（回電玩區）
遊戲一開始進入一個酒吧，進入後看新聞之後走出來便有人要求戰鬥，打贏之後叫你往西走，來到第二個城市水之都。之後發現二個人拿著奇怪的袋子，和他們打完他們就走了，調查袋子發現是一個女生，她就會跟在你的身邊，因為他能看出黑暗神奇寶貝，之後去這個城市的市長家，進入前發現奇怪的人，之後去見市長，見完後進入這個城市的競技場（城市最裡面，還不能去打），出來後發現盜獵團的人，打完後到這個城市的神奇寶貝商店，得知神奇寶貝球可以在之前的酒吧買到。
回一開始的酒吧之後老闆會送你五個神奇寶貝球，這時可以和他買寶貝球，再回來第二個城市水之都後，去市長家發現一群壞人集團（影子）（暫譯），幹部說完話就走掉了，然後和兩個手下打（能搶取他們的黑暗神奇寶貝），打完後他們就走掉了。這時這個城市的三個入口都被人擋住了，和其中一個打就行了（和穿藍衣服的打可搶取到藍鱷，和綠衣服的打可搶取月桂葉，和紅衣服的可搶取火岩鼠。
接下來去第三個城市，發現還在施工，這時有新的點，接下來再前往第四個城市（新的點），去和廣場前一個女生說話，打敗後進入警察局（城市一進入右手邊第一個），說完話後走出來，前往這城市最裡面的競技場，發現沒有辦法參加。到這個城市的一個外面有寫C的建築物，裡面有一個小孩，他的後面的書櫃和書櫃說話就能進入暗門，進入後開始事件。
這時去發電場發現發電東西不見了，之後去警察局看見桌上有鑰匙，用那個去放一個人，然後去第三個城市（工地）找到發電機器，回第四個城市和發電器說話就能裝上去，就可以了，之後去該城市的競技場打贏後，就被帶到壞人集團基地裡，之後把所有人打敗就可以了。
結束後和該城市的占卜人說話得知往北走，到 了北邊城市和一個房子的老太太和老公公說話可開始事件，然後去小廟（在神奇寶貝中心左邊下去，不好發現），之後把壞人集團打跑後就可以了，然後回老公公家後老太太要找東西給你，過了一段時間去找他們就能得到，之後去小廟就能解放被黑暗物質包圍的神奇寶貝（黑暗質沒有時），就能去利用他們來打壞人了喔。
這時又開始另一個事件，收到信得知北邊山發生事件，就馬上前往。去北邊的戰鬥山後，打敗前面的九個人後，就能和幹部進行戰鬥，而幹部會使用一隻使出保護（就是一定打不到）而另一隻使用地震的戰法，而最後一隻派出的是被黑暗物質控制的炎帝，把它收服起來吧，然後將幹部打跑後和倒在地上的人說話就可以解決事件。
之後知道說南方有一個沙漠研究所，一開始進不去，但同時也發現第四個城市的局長來信，說壞人集團一份子被捉到了，之後去該城市的警察局裡和壞人交談，在床上睡著的人身上可發現一個KEY，然後進入該城市之前壞人集團的大樓中，一樓最右邊的門使用剛才得到的KEY就能坐升降梯下去，發現有個地下城市，和所有的人說過話後往右邊走去之前下來的地方
，發現壞人集團在綁架一個人，然後和壞人集團戰鬥完後他們就跑走了。
而關人質的門打不開，之後和那個人質說話（隔著鐵絲網）就可以得到往右的UFO-KEY，之前和別人說話時就有得到往前的UFO-KEY，所以和之前一 樣，使用往右的UFO-KEY就能到右邊。右邊後有一間小房子，進入後發現幹部之一，和她對戰有機會收服被黑暗物質控制的水君喔。
而打完後一直追那個幹部，追到進入火車站，進入火車後再出來可發現那個幹部，而她又跑掉了，而一出來發現地上有發亮的東西，調查之後可得到火車的KEY，而坐火車往左走後又看到壞人集團弄壞通道，而地上發現往上的UFO-KEY，回去之前使用UFO的地方往上就到發電場的樓上，地上有發亮的東西，調查後得到KEY，這個KEY就能進沙漠的研究所了。
先往研究所右邊門進入，然後裡面左邊第三台機器話話就能開啟正前方的大門了，進去在地下二樓發現一個研究員，打敗他後地上有個亮點，和其說話得另一隻KEY，用這個進入研究所右邊房子裡的一個門，進去後一直走下去，通常打完人有可能出現KEY或DNA的東西，三個DNA收齊後到一台機器前可解出為胡說樹、夢妖和月桂葉，到後來會要你在一個地方解鎖才能進入的門，這時就輸入這三隻神奇寶貝就開了，最後則和一個幹部打（能收服雷公），打完後調查發亮點可得到一個東西，離開研究所將這個東西帶到第四城市中的地下城左方房子地下室有一個小研究所，和他說話他說以後有發現會用PDA通知你，然後之前施工的城市現在能進入了。
進入後裡面全是壞人集團和幹部，打敗他們可分別得到ID什麼的道具。上到最頂樓後和四個人打完後頭目就出現了，打敗他之後，之前第二個城市的市長突然走出來，其實他才是真正的首領，打敗後就破關了。
但是其實應該還沒結束，接下來會收到一封信，這不重要，出去後又接到信，到第四城市的有寫C的房子裡，進入暗道和發信給你的人說話，接下來去警察局，得知犯人都跑掉了，到第二個城市的市長家發現了之前關在警察局的二個人，打敗他們後到第四個城市入口地方和一個人打（穿綠色服裝的人），打完後地圖上就出現新的地方了（右邊），到那裡
後發現壞人集團的人，全部打完之後又收到信，（之前收到的信是將你之前看到的神奇寶貝資料登錄在你的PDA），接下來到第四個城市後又收到信，得知地下城市有個人怪怪的，在地下城市和一個房子上的人打，打完後回第四城市，這時又收到信，得知之前沙漠研究所有事情發生。
而到了之前新出現的地方（右邊）壞人集團以前的地方，上到像辦公室的地方發現一個幹部，打敗他後在桌子上出現亮點，調查後可得往下的UFO，往第四城市的地下城，收到信，得知UFO那有出現奇怪的人（頭像棉花的幹部），然後前往使用往下的UFO，進入後撿地上的亮點，進入技競場打，最後是那位幹部，打完之後收到信，得知必須要一直打到這
個技競場，因為很多幹部在這，一直打到最後（也就是重覆人物了，大概4、5次），把剛才撿到的東西給地下城市中藥店前的老人，給他後他會給你往左的UFO，使用後到一個地方可得到
護身金幣。
接下來到之前壞人集團在第四個城市的基地，到最裡面（就是之前壞人集團其中一個幹部跳森巴舞的地方），和台上的兩個人打，打完後裡面有寶物可以拿，到第二個城市後，如果你已經抓到47隻黑暗神奇寶貝，就會收到信（如果沒有，要打之前你有碰到有黑暗神奇寶貝的人，再去找他們就可以去抓，可查PDA就知道那裡還沒抓到）去和水池跑步的人說話，之後出來再進去會收到信，得知黑暗神奇寶貝全解析完了，接下來到第四個城市，收到信得知有個人假冒你去攻擊人
，跑到另一個城市後又收到信叫你看電視，之後一直重覆，直到發現假冒你的人跑到第一個點去了（酒吧，一開始出發的點），到那邊和假冒你的人打（可收服波克基古），打完後進去再出來，那個人就不見了。大致劇情就到處這結束了。
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