1.進入遊戲時,會先要你設定時間.決定主角姓名後~進入遊戲.
2.一開始主角出門之前,主角的媽媽會叫你去博士的研究室,並問你今天是星期幾,並給主角物品.
3.進入家左邊研究室,博士會讓你選一隻神奇寶貝(水系--小鋸鱷,火系--火球鼠,草系--菊草葉)(注意!有分公母喔!)然後出去，一直往左邊走，會到達一個城市.此城市入口有位老先生,跟他講話,他會帶你參觀這個地方,然後給你東西!
4.此城市先往上走,到30號道路最右上(有岔路，請選擇右邊走)這時，會看到一間屋子，進去後講完一堆話後,會得到重要道具!往回走,要回到起點!!回去的路上，會遇上對手紅蓮，對打後，回研究所，和博士對話後，出去時，會有人給你五顆寶貝球，再回去剛才的小鎮.之後回到30號道路選擇左邊的路走，會有很多訓練家和你挑戰，過了這地方，往左走，就到了第一道館了!
5.到了第一家道館所在地時,往上走有一座喇叭芽之塔.到最上層(途中會遇到宿敵)和長老挑戰勝利後,取得秘傳機器05[照明].
6.去打第一家道館(道館館長:波波L7/比比鳥L9).打完後去神奇寶貝中心和研究員交談取得蛋(拿到的蛋未來會生出L5的波克比).由左邊出去~經過36號道路來到一個遺跡(上方的洞口進入)去拼湊圖片,完成拼圖後又會掉到一個地方,此地的神奇寶貝--[未知圖騰]有各種形狀~請抓到三種以上,出遺跡後,遺跡旁有個研究生,和他說話他會強化你的圖鑑~!
7.走下方的出口來到32號道路,往下走經過神奇寶貝中心,不久就會看到洞穴.穿越洞穴後往左走來到第二個道館所在地!
8.先到左上方房屋,和老爺爺說話之後他會離開.去中途剛剛火箭隊隊員擋住的地下道裡面進入地下道,打倒火箭隊隊員.把老爺爺的呆呆獸救出.就可以拿到特製的神奇寶貝球.(以後可以拿栗子給他做球!)
9.去打第二道館,(道館館長:鐵甲蛹L12/鐵殼昆L12/飛天螳螂L16)可輕鬆解決~打完後記得先恢復體力!
10.往左走出這裡會遇到宿敵並決鬥,(宿敵:初期選的怪物相剋系L16/鬼斯L12/超音蝠L14)往此鎮的左方出去後,來到很暗的森林中,此時會遇到一個人要你幫他抓大蔥鴨.要設法將大蔥鴨趕到那個人附近,成功後可得到秘傳機器01[砍樹].
11.通過森林到了滿金市,去神奇寶貝中心休息一下,恢復體力吧!出來時,可得GS球!
12.此城右下方有腳踏車店,進入和店員交談可得到腳踏車.左下方的屋內有個地下室,和人戰鬥.取得代幣卡(遊樂場換金幣必備).
13.此外城市中有個像電波台一樣的建築物中,和裡面第三個服務員講話,答對五個問題,可以得到收音機.配備在錶中.接下來就可以準備打第三家道館了.(道館館長:皮皮L18/大奶罐L20).
14.打敗館主後,要去胡說樹的旁邊把花店主人的妹妹找回,回到花店,花店主人會給你[傑尼龜噴水壺].把胡說樹解決或捕捉後,不要忘了在36號道路跟人拿技08(破石),可打破地圖上的石頭.
15.通過之後一直往上走,來到第四道館所在都市.此地神奇寶貝中心上方的屋內,可和裡面的歌舞妓對戰,打贏全部的歌舞妓後,和台下的老頭交談可得秘傳機器03[乘浪].
16.得到踏浪之後去焚燬之塔放生三神獸,中途會遇到宿敵,將他打敗.打敗後,會掉入洞裡,放走三神獸.放走三神獸之後,便可以打到道館.這關的是幽靈系！
17.打贏道館之後往左邊出發,到達了城鎮，會發現宿敵，但不會發生戰鬥，而發現道館館主不在道館....先去下面拿招式04（怪力）吧！此市旁有一座「戰鬥塔」(連線才有用).在神奇寶貝中心上方，有個屋子內，可拿「普通釣竿」.
18.往燈塔前進,燈塔裡有訓練家,把他打倒吧！到達最上層後,會發現館主在照顧神奇寶貝,她會要求你幫他拿密傳藥。
19.使用衝浪前進到下個城鎮吧!中途有些訓練家!通過40和41號水道來到湛藍市.有隻水君站在你面前,走近後牠跑走了!神秘人物
米那君會出現,要跟主角戰鬥.打敗他後他會離開.
20.去下方的房子內取得密傳藥。去打道館吧,這關的道館是格鬥系.打贏出道館後,有個婦女,她是館主的太太,可以跟她拿招式02[飛天].
21.使用飛天回去淺蔥市的燈塔.給館主密傳藥之後,他會安心的回去道館.往道館前進,這關的道館是鋼系,打贏後回去第四關,往右游到第七關.
22.到第七關後往憤怒之湖前進,到湖中央,把發光暴鯉龍解決或捕捉.不要忘了在下方跟阿渡談話.回到丁香鎮後,去商店裡,發現阿渡.阿渡會把商店裡的密道挖出,並下去.這裡的火箭隊基地,全體打完並說完話後,去三樓,遇到宿敵,並不會發生戰鬥.解開密碼,打敗裡面的人.從黑暗鴉口中取得密碼.到達第二層,與團員發生戰鬥.
23.進去發電房,把頑皮彈們打敗,阿渡會幫你.打敗所有頑皮彈後,阿渡會給你招式06[漩渦].之後,去打道館.這關的道館是冰系.打贏後會接到電話,去黃金市吧!
24.到達滿金市廣播塔,一路打敗火箭隊團員,到最上層打敗假局長,得到地下鑰匙.到地下通道,右邊的門已可打開,下去後與宿敵對戰.開門的方法是按按鍵,順序為：3-->2-->1.到最裡面的地方,發現局長.跟他談話後,得到鑰匙.
25.回去廣播塔,打開電腦門,打敗裡面的火箭隊,打到最上層.打敗火箭隊的團長,可和樓下跟喵喵在一起的女孩拿[粉紅緞帶].再下一層樓，可和綠髮女拿技11[日本晴天].
26.回到第七關.賣包子老頭已經不會擋你了,往冰雪結晶道進吧.通過冰雪結晶道到達煙燻市.這關有健忘老爹之家,可以忘掉沒必要的招式.接著,去打道館吧.這關的道館是龍系.內部需使用推石!
27.打贏道館並不能得到徽章,去龍之洞穴,使用漩渦到達[龍之寺].裡面的老婆婆會問你問題,回答3.1.3.1.2.便可得到會神速的迷你龍.出龍之寺後,伊吹(館主)便會給你徽章.
28.接下來可以往下走,中途訓練,如果懶得走,就直接飛回第一關吧!回博士研究所拿[大師球]吧.
29.在一開始博士的研究室的右邊,用乘浪往右走進入一個洞穴,用密傳07往瀑布游上去，出洞穴後往右就會來到冠軍道路.那裡有許多訓練師等著您的挑戰，在往上走有一間民家會幫你補血.在往上到一個屋子裡要通過關口時，他會檢查您是否有八個輝章，在往上走到一個洞穴當要走出山洞時您的宿敵會飛快的趕上來.當解決掉他以後，就可以去打五大天王了！
30.第一個天王使用的神奇寶貝是[L40天然鳥/L41椰蛋樹/L41迷唇姐/L42天然鳥/L41呆河馬]
31.第二個天王使用的神奇寶貝是[L40阿利多斯/L43佛烈托斯/L42臭臭泥/L44叉字蝠/L41末入蛾]
32.第三個天王使用的神奇寶貝是[L42柯波朗/L42艾比郎/L42沙瓦郎/L46怪力/L43大岩蛇]
33.第四個天王使用的神奇寶貝是[L42月精靈/L45耿鬼/L44黑暗鴉/L47黑魯加/L42霸王花]
34.第五個天王使用的神奇寶貝是[L44暴鯉龍/L46化石翼龍/L47快龍/L47快龍/L50快龍/L46噴火龍]
35.打完後看完破關畫面之後~故事還沒結束喔~!再度開始時到博士的研究室去,他會給你一張船票到使用鋼系道館的城市往下方走~可以坐船.在船上首先要先到所有房間挑戰訓練師之後下樓有個人會擋著你.談話以後再到一樓自己房間右邊的屋內有個人戰勝他以後樓下的人就會讓你通過啦!
36.到最裡面找到一位小女孩,就算過關了,此時會得到一個道具(可以讓特定怪物再通信時進化).這時船也到了目的地了.(黃版世界的枯葉市的港口)
37.到了之前版本的地圖時,真的很令人懷念,連背景音樂也是之前的喔.船到了以後可以先去打雷系道館(以前拿[腳踏車兌換卷]的老頭子這次改拿[升級糖果])右邊地鼠洞窟有卡比獸進不去!!
38.打完以後可往上到金黃市,去打超能力道館後進去格鬥道館發現只有館主(不會和你打)接下來可以去打華藍道館,要先去無人發電廠和全部的人講完話之後回來 華藍道館有一個火箭隊.華藍道館的火箭隊出來以後,往北方的24號道路走去又會看到他.把他幹掉,到了25號道路時,會有一票訓練家,把他們幹掉.走到盡頭發現小霞在約會!!她會離開到道館時已經有人了,要注意小霞的神奇寶貝(等級約45左右).
39.注意!!道館中間有一個佔了四格的正方形水池,水池左上角有一個重要道具(它是隱藏在水裡，必須把它拿起來)!!!接下來先去彩虹市接下來當然是去打道館啦!打完後從16,17,18號道路可以到 下一個城鎮.這時野生原野區被封起來了沙灘也過不去!!石竹鎮的道館館主並不是最下面的女孩應該是她左邊的才對.打完後應該已經有13個徽章了.
40.現在先去無人發電廠,跟最裡面的肥豬講話他會給你招式機07.出來以後進去黑暗山洞出來以後已經到了紫苑鎮.到三年前還是靈骨塔的大樓找一個穿黑色西裝的紳士他會給你新的收音機(要有舊的喔!)的收音機有一個頻道是神奇寶貝之笛可以去叫卡比獸了!Lv50喔(先調到神奇寶貝之笛再叫).
41.穿過地鼠洞窟之後來到了尼比市,可以先把道館做掉這裡有一個老頭子遊蕩在外,跟他講話可以拿到超級重要道具,是用來抓傳說中的神奇寶貝.現在先往下走發現常磐道館沒人.這裡有一間民房有地下室,進去和小姐講話答[好]會碰到和自己長的一模一樣的人!他帶三隻[L50大菊花/L50火暴獸/L50大力鱷]是個強敵每天可以來打一次.
42.繼續往下走,到真新鎮後繼續往下到紅蓮島.看到小茂和他講話,他會離開.繼續往右遊到雙子島進到洞裡看到館主.只要小心烈燄馬.打完後回到常磐市道館已經有人了館主是小茂!他帶六隻[比雕L56/椰蛋樹L58/鐵甲暴龍L56/暴鯉龍L58/風速狗L58/胡地L54].
43.16個徽章都拿到後要去跟真新鎮的大木博士講話.之後回到常磐市往左邊走,進到屋子裡,看到以前有人檔住的十字路,繼續往左走,到了一個地方,往左邊的黑暗洞穴走.走到最深處看見小智!!
44.小智的神奇寶貝[皮卡丘L81/太陽精靈L77/卡比獸L75/妙蛙花L77/水箭龜L77/噴火龍L77]打完即破關了!!!