一、遊戲一開始，玩家先選擇男主角或者女主角，再替主角命名。開始的時候主角會在真新鎮家中的二樓，走出門後，往真新鎮上方草叢走，這時大木博士會出現，然後他就把你帶回研究所，也會碰到你的宿敵小茂，大木博士會要你從小火龍、傑尼龜、妙娃種子三隻裡面選一隻做為自己的神奇寶貝，選完後這時小茂也會選一隻，然後和你對戰，打完後走出研究所，往北方的常磐市走。
二、到了北方的常磐市後到這裡的商店裡，老闆會給你東西要你轉交給大木博士，這時再往南回真新鎮，去拿給大木博士他就會給你神奇寶貝圖鑑，然後到研究所上方的民房，裡面是小茂的姊姊，和她說話她會給你地圖喔。
三、再往北到之前的常磐市，然後向西邊的22號道路前進，這時會遇見小茂，要把等級練到大概十級左右就能輕易獲勝，前下來再往前是往石英聯盟的路，由於未蒐集到八家道館徽章，所以無法進入，再回到常磐市之後發現這裡的道館無法進入，之好繼續往北走，與途中的老伯談話會教你捕捉神奇寶貝，然後他會送你一個教學電視，這是可以教玩家許多戰鬥中的基本常識的好道具喔，再往上走就能進入常磐森林。
四、常磐森林內有許多的蟲系神奇寶貝，這裡也有道具可以撿，然後運氣好的話可以遇到皮卡丘喔，之後你會到達尼比市。到達了尼比市之後可以去挑戰道館喔，這關道館是以岩石系為主。
尼比市道館訓練家--小剛
使用的神奇寶貝--小拳石LV12/大岩蛇LV14
打贏可得徽章，能提升神奇寶貝攻擊力，戰鬥之外也可使用閃光，並且他會送你招式機39岩石封閉。
五、道館賽打贏後到尼比市最右方遇見一名博士，和他說話可獲得跑步鞋（B+方向鍵就能在地圖上跑步），尼比市最北方有個博物館，進入要50元，進去可以參觀參觀古代神奇寶貝的化石，出尼比市往右邊走，中途有些訓練家，可以利用這個機會練等級，一直走之後會看見一個神奇寶貝中心，裡面有人在賣鯉魚王，一隻要500元，其實以後會拿到釣竿就釣得到了，如果等不及了先買練也是不錯選擇，而神奇寶貝中心外面的右上就是月見山入口了喔。
六、月見山裡面都有一些不錯的道具和招式機，如月之石和招式機46，而火箭隊的一些手下也在這邊，也會有許多訓練家，到達最內側後，有火箭隊集團出沒，之後打贏最裡面的一個科學家，可以拿化石，只能選一個（左邊是化石盔，右邊是菊石獸，以後能到紅蓮島那裡讓他們活過來），出了月見山洞窟，往右邊走一點點會看到二個人，他們會教授你神奇寶貝招式（一個是百萬噸鐵拳，威力80、命中85、PP20，另一個是百萬噸飛踢，威力120、命中75、PP5，玩家可要好好選擇喔），再往右走就能到達華藍市，接下來可以去挑戰第二個道館喔。
華藍市道館訓練家--小霞
使用的神奇寶貝--海星星LV18/寶石海星LV21
打贏可得徽章，能使等級30為止的神奇寶貝聽話，在戰鬥以外可以使用居合斬，並且送你招式機03水之波動。
七、在華藍市神奇寶貝中心左邊房子裡，有一個老人想用迷唇姐和你交換蚊香蛙，華藍市右上方的民房有一個人擋著讓你進不去，接下來只好往華藍市北邊走，結果馬上就會碰到小茂，打倒他之後可得到聲音辨識器，可利用這個道具來探取一些遊戲情報，之後繼續往上走會有很多訓練家，最後一位會送你金球（可賣錢），結果他竟然是火箭隊的人，要你加入，當然主角不肯，之好和他打，打敗他之後轉右邊的路走，走到底有一個房子，結果進入後發現一隻皮皮，原來是正輝的機器讓他自己變成這樣，之後答應他幫他變回人類，幫他弄電腦之後他就回復了，之後他就會可以船票。
八、回到華藍市之前右上方有人擋住的屋子可以進入了，往他的後院走發現火箭隊，打完後往下面的5號道路走，中途有飼育屋，可以飼養神奇寶貝但需要花錢，往下的城市入口目前進不去，只好往右邊的地下通道走，一直走之後出去就能到達6號道路，往下就能走到枯葉市。
九、到了枯葉市之後，在神奇寶貝中心左邊的屋子，和他說話可得到破爛釣竿，在神奇寶貝中心內和櫃檯附近的女生說話，可以得到對戰搜尋器，走路就能充電，充滿之後在之前對戰的訓練家旁使用，只要他們有反應就能再和他們戰鬥，這樣也可以練經驗值和金錢，接下來到道館上面的神奇寶貝俱樂部，聽完會長的說話後可以拿自行車兌換卷，可以回到華藍市的自行車店可換取自行車喔，由於目前道館有樹擋住進不去，只好先去港口。
十、去港口後進入聖安奴號船，走到二樓的盡頭就會碰到宿敵小茂並且對戰，打完後去船長房間拿秘傳機01聚合斬，離開船之後船就會開走了，拿到聚合斬以後就可以把道館前的樹弄掉，進入道館發現有電門擋住，要調查垃圾桶的開關，連續兩次選中藏有開關的垃圾桶，才能打開電磁門，建議找到第一個之後，馬上調查隔壁的垃圾桶，這樣找到機率比較高喔，開啟電磁門之後就能進入和道館訓練家打了。
枯葉市道館訓練家--馬志士
使用的神奇寶貝--雷電球LV21/皮卡丘LV18/雷丘LV24
打贏可得徽章，能增快神奇寶貝的速度，在戰鬥之外也可以使用飛天，並且送你招式機34電磁砲。
十一、往枯葉市右邊的11號道路走，這邊也是有很多訓練家，然後到一間像通關處的大房子，出去後發現有一隻卡比獸擋著無法過去，以後再來收服，而這裡通關處的房子二樓，如果你收集的神奇寶貝超過30隻的話，和研究員說話可得探索機器，可以在像地上通道等地方找隱藏的物品喔，接下來往回走，進入之前經過還沒進入的地鼠洞穴，一直走，出去以後回到尼比市的附近，往下走到最後一間大屋子，和裡面研究員說話，如果你身上收集的神奇寶貝有超過十隻就會送你秘傳機05閃光。
十二、接下來回到華藍市，到之前右邊被樹擋住路把樹砍掉就能前進9號道路，一路上也是有訓練家，到最裡面後有一個神奇寶貝中心，旁邊就是黑暗洞窟，下方的無人發電廠等學會了衝浪才能去，裡面有閃電鳥可以抓（LV50）。進入黑暗洞窟後用閃光就能照亮，不然直接走可是很辛苦的喔，裡面的地下二樓左下角有個小男孩會免費教你岩石系招式土石流喔。
十三、通過黑暗洞窟之後就能到達紫苑鎮，此鎮有一棟很大的幽靈塔，先不要進去，接下來往左走之後也不能進入金黃市，只好先進入有地下道的屋子，走到底出來之後就能到達彩虹市。彩虹市有一間大型百貨公司，可以買到許多重要的道具和進化之石，另外，進入遊樂場上方的建築物，與老奶奶說話可獲得茶，把這拿給守著不讓你進的管理員就能進入金黃市，但先不要去，因為還有事件等著你，而大樓有後門，進入到最頂樓可得到伊布（記得身上要帶五隻以下的神奇寶貝），百貨公司最頂樓有個小女孩，你分別幫他買飲料給她，她會分別送你一些招式機喔，而百貨公司的三樓，店員會教授你返拳招式喔。
十四、在彩虹市右下排的民方有一間食堂，和裡面的人說話，原來他玩遊樂場輸到沒錢，一氣之下便把代幣盒送給主角，這樣就能買代幣玩了，進入遊樂場可以用探索機器找掉在地上的代幣喔，遊樂場有個人一直看著奇怪的海報，和他說話就會和你打，戰鬥完後調查海報就能打開秘密通道下去。
十五、進入後一直和火箭隊的人打，到地下四樓與左上方的火箭隊成員戰鬥，戰鬥完後他會給電梯的鑰匙，回地下二樓，通過奇怪的輸送帶到達對面，對面有電梯，使用電梯到地下四樓，與門口的兩名火箭隊成員戰鬥，打完大門就打開了，接下來和阪木老大展開決鬥，獲勝後撿起地上的透視眼鏡，接下來坐電梯到地下一樓，和兩名火箭隊的打完後就能出來了。
十六、接下來就能去挑戰彩虹市的道館了。
彩虹市道館訓練家--艾莉嘉
使用的神奇寶貝--大食花LV29/蔓藤怪LV24/霸王花LV29
打贏可得徽章，能使等級50以內的神奇寶貝聽話，在戰鬥以外可以使用怪力，並且送你招式機19百萬吸血。
十七、接下來回到紫苑鎮的幽靈塔，在二樓會碰到小茂，並且和你戰鬥，打完後一直往上打下去，打到頂樓前有一隻奇怪神奇寶貝，結果因為你之前有得到透視眼鏡而露出真面目，原來是嘎拉嘎拉，將他打敗後就能上到最頂樓，然後把火箭隊的人都打跑後，救出一位老伯，他會帶你回他的家。
十八、到他的家之後，和他再一次說話可得到神奇寶貝之笛，與老伯說話得知，原來那隻嘎拉嘎拉是因為去世的母親而在那一直不走，後來這位老先生因為要安撫那隻嘎拉嘎拉才去那裡，後來事件就圓滿落幕，這時可以利用神奇寶貝之笛去叫醒卡比獸（12號道路上，順便有民房可去那得到高級釣竿喔），並且可以把他收服了喔，而戰鬥時萬一睡著，也能用神奇寶貝之笛讓神奇寶貝醒過來。
十九、回到彩虹市，結果發現也有卡比獸擋在前往16號道路的路上，也可以收服喔，然後在上面使用聚合斬把樹弄掉，到16號道路上的屋子，與一位女孩說話可得秘傳機02飛天，接著沿16號道路走單車跑道，在這之前請確認你身上已經有腳踏車。沿著單車跑道的斜坡滑下去，到底再往右走就到了淺紅市，進入淺紅中之前的通關處，上到二樓可和一個男生用哥達鴨來交換他的大舌頭喔。
二十、到了淺紅市之後去挑戰道館吧。
淺紅市道館訓練家--阿桔
使用的神奇寶貝--瓦斯彈LV37/臭臭泥LV39/瓦斯彈LV37/雙彈瓦斯LV43
打贏可得徽章，可以提升神奇寶貝的防禦力，在戰鬥之外可以使用衝浪，並且送你招式機06特毒。
二十一、戰鬥完之後到神奇寶貝右方的二間房子，右邊那個進入會給你好釣竿，左邊的房子裡老人說他的假牙不見了，他說掉在野生園野區，就在這個城市的北方，這裡有很多稀有的神奇寶貝，但是每次進入時必須要付500圓，而且每次只能在園內移動六百步，超過六百步便會強制離開，外加30個公園球，但是沒用完還是會被收走喔，到園野區最裡面的房子就能得到秘傳機03衝浪，而在路上也可以撿到假牙喔，這時再回剛才不見假牙的老人，給他假牙他就會感謝你而送你秘傳機04怪力。
二十二、這時可以進入金黃市了，回金黃市後進入城市中心最大的大樓，這裡被火箭隊佔據了，先拿到鑰匙，鑰匙就在五樓南方的窄道那裡，拿到鑰匙之後就能開大部份的門了，一直打下去和一直隨便走可以練等級，在二樓左上方有個女生，和他說話他話教授你電磁波的招式，然後最快到頂部的方法是到三樓用鑰匙打開左方的房間，踏上傳送地板，就會碰到小茂，打敗他之後和旁邊的人說話可得到乘龍（記得身上要有空位喔），然後再踏上傳送地板到十一樓，和火箭隊老人阪木老大決鬥吧，打跑他之後和坐在沙發上的老人說話可得到天王球，這個球可以百分之百的機率成功捕捉任何神奇寶貝，而且世界上只有一顆，可別亂丟了。
二十三、金黃市右下角的房子裡有人會送你招式機29精神妨礙喔，然後在城市的左上方的房子裡，有一個女孩很喜歡模仿，如果你去彩虹市百貨公司買皮皮玩偶給她，她就會教授你招式模傲喔，接下來發現這個城市有兩個道館，先去打左邊的道館，這裡不是正式道館，但是只要打贏到最後，就可以獲得沙瓦郎和艾比郎喔，只能選一個，接下來去挑戰金黃道館吧，場館裡面是利用踏傳送地板來行動，多多試試就能去打館主了喔。
金黃市道館訓練家--娜姿
使用的神奇寶貝--吸盤魔偶LV37/末入蛾LV38/勇吉拉LV38/胡地LV43
打贏可得徽章，可以讓等級70以內的神奇寶貝聽話，並且送你招式機04冥想。
二十四、回淺紅市之後往下渡海，一直延19號水道前進，左轉之後就差不多到了雙子島了，裡面有急凍鳥可以抓喔，但是要適當的推石頭到指定點或是讓他落下擋住海流，這樣除了是為了能去抓急凍鳥，也順便可以離開這裡繼續往前走喔，這時往左一直游就到了紅蓮島了。
二十五、這時可以先用飛天回尼比市，之前那個博物館右邊有樹擋著不能進後門，弄掉進入後和化石旁的研究員說話可得化石翼龍的化石，加上先前得到的你就有兩個了，然後交給紅蓮島神奇寶貝中心左邊的科學研究所最裡面的人，分批交給他可幫你讓他們活過來喔，接著發現這裡道館進不去，原來需要鑰匙才能進，到道館旁邊的房子裡找鑰匙，這裡需要利用雕像的開關來開關不同的門，到最裡面可得到鑰匙，打開道館的門之後就能進入道館了喔。
二十六、進入這個道館可以不用和每個人打就能通過，只要你答對問題，但是還是建議直接和他們說話並且戰鬥，因為這樣可以練等級和得到一些錢，比不和他們打的好處實在太多了，到最裡面就是夏伯了。
紅蓮島道館訓練家--夏伯
使用的神奇寶貝--卡蒂狗LV42/小火馬LV40/烈焰馬LV42/風速狗LV47/九尾LV48
打贏可得徽章，能提高神奇寶貝的特殊能力，並且送你招式機38大字爆
二十七、打贏走出道館後，突然正輝出現並且和你說話，之後將你帶上船到達橘子群島一號島的神奇寶貝中心，和另一個見面後正輝會給你更新圖鑑及地圖，由於他們兩個人遺失了一個重要的電腦配件，所以導致這三個群島上的神奇寶貝中心電腦不能使用，所以玩家暫時還不能在這三個群島中使用電腦喔。
二十八、出神奇寶貝中心後往右走一點，然後渡海往北邊走，這裡也是有很多訓練家喔，然後這塊陸地有一個溫泉洞，裡面除了可以回復體力（進入池子中央）之外，和裡面的老人說話可得秘傳機06碎岩喔，接下來再繼續往上走，進入山裡面，旁邊的火箭隊還未發生事件，等以後再來，接下來往山上跑，在山頂可以抓火燄鳥喔。
二十九、接下來回到1號島，利用船前往2號島，到達2號島之後，前往2號島最上方的民房，有一個人會傳授你當初在大木博士選的神奇寶貝的大絕招（例如帶水箭龜去學到的是水系的大絕招，威力150但是會休息一回合，有點像破壞死光的感覺）到這個城市最右邊的房子內（電玩中心，好像要和朋友使用無線對戰器才能玩），跟一名跑來跑去的男子說話，原來是他的女兒通常這個時候會送便當來，沒想到一直沒出現，他就拜託你幫他去3號島的森林找他的女兒。
三十、接下來乘船到3號島，這時發現路上有飛車黨在欺負居民，和他們進行戰鬥就能打跑他們，他們告訴你老闆女兒在左邊的森林，進入左邊過了橋就到果實森林的入口（這森林藏很多果實喔，可利用探索機找出），進入後可以在最深處的草堆可以找到小女孩，與她說話後突然素利柏突然出現，成功他敗之後就能救出小女孩，回到2號島那裡再跟那位老闆說話後就圓滿解決任務，回到1號島和正輝說話後就OK了。最後返回紅蓮島往上游就能回到一開始出發的真新鎮了，然後再往上走到常磐市，常磐道館現在就可以挑戰了。
三十一、進入道館後，和一群人打完到最裡面，發現原來館長竟然是阪木老大，只要你等級和屬性善於利用還是能打贏。
常磐市道館訓練家--阪木老大
使用的神奇寶貝--鐵甲犀牛LV45/三地鼠LV42/尼多后LV44/尼多王LV45/鐵甲犀牛LV50
打贏可得徽章，能使任何等級的神奇寶貝聽話，並且送你招式機26地震。
三十二、從常磐市往左方的2號道路前進，會遇見宿敵小茂並且展開戰鬥，打完後繼續前進，進入一間大房子後沿路前進，中途有很多守衛檢查你的徽章，而走到裡面有一個山洞，進入後必須要推動石塊來掩蓋住白色的開關，打通每一條路，並且把石塊推入某個洞口，再跳入洞口 ( 仔細檢查每個白色開關是否有啟動喔 )，這就和倉庫番很像，運用你的頭腦思考吧，過完這個山洞就到達了石英高原，接下來練好等級挑戰四天王吧。
三十三、
第一位天王--康娜
使用的神奇寶貝--白海獅LV52/鐵甲貝LV51/呆河馬LV52/迷唇姐LV54/乘龍LV54
第二位天王--希巴
使用的神奇寶貝--大岩蛇LV51/艾比郎LV53/沙瓦郎LV53/大岩蛇LV54/怪力LV56
第三位天王--菊子
使用的神奇寶貝--耿鬼LV54/大嘴蝠LV54/鬼斯通LV53/阿柏怪LV56/耿鬼LV58
第四位天王--渡
使用的神奇寶貝--暴鯉龍LV56/哈克龍LV54/哈克龍LV54/化石翼龍LV58/快龍LV60
聯盟冠軍--小茂
使用的神奇寶貝--比鵰LV59/鐵甲暴龍LV59/胡地LV57
接下來小茂選擇的三隻神奇寶貝會因玩家開頭所選擇的神奇寶貝而有變化：
A.小火龍：風速狗、椰蛋樹、水箭龜
B.傑尼龜：暴鯉龍、風速狗、妙蛙花
C.妙蛙種子：椰蛋樹、暴鯉龍、噴火龍
打敗小茂之後便出現破關畫面了，其實還沒有結束。
三十四、將下來你要達到一些條件才能去橘子群島的4、5、6、7號島，首先你要
1、
已經捕捉到六十隻神奇寶貝，然後找大木博士去升級圖鑑。
2、
此時你發現四天王暫時還無法進去挑戰，因為四天王缺少了一位成員。
3、到枯葉市坐船，往1號島的神奇寶貝中心跟右方機器的男士說話。
4、進入之前捕捉火焰鳥的山頂，然後在右方尋找之前兩名火箭隊成員的蹤影，戰鬥完後進入洞穴尋找紅寶石，裡面會出現金銀版的神奇寶貝喔，到深處會發現很多排點字的遺跡，然後再下樓梯，可拿走紅寶石，完全達到以上條件之後，回去找上述所提到的男士說話，即可到1號島的港口坐船，前往4、5、6、7號島喔。
三十五、在群島的4、5、6、7號島中，玩家會多次遇上宿敵小茂，但都不用戰鬥。最令人興奮的是這裡有野生的金銀版神奇寶貝出現喔，另外島上的訓練家大部分都是使用金銀版神奇寶貝，而且等級都相當高，所以要特別注意。
三十六、玩家坐船到4號島後，在右上方（渡湖過去）有個山洞，裡面是冰洞裡可找到秘傳機07爬上瀑布，途中有採破冰以及滑冰方式前進喔，之後走到最深處看見四天王之一的康娜與火箭隊組織戰鬥，和她聯手把火箭隊對戰打跑，然後乘船到6號島，到達6號島後，到最南邊的遺蹟，在點字遺跡前使用01居合斬打開秘道，進入秘道之後往前方的洞跳下去，接著跳上方的洞、接著跳左邊的洞、然後接著跳右邊的洞、跳下面的洞就可以發現藍寶石，但是卻被一位奇怪科學家搶走了，然後到5號島右下方的火箭隊基地就能進入了。
三十七、在火箭隊基地裡經過一番戰鬥終於找到剛才偷走藍寶石的博士，戰勝他後可拿回藍寶石，現在回去和1號島的神奇寶貝中心，和在神奇寶貝中心機器前的男士說話，便可進行藍寶石／紅寶石的對戰與傳輸了，接下來就能去華藍市左方的洞窟去捕捉超夢喔，除了洞窟內的地形非常複雜，需要花點功夫熟習路線以外，超夢更是難收服，大家要有耐心喔。
三十八、回到5號島，使用衝浪到東北方的不歸洞穴，要在裡面找到一位少女，這個洞穴非常神奇，如果玩家不依序特定的順序走，永遠都會回到原點，因此，用以下的方式走可得到四樣道具及找回該名少女，以登山男子為該層為起點--
1、右→下，獲得悠閒香水。
2、隨便進入一個洞回到原點，右→上→下→上，獲得海潮香水。
3、隨便進入一個洞回到原點，右→上→下→下→右→右，獲得元氣塊。
4、隨便進入一個洞回到原點，右→上→下→下→右→左→下→左，獲得升級糖果。
5、隨便進入一個洞回到原點，右→上→下→下→右→左→下→右→上，就能找到少女了，和她戰鬥完後就順便帶她回家。
三十九、到達7號島，北方有一個戰鬥塔，玩家不妨有興趣進去挑戰看看，往7號島的南邊走，經過木橋及一些草原，在中途分叉路往左走，草堆旁邊發現有山洞，進去之後運用玩家的智慧將這七塊石頭推到七個坑洞上，就可以啟動機關，離開那個洞繼續往下走，發現海上各分布好幾個遺蹟呢，每隻未知圖騰出現點也不一樣喔。
四十、接下來石英聯盟已經重新開放了，玩家可以再次去挑戰四天王囉！不過四天王神奇寶貝的等級由63級起跳，進去挑戰前要先練好再來喔。