一開始會發現，有不明的組織使用黑暗洛奇亞，把整個船都給偷走了。
接下來在神奇寶貝總合研究所裡面，主角在虛擬的競技場內，暴蠑螈對抗巨金怪，主角使用暴蠑螈那方，打贏之後就會回到真實的世界。
這時前往所長那邊，得知要你先回你的房間，接下來在所長所在的位置往左走，電梯旁邊左邊房間進去看見新聞，發現船被搶走的報導，接下來坐電梯往下，然後往左上角的房間走，就回到主角房間，發現有個亮點，調查後可得PDA。
接下來離開研究所，前往地圖上出現的新地點，博士的房子，到那邊去發現他的助手和你對戰，打完後進去發現主角的妹妹，和妹妹以及負電拍拍離開後，出來房子會收到信件，回去神奇寶貝總合研究所去找所長（原位置坐電梯下樓左邊房間）。
回去後和所長的太太說話後，所長會給你強取裝置，用來抓黑暗神奇寶貝的機器。隨後發生事件，這時跑出去外面看，會發現所長被抓走了，被不明集團抓走，隨後立即發生對戰，這時只要丟出寶貝球，就可以把熊寶寶強取過來。戰鬥結束後，所長還是被抓走了，進去研究所瞭解情況後，所長太太非常的生氣，找到所長太太後，離開研究所前，研究人員會給你東西，之後就前往新地點，海邊港口。
到達港口後，主角的妹妹不小心和一個人撞倒，因為讓他生氣了，所以他放出貓鼬斬想要打主角和主角的妹妹，這時出現了三個神秘人，隨後他們幫主角用了胡地把貓鼬斬幹掉，之後他們也走掉了。
前往港口的左方有一個房子，裡面有一個船長，可以得知伊布的五種進化方法，而依照主角的判斷，選擇想要進化的類型。
水精靈的話選擇水之石
雷精靈的話選擇雷之石
火精靈的話選擇火之石
太陽精靈的話選擇太陽碎片（一定親密度後升級進化）
月精靈的話選擇月之碎片（一定親密度後升級進化）
之後出來往港口的左上方走，會發現一個水手，和他對話選否，然後就和他對戰，打倒他可以得到招式機45「著迷」。接下來使用港口邊的移動橋，前往燈塔上面有一個女生有黑暗土狼犬，而水道的右邊有一個中年男子有黑暗
芭瓢蟲。抓取完畢後前往港口右邊的酒吧調查，在入口處會和一個水手對戰，進入裡面調查完之後出來，再去之前港口左邊房子裡
，會得到重要的道具，之後再回去神奇寶貝總合研究所。
回總合研究所後，去找所長太太會得知一個新地方，也就是之前淨化黑暗神奇寶貝的綠色村莊，之後主角的妹妹會留在研究所裡面。前往綠色村莊後和路人對戰升等，有個老婆婆打贏後會送你招式機09（種子機關槍），在一個山洞裡，有一個老婆婆會傳授招式，有模仿、電磁波、地球上投。
隨後前往長老的房間，會要去前往淨化的小廟，在神奇寶貝中心左下方有一條小路，下去之後往洞裡面走，途中會有很多人和你對戰，最後一個人打倒他會送你香水盒（裝古龍水道具，該城市有賣古龍水，能讓黑暗神奇寶貝的黑暗值下降），最後來到小廟，長老會和你對戰，打完之後以後就能來這邊淨化黑暗神奇寶貝了！（必須要等到黑暗值到0），接下來長老帶你回他家，他留下了聯繫方式後就可以前往新的地點，戰鬥百人山了。
這時到了百人山，裡面有一個老先生會讓你的神奇寶貝忘記招式，接下來去挑戰百人山，打到第3場時觸發事件，接下來就得知可以前往新地點的情報，這時就前往沙漠研究所。
前往沙漠研究所之後，一開始就會見到搞笑的六人組，一直說一些很搞笑的對話（兄弟的
愛六倍、力量也六倍，但是伙食費也要六倍），這六個人身上也有黑暗神奇寶貝可以強取。
紅衣---戴魯比
藍衣---海豹球
棕衣---天秤偶
黃衣---咩利羊
紫衣---溶食獸
綠衣---橡實果
（如果這個時候缺少寶貝球，可以前往綠色村莊那裡的商店，這時已經開始在買神奇寶貝球了。）
而進入沙漠研究所後，依序可以強取到
女戰鬥員---線球
男戰鬥員---呆火駝
男戰鬥員---利牙魚
研究員---蘑蘑菇
打到最裡面有個研究員（就是有黑暗蘑蘑菇的），打倒他後桌上有一個亮點，調查後可得ID鑰匙，去開啟之前無法進入的那個電梯，下去後走到最深處發現所長，和挾持所長的戰鬥員打完後帶著所長離開，結果在電梯前碰到了Shadow集團的幹部，他開始唸一大堆希望主角能站在他們這邊，對話完後選擇不要，於是他就會很生氣的和主角對戰，可以強取到優雅貓，打倒他之後他就跑走了，這時地上有一個亮點，調查後得到後離開，回到神奇寶貝總合研究所。
之後就可以使用淨化裝置了，主角站在圓形陣的中間就可以使用。使用方法:要先準備4隻普通的神奇寶貝，和1隻要淨化的黑暗神奇寶貝，4隻神奇寶貝照屬性的相剋以順時鐘的方向來放置，最後將黑暗神奇寶貝放在中間，並且和最上方的神奇寶貝要剋到，放好之後離開，等一段時間後就有通知，前往淨化機器上就可以得到淨化完成的神奇寶貝了！！
接下來往研究所外面走，邊邊上會有一個研究員，接下來所長也會出來交談，得到一個新地點的情報！
新出現的地點就是ONBS電視台的所在地城市，和城市裡面的訓練家對戰完之後，接下來到了ONBS電視台，到2樓會發現一個小妹妹，他會要你帶他去找媽媽，帶到3樓後會現他的媽媽，這時他媽媽為了感謝你，送你安心風鈴（帶著可增加親密度）。到了ONBS電視台的最頂部，和人交談完後，發現這個地方原本沒有野生神奇寶貝的，沒想到最近出現了野生的神奇寶貝，要你去調查看看，之後地圖上就會出現新的地方，山谷，前往山谷發現ONBS電視台在做節目，介紹有關新的野生神奇寶貝情報，接下來會要你放誘餌在上面，接下來再前往湖邊，到湖邊也是把誘餌放在上面，然後再到洞窟。
這時到洞窟會發現二個人，然後他們就叫他們的大哥來（一個爆炸頭），和他打可以強取「雷電球」，打倒他之後，他們就跑了，這時地下有一個亮點，調查完之後可得到發信器，發信器會通知你出現野生神奇寶貝，然後到處走走跑跑（可以利用機會再和沙漠研究所那六個戰鬥員對戰），然後發信器會出現有野生神奇寶貝出來了的反應，分別是天蠍、毽子草、超音蝠，接下來再回去ONBS電視台，發現Shadow集團的人入侵，進去後把一個一個戰鬥員打敗，依照順序可以強取到「幕下力士」「六尾」「夜骷顱」「拉魯拉絲」「大嘴娃」，事件結束之後就可以前往新的地點水都之城。
之後前往新地點水都之城，進入後一個小姐和你說你是這個城市的第一百萬個訪客，然後送你幾個東西，接下來就被趕去一個地方玩遊戲了。（在那邊的商店可以買到落雷、保護、大字爆、破壞光線等強力招式機）。
接下來回到水都後，水都右上方房子桌上有一片CD，把他拿走之後，到市長家（水都左上方房子），這時市長家有一個女生，和他說話他發現你有CD，就送給他聽，然後跑到二樓去撿地上的亮點，原來那是一封信，得知Shadow團下一個目標就是水都，這時那個小姐跑上來發現你在看信，他就露出他的真實身份，原來他是Shadow團的戰鬥員(可強取雪童子)，打完後下樓還有一位（可強取榛果球），接著就是去水都裡清理戰鬥員偽裝成的居民喔！這次六人搞笑戰隊也出來搞笑@@
(在打六人戰隊時，打敗他們時，地上會有亮點，那個道具是戰鬥測驗01、07、16、20等…，是在有遊戲的那個塔會用得到的東西）清理完之後就到水都中央的訓練所打完所有的Shadow團的戰鬥員，（可強取天然雀、毒薔薇、喵喵）他會說大家都被鎖在下面，而鑰匙在他手上，然後他就跑掉了。
這時再去水都的競技場那邊和擋路的人說話，原來他也是Shadow團的戰鬥員裝成的居民（可強取小山豬），打敗他之後就可以進去裡面，會發現Shadow團的第二個幹部在裡面，然後先打敗他的三個戰鬥員之後（可強取烈雀、臭泥、小海獅），就可以打第二個幹部了喔。ONBS電視台的人員會全程錄影，（可強取到月石），打敗他之後就可以拿到鑰匙，到水都中央那個訓練所，到 右邊的控制台啟動電梯，搭電梯下去把所有人給救出來。這時會出現新的地點「北邊的沙漠」，要前往時因為沙漠的沙太多而走不了，又被迫回到水都，另外去市長家找市長，可以得到學習裝置喔！。
接下來ONBS電視台寄來一封信，是有事情委託，到ONBS電視台頂樓可以找到委託人，一個小女孩，原來是他的神奇寶貝不見了（愛哭樹），要去把他找回來，和裡面的一個老人說話，這時地圖會出現Libra號的遺跡地點，不過要過去還是沒辦法，只好到港町那邊的技師家去吧（港口左邊的房子）。
和他交談後得知要去那位怪博士的家找老技師，這時去那個像鬼屋的研究屋會發現博士的小助手，打敗他之後博士跑出來，並放出他的新作品「機械固拉多」，然後會發現那個小助手騎著他出來，接下來和他打一場，之後就可以去博士的秘密地下室，接下來拿完寶物後上來找博士，然後再到博士房子右上角的秘密通道，下去後找老技師就可以了，回港町之後改好車子就能前往Libra號了。
進到甲板裡時，發現第三位幹部也在那邊，不過這次只會先和戰鬥員打一場而已，解決戰鬥員之後往上走（途中有很多寶物可拿，不過要靠一點小智慧)
走到最上面發現有一個工人住在這，會請主角調查一下有船底怪聲，到最下面的船底之後會發現愛哭樹在吵，回去告訴工人之後走出船艙，出來之後發現強盜團的人，結果主角就被他們臭臭花的睡眠粉給弄昏，然後把主角身上的強取裝置給拿走了。醒來的時候還是在工人的船艙內，接下來跑去Shadow團北方的據點，結果強盜團的人也跑到那邊想要侵入，結果被之前在港町的男人擋住而失敗了，原來他也是Shadow團的，於是就和他打一場（不過強取裝置沒了，就只好直接打爆他的貓鼬斬了)
結果還是沒有辦法進入他們的據點= =。
之後回到ONBS電視台，到電視台2樓的右下方房間裡，會得到強盜團的情報，然後出現新地點（町外餐廳）
接下來去找町外餐廳的一個人，但是會碰到那個爆炸頭男= =
和他打完之後進去裡面看電視上的新聞，和裡面的人交談完之後會再收到一封信，得知強盜團的基地（會出現新地方），之後出來時會和一個牛仔對戰。
打完之後就前往強盜團的基地吧，打完裡面的手下後到最上面找到頭目，選擇「是」就和頭目對戰了！打敗他之後他會給你一個鑰匙，可以開啟1樓左邊的寶箱（招式機30影子球），和頭目交談後發現他是想要與你一起對抗Shadow團，然後就把強取裝置還給你了。
拿回強取裝置之後就前往Shadow團的北方基地吧，和那個紅衣男打強取貓鼬斬吧。
不過門口有人擋住不讓你進去，結果強盜團頭目帶手下來幫忙，用臭臭花的睡眠粉把守住門口的人給弄睡覺了，接下來就可以進去裡面打了，原來這裡是製造黑暗神奇寶貝的工廠，打敗一堆Shadow團的戰鬥員吧！（沿路上的戰鬥員可以強取到卡蒂狗、派拉斯、大舌貝、比比鳥、大針蜂、蔓藤怪、巴大蝴、三合一磁怪、口呆花、末入蛾、阿柏怪）
到最頂樓之後，把研究員打敗之後，故意把控制電壓調到最大，此時工廠會停止運作，一個戰鬥員聽到情況不對跑出來，打敗他之後就進去那個戰鬥員出現的房間。
原來那裡面就是Shadow團第三位幹部的所在位置，就使出全力擊敗他吧！（可以強取到素利拍、火爆猴）
打敗他之後，這時電視出現了Shadow團的頭目，原來他就是之前在港町碰見的老先生，得知他們的基地就在一個島上。然後在那邊的桌上有亮點，調查可發現所有黑暗神奇寶貝的名單（會放在PDA裡面）。
接下來去港町找那位技師，由於Shadow團的基地天氣惡劣，一般的船無法去，找技師之後得知他做出了蓋歐卡快艇，接下來再和技師說話，他們就到港邊等，這時研究所來了一封信，信中說要你回研究所一趟，回去找到所長會送給你
掌門球（抓神奇寶貝100%），準備好了之後就前往他們的基地吧（和港邊的蓋歐卡快艇說話就可以前往）！
首先要一層層爬上去，在入口進去後的第一層電梯會碰到Shadow團的女幹部，打敗他之後繼續往上打，打到了山頂會碰到第二個幹部，打敗他之後就可以利用他坐的電梯直接回到山腳。補好血之後再回到山頂，接近巨蛋時會發現首領的藍衣護衛，打敗他之後進去巨蛋裡面發現首領原來是之前的老爺爺，不過他升起了保護牆不讓你過。
這時走出去到外面，這時會碰到第三個幹部，打敗他之後從他坐的電梯進入巨蛋內部，順利進入後他們會嚇到，接下來首領就跑掉了，他的紅衣護衛會和你打，打敗他之後就準備補充體力上去找首領了！
上到最頂部之後會發現首領在那邊，他就放出了黑暗洛奇亞來打，建議直接用掌門球抓，因為黑暗洛奇亞非常的不好抓，為了防止浪費體力，建議直接放掌門球。當黑暗洛奇亞被抓走時，首領非常的生氣，並直接展開最終決鬥，他六隻全部都是黑暗怪，而且其中三隻還是三神鳥，非常的難挑戰。（就算把首領黑暗怪不小心打死了，下次還可以再來和他打再抓也可以），打敗首領之後藍衣護衛出現，要求首領爆破這個島，這時紅衣護衛也出現，並阻止這個行為，原來紅衣護衛和首領是父子關係，紅衣護衛要爸爸繼續活下去，接受法律的制裁，結果藍衣護衛就自討沒趣的走掉了，最後紅衣護衛也變成好人，變成歡樂的結局收場。
破關之後回到了研究所，然後收到了一封信，出研究所之後會碰到在森林城市的那個老頭，他會和你進行對戰(LV45皮丘、LV50皮卡丘、LV55雷丘)，打完後地圖上會出現新地方，大競技場。
這時去水都找市長，到他家會發現亮點，可以得到戰鬥測驗27和34，和市長說話，他為了感謝你，會送你學習裝置。 水都中央的競技室下面的地方，左上角有戰鬥測驗３５可拿。港町餐廳2F左邊桌上有戰鬥測驗06可以拿。
大競技場是依你最高等級的神奇寶貝為主，所以記得六隻進去等級要６０以上，而且剛好一樣會比較好打喔！打大競技場第一輪的最終戰是Ｓｈａｄｏｗ的那位女幹部拉芙利亞（暫），打敗他之後出來和那位老頭說話，竟然給你的是拉芙利亞迷第一號會員，還有給你招式機０６。大競技場如果一直打下去，可以碰到Ｓｈａｄｏｗ的幹部、紅藍衣護衛、強盜團首領、博士助手等人喔，每打完一個人後，外面的老頭會送你禮物喔！難度到後面會越來越可怕喔！
第一輪--打敗shadow的女幹部---招式機06(特毒)
第二輪--打敗shadow的男幹部---招式機27(報恩)
第三輪--打敗shadow的男幹部---招式機48(技能交換)
第四輪--打敗博士的小助手---招式機36(毒液炸彈)
第五輪--打敗強盜團的首領---招式機44(睡覺)
第六輪--打敗shadow的藍衣護衛---招式機47(鋼之翼)
第七輪--打敗shadow的紅衣護衛---招式機02(龍之爪)
打完第一輪之後會收到一封信，要你去樹鎮那邊找那位老頭的太太，到樹鎮的中央那邊的房子找那位老婆婆，和他說話後得知說最近神奇寶貝們都不說話了，這時去下面找房子裡的果然翁，調查一下果然如此，裡頭的人說之前有一個發明家發明神奇寶貝翻譯機，接下來就去樹鎮的神奇寶貝中心，和那位老先生說話，調查得知原來就是那個研究所像鬼屋的那個博士。
跑去那個研究所去找博士，和他說明整件事由來後，他會給你一個聲音膠塊１，拿這膠塊回去樹鎮找到對應的神奇寶貝，（聲音叫聲要一樣），就可以讓神奇寶貝們再度說話，治完一個再回去博士那拿下一個（樹鎮總共有左邊房子裡的力壯雞、中間戶外老婆婆的土狼犬、最右上老頭的傲骨燕。）不過，治到最後，果然翁還是不行。
這時再回去找博士，認為他的發明有問題，這時ONBS的櫃台小姐也傳信過來，說她的蘑蘑菇也不講話了，博士就給你聲音膠塊5，去ONBS給蘑蘑菇聽之後他就會說話了，而小姐說最近港町和水都的神奇寶貝也都不說話了，回去找博士就可以得到神奇寶貝語翻譯機，這時再去找那個果然翁還是不行。
回去找博士後他說要再研究，並要你去治其他的神奇寶貝，去水都和港町治，治的方法就是問問題，聽聽神奇寶貝的心聲，答對的話他們就會說話了，港町的神奇寶貝有餐廳2F的二隻大鉗蟹、出入口左邊民房裡的走路草、海上民房裡的小磁怪，水都的神奇寶貝有中央噴水池的漂浮泡泡、神奇寶貝中心前的瑪力露麗、右邊出口旁直衝熊、競技場前橡實果。
再回去找果然翁，結果還是沒效，這時再回去找博士，問完再去找果然翁，結果最後是要用主人學果然翁叫聲的方式試試，結果成功了，OK之後到樹鎮上方老婆婆的家那邊，找她 得知再去樹鎮最右邊的蓮葉童子，就可以得到幸福的蛋(持用戰鬥可得額外經驗值)
到町外餐廳（地圖最右邊），身上有空格的話，和裡面的一個研究員說話，可得黑暗波克比。
之前強取失敗的，都會出現在那個爆炸頭身上，隨時注意他出現的地方，然後和他打都可以強取之前失敗的黑暗怪，當你把全部82隻都收集齊全之後，會發現還缺快龍，收集完82隻後到港町的燈塔最高點，發現他在那邊跳舞，他說他以後會成立屬於他的邪惡組織，然後就和你對戰，快龍就在他的身上，抓成功之後他也就逃了，再也沒有出現。
接下來就去淨化黑暗洛奇亞吧，只要九個淨化的stage都是滿的，這樣只要把黑暗洛奇亞隨便放在一個裡面，就會自動淨化成原來的洛奇亞了，這時淨化之後，所長等人都來恭喜你終於解救洛奇亞了。
在三個可以抓野生神奇寶貝的場所，有時你的飼料會被小卡比獸吃掉，這時他的主人會出現向你賠罪，然後會多送你10個飼料給你。
在戰鬥百人山那邊，身上保持一個空格，然後帶著其他的５隻選擇一次攻上去的模式，一口氣連打完一百個人之後，可以在最後得到能使出大絕招的三隻金銀主角獸喔！此外也能得到特殊紀念緞帶。
火球鼠－炎爆高熱
菊草葉－巨大藤蔓
小鋸鱷－強力水柱
（以上強力招式威力和命中率、效果和破壞死光一樣）
如果是第一次去打百人山的話，每打完10個人會送你招式機和道具喔！
第10人--強制鍛鍊器
第20人--招式機03(水之波動)
第30人--招式機34(電磁砲)
第40人--招式機42(裝腔作勢)
第50人--招式機39(岩石封閉)
第60人--招式機50(重擊)
第70人--招式機04(冥想)
第80人--招式機08(鍛鍊體格)
第90人--招式機40(燕返斬)