1.遊戲一開始要先選擇男主角還是女主角[上是男主角,下是女主角]，接著是選擇名字 。
故事開始後玩家會發現自己在一輛車內，下車後進入主角家裡上2F對牆上時鐘調時間，調完後就可以出門了。
離開主角家後到隔壁的房子內上2F後發現副主角，說完話就離開了.
2.離開村子往北走時，會看到小田卷博士被土狼犬追逐。博士會要你從他掉落的公事包選一顆寶貝球來幫助他，
選完後便進入戰鬥。打贏後博士帶你回他的研究所，並且將剛剛你使用的神奇寶貝送給你。
3.接下來離開村子往北方101號道路走,就來到了古辰鎮。往北方103號道路走到盡頭會發現副主角並且和他戰鬥，
打贏後回博士的研究所，博士會送你神奇寶貝圖鑑，副主角會送你神奇寶貝球5顆。回主角家時發現媽媽站在門口，
和她說話可得到慢跑鞋，以後按B就可以跑步了。
4.接下來往古辰鎮的西方102號道路前進來到了橙華市。進入道館裡有小孩要你陪他抓神奇寶貝，抓完後回道館發現
要先拿到4個徽章才能挑戰.離開橙華市往西北方的104號道路前進，進入森林後發現有一個人在找一種蘑菇神奇寶貝 ，
此時邪惡團體[紅寶石是火岩隊,藍寶石是水艦隊]出現並且和你打，打贏後就逃跑了。那個人為了感謝你送你一顆寶貝球
[超級球]。出森林後向左邊的男生說話可得招式機09,而上方有花店,進入花店和人說話可得澆水器.接下來一直往上就 到
卡那茲市了。
5.進入卡那茲市左邊的房子和男子談話可以得到秘傳招式01[一字斬,可以用來砍樹]。進入神奇寶貝中心右上方的神奇寶貝
學校和老師談話可得到先制之爪。接下來就可以在卡那茲市打道館了，道館訓練家是杜娟，她是用岩石系的神奇寶貝 。
打贏後可以得到徽章和招式機39.
6.一走出道館發現邪惡團體的人往北跑，有個男的在追他，往右上方去找他和他說話，原來是他的東西被偷了要求你幫他
找回來。往116號道路的洞窟前進，進入洞窟前入口處有個老人，他的神奇寶貝被偷了並且拜託你將他的神奇寶貝救回來。
進入洞窟後發現邪惡團體[紅寶石是火岩隊,藍寶石是水艦隊]。和他打完後便歸還物品和神奇寶貝。老人此時就帶他的神奇
寶貝回去了，這時回到卡那茲市，那個被偷東西的人就會送你一顆寶貝球[超級球]，並且帶你到一個房子去見德文股份有
限公司的社長茲伏奇，他會送你口袋領航員，以後就能看地圖了，還有要你送信給他兒子大吾。[在第二道館山洞裡]
7.卡那茲市往下走時會看到副主角，他說看到有個老人帶一隻神奇寶貝往下走 ，於是往回走穿越森林後進入海邊旁的屋子，
和那個老人說話,選擇是的話就會戴你到武鬥島。在武鬥島的道館旁有一個人，和他說話可得到爛釣竿。進入武鬥島西北方的
山洞裡和入口處的胖子說話可得秘傳招式05[閃光]。此時先回武鬥島去打第二家道館。
8.第二家道館道館訓練家是藤樹，他是用格鬥系的。打贏後就能得到徽章和招式機08。這時回到剛才的洞窟中，到洞的最深處
[要利用到閃光]找到收信人大吾，把信給他就送你招式機47。
9.去和載你一程的老人說話可選擇要去的城市,接下來要去凱那市[選擇中間選項]。到凱那市後進選美會的房子裡
（凱那市最左上方的房子）和一個小女孩說話可得糖果盒。進入更裡面和左下方的人談話可得招式機41。進入凱那市的造船廠，
和所有人談完話後進入上方的博物館。進入博物館[要50元]後，與前面的邪惡團員說話可得招式機46，這時上2F和一位
博士說話，這時邪惡團出現，將邪惡團打跑後就可以了。
10.離開凱那市往北方的110號道路走，路上有一個忍者小屋，每打完一個道館就能進入挑戰一次，每次都能得到不同道具。
路上還會碰到副主角，打贏他就能得到寶物探測機。通過110號道路後就來到了紫堇市。進入紫堇市的腳踏車店,老闆會送你
腳踏車[上是神速車,起步慢但很快,只要不撞到速度就能超快;下是跳躍車,輕但不快,按B能把頭拉起來跳石階]。進入紫堇市商店
右邊的房子和人說話可得秘傳招式06[碎岩]。
11.回到凱那市[可利用腳踏車道回去]到凱那市的商店買一種信紙[選單最後一個就是了]然後回到紫堇市，進入紫堇市商店
左邊的房子和一位女生說話可用信紙換得代幣盒[就能在遊樂場玩小遊戲了]。到紫堇市的道館發現之前教你抓神奇寶貝的
男生在那裡,和他戰鬥完後就能挑戰道館了。這家算是你的第三家道館，是使用電氣系的，打贏後可得徽章和招式機34。
11.往紫堇市西方的117號道路走就會到達綠蔭鎮。到綠蔭鎮的選美大會的房子內和右上角女生說話可得招式機45，
這裡也是選美大會的普通級比賽地。進入綠蔭鎮上方的洞窟有二個人被石頭隔開了，幫他們把石頭弄碎後其中一個人會送你
秘傳招式04[怪力]。回到綠蔭鎮後再走回紫堇市。
12.往紫堇市北方111號道路前進 ，途中經過一間房子並且和裡面的人進行四連戰，打完後進屋內和一位女子談話可得強制鍛練器
[速度下降,其他能力值上升]。繼續往北走但是因為風沙太大無法前進，所以只能轉向西方的112號道路前進。由於纜車入口
被邪惡團擋住了，只能進入旁邊的山洞。山洞出來後往右走發現已經繞過沙漠了，繼續往北走有一個人面對大樹，
和他說話可得招式機43[可以用這做秘密基地]。而右邊房子可以讓神奇寶貝恢復體力喔。繼續前進便進入113號道路，
路上有一個可疑小土堆，可得招式機32，繼續前進便來到了秋葉鎮。
13.到秋葉鎮後往左走，進入114號道路前有一個房子。進入和一個小不點說話可得招式機28。而屋子左下方有一隻
神奇寶貝和一個老人，和他說話可得招式機05。繼續沿著114號道路往下走會進入一個山洞，往左走會發現邪惡團。
正要開打時另一個邪惡團也跑來，最後二個都會走掉。再往左走上面可拿月之石，往下就出山洞繼續往下便回到卡那茲市了。
14.接下來通過116號道路、綠蔭鎮、117號道路、紫堇市。到紫堇市往上走轉112號道路 ，這時發現纜車入口沒人阻擋了。
於是前去坐纜車到山頂。到山頂發現火岩隊和水艦隊都在互相打鬥，往左上走會發現首領在那裡 ，打敗他後他就逃了。
另一個邪惡團首領對你說謝謝後就走了。這時就可以把隕石拿走了[之前邪惡團首領面對的機器]。
15.接著往下走後便來到釜炎鎮。釜炎鎮的神奇寶貝中心左邊溫泉區和一位老婆婆說話可得一顆蛋[以後會孵化成小果然翁]。
釜炎鎮道館右邊第一間房子裡和一個老人說話可得木炭[增加火系威力]。接下來就準備打道館了，這家道館是用火系的，
打贏後可得到徽章和招式機50.
16.從道館出來後會遇到副主角，他會給你能通過沙漠的工具。這時到之前纜車入口旁的山洞裡，把石頭搬開的話可拿
招式機06和火之石。回到秋葉鎮，到秋葉鎮左下邊的工廠給一個人隕石他就送你招式機27囉。
17.回到之前無法進入的沙漠，最右上角有二個化石只能選一個。左邊那隻是岩+草系，右邊是岩+蟲系，可以拿到卡那茲
市道館左邊大樓2F的一個博士，過一些時間就能孵化給你了，記得要去拿喔。沙漠深處有招式機37可以拿喔。
18.這時已經有四個徽章了，回到橙華市去打那家道館吧，這家是普通系的，打贏後可得到徽章和招式機42。接著到道館
左邊的房子進入和人說話可得到秘傳招式03[衝浪,可用來游泳渡水]。這時跑回未白鎮和媽媽說話可得禦守小判
[持有者戰鬥能拿兩倍錢]。
19.回到紫堇市 ，這時發現第三道館的館長在外面閒晃，和他說話能得到發電廠鑰匙。紫堇市下面腳踏車步道下方的水域
右上方有個山洞，用鑰匙進入後進入無人發電廠，到最深處按下紅色按鈕就可以回去了 。記得右邊有雷之石可拿喔。
回到紫堇市後和在外面晃的館長說話，他會送你招式機24喔。
20.到108水道上的船去，裡面有招式機13可以拿喔。[裡面還有更多寶物須解開很多秘密才能拿到]
21.回到紫堇市往118號道路走，渡過水後看到一個釣魚人，和他說話可得普通釣竿 。繼續往右會來到123號道路，
這有很多樹果可拿 ，接下來往左轉向119號道路前進。119號道路前進到最上方時發現右邊的橋被邪惡團擋住，
先進入左邊的天氣研究所把所有的邪惡團都打敗後他們就逃了[大樓1F左邊的床可休息]。博士為了感謝你會送你一隻神奇寶貝
[牠身上會帶能使水系增加威力的道具].過橋後往下然後順流游下去能拿到葉之石喔。當你過橋準備往上時會被副主角叫住
並且和你戰鬥，打贏後會送你秘傳招式02[飛天]，再往前走就來到茵鬱市了。
22.茵鬱市上方第二個屋子和老婆婆玩猜謎，贏三次可得招式機10。茵鬱市道館被不知名的東西擋住了，這時先往右方120
號道路前進，過橋時發現有一個人站在那裡，和他說話他會給你噴霧器。就能把擋住道館的變隱龍現身了[把牠打跑或收服]。
這下就能打道館了。茵鬱市的道館是第六家道館，是用飛行系的，打贏後可得徽章和招式機40。接下來往120號道路前進 ，
之前那個橋的下面水域有個山洞裡面有招式機11可以拿。一直沿120號道路走，接121號道路繼續前進,走到岔路時發現
邪惡團的人往下跑了，先不理他們，先往右走就來到了水靜市。
23.到水靜市先補充體力後準備前往邪惡團逃跑的地方往回走 ，到剛才的岔路往下方的122水道前進[岔路上方有狩獵場喔
，花500元就有30顆球讓你去抓喔]。122水道中間有一個島，先繞過島往下來到123道路上，在樹果群旁有一個女生，
如果和她交談可得招式機19。回到之前的島，那是海中神奇寶貝墓場，內部打到頂樓可拿招式機30，接著去外部，
外部有些墓碑有寶物可拿。一直往上走會發現邪惡團[途中可撿到招式機48]，全打完會和他們的老大說話然後就走了，
而老夫婦就會送你一個球。[和封面神獸有關]
24.回到水靜市後發現副主角在百貨公司門口，和他說話便要求你和他打一場。打完後他就走了，用飛天飛回凱那市，
發現凱那市的碼頭[神奇寶貝中心右上方]很多人，上前談話後此時突然裡面出狀況,進入後發現邪惡團把潛水艇偷走了。
25.趕緊回到水靜市，到水靜市右上方的洞裡，這是邪惡團的基地，裡面有很多人等著你打，也有掌門球可以拿!
打到最裡面會發現邪惡團的高級幹部，打贏後潛水艇又跑了。這時出基地後右邊的水道可以通行了，於是就沿著124,125
水道便來到綠嶺市。
26.在綠嶺市左上方的屋子中會遇到之前一直幫助你的人，和他說話會給你秘傳招式08[潛水]。神奇寶貝中心左邊有一個人
，和他說話能得王者之証。綠嶺市右上方的小房子和人說話可得超級釣竿。而再往右邊的大樓裡的一樓和其中一個人說話
可得太陽之石。接下來就是去打綠嶺市的道館了，館長是雙胞胎，用的是超能力系的，打贏後可得徽章和招式機04。
27.到127水路上用潛水進入海底[有深藍色海水的地方]，一直走會發現一個小洞，進入後發現潛水艇，這時就浮上水面。
進入山洞後會有很多邪惡團的人，一直打到山洞最深處[途中有招式機26可拿]會發現邪惡團的老大和封面神獸 。
和老大打完後神獸也跑掉了，此時另一個邪惡團也跑來,出洞後發現世界起了變化[紅寶石版是大晴天,藍寶石版是下大雷雨]。
二個邪惡團首領說幾句話後就都跑了，這時之前幫助你的人出現並且和你說叫你去琉璃市，說完就走了。
28.要到琉璃市要潛水過洞後才能到[附近有白色石頭的地方潛水就對了]。到琉璃市後到琉璃市後方的山洞，此時那個好人
和第八家道館館長在那等你，他要你進入山洞去解決神獸。到山洞最深處就發現神獸[途中可拿秘傳招式07[可以爬瀑布]，
把牠收服後世界就回復了。
29.出洞後就可以打這家城市的道館了，之前的好人擋在門口，說完話就走了。這家道館是水系的，打贏後可得徽章和招式機03。
這城市的左上方民宅裡和人說話可拿招式機31。到之前的海中神奇寶貝墳場外面頂部，發現邪惡團首領在那裡，
他說他不想改變世界了，說完就走了。老夫婦會和你述說以前的故事。
30.這時往129、130、131號水道一直左走可來到暮水鎮。暮水鎮左下方和人說話可拿招式機27，而正下方的屋子可以拿
美麗花換太陽珊瑚喔。再往左游會有潮流區，途中也有寶物可拿喔。回到128水道，往右走後用爬瀑布爬上去，接下來進入山洞。
裡面也有很多訓練家要打，途中也可拿到招式機29，要出洞口前會遇到之前綠頭髮的小孩，和他打完就能出洞口了。
31.進入大屋子後就是要打四天王了。第一個天王是用邪惡系的，使用格鬥系的招式會比較好打。第二個天王是用幽靈系的，
使用邪惡系的招式對抗吧。第三個天王是用冰系的，用雷系和格鬥系比較好過。第四個天王是用龍系的，用冰系的絕招就
輕鬆過關。最後的冠軍竟然是之前常幫助你的人，也就是大吾本人，他使用的是鋼系的神奇寶貝，用火系絕招過關吧。打完後就破關囉!
32.破關後會出現在自己家中，下樓後爸爸會給你船票後就走了。此時去收看電視知道有神秘的神奇寶貝出現。
船票到凱那市，水靜市碼頭可到戰鬥塔去喔。而此時進入各地方草叢有機會碰到拉帝亞斯或拉帝歐斯
[紅寶石版出現是那個拉帝歐斯的而藍寶石則相反].
1.首先先抓到古空棘魚(NO.179)和吼鯨王(NO.100).接下來到134號水道有六顆大石頭包圍的地方,中心點可潛水下去,一直前進來到一個地方上面有點字,只要使用潛水浮出海面即可.接著來到一堆石頭的地方,到最上面的石頭點字使出挖地洞[招式機28]就打開門.走到最裡面的大石頭,把古空棘魚放前面吼吼鯨放後面,然後對點字說話.這時畫面會搖晃幾下,這時就可以去抓了.
2.到111號道路的沙漠遺跡裡面有六個石頭包圍一個大石頭,發現大石頭的門打開了,進入裡面牆上又有點字,看完點字後往右二步,往下二步然後使用怪力[祕傳招式04]就打開門了.走到裡面就發現雷吉洛克(NO.193)去收服他吧.
3.到120號公路上的古代塚吧[六顆大石頭包圍的地方],進入後閱讀點字,站在山洞正中央使用飛天門就會打開了.走到裡面就發現雷吉斯奇魯
(NO.195),去收服他吧.
4.到105號水道的遺跡吧[六顆大石頭包圍的地方],進入後閱讀點字後不要動,二分鐘後門就自動打開.走到裡面就發現雷吉艾斯(NO.194),去收服他吧.