神奇寶貝空之探險隊攻略
章節一
一開始要用心理測驗的方式決定你要當哪隻神奇寶貝，選好後再選擇想要誰當你的伙伴。開始後在海岸邊和你的搭檔相遇， 一開始時主角一直和伙伴說你是人類，但伙伴不管怎麼看你都是神奇寶貝，這時伙伴拿出了他的寶物並和你分享他的夢想。這時超音蝠和瓦斯彈出現嘲笑，並且搶了同伴的寶物逃進海岸洞窟裡。進入海岸洞窟後(共四層) ，超音蝠和瓦斯彈在最深處，打倒他們就可以把同伴的寶物給搶回來。 接著伙伴邀請你和他組成探險隊，這時故事就正式開始了。
章節二
接著伙伴帶著你跑到了胖可丁的探險隊學校並加入。隔天馬上就接受依賴，要幫跳跳豬找回頭上的珍珠。進入後珍珠在B7，拿到珍珠後就完成任務了 ，並且得到跳跳豬的禮物，但是因為還在見習中，所以得到的錢有九成都必須繳給基地。這時主角和伙伴結束任務後就和大家一起吃飯，吃完就進入夢鄉了。
章節三
在探險隊的大牙狸解說導覽各項設施後，便前往變隱龍兄弟的商店說話，碰見素利普和瑪力露與露力麗，這時你突然看見未來要發生的事情，得知素利普要對露力麗不利，但因為沒有證據而作罷。回到探險隊後發現原來素利普是通緝犯，趕緊前往救援，並將素利普逮捕救出露力麗。
章節四
繼續完成普通的依賴任務後，隔天吼爆彈要你幫忙地鼠工作，地鼠的工作就是看神奇寶貝的腳形來判斷進入探險隊學校的神奇寶貝。這時主角要幫忙地鼠做這份工作，答對越多獎勵越多。 接下來繼續接了幾份任務後，就可以觸發下一個章節的劇情了。
章節五
早上集合後，聒噪鳥說昨天夜裡，有人把時間的齒輪給偷走了，並且造成那邊的森林時間都停止了。接下來聒噪鳥請你去「ひみつのたき」調查東西 （就是後來的「たきつぼのどうくつ」），先找風鈴鈴對話，得知可以增加同伴了。 這時主角和伙伴來到瀑布前，而主角的預感又出現了，主角看見裡面有洞窟是可以進入的，伙伴最後相信主角，二個人一起衝入洞窟後進行探險。 走到最後發現了有寶石，但一直拿不起來，最後主角和伙伴被大水衝走，最後掉入附近的溫泉，原來這二個地方是相通的，最後也順利的解開了這個洞窟的秘密。
章節六
接下來學校宣布要進行遠征活動，這時上次搶奪同伴東西的壞蛋出現了，而且他們的大哥「坦克臭鼬」說他們也要參加， 並且和主角與伙伴說他們是膽小鬼，不可能會成功的，說完就走掉了，主角仍深信伙伴，並安慰伙伴一定可以辦得到的。 接著出去後發現果然翁，並且邀請主角進入他們的店，並且介紹許多設施。過幾天聒噪鳥要求主角找出胖可丁喜歡的世界—蘋果，於是前往了蘋果森林。 到達最上層後世界—蘋果被瓦斯彈他們拿走了，結果任務失敗的主角不能吃晚餐。隔天早上餓肚子的主角很失望，此時學校的朋友們將自己的食物分給主角，讓主角非常感動。 接著胖可丁要準備要宣布遠征成員了，沒想到竟然全部都選上成為遠征成員！之後準備好之後就出發了!
章節七
主角們和大牙狸一起前往挑戰，這時要選擇「えんがんのいわば」前進，通過後來到下一個通道，選澤「ツノやま」 前進，這裡有許多蟲神奇寶貝，要特別注意。
章節八
接下來繼續前往選擇「のうむのもり」去探險，接下來連續探險，要記得身上道具，避免不夠用。 接下來發現固拉多的雕像，這時伙伴把之前路上撿到的石頭放入，接果霧就散去了，這時瓦斯彈一伙人出現要阻止主角，但胖可丁突然出現讓牠們無法對主角做壞事，主角們順利的前往熱水洞窟。
章節九
接著到了熱水洞窟，往最上層走，碰到傳說神奇寶貝固拉多，打倒後發現原來只是幻影，原來是由克希為了守護時間的齒輪才這麼做的， 因為由克希據有將記譯消除的能力，原本主角想要利用機會詢問自己的事情 ，但是由克希無法幫忙，也就沒有辦法了，接著胖可丁和大家就順利地結束遠征回到了探險隊學校。
章節十
回到探險隊學校後，有一位有名的探險家夜黑魔人來訪，所有學校的成員非常的驚訝，然後前往變隱龍商店探聽世界—蘋果時，夜黑魔人也在那邊並和主角聊天，這時瑪力露和露力麗也來了，並且希望主角能幫他們去「エレキへいげん」拿「みずのフロート」。到了最上部必須把落雷獸與雷電獸打倒。打倒之後夜黑魔人也出現，並且和雷電獸解釋他們沒有惡意，並且成功拿回「みずのフロート」 給瑪力露與露力麗。
章節十一
回到探險隊學校後，得知偷時間的齒輪就是森林蜥蜴，於是眾人們就以捕抓森林蜥蜴為目標，而聒噪鳥指示主角去北方沙漠去搜索。結果一無所獲。在探險隊學校的大家也是一無所獲。隔天再度前往調查，主角覺得應該要跳入流砂內，同伴也深信著主角的直覺，於是成功地進入了流砂洞窟中。結果在最底部碰到「艾姆利多」，因為將主角誤會成小偷而開戰，打敗他後沒想到森林蜥蜴利用這個機會把時間的齒輪給偷走了…。
章節十二
回到探險隊基地後，眾人召開作戰會議，結果夜黑魔人提議之前大牙狸拿回來的水晶，並且建議主角去利用他預知未來的能力，來觸摸水晶看能不能得知什麼東西，結果主角看見森林蜥蜴對亞克諾姆不利，結果討論的結果，夜黑魔人說森林蜥蜴下一個偷時間的齒輪地點為水晶洞窟。當大家興致正高昂時，結果胖可丁竟然又睡著了，聒噪鳥要去叫醒時突然胖可丁又醒來，並且和大家說一定要抓住森林蜥蜴！於是立即前往水晶洞窟。到了水晶洞窟最底部發現三支大支的水晶，這時主角預知未來的能力又出現了，知道水晶與亞克諾姆心要符合，所以必須將三支水晶全變藍色就能開啟地下通道。到了最底部後，發現森林蜥蜴正要搶奪時間的齒輪，這時主角出來阻止森林蜥蜴搶奪，擊敗之後仍然被森林蜥蜴打到旁邊，這時夜黑魔人出現要抓森林蜥蜴，結果讓森林蜥蜴給逃跑了。
章節十三
後來主角在學校中終於醒來了，學校的同伴們都很擔心，後來夜黑魔人集合大家 說明，森林蜥蜴是從未來過來的神奇寶貝，讓大家非常的吃驚，更吃驚的是原來夜黑魔人也是未來過來的神奇寶貝，為了要補抓森林蜥蜴而來到這個時代，接著夜黑魔人說著接下來的作戰計畫，要大家故意散播訊息讓森林蜥蜴前往偷取時間的齒輪， 讓森林蜥蜴上當後大家再一起合力來補抓，但夜黑魔人堅持要自己親自抓森林蜥蜴。 接下來回救助隊學校接了幾個任務後，隔天一早起來小磁怪來到學校說森林蜥蜴被抓到，並且叫大家到市集上集合。大家來到市集後發現森林蜥蜴已經被抓住，夜黑魔人感謝大家的同時，把森林蜥蜴推入了「時間之洞」中，當夜黑魔人也要從「時間之洞」回到未來時，突然夜黑魔人一把抓住主角和伙伴，一起拉入洞裡面…。
章節十四
當主角們醒來時發現被關在大牢中，原來他們被夜黑魔人騙了， 這時勾魂眼把主角抓了起來，並且綁在柱子上，這時發現原來森林蜥蜴也被抓來這邊，正當夜黑魔人叫勾魂眼對主角們發動攻擊時，這時森林蜥蜴和主角與伙伴利用機會逃出牢房，往空間洞窟逃離，成功離開後休息一下繼續前進黑暗山丘， 並且追上了森林蜥蜴，並且和主角們說要一起回原來的世界，並且阻止他們的野心，伙伴因為夜黑魔人的欺騙而變的不信任其他人，主角則是選擇相信森林蜥蜴，同伴也決定支持主角的選擇。準備好後往封印的岩場找尋森林蜥蜴。到了最底部發現森林蜥蜴被「花岩怪」攻擊，將「花岩怪」擊倒後救回森林蜥蜴。 經過森林蜥蜴的解說才發現，原來因為未來世界的時間停止了，整個世界變成沒有白天的黑暗，連神奇寶貝們的心都變的邪惡，因此才會攻擊森林蜥蜴。這時同伴竟然想要回去問夜黑魔人事情的真相，森林蜥蜴非常的不以為意叫主角的伙伴好好的想一想，到底應該要怎麼去判斷這件事情的真相，而主角與伙伴最後只能相信森林蜥蜴，並且和森林蜥蜴前往下一個地點。
章節十五
和森林蜥蜴對談瞭解到這個星球時間停止的原因，為了回到原來的世界，必須要前往黑暗森林找尋可以幫助他們，具有穿越時空能力的傳說神奇寶貝「雪拉比」。 到了最上面的時候夜黑魔人與追兵也到了，同時黑暗的帝牙盧卡也出現並且要阻止他們回到原來的世界，同時夜黑魔人也說出其實他早就知道主角和森林蜥蜴的事了。後來伙伴堅持不放棄並且希望雪拉比能夠利用他的力量逃脫，最後成功的進入並且回到原來的世界了，雖然雪拉比被包圍了，不過也是成功的逃脫了，讓夜黑魔人非常的生氣。
章節十六
回到原來的世界後，同伴帶主角住進自己的秘密基地， 森林蜥蜴說其實他和主角是朋友，因為一起從未來到這個世界時發生了一些意外，主角就和森林蜥蜴失散了，主角也失去了他的記憶。後來森林蜥蜴說必須把時間的齒輪蒐齊才可以化解危機，因此主角們就前往「キザキのもり」尋找 ，但是發現那裡的時間已經停止了，而且伙伴去市集蒐集情報後也發現好像時間停止的現象有擴張的現象，令主角們不解的時，明明時間的齒輪已經有放回去，為什麼仍然時間停止的現象無法阻止…。
章節十七
回到秘密基地後，主角們決定回探險隊學校將實際情況告知大家， 回到學校後大家非常的開心主角們回來了，結果聒噪鳥竟然說主角們一定是做惡夢了，而完全不相信夜黑魔人是壞人。不過向日花怪提出幾個疑點，並且大家仍然相信主角他們的話， 連胖可丁也相信主角他們，讓聒噪鳥只好不得不相信了…。而為了找尋剩下夢幻的大地，於是前往溫泉詢問煤炭龜長老。 到了最上面溫泉的時候見到了煤炭龜長老，並且和主角們說夢幻的大地在海的另一端，但是去的方法忘了。隔天一早煤炭龜長老親自到學校，並且和大家說好像有什麼謎樣的文字的東西的關鍵，結果主角想起來之前同伴給牠看的寶物，於是請伙伴拿出來給大家看，煤炭龜長老非常的吃驚並且說就是這個文字，而胖可丁也說在
「いそのどうくつ」也有相同的文字在那裡，但是那裡有可怕的傢伙存在著，總之主角和大家們去市集準備需要的道具後就出發。 但這時原本之前欺負主角的坦克臭鼬一伙也出現，並且也想要去夢幻的大地…。
章節十八
隔天發現胖可丁不見了，聒噪鳥和大家決定仍然前往「いそのどうくつ」 進去探查。探險隊一行到達「いそのどうくつ」 並且由聒噪鳥來進進行分組進入，到上中間的時候坦克臭鼬一伙也出現，並且把主角伙伴的不思議的石頭搶走了，原來坦克臭鼬想要利用這個石頭前往夢幻的大地。這時聒噪鳥非常的生氣並且追了上去。主角和伙伴到達最深處時 發現坦克臭鼬倒在地上，原來牠們被傳聞可怕的傢伙給打傷了，主角的伙伴這時卻關心著牠們，讓坦克臭鼬很感動，於是決定將不思議的石頭還給主角牠們，再往前走發現聒噪鳥也站在那邊， 這時突然上面出現許多化石神奇寶貝，聒噪鳥為了保護主角而被化石神奇寶貝們打傷，與同伴合力打倒牠們後，這時學校的大家和胖可丁與森林蜥蜴也出現並且將扶起聒噪鳥 ，胖可丁要主角別擔心，並且要求主角與森林蜥蜴趕緊前往裡面繼續前進。
章節十九
在洞窟中同伴的寶物發出光芒，光芒往大海中間發射出去，這時前來的是乘龍，原來坐著乘龍就可以前往夢幻大地。於是主角一行人坐上乘龍後往夢幻大地前進！ 夢幻大地走到最後來到了古代遺跡，這時「夜黑魔人」和他的手下圍攻主角， 打敗夜黑魔人後森林蜥蜴叫主角的伙伴把碎片放入上方的洞裡，這時夜黑魔人和主角說如果改變歷史的話，主角和森林蜥蜴這些未來來的神奇寶貝將會消失！正當主角陷入思考時，夜黑魔人想要把牠們抓入時間之洞裡，森林蜥蜴為了保護主角，抓著夜黑魔人並且和主角說認識牠們很開心，並且不會忘記的，然後就和夜黑魔人一起掉入時間之洞消失了，主角和伙伴非常的難過，因為再也看不見森林蜥蜴了…，這時通往時限之塔的機關已經啟動了，主角和伙伴強忍悲傷，一起前往帝牙盧卡所在的時限之塔。
最終章
接著就走到了帝牙盧卡所在的時限之塔，到了最頂部發現黑暗帝牙盧卡，順利擊敗後就回復了原狀，然而夢幻大地將要崩壞，主角和同伴急忙逃跑，但主角卻一點一點消失中，原來只要改變了歷史，將世界回歸和平之時，主角也會跟著消失在這原不屬於他的世界。同伴傷心地回到了探險隊學校和大家說明整件事，走到了和主角相遇的海岸，雖然景色依舊，但因為主角不在了，同伴傷心地哭了出來。此時帝牙盧卡因為主角們拯救世界， 再加上讓牠回復了原狀，因此為了感謝牠們，決定利用牠的力量讓主角再度回到這個世界，同伴看見主角又回來了，開心地抱在一起開心地再度落下淚來。END
破關後劇情
回復世界的和平後，某一天早上，得知主角們要通過畢業考試才可順利結業，而考試地點在神秘的森林，並且必須要拿到寶物。但是胖可丁說裡面有邪惡的大魔王，非常的可怕 ，並且要主角小心。當主角抵達最上層時發現，原來邪惡大魔王是胖可丁和學校的大家，打倒後回學校就可以順利地畢業。
畢業之後伙伴帶你前往牠的秘密基地，從今天開始就以這裡為探險基地了！接下來前往晃晃斑的店，發現吸盤魔偶在店附近說有重大事情要發表了，進入後晃晃斑說發現了神秘的地方，而且除了有非常稀有的寶藏外，還有傳說神奇寶貝「潔咪」的存在！於是主角前往探險。 到了之後發現很多探險隊和探險家也去了，有一隻潔咪前來向主角說明並且和主角一起前往探險。走到了第四層後章魚桶說扭拉發生危險了，於是大家趕到第五層去，發現尖牙籠包圍著扭拉，扭拉利用機會逃跑了，於是變成主角們和尖牙籠發生戰鬥，打完後繼續前往下一層，到了第七層發現扭拉倒在地上，於是趕緊前往第八層去找電龍來幫忙，照顧好扭拉後繼續前進。 前進到最上面後發現烏煙障氣的，原來是一群臭泥和臭臭泥，擊敗牠們後請牠們回到原來的地方，這時潔咪利用牠的能力將頂部變成美麗的花草世界，後來就送主角回去市集上，完成了一次開心的冒險。
接了幾次任務後，有一天在晃晃斑的店旁發現有一隻吸盤魔偶，和他談話得知有名的探險家巨鉗螳螂最近行蹤不明，請主角到吹雪之島幫忙尋找。到了最底部後發現原來是被雪妖女給困住，打敗雪妖女即可將巨鉗螳螂給救出。接下來 過了幾天後前往學校地下2樓後和向日花怪聊天 並且查看牠房間的日記，得知新地點「とざされたうみ」，馬上前往探險，在第20樓可拿到3個寶箱和瑪納霏的蛋。回基地後誕生出來了 神奇寶貝！之後到學校請教聒噪鳥得知牠的名字叫做瑪納霏，之後瑪納霏哭了出來，聒噪鳥建議給牠藍色軟糖吃，瑪納霏吃完後很開心，接下來回到基地後再給牠一次藍色軟糖吃。隔天 牠卻生病了，聒噪鳥建議需要霏歐納的水滴才會好，於是前往「奇跡之海」拿取。到了最底部碰到暴鯉龍，將其擊敗後可拿回霏歐納的水滴，然而治好瑪納霏後，主角們也因為牠要回到大海而依依不捨地分離了。
過了幾天後前往探險隊學校地下2樓，發現有名的探險隊來訪，得知有大量寶物在「番人洞窟」中，於是一起前往番人洞窟。第一個關卡必須搜集到「I、C、E」三個石頭才可讓石碑打開通道，進去發現雷吉艾斯，打倒後進入第二關，搜集到「R、O、C、K」四個石頭，打開石碑裡的通道，進入將雷吉洛克打倒，再來進入第三個關卡，將「S、T、E、E、L」五個石頭搜齊，進入將雷吉斯奇魯擊敗，到了最底部後與有名的探險隊們一起將雷吉奇卡斯給擊倒吧!
回復了世界的和平後，主角夢見了「克雷色利亞」，並且和主角說因為主角的存在，將會使世界崩解，而同時間露力麗竟然沉睡不起，整個人陷入惡夢中。為了要進入露力麗的夢中，主角決定要去找素利普來進入露力麗的夢中，前往修行之山的最頂部找素利普，並且得到素利普的幫忙進入了露力麗的夢中來找尋原因。
解決露力麗事件後，回到基地的主角與同伴，晚上睡覺至一半時突然出現帕路奇犽，並將主角帶至「そらのさけめ」，到了最底部和他一決勝負，打贏後出現二隻「克雷色利亞」，原來有一隻是達克萊伊，他為了想要達成自己的野心，從以前帝牙盧卡暴走等事件，都是他做出來的。甚至欺騙主角要讓主角消失已達成自己的目的，幸好主角與同伴深信著彼此才成功的刺破達克萊伊的謊言，不過還是讓達克萊伊跑了。
回到城鎮後，主角和同伴決定打敗達克萊伊來守護這個世界，和克雷色利亞一起前往「黑暗的火山口」，去尋找達克萊伊的下落。到了最底部將達克萊伊給擊敗，世界也因此又再度回復和平，「克雷色利亞」也決定加入主角的救助隊下。