反派組織和反派角色

火箭隊

首領：阪木老大

介紹：火箭隊的老大，也是巨大神奇寶貝樂園的主人。有一隻貓老大，要求手下抓神奇寶貝給他，想要建立神奇寶貝軍團、利用神奇寶貝們來征服全世界，曾想利用超夢來完成其野心，但是最終失敗，將神奇寶貝拿來當實驗對象也無所謂，是一個野心很大的邪惡的人。

其他成員介紹：

名字與圖片	火箭隊內部層級與簡介	備註
比夏斯	火箭隊的最高幹部，人稱假面比夏斯，是黑暗神奇寶貝的使用人，將神奇寶貝收服入黑暗球裡面，變成邪惡神奇寶貝來做壞事，甚至自己比阪木老大還更有野心，自己也想征服全世界。	在神奇寶貝第四部電影版「雪拉比的穿梭時空的相遇」中，為了想要滿足自己野心，將雪拉比變成黑暗神奇寶貝後想利用其力量背判火箭隊來自己完成征服世界，結果被小智和雪成來成功阻止他的陰謀。擁有的神奇寶貝：狃拉（黑暗）、巨鉗螳螂（黑暗）、班吉拉（黑暗）
真鳥	是火箭隊老大阪木的秘書，也是火箭隊的精英部隊「真鳥矩陣」的領導者。主要職責是向火箭隊三人組傳達火箭隊和阪木相關資訊，以及得知他們控制所在地區的進展，她對阪木也十分地忠誠。有時也會親自出馬執行各項作戰。	在動畫中時常對火箭隊3人組下達命令，但對他們非常不太信任，有時自己親自出馬執行作戰。擁有的神奇寶貝：喵喵（阿羅拉的樣子）
富士博士	富士博士曾有一位因一場車禍而死亡的女兒小愛，為了尋找讓自己女兒復活的方法，與自己的妻子也分離了，最後他與火箭隊合作。他複製了關都的最初的夥伴，接著又用夢幻的睫毛化石製造出了超夢。他還嘗試製造出具有女兒小愛意識的生命體，只是最終還是失敗了。在成功製造出超夢後，超夢對自我的認知產生了疑問，暴走並摧毀了新島的實驗室，從那之後再也沒有人知道富士博士的消息。	火箭隊的博士之一，協助火箭隊研究了夢幻的DNA，並藉此誕生了超夢。
南波博士	火箭隊的博士之一，其發明為「神奇寶貝憤怒裝置」，將神奇寶貝憤怒時所展現的力量給呈現出來，利用其力量來完成其目的，不惜將神奇寶貝利用控制並操弄他們來為他做事。	在神奇寶貝動畫城都聯盟中，他想要補捉洛奇亞母子，率領著巨大海底基地展開計畫，深信著自己的理論是正確的，是個狂熱的科學家，最後被小智和阿弘破壞了他的陰謀。擁有的神奇寶貝：電擊獸
塞格博士	火箭隊的博士之一，在火箭隊3人組於合眾地區活動時給予許多協助和機器。	在寶可夢動畫超級願望中首次出現。
席拉奴博士	火箭隊的博士之一，其發明為「強制進化電波」，將神奇寶貝在非自己意願進化的情況下，使用強烈的電波迫使神奇寶貝進化，是個冷血派的研究者。	在神奇寶貝動畫城都聯盟中，他利用的強制進化電波造成了「紅色暴鯉龍」的暴動，想要利用其紅色暴鯉龍來做研究，後來被小智和神奇寶貝搜查官，也是四天王冠軍渡先生所瓦解其計畫。另外在「雷公、雷的傳說」番外篇中，則是想要利用水晶的力量來抓雷公，最後被健太、瑪莉娜、純一阻止了他的陰謀。
朵迷諾	火箭隊A級00編號009，人稱黑色鬱金香，不像一般的神奇寶貝訓練家一樣，他對付神奇寶貝可以說是毫不手軟，對待神奇寶貝會完全不留情，武器則是會放出強力電擊的黑色鬱金香機器，必須時可伸長當武器攻擊！	在「超夢、風雲再起」番外篇中，利用「國立神奇寶貝研究所的人員」的名義來做偽裝探取情報，是陪在阪木老大旁邊的高級成員，身手非常的好，和阪木老大一起執行捕抓超夢的計畫，最後和阪木老大一起被超夢與小智等人給擊敗。
宮本	火箭隊3人組武藏的母親，她生存價值就是第1賺錢、第2省錢，沒有3和4，5則是寶可夢，這也是她自認為自己是火箭隊的證明。阪木的母親派遣由宮本率領的三人前往南美的山脈去尋找夢幻，後來找到了夢幻之後她還很開心的拿出自己女兒的照片給夢幻看，並且拜託夢幻讓自己收服，因為小孩子上幼稚園和托兒所都要花很多錢，但夢幻最後並沒有理會她。不甘心的宮本連忙要追夢幻，因為她認為賺錢的機會錯過了就不會再有，而這時她也有了不好的預感，最終她掉了下去，隨後就是雪將其埋沒的聲音而下落不明……。	宮本出現是在非動畫「寶可夢廣播劇超夢的誕生」中出現的角色，是武藏的母親，為了找尋夢幻但後來下落不明。
亞馬多＆小三郎	火箭隊的一般成員，和武藏與小次郎從以前在火箭隊受訓時期的時候，就已經是死對頭了！	在神奇寶貝放送局常出現，另也在動畫作品中出現好幾次，常和武藏與小次郎唱反調。
巴修	火箭隊特務部的成員，與普森一起奉席拉奴博士的命令捕抓雷公。頭腦冷靜的一位可怕反派角色。	在雷公，雷的傳說裡出現。
普森	火箭隊特務部的成員，與巴修一起奉席拉奴博士的命令捕抓雷公。力量很大，脾氣也很暴躁。	在雷公，雷的傳說裡出現。

骷髏隊

首領：古茲馬

介紹：古茲馬是骷髏隊的老大，與庫庫伊博士是死對頭，對庫庫伊建立寶可夢聯盟感到憤怒，他被稱為破壞的帝王，集合了許多失意的人建立骷髏隊，想破壞許多美好的一切。

其他成員介紹：

名字與圖片

骷髏隊內部層級與簡介

備註

布爾美麗

布爾美麗是骷髏隊的幹部，是統領著骷髏隊，大姐頭般的存在。據說由於十分疼愛手下的隊員們，所以好像會無法忍耐手下們被打倒。

骷髏隊的重要幹部，跟隨在首領古茲馬身邊。

閃焰隊

首領：弗拉達利

介紹：以前的他曾率領閃焰隊救助貧苦群眾，但之後群眾們把他的這種行為視為理所當然，造就了他們的自私，因此導致了他偏激、憤世嫉俗的思想，他要毀滅現今所處的現實世界，造就一個烏托邦世界。

其他成員介紹：

名字與圖片

閃焰隊內部層級與簡介

備註

庫瑟洛斯奇

閃焰隊的科學家其中之一，自己有私自的野心，在閃焰隊解散後仍企圖收集基格爾德細胞以得到完全體形態基格爾德，最終被小智一行人成功阻止並被君莎逮捕。

閃焰隊的科學家。

克蕾兒

芭菈

茉蜜姬

阿可碧

(由左至右)

多次在動畫中配合閃焰隊計畫行動，與小智一行人有多次交手，4個女生並不是完全的合作，而是各有自己盤算和心機。

閃焰隊的科學家。

電漿團(等離子隊)

首領：魁奇思

介紹：他的全名為「魁奇思‧哈爾孟尼亞」，企圖利用擁有理解寶可夢內心能力的青年「Ｎ」以及傳說的寶可夢萊希拉姆及捷克羅姆的力量，實現只有自己一方持有寶可夢，去支配沒有寶可夢的人的野心。因此他們的目的就是倡導人類必須解放寶可夢讓寶可夢不被人類支配，實際上則是利用機會佔領整個世界。

其他成員介紹：

名字與圖片	電漿團內部層級與簡介	備註
阿克羅瑪	他在電漿團裡面負責研究「如何才可以把寶可夢的力量發揮到最強」，並製作出可以使寶可夢發揮出最強力量的操縱機器，是等離子隊的重要人物。	電漿團的研究者。
七賢人	Ｎ、魁奇思和其他賢人在Ｎ的城堡舉行儀式的時候，遭到突然出現的萊希拉姆的阻止。萊希拉姆讓城堡燃起大火，讓其他六名賢人嚇得逃離了現場，據說七賢人是魁奇思(包含他自己)從世界各地集結的七位知識淵博之人。	電漿團的幹部群，首領魁奇思為七人之首。
N	他被電漿團的老大魁奇思養育長大，在得知電漿團的真相之後，就一直致力於救濟寶可夢的活動。在電漿團事件結束以後，他和巴貝娜與荷蓮娜再次展開旅行。	是寶可夢超級願望中的一位登場角色，也是Ｎ章的主要角色之一。
布拉德	電漿團的幹部，多次與小智一行人交手。	電漿團的幹部。擁有的神奇寶貝：酷豹、自爆磁怪
安潔	電漿團的幹部，多次與小智一行人交手。	電漿團的幹部。擁有的神奇寶貝：酷豹

銀河隊

首領：赤日

介紹：銀河隊的老大，在神奧地方算是很有勢力的企業家，但他並不想要任何的財產及勢力，他一心想要創造出完全沒有任何鬥爭及污穢的完美純淨世界。因此他想要抓到傳說神奇寶貝來開創出屬於他的新世界，而要完全捨棄原有的世界。

其他成員介紹：

名字與圖片	銀河隊內部層級與簡介	備註
鎮星	銀河隊的三大幹部之一。	在銀河隊的各項行動中幾乎都有他，頭腦非常的聰明，行動也是快狠準。擁有的神奇寶貝：毒骷蛙
夥星	銀河隊的三大幹部之一，似乎很崇拜赤日首領。	在銀河隊的各項行動中也是經常出動，在鋼鐵島行動時為了要達成目的，連島上居民生命也不顧想要炸掉整座島，非常的無情。擁有的神奇寶貝：東施喵
歲星	銀河隊的三大幹部之一。	在銀河隊鐵工廠行動中，將國際刑警及火箭隊給抓起來，是個冷血的女人。擁有的神奇寶貝：坦克臭鼬
冥王	銀河隊的博士，個性非常的古怪，對新世界完全沒有興趣。	在銀河隊的各項行動中，提供了非常有利的研究和情報。