神奇寶貝時間探險隊、黑暗探險隊攻略
章節一
一開始要用心理診斷的方式決定你要當哪隻神奇寶貝。開始後在海岸邊和你的搭檔相遇，並和你分享他的夢想和最珍貴的寶物。這時超音蝠和瓦斯彈出現嘲笑，並且搶了同伴的寶物逃進海岸洞窟裡。進入海岸洞窟後(共四層) ，超音蝠和瓦斯彈在最深處，打倒他們就可以把同伴的寶物給搶回來。
章節二
同伴帶著你跑到了胖可丁的探險隊學校並加入。隔天馬上就接受依賴，要幫跳跳豬找回頭上的珍珠。進入後珍珠在B7，拿到珍珠後就完成任務了
章節三
在探險隊的大牙狸解說導覽各項設施後，前往變隱龍兄弟的商店說話，碰見素利普和瑪力露與露力麗，這時你突然看見未來要發生的事情，得知素利普要對露力麗不利，但因為沒有證據而作罷。回到探險隊後發現原來素利普是通緝犯，趕緊前往救援，並將素利普逮捕救出露力麗。
章節四
繼續完成普通的依賴任務後，地鼠會和你解說看神奇寶貝的腳形來判斷進入探險隊學校的神奇寶貝。答對越多獎勵越多。
章節五
早上集合後，聒噪鳥請你去「たきつぼのどうくつ」調查東西，先找風鈴鈴對話，得知可以增加同伴了。進入洞窟調查，要小心裡面有許多水系神奇寶貝!盡量用水系以外招式攻擊。
章節六
接下來學校宣布要進行遠征活動，這時上次搶奪同伴東西的壞蛋出現，並且也想參加，胖可丁決定誰接的任務多來決定遠征成員。過幾天聒噪鳥要求主角找出胖可丁喜歡的世界—蘋果，於是前往了蘋果森林。到達最上層後世界—蘋果被瓦斯彈他們拿走了，結果任務失敗的主角不能吃晚餐。隔天早上餓肚子的主角很失望，此時學校的朋友們將自己的食物分給主角，讓主角非常感動。接著準備要宣布遠征成員了，竟然全部都選上為遠征成員!準備好之後就出發了!
章節七
主角們和大牙狸一起前往沿岸岩場挑戰，挑戰完後接著來到「ツノやま」，這裡有許多蟲神奇寶貝，要特別注意。
章節八
接下來繼續前往霧之湖去探險，接下來連續探險，要記得身上道具，避免不夠用。
章節九
接著到了熱水洞窟，往最上層走，碰到固拉多，打倒後發現原來只是幻影，原來是由克希為了守護時間的齒輪才這麼做的，接著就順利地結束回到了探險隊學校。
章節十
回到探險隊學校後，有一位有名的探險家夜黑魔人來訪，所有學校的成員非常的驚訝，然後前往變隱龍商店探聽世界—蘋果時，夜黑魔人也在那邊並和主角聊天，這時瑪力露和露力麗也來了，並且希望主角能幫他們去「エレキへいげん」拿「みずのフロート」，到了最上部必須把勒克貓與倫琴貓打倒。
章節十一
回到探險隊學校後，得知偷時間的齒輪就是森林蜥蜴，於是眾人們就以捕抓森林蜥蜴為目標，而聒噪鳥指示主角去北方沙漠去搜索，結果一無所獲。在探險隊學校的大家也是一無所獲。隔天再度前往調查，主角覺得應該要跳入流砂內，同伴也深信著主角的直覺，於是成功地進入了流砂洞窟中。結果在最底部碰到「艾姆利多」，因為將主角誤會成小偷而開戰，打敗他後沒想到森林蜥蜴利用這個機會把時間的齒輪給偷走了。
章節十二
回到探險隊基地後，眾人召開作戰會議，夜黑魔人說森林蜥蜴下一個偷時間的齒輪地點為水晶洞窟，於是立即前往水晶洞窟。到了水晶洞窟最底部發現三支大支的水晶，使三支水晶全變藍色就能開啟地下通道。到了最底部後，發現森林蜥蜴，將他擊敗後順利將森林蜥蜴抓起來
章節十三
後來夜黑魔人集合大家，說明要把森林蜥蜴帶回未來的世界，在把森林蜥蜴送走後，夜黑魔人竟然也把主角們給抓進未來的世界中。
章節十四
當主角們醒來時發現被關在大牢中，原來他們被夜黑魔人騙了，這時主角們利用機會逃出牢房，往空間洞窟逃離，成功離開後休息一下繼續前進黑暗山丘，碰到了森林蜥蜴，並且和主角們說要一起回原來的世界，並且阻止他們的野心，同伴因為夜黑魔人的背叛而變的不信任其他人，主角則是選擇相信森林蜥蜴，同伴也決定支持主角的選擇。準備好後往封印的岩場找尋森林蜥蜴。到了最底部發現森林蜥蜴被「花岩怪」攻擊，將「花岩怪」擊倒後救回森林蜥蜴。
章節十五
和森林蜥蜴對談瞭解到這個星球時間停止的原因，為了回到原來的世界，往黑暗森林前進，到了最深處後見到雪拉比，和雪拉比一起前往森林高台。到了最上面時夜黑魔人和追兵也跟上來了，結果雪拉比使用自己超越時空的力量讓森林蜥蜴和主角與同伴逃脫追擊而回到自己原來的世界。
章節十六
回到原來的世界後，同伴帶主角住進自己的秘密基地，森林蜥蜴說必須把時間的齒輪蒐齊才可以化解危機，因此主角們就前往「キザキのもり」尋找。
章節十七
回到秘密基地後，主角們決定回探險隊學校將實際情況告知大家，雖然大家有點難以置信，但是大家仍然相信主角，而為了找尋剩下的時間的齒輪，於是前往溫泉詢問煤炭龜長老，得知要有同伴的那塊珍藏的寶物，前往「いそのどうくつ」才有辦法前往夢幻大地擊敗帝牙盧卡，聒噪鳥則也同時間前往，隨後主角也往此目標前進!
章節十八
到達「いそのどうくつ」最深處時，聒噪鳥為了保護主角，被化石神奇寶貝們打傷，主角與同伴將全部的敵人打敗救出聒噪鳥。
章節十九
在洞窟中同伴的寶物發出光芒，前來的是乘龍，只要坐著乘龍就可以前往夢幻大地。夢幻大地再往內走即來到古代遺跡，這時「夜黑魔人」和他的手下圍攻主角，一口氣把他們給擊敗吧!
最終章
接著就走到了帝牙盧卡所在的時限之塔，到了最頂部發現黑暗帝牙盧卡，擊敗後就回復了原狀，然而夢幻大地將要崩壞，主角和同伴急忙逃跑，但主角卻一點一點消失中，原來只要改變了歷史，將世界回歸和平之時，主角也會跟著消失在這原不屬於他的世界。同伴傷心地回到了探險隊學校和大家說明整件事，走到了和主角相遇的海岸，雖然景色依舊，但因為主角不在了，同伴傷心地哭了出來。此時帝牙盧卡因為主角們拯救世界，因此決定讓主角再度回到這個世界，同伴看見主角又回來了，開心地抱在一起開心地再度落下淚來。END
破關後劇情
回復世界的和平後，過了幾個月的一天早上，得知主角們要通過畢業考試才可順利結業，而考試地點在神秘的森林，並且拿到寶物。但是得知裡面有邪惡的大魔王，非常的可怕。當主角抵達最上層時發現，原來邪惡大魔王是學校的好朋友們，打倒後回學校就可以順利地畢業。
畢業後和同伴的新住所就是在海邊原來的秘密基地，接著到市集的商店旁發現吸盤魔偶，和他談話得知有名的探險家巨鉗螳螂最近行蹤不明，請主角到吹雪之島幫忙尋找，到了最底部發現原來被雪妖女給困住，打敗雪妖女即可將巨鉗螳螂給救出。
接下來前往學校地下2樓後和向日花怪聊天，得知新地點「とざされたうみ」，馬上前往探險，在第20樓可拿到3個寶箱和瑪納霏的蛋。回基地後誕生出來了瑪納霏，並且和你要藍色軟糖吃，給瑪納霏2次藍色軟糖後，隔天他卻生病，需要霏歐納的水滴才會好，於是前往「奇跡之海」拿取。到了最底部碰到暴鯉龍，將其擊敗後可拿回霏歐納的水滴，然而治好瑪納霏後，主角們也因為他要回到大海而依依不捨地分離了。
過了幾天後前往探險隊學校地下2樓，發現有名的探險隊來訪，得知有大量寶物在「番人洞窟」中，於是一起前往番人洞窟。第一個關卡必須搜集到「I、C、E」三個石頭才可讓石碑打開通道，進去發現雷吉艾斯，打倒後進入第二關，搜集到「R、O、C、K」四個石頭，打開石碑裡的通道，進入將雷吉洛克打倒，再來進入第三個關卡，將「S、T、E、E、L」五個石頭搜齊，進入將雷吉斯奇魯擊敗，到了最底部後與有名的探險隊們一起將雷吉奇卡斯給擊倒吧!
回復了世界的和平後，主角夢見了「克雷色利亞」，並且和主角說因為主角的存在，將會使世界崩解，而同時間露力麗竟然沉睡不起，整個人陷入惡夢中。為了要進入露力麗的夢中，主角決定要去找素利普來進入露力麗的夢中，前往修行之山的最頂部找素利普，並且得到素利普的幫忙進入了露力麗的夢中來找尋原因。
解決露力麗事件後，回到基地的主角與同伴，晚上睡覺至一半時突然出現帕路奇犽，並將主角帶至「そらのさけめ」，到了最底部和他一決勝負，打贏後出現二隻「克雷色利亞」，原來有一隻是達克萊伊，他為了想要達成自己的野心，從以前帝牙盧卡暴走等事件，都是他做出來的。甚至欺騙主角要讓主角消失已達成自己的目的，幸好主角與同伴深信著彼此才成功的刺破達克萊伊的謊言，不過還是讓達克萊伊跑了。
回到城鎮後，主角和同伴決定打敗達克萊伊來守護這個世界，和克雷色利亞一起前往「黑暗的火山口」，去尋找達克萊伊的下落。到了最底部將達克萊伊給擊敗，世界也因此又再度回復和平，「克雷色利亞」也決定加入主角的救助隊下。
過了幾天後聒噪鳥來找主角，得知瑪納霏回來了!到海岸去發現了瑪納霏，原來他已經長大了，並且也順利加入主角的救助隊中。隔了幾天瑪納霏前來和主角提供一個探險地方「うみのリゾート」，共有19樓，有很多軟糖和錢可撿喔。然而主角們的冒險依然持續下去~