遊戲剛開始的時候進行心理測驗,來決定要當哪一隻神奇寶貝,選好之後接下來決定你的夥伴是哪一隻神奇寶貝。
進入遊戲後,主角在森林裡被自己的夥伴叫醒,這時選擇自己主角的名字,劇情是一醒來發現自己變成了神奇寶貝來到了異世界,被問叫什麼名字,接下來主角和搭檔看見一隻巴大蝴飛過來,和你說綠毛蟲被困在森林裡面了,要你前往去解救他,這時去那個森林去救出綠毛蟲吧,路上有敵人和寶物等,到地下三樓之後就會發現迷失的綠毛蟲,這個時候把他救出來回到森林,巴大蝴為了感謝你會送你東西。
第一個事件解決了之後,回到自己的救助隊基地,並且為自己的救助隊取名字,接下來要存檔的話,就要到裡面的床去睡一覺就存檔了。
接下來第二個事件是要你去救小磁怪兄弟,他們被困成地下六樓,去把他們救出來吧!救出來後他們為了感謝你也是會送你報酬。
回去睡覺後調查信箱,這時你的搭檔出現,在你的搭檔建議下去參觀城市,裡面有變隱龍兄弟開的道具店(可以買賣道具)、貓老大的銀行、溶食獸的招式融合店(可以把二個招式合為一次攻擊模式)、袋龍的道具存放店(可以寄放道館和拿出),去和他們打個招呼吧。
這時往城市的右邊走,就來到了大嘴鷗聯絡所了,在他的外面有一個公告版,前去看看就會發現很多委託信,這時可以先去解決一些簡單的任務來賺錢和買道具喔,完成一些小任務之後就會觸發接下來的劇情喔!
接下來主角回到了基地睡覺,正在做夢時發生了地震,主角醒來後發現原來是三地鼠,他來救助隊委託事情,原來是他的兒子地鼠被困在一個地方了,這時會出現新的第三個地點,爬到地下九層的時候就會發現地鼠還有盔甲鳥,把盔甲鳥打敗吧,這時發現地鼠過不來,結果小磁怪過來幫忙解救受困的地鼠,任務結束。
接下來回救助基地睡覺存檔之後,再次去城市裡就會發現胖可丁的店(賣朋友區域,這樣就能在迷宮讓野生神奇寶貝有機會加入你),和他對話得知小磁怪在找居住地點,以後可以到這裡來買朋友區塊,說完話往左走發現胡地、班吉拉和噴火龍組成的FLB隊在幫忙解進狡猾天狗在欺負毽子草的劇情,臨走前超能力系的胡地好像感覺到什麼。接下來就去大嘴鷗聯絡所那邊去接任務、或是去自己基地前的信箱去接任務吧!
當你繼續一直接委託信過完任務就會發生劇情,主角和搭檔在對話時,突然耿鬼、恰雷姆和阿柏蛇組成的隊伍來到你的救助隊基地前搶信件,結果你的搭檔很傷心又很生氣,這時回到城市會發現城市最下方有一個幕下力士的訓練場,裡面有很多種類型的迷宮來讓你練功,接下來再去過一些任務後就會發生劇情。
接下來,原本一開始被你救出的綠毛蟲前來求助,不過搗蛋的耿鬼一行人也再次的出現。這時接受綠毛蟲的委託新迷宮會出現,是一個森林,進去打到第13樓之後就會出現耿鬼的隊伍,把他們打敗之後就會救出鐵甲蛹,委託完成之後順利解決任務。
接下來睡覺存檔後,第二天醒來,發現上次被欺負的毽子草前來求助,第五個迷宮就會出現,前往新的迷宮去,到了第10樓之後發現了狡猾天狗,不過這時閃電鳥突然出現了,不過沒有要和主角戰鬥,就和狡猾天狗消失了,返回後毽子草兄妹終於又重逢了,就在大家很開心的時候,突然FLB隊出現,請主角去新的迷宮進行冒險,據說閃電鳥在這個迷宮的最底層。
接下來在基地裡休息之後再次前往,這次迷宮是變成雙層的,第一層有11樓,第11樓是存檔點,接下來第二層迷宮有三層樓,打到頂層後突然閃電鳥從天而降,使出全力打敗他吧,打敗之後FLB就來了,這時閃電鳥就飛走了,胡地就說有一隻有預知能力的天然鳥,說不定會知道什麼秘密,於是就出現新的地點了。
第二天起床後搭檔就來叫主角一起去新的迷宮冒險,總共13層,到最後一層時看到天然鳥站在懸崖邊上遠望,叫半天沒有回應,突然他做了一個預測,這時耿鬼在角落偷偷的邪笑…不知要做什麼。
接下來隔天,正當主角和搭檔互相開玩笑時,大嘴鷗送信員再一次飛過來,不過他沒有留什麼就飛走了,正覺得很奇怪,這時跑去城市的中心廣場,就看到蓮帽小童和布盧在那邊說九尾的事情,上前去訊問,再到城市上方的池塘去找鯰魚王看看,他可是什麼事情都知道的萬能博士呢,聽他說九尾的故事後返回救助中心吧。
接下來回救助基地睡覺時,在夢中出現了莎奈朵,可是醒來後發現沒東西,不過主角發現夢中和昨天鯰魚說的莎奈朵…到底這之間有沒有關係…這時和搭檔前往市中心,但是發現城市裡所有的店都關了,這時發現市中心廣場大家在圍觀,沒想到耿鬼竟然陷害主角,說一些主角的壞話,讓城市裡的居民對主角有了敵意,只有搭檔一人在幫主角說話,這時看情況不對搭檔拉著主角趕快跑。
回到救助基地前面,搭檔問主角耿鬼說的話是不是真的,而正在危機之時呢,FLB再度的出現了,憤怒的胡地、噴火龍還有班吉拉竟然對主角動手,這時胡地突然停下來了,他好像預感到並不是主角幹的,隨後FLB就走掉了,這時綠毛蟲爬了過來,他們也是願意相信主角的,在綠毛蟲的鼓勵下主角終於振奮了起來,一定要找出真相。
在救助基地睡了一天後,主角在門口等搭檔過來,選擇バツチリ去找真相,正當他們要出發前往新地點時,曾經被主角幫助的同伴們也趕來了,原來是綠毛蟲和鐵甲蛹、毽子草還有地鼠,他們也來支持主角,這時大嘴鷗也準時的送來了新的信件,原來是大嘴鷗也是信任著主角的,這時就準備前往新的地點吧!
新地點一共十四層樓,過完後又來到了下一個迷宮的入口處,入口處前可以存檔,選擇うん進入,也是有雙層結構,爬完13樓之後有存檔點,接下來進入下一個迷宮,通過後到最底部會發現火焰鳥從天而降,打敗他之後就過了。
接下來前往向冰山的旅途,不過這次搭檔感覺太冷了,突然阿勃梭魯出現在他們面前,不過一下子就轉身跑掉了,繼續往前走會來到一片雪林前,樹林前的袋龍像可以道具整理和存檔,接下來進入迷宮,總共有十五層,第十層是存檔點,到最頂端之後出現急凍鳥,把他打敗之後原本他還要再和主角打的時候,阿勃梭魯此時出面,讓急凍鳥重新回到了天空。
急凍鳥走掉後,阿勃梭魯說他感覺到這世界有重大的變異發生中,他要求加入主角的救助隊來幫忙,這時三個人在下山時碰上大風雪,結果走到迷路,突然出現一個身影,原來是莎奈朵,不過好像只有主角才看得到他而已,這時莎奈朵和主角說進去一個洞口,這時照著他說的來到一個迷宮的入口處,入口處前有存檔點和道具存放的地方,總共有二十一層樓,第十六層是存檔點,通過後到達最高點,這時發現有人叫主角的名字,原來是FLB隊的人,沒想到竟然開始開打,這時突然九尾出面阻止,九尾和大家說這個世界的平衡正在被破壞,所以才會出現很多的災害,所以必須要有人來解救這個世界!
就在這個時候發生了地震,九尾說是固拉多發怒了,這時回到城市中心廣場,耿鬼又在說主角的壞話,這時大家開始慢慢不相信他的話了,就在這個時候,恰雷姆帶著主角成功回來的消息,就在大家歡迎主角回來時,耿鬼反而說主角沒有任何的證據,耿鬼進而再說主角的壞話,這時大家突然都支持著主角,主角和搭檔非常的感動,這時大嘴鷗飛過上空撒下宣傳單,把事情的真相宣告給大家知道,這時耿鬼見苗頭不對就落跑了,這時主角又重新受到了大家的歡迎。
這時回到救助隊基地睡覺,醒來後去聯絡所的公告版上有沒有什麼新任務吧,過完一些任務之後在夢中會看見莎奈朵,他和你說了一些話,不過主角並不懂是什麼意思…,這時又發生了地震,主角被震醒之後突然又想起莎奈朵說的話…這到底怎麼一回事呢?
正當主角要離開救助基地時,發現果然翁和小果然翁過來找主角,到聯絡所旁邊的公告欄去看,最下方發現他們的委託信,接下來之後他們就來和主角說話了,這時就出現新的迷宮,總共有十層樓,前往挑戰吧,打到最上層發現猴怪並且將他們打敗!接下來回到救助基地時看見了果然翁和小果然翁和猴怪,看來是要幫忙改建基地,不過猴怪似乎要給他們吃一種果實(イガグリ)才可以讓他們有精神你蓋房子,於是再去一次剛才那個迷宮找那個果實給他們(通常是在第九層會出現),給了一次之後再去拿一次,總共二次就蓋好了!不過猴怪們發現三隻不能分二個果實,於是就生氣起來了,差點把房子給弄爆了。
接下來再去解一些任務就會自動觸發劇情,這時突然發生了大地震,主角和搭檔來到了城市中心的廣場,發現很多隻神奇寶貝圍在那邊,原來是胡地他們去找固拉多了,不過需要大家的幫忙,這時水箭龜、章魚桶和隆隆岩也決定要幫忙。
接下來再去解一些任務就會再觸發劇情,結果又突然發生了大地震,這時搭檔跑了進來,好像發生了什麼事情,這時跑到城市的中心廣場去看,發現水箭龜他們被打倒了,這時耿鬼又出現並且說風涼話,這時主角決定和搭檔前往去解救胡地,結果耿鬼就自討沒趣的走掉了。
決定之後準備完畢和搭檔說話,選擇バッチリ,第二天早上就看見搭檔在門口等你,前往固拉多的迷宮吧!這個迷宮共有二十七層,第二十四層是存檔點,這時到第二十六層時發現FLB的噴火龍和班吉拉,再往前走就看見胡地倒在地上,這時固拉多出現,打敗他們救出FLB吧!
主角回來之後受到居民的歡迎,這時天然鳥傳來了聲音,要主角到他那邊,這時主角回基地睡覺時,被耿鬼用食夢,這時突然亮點出現,原來是莎奈朵出現,耿鬼就跑掉了,這時莎奈朵又和主角說了一些話,第二天搭檔和主角去見天然鳥,結果天然鳥用超能力化成一塊結晶,讓主角前往天空之柱!
這裡總共有三十五層,第二十六層是存檔點,到達最上一層時突然烈空座降臨,在主角的攻勢下終於戰敗,並且接受主角的拜託,發射破壞死光把隕石給打爆,順利解決危機,不過這時突然一片空白…主角這時倒地不起,而耿鬼竟然來幫助主角,把他帶到安全的地方就走掉了…
醒來的主角發現搭檔和大家都圍在他的身邊,看來他已經昏迷很久了,這時大家都開心的歡呼著這個世界得救了,這時莎奈朵出現了,並且和主角說「其實你並不是這世界的人,謝謝你救了這個世界,現在時間差不多了」,這時綠毛蟲突然發現主角的身體開始慢慢消失中,主角也和大家說「對不起了,大家,現在時間到了,我也該走了,很高興認識你們這些朋友,特別是你我的搭檔」,然後大家開始哭泣並且希望主角別走,不過還是沒有辦法留著主角,主角也就消失了。
居民們都很傷心的說「為什麼要走…」「我們不會忘了你的」「你永遠活在我們的心中…」,然後這時搭檔再也忍不住的哭了起來,「為什麼…為什麼這樣就走了…我連一個招呼都還來不及和你說…」,在大家的哭泣聲中,主角化成光球消失在這個世界上了。這時就破關了。
不過破關畫面看完後…主角又回來了,原本坐在基地前哭泣的搭檔看見你回來了,衝上向去相擁而泣,原來主角還是要繼續在這個世界幫助大家的…破關後,主角聽說布盧進化成布盧皇了,聽說是鯰魚王住的池糖有一個進化洞穴已經開啟了,只要把隊伍調整為單人就可以並且成為領隊就能滿足條件的同伴進化!
回到基地之後,搭檔說他很想當隊長,選擇答應他後他會告訴你怎麼調整,只要去朋友區域找他隊伍同伴,對話先選加入他,再選「リ—ダ—にする」就可以了喔!
第二天早上看見恰雷姆在基地附近,和他說話得知有新的地點出現了,接下來前往廣場和蓮帽小童說話,得知鯰魚住的池糖,和他說話可以得到潛水招式機喔(可以無限使用),這時新迷宮「あらしの かいいき」,總共有40層樓,在最底層去打倒蓋歐卡吧!
接著新迷宮「たいようの どうくつ」開啟,
在第20層樓衝浪招式機被一圈水圍著,讓水系或者會飛的成為隊長過去拿吧!
拿到衝浪後的第二天並且又有買到南方島的朋友區域前提下才會觸發劇情,這時又一次發生地震,一出門就看見不知道什麼東西以超高速飛過,這時去城市的中心廣場,這時胡地告訴大家是
拉帝歐斯做的,這時新的迷宮「きたの さんみやくへ」出現
,總共有25層樓,打到最底層打敗他吧!
打敗後他被帶回中心廣場,一開始他嚇到了,他告訴大家其實他在找他的妹妹拉帝亞斯,這時新迷宮「ならくの たに」開啟了,也是二十五層,順利把亞斯帶回地面,二個人相見哭泣,結果變隱龍兄弟看到這一幕突然發現自己兄弟感情都沒這麼好…之後亞斯和歐斯就會加入你的救助隊了。
這時去過完一些任務後去城市發現晃晃斑暈倒了,把他帶回救助基地裡,然後獲得「とうめいな はね」,接下來前往天然鳥所在迷宮「おおいなる きょうこく」,得知要去「ほのおの だいち」尋找答案。此後的迷宮進入時都要先存檔(因為沒有存檔點)。
「ほのおの だいち」總共有30層,最終是和炎帝戰鬥,獲勝後去
新地點「イナズマの だいち」,也是總共30層樓見到雷
公,同樣是把他打敗吧!獲勝後再去「きたかぜの だいち」,也是總共30層樓,把水君打敗吧!戰鬥獲勝後完成最後的進化
「なないろの はね」七彩羽毛獲得。
帶著七彩羽毛,前往「はるかなる れいほう」,總共有四十層樓,打到最底鳳王出現,
打敗他後回到城市找晃晃斑,把七彩羽毛交給他就完成任務了!
接著再去過一些任務可以發生劇情,噴火龍和水箭龜修行的時候驚動了一個傳說的神奇寶貝,這時來到城市中心發現喇叭芽和蓮帽小童在比誰強,這時噴火龍和水箭龜回來倒在地上,這時新迷宮出現「にしの どうくつ」,總共有九十九層樓(中間都無法存檔),裡面原來是超夢,使出全力打敗他吧!
接下來繼續完成委託的任務觸發劇情,接下來接到大嘴鷗的特報,這時到城市中心廣場上方的狡猾天狗那邊對話,可以得知新的迷宮「ちてい いせき」,總共有九十九層樓,第十五層時和雷吉洛克戰鬥、第二十五層時和雷吉艾斯戰鬥、第三十五層和雷吉斯奇魯戰鬥,然後把他們三個石像打敗他們掉的東西集合起來可合體成為オゥゴール音樂盒,帶著這個道具在第36層以後有機率碰到傳說中的神奇寶貝——夢幻,打敗他後也是極小機率加入你的隊伍。
分別去「ライメイの やま」、「ほのおの やま」、
「じゅひょうの もり」,也就是三神鳥住的地方打敗他們會有小機率加入
你的救助隊,當三神鳥都加入你之後前往他們的朋友區域會發生神鳥集合的劇情,得到「うずしおの いし」,同時新迷宮
「ぎんの かいこう」出現,總共有99層樓,打到最底層發現洛奇亞在等待著你,打敗他後加入隊伍。
收服洛奇亞之後天然鳥會來到救助隊基地前,說原本的隕石坑已經變成了迷宮,要你趕快去處理,這時新的迷宮出現「いんせきの どうくつ」,進入時
會要求身上道具減少到3個以下。總共二十層樓,在最底層見到代歐奇亞斯,把他打敗吧!
繼續的完成委託任務,有二次發現恰雷姆和阿柏蛇出現在基地前,和他們對話再過一段時間,看到阿伯蛇一個人,去看聯絡所的公布欄上面有恰雷姆的委託任務,新的迷宮「ねがいの
どうくつ」出現,等級從1開始,20樓之後看見恰雷姆,帶回救助隊基地就可完成任務,在第九十九層樓可以見到基拉祈,打敗有機會加入。
繼續完成委託任務,恰雷姆和阿柏蛇會來找你問說有沒有見到耿鬼,之後在城市的中心廣場再碰到阿柏蛇,得知耿鬼在「ひょうせつの れいほう」,到新迷宮那邊最底層發現沒人,第二天耿鬼來找你,再次來到那個迷宮時九尾出現,最後的迷宮「やみの どうくつ」出現!總共二十層樓,這時耿鬼說他已經和莎奈朵是好朋友,為了救這個世界,莎奈朵接受了可以將自己毀滅的特殊的道具タタリ,然後耿鬼就走了,看來主角必須要去幫助他了!
順利救回莎奈朵之後,第二天會發現他在廣場上,他會要求加入你的隊伍,就是故事真正結束了,不過還是有很多神奇寶貝等著主角去救喔!加油吧!
特殊的雕像取得法
愛哭樹雕像--在幕下力士訓練所打敗所有屬性房間(本篇破關後)
瑪狃拉雕像--某些救難委託的謝禮
魔尼尼雕像--某些救難委託的謝禮
路卡利歐 雕像--救難點數累積15000點晉升魯卡等級時獲得信件賀禮(信箱要留個空)
------------------------------------------------