡蝠！嗡蝠似乎特別喜歡小智，把他當作父母。大家發現嗡蝠飛不起來，想盡辦法希望令嗡蝠學會飛行，正當他們努力的時候突然…。
小智一行人在旅途中某個村落，遇見很多飛行屬性的神奇寶貝與訓練家。原來在這裡正進行神奇寶貝空中接力賽！雖然小智決定派火箭雀、摔角鷹人和嗡蝠參賽，但是嗡蝠好像不太擅長飛行…究竟他們最後會取得甚麼成績呢？
神奇寶貝XY特輯【在第77集之後播出】
大富翁弗蘭克非常喜歡皮卡丘，並邀請了小智的皮卡丘擔任一部全部的角色都是皮卡丘來扮演的電影！小智一行人決定幫忙一起完成這部電影！究竟這套電影能否順利成功呢？
小智一行人來到神奇寶貝球工廠參觀，但原來是火箭隊的陷阱！火箭隊宣稱為他們的神奇寶貝球和神奇寶貝要進行檢查，結果卻奪走了所有神奇寶貝。皮卡丘是唯一一隻沒有進入寶貝球的神奇寶貝，牠為了救回夥伴，與喵喵激烈決戰！
莎莉娜第二次挑戰三冠衛星賽，以前遇過的米茹菲也在同一大會登場！今次大會的主題是製作寶芙蕾，正是莎莉娜最擅長的項目。她成功進入自由表演的階段，但是在出場前在後台出現了問題，她會如何解決呢？
小智一行人來到某間不知名的酒店，酒店裡面看起來亂七八糟的。這時他們進入了一個奇怪的空間後遇上一個以神奇寶貝作為賭注，強迫別人對戰的男人曼特爾。當他們陷入危機時，洛托姆突然出現救了他們。洛托姆好像知道酒店背後的故事…
小智一行人在旅程途中抵到了一個城市，並且參加一個變裝成神奇寶貝的祭典「南瓜怪人變裝慶典」。但是突然間有個神秘老人帶著幾隻南瓜怪人襲擊他們！變裝成皮卡丘的哈力栗也被老人搶走。到底是發生了什麼事呢？
小智一行人繼續向百刻市進發，他們要租象牙豬翻越雪山。在山上他們遇見生病的雪笠怪和保護牠的暴雪王。為了幫助雪笠怪，小智他們決定去尋找製藥的材料，後來被火箭隊捉走了暴雪王和象牙豬…
小智一行人在旅途中遇上了大雨，暫時來到神奇寶貝中心暫時休息，但是雨水令機器出現故障，使得神奇寶貝中心停電。雖然希特隆努力的修理，但缺少了重要的零件。哈力栗自告奮勇要幫忙做跑腿去買，牠和掘掘兔最後能否成功呢？
小智一行人持續向百刻市前進的路上，莎莉娜和神奇寶貝在為三冠衛星賽努力練習的時候發生意外，令長尾火狐的樹枝斷開兩截。雖然大家努力為長尾火狐尋找代替品，但長尾火狐都一一拒絕。究竟這枝樹枝埋藏著甚麼故事呢？
小智一行人在旅程中再次遇上多羅巴。多羅巴聽說傳說的神奇寶貝火焰鳥身處亞爾特陸山，希望找到火焰鳥為牠拍照。小智一行人也希望見到傳說的神奇寶貝，於是幫忙一起尋找火焰鳥。結果卻遇到火箭隊出現搗亂，這時四周突然響起奇怪的叫聲…？
小智一行人在旅程的某個夜晚時，柚麗嘉發現並且幫助了一隻迷路的寶寶暴龍。柚麗嘉很用心照顧身型龐大但喜歡撒嬌的寶寶暴龍，不過此時火箭隊突然出現，想搶走寶寶暴龍！柚麗嘉在救寶寶暴龍時遇上危險，此時寶寶暴龍出現了變化…？
小智一行人在森林受到火箭隊襲擊而掉進陷阱裡面，雖然他們擊退了火箭隊，但卻跌進了地底。柚麗嘉說以前也遇過類似的意外，那次意外亦是希特隆和掘掘兔成為拍檔的契機，究竟他們之間發生過甚麼事呢？
莎莉娜為了下次三冠衛星賽努力練習，某天，她在花田中發現了正在跳舞的伊布，並被伊布優美的舞步感動。莎莉娜希望伊布能跟自己一起出戰三冠衛星賽。究竟莎莉娜能否成功把自己的想法傳達給伊布呢？
小智一行人抵達了百刻市，這時剛好遇上瑅耶魯諾和莎娜。瑅耶魯諾剛挑戰完百刻道館，而莎娜則會挑戰在百刻市舉行的三冠衛星賽。大家都很擔心膽小的伊布無法在大家面前表演，莎莉娜靈機一觸想到一個辦法去幫助伊布…。
小智一行人來到百刻市後，莎莉娜首先前往挑戰三冠衛星賽百刻大會！這次莎娜，武藏薇和寧寧等一群勁敵都有參賽，競爭非常激烈。莎莉娜雖然成功在主題表演中突圍而出，但在自由表演前伊布失去了蹤影…。
莎莉娜在參加完三冠衛星賽後，終於輪到小智來挑戰百刻道館，小智一行人在前往道館途中，在日晷附近看見布拉塔諾博士和助手被神秘女子襲擊！神秘女子向小智說要拯救卡洛斯的未來，然後就突然發動攻擊！
小智終於正式來挑戰百刻道館！這次道館戰是二對二的雙打對戰，對手葛吉花使用的是兩隻非常合拍的超能妙喵，小智則用呱頭蛙和烈箭鷹應戰。但是呱頭蛙和烈箭鷹無法應付超能妙喵的招式「預知未來」，小智能否想出方法應對呢？
為了能夠參加卡洛斯聯盟，小智一行人向著最後一個道館的所在地映雪市繼續旅程。他們在休息途中遇見一隻連神奇寶貝圖鑑都沒有資料的軟綿綿寶可夢！他們可能發現了新品種的神奇寶貝因此感到興奮，此時卻突然被神秘的眼鏡軍團襲擊！
小智一行人繼續前往映雪市的旅程。莎莉娜和伊布在休息時進行三冠衛星賽的練習，突然出現了一隻野生的胖胖哈力！胖胖哈力看來對伊布一見鍾情。胖胖哈力不停示愛，不過對內向的伊布好像有反效果…。
小智一行人在前往神奇寶貝中心的途中遇上了右腳被夾在岩石中的喬伊小姐，這個喬伊小姐似乎對布拉塔諾博士的超級進化研究很有興趣。小智一行乘坐喬伊小姐的車終於來到神奇寶貝中心，門口卻被阻塞無法進去裡面？
小智一行人來到了一個大草原，這時發現一隻離開火炎獅族群，孤獨上路的小獅獅。小獅獅雖然體形細小，但是為了獨當一面仍然努力前進，讓小智一行十分感動。但是，此時有奇怪的影子對小獅獅有所企圖…？
小智一行人這晚在森林中露營。皮卡丘和喵喵都在晚上醒來，遇見了小智一行的神奇寶貝，而且牠們都進化或退化了，並像喵喵一樣懂得說人類的語言！皮卡丘和喵喵大感疑惑，此時小軟出現，並請求牠們幫助…。
小智在前往映雪市途中遇上三平和甲賀忍蛙，三平並邀請小智一行人參加忍者村的祭典。他們第一次到訪忍者村，認識了三平的兄長一平和二平，並和村民交流。但此時忍者村突然被神秘的忍者軍團襲擊！
為救出被擄走的首領，小智和三平追著神秘的忍者軍團。敵人的頭目景友和三平的兄長一平單挑，而小智和三平則與景友的手下對戰。在激烈的對戰中，小智的呱頭蛙突然出現變化，連小智身上亦出現神奇的現象！
莎莉娜再次挑戰三冠衛星賽！本次開始將帶著伊布一同參加，令表演的內容更豐富！雖然膽小的伊布看來感到有點擔心，不過在莎莉娜，長尾火狐和頑皮熊貓的鼓勵下，伊布究竟能否在首次登台為莎莉娜帶來勝利呢？