特殊神奇寶貝得到方式一覽表
| 神奇寶貝名稱 | 地點 | 入手方法 | 備註 |
| 刺刺耳皮丘 | 桐樹林 | 攜帶兌換卷得到的色違皮丘，並放在隊伍的第一位至桐樹林的神社處調查神社，刺刺耳朵皮丘就會從裡面跑出來，並且和色違皮丘成為好朋友，加入你的隊伍一起旅行【身上需有一個空位】 | 需有2009年日本電影活動得到之色違皮丘 |
| 炎帝與雷公 | 城都地方各地點 | 在圓朱市解開燒焦塔的封印後，就可以在城都地區隨機遇到牠們了，等級為40，一見面就跑，建議可用像黑色眼神等招式不讓牠們逃跑來捕抓 | |
| 水君 | 25號道路正輝家附近 |
在圓朱市解開燒焦塔的封印後，會按順序固定出現在以下地方： 第１次：湛藍市上面的海灘 第２次：42號道路中段靠下 第３次：枯葉市，出港的時候在岸邊 第４次：14號道路右側水中，有一堆風力發電機那附近 最後１次：正輝家旁 每次見到後都會觸發事件逃跑，在最後的地方才會和你戰鬥，等級為40 |
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| 帝牙盧卡、帕路奇犽、騎拉帝納 | 阿魯夫遺跡 | 攜帶阿爾宙斯到阿魯夫遺跡的一所民家，可以觸發劇情。考古學家會帶著主角進入遺跡，就在考古學家研究壁畫的時候，主角被傳送到了一奇怪的空間。出門一看居然來到了城都地區最北方的シントいせき，進入登山者小屋的門一看居然是神奧地區的冠軍竹籣，跟著竹籣回遺跡之後說想舉行儀式只能攜帶阿爾宙斯而已，回去小屋把其他神奇寶貝存起來再回去。儀式只能誕生一隻神獸，竹籣會讓你選擇是右下的帕路奇犽或者左下的帝牙盧卡或者上方的騎拉帝納，之後就可以得到你選擇的神獸了，等級為1。結束後自動被傳送回阿魯夫遺跡 | 需有2009年日本電影活動得到之阿爾宙斯 |
| 拉帝歐斯、拉帝亞斯 | 關東地方 |
方法一：劇情進行到給黃金市的模仿女孩時，從神奇寶貝愛好俱樂部要了娃娃出門時會遇到豐緣地區的冠軍大吾，他會給主角看拉帝亞斯和拉帝歐斯的照片，心靈金為拉帝亞斯，靈魂銀為拉帝歐斯，並告訴主角目前正出沒在關東地區。之後就可以在關東地區隨機遇到牠們了，等級為35，一見面就跑，建議可用像黑色眼神等招式不讓牠們逃跑來捕抓 方法二：日本配信活動下載特殊道具【なぞのすいしょう】，接著前往尼比市的博物館找大吾，可得到心之水滴，出博物館後就會碰到【心靈金為拉帝歐斯，靈魂銀為拉帝亞斯】 |
方法二日本方面不定時配布，有時限性 |
| 鳳王、洛奇亞 | 鈴鈴塔、漩渦列島 |
方法一：劇情可得到【心靈金是鳳王、靈魂銀是洛奇亞】 方法二：在尼比市右側出口的高地上可以找到一位老人，他會給你重要道具【心靈金是銀色羽毛、靈魂銀是七色羽毛】。帶著這個羽毛（心靈金前往漩渦列島、靈魂銀為鈴鈴塔）就可以讓看門的和尚讓路，進去到最裡面會和（心靈金為洛奇亞、靈魂銀為鳳王）戰鬥 |
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| 閃電鳥 | 關東地方發電廠 | 劇情打完小智後，到關東地方的發電廠外頭可碰到，等級為50 | |
| 急凍鳥 | 雙子島 | 劇情打完小智後，到雙子島最裡面可碰到，等級為50 | |
| 火燄鳥 | 白銀山 | 劇情打完小智後，到白銀山最裡面可碰到，等級為50 | |
| 超夢 | 華藍市旁邊山洞 | 劇情打完小智後，到華藍市旁邊山洞的最裡面可碰到，等級為70 | |
| 固拉多、蓋歐卡 | 47號道路 | 在30號道路可以找到神奇寶貝爺爺的家，他會告訴你收到了大木博士的信，並交給你一塊寶玉，心靈金是藍色寶玉，靈魂銀則是紅色寶玉。攜帶這2塊寶玉去湛藍市穿過洞穴抵達47號道路，路上會遇到館主阿四，他會告訴你利用攀岩可以抵達一個洞窟，在那裡就可以見到蓋歐卡或固拉多了 | 破關後需先和大木博士拿過小火龍、傑尼龜、妙蛙種子後觸發 |
| 烈空坐 | 47號道路 |
將本作劇情獲得的蓋歐卡和固拉多傳至同一卡帶內，之後攜帶牠們去真新鎮找大木博士，可以獲得新蔥色寶玉。帶著寶玉去47號道路同樣的地點就可以找到裂空座了 注意從寶石傳來的蓋歐卡和固拉多無法觸發此劇情，必須使用在心靈金/靈魂銀版所捕獲的 |
完成固拉多和蓋歐卡的劇情後才能觸發 |