神奇寶貝保育家-光的軌跡劇情攻略
一開始的時候選擇男生或女生進入遊戲， 接下來發現「ナッパーズ」壞人集團想要抓住【男主角:拉帝歐斯、女主角:拉帝亞斯】，這時主角想要上前阻止，雖然「ナッパーズ」想要阻止主角 但都失敗了，後來同伴也趕來支援，但此時「ナッパーズ」的首腦 之一出現並且將主角打落掉入大海。掉入大海後主角的捕獲裝置也掉在小球飛魚的身上，這時要追趕小球飛魚拿回捕獲裝置(主角集氣後點按主角可一口氣往前游)。後來拿回自己的捕獲裝置後，接下來發現壞人集團的船，然後一群人出來飛了出去。這時在森林中有一隻皮丘和一群神奇寶貝們，此時壞人一到大家都急著逃跑，但都被一一抓到。
主角回想起之前教授交待的任務，醒來後發現在「トロッブじま」上，介紹完基本操作後旁邊有紀錄機器，以後要紀錄遊戲必須要在紀錄機器上紀錄才行。接下來往北邊走，會碰到一隻皮丘，捕獲之後跑過來一位老頭，老頭向主角說明自己是附近的製船師，並且和皮丘感情非常好，之後老頭要皮丘去找自己的同伴們，然後跟在主角後面一起去尋找。 接下來往北走然後把倒在路上的樹給砍斷，從現在開始碰到各種難題大部分都要靠神奇寶貝的力量解決，每一隻的能力都不同，必須要找到適合的能力才能把阻礙等破除。砍斷樹後往內走會發現老頭的船不見了，這時發現旁邊有船，要借助神奇寶貝的力量(可以用圈圈熊)將船推落，之後就可以搭船前往下一座島了。
到了之後老頭會進入屋子裡聊為何主角會到那座島上的事，這時有人進來說有壞人進入前方的森林了，旁邊的皮丘也生氣的要去找抓牠同伴的壞人理論，就衝出去了。於是主角就開始了第一項任務。往上走可以來到這座島的城鎮，往左可進入森林，這時發現那幫人在抓神奇寶貝中，繼續往上走到一個山洞的洞口處，發現皮丘被他們包圍了，他們會用神奇寶貝來阻止主角，成功捕獲放走後那幫人就跑了。這時皮丘也衝進山洞裡面了，在山洞深處發現アックス也在那邊，此時皮丘繼續往山洞裡面跑，往右追去後發現皮丘的樂器被他們給弄壞了，並且派出頭蓋龍來對付主角，成功之後他們準備要逃跑，並計畫要抓雷公，就在此時雷公現身並且嚇跑了他們，之後雷公也消失了，皮丘就跑回去了。回村落發現醫生在幫一位老人治療，好像是因為被雷公嚇到而受傷，眾人在討論雷公的事，這時アックス和醫生要去別的地方忙就和主角告別，村子的人告訴主角皮丘好像跑回去了。
回去老頭的家後，老頭決定要幫皮丘修復牠的樂器，於是請主角幫忙去找材料，並叫他的弟子「ニック」一起去幫主角找材料。但材料這座島上沒有，因此必須坐船回到之前那座島「トロッブじま」的森林裡面找。往回走到森林的前頭時，「ニック」發現製作的材料在大樹的樹洞裡，進去找之後不小心弄到一群向日種子，成功捕獲安撫後就沒事了，這時「ニック」也將材料交給了主角。 交給老頭之後說需要一點時間，這時有人說村子左邊有奇怪的東西，過去之後發現有一個發光的東西，原來是雪拉比並且和主角進入戰鬥，成功後這時雪拉比把主角帶進光裡穿梭時空，來到另一個時代，這時有一個女生叫「ヘリオ」走了過來，原來她是雪拉比的朋友，然後叫雪拉比再把主角帶回原來的時代。
這時回到自己的時代後前往老頭家，這時皮丘的樂器修好了，這時老頭說如果要完全修復主角的捕獲裝置的話，要前往另一個地方去找一位修復的人，走出門後皮丘決定要跟著主角成為主角的伙伴。往老頭家右邊走發現有乘龍，成功捕獲後之後就可以坐著牠前往海中央，到達海中央後主角就下去水底了。 下去海底後發現之前「ナッパーズ」的乘坐裝置，但因為有海流過不去，利用太陽珊瑚的力量將上方的石頭給擊落就可以阻擋海流而通過，正要靠近時突然珍珠貝和墨海馬來攪局，成功馴服後這時刺龍王出現，把裝置給拖走了，前往追趕刺龍王後扔下機器就跑了，到最底下發現機器時有巨牙鯊過來，打贏之後就將機器拿回岸上，這樣任務就完成了。
接下來和「パネマ」往右邊上面方向進入「クルリのいりえ」，發現「ナッパーズ」的人被雷公追，看見主角派出波加曼和伊布，成功馴服後他們也逃了，往上走到「パネマ」的家發現失火了，趕緊找會水的力量的神奇寶貝來，弄好之後突然又燒起來了，這時必須要靠３隻會水的力量第二階的神奇寶貝一起來把火給消除，成功後進入屋子將「ナッパーズ」的裝置放著，這時「パネマ」也會幫主角把捕獲裝置給修好。接下來往左進入森林裡後再往上方走可進入「ラトラトやま」。途中有「ナッパーズ」的成員阻擋主角，走到最上面發現「パネマ」的爸爸「タルガ」，原來她的爸爸也是保育家，這時「ナッパーズ」的成員也在，擊敗他們之後就跑了。進入屋子和大家介紹後，「タルガ」要主角一起去找
「ナッパーズ」，於是就接下了這個新的任務。在屋內可以找胖子將捕獲裝置充電，上去後有神奇寶貝是「こうふん」【興奮】狀態的，必須要靠神奇寶貝的力量會比較容易較這狀態消除。到最上層發現雷公和「ナッパーズ」的成員與頭目之一，頭目跑掉後主角必須要將雷公給捕獲起來，成功之後就會出現圖案，以後可以利用這圖案來召喚雷公，這樣任務就算完成了。
後來回去之後那個胖子有抓到「ナッパーズ」的成員，但最後還是被他們逃了，於是主角和「タルガ」繼續往他們逃的方向追，追到橋上時那位「ナッパーズ」的頭目把橋炸掉之後就跑了。回去之後「パネマ」的媽媽幫忙調查雷公的圖案，「タルガ」要主角回去找之前修皮丘樂器的那位老頭請他修橋，回到老頭的住所說明後，老頭一聽說橋被炸壞人就衝過去了，原來那座橋是他的得意作品之一，他的弟子也順便幫皮丘的樂器增強威力。 接下來去橋的那邊，經過「タルガ」家前突然出現雪拉比，又再度穿梭時空回到之前的那地方，此時有二個人也是雪拉比的伙伴，說雪拉比可能是找主角玩才這樣，叫雪拉比再把主角送回去。
回到原來的時代後，「パネマ」叫主角進來屋子裡，原來是查到了圖案和雷公的關係，這時她也順便幫主角的捕獲裝置增加新功能，以後只要點選左下的圖，畫出特定的圖案，就可以召喚出該隻神奇寶貝，於是大家出外來測試，果然叫出了雷公。利用雷公就可以跳過斷橋來到對面的島「ミロンダじま」，往前走碰到「イマチ」，原來是教授要他來這和主角會合的，於是和他一起去村子打聽消息，往上走碰到魔術師在變魔術，此時之前碰到的醫生「エドワード」也出現了，對談後繼續找相關消息，往下走有一位老頭，他說村子右上方森林裡有妖怪，於是主角和「イマチ」前往森林找尋有關傳說神奇寶貝的一本書的消息，森林上方有庭院的門關起來了，必須要從旁邊繞過去，往旁邊走並且躲過夜巨人的視線，通過後往上進入屋子，往屋子的右上方走時進入一個房間，「イマチ」因為被盤子嚇到而跑掉了，往左邊的房間發現書櫃裡有聲音，調查之後「イマチ」從裡面走了出來，並和主角進入裡面調查。
途中會碰到「ナッパーズ」的成員，到最裡面會碰到他們的頭目之一「ブルーアイ」，她會派出大菊花，打敗之後其他的成員就落跑了，這時皮丘生氣的跳到她的臉上放電，她因為被電麻而無法動彈，後來「イマチ」也很順利的找到有關傳說神奇寶貝的那本書，任務也就完成了。出來之後雪拉比又把主角給帶走，在那邊發現有壞人進入神殿操控神奇寶貝們，成功解放後壞人就進入神殿裡面了，後來主角又被帶回原來的時代【以後可以前往ココナむら旁的石柱裡與四名玩家連線解該任務】。回「タルガ」的家後報告，之後再回「ナナメむら」和「イマチ」會合，這時「ナッパーズ」另一個頭目「レッドアイ」出現，他就是之前把主角打落海中的人，他要求將另一名被抓的「ブルーアイ」和主角的另一名同伴做交換人質的動作，往「ナナメむら」的右邊走進入「アサヒのいせき」裡面，下一個任務就是要救出同伴，途中會受到「ナッパーズ」成員的阻擋，走到最上層突然出現炎帝，成功馴服之後以後也可以召喚了，之後「レッドアイ」出現並且交換人質，另一個伙伴也沒事回來，這時任務也完成了。
伙伴請主角帶他去「タルガ」那邊，但因為剛才的爆炸而把出入口給破壞了，所以要利用炎帝的力量將右邊大石給破壞，從右邊另一個通道離開，半途經過村子碰到「イマチ」得知橋已經修好了，回到「タルガ」那邊另一個伙伴提出可以利用之前被抓時的定位來找出「ナッパーズ」的基地，接下來伙伴的裝置也被修好了，並且說在被關的時候聽說「ナッパーズ」想要抓火焰鳥的情報。至於和之前他們一直盜取石板圖文二者的關係就不得而知了。「パネマ」也幫主角的捕獲裝置提升等級，接下來回「ナナメむら」，在村子的中間有一個洞窟，往裡面走發現「ナッパーズ」的成員要趕回基地，必須要在二分鐘內到達，途中要借助炎帝與雷公的力量，到了他們的潛水艇基地裡面往裡面走。 在途中發現皮丘的同伴們被關在一個小房間裡，利用神奇寶貝的力量將他們解放出來吧，走到最裡面發現「ブルーアイ」，並且說要執行Z作戰，這時潛水艇突然爆炸下沉，「ナッパーズ」的人也不見了。
這時主角們必須要在10分鐘內從這裡逃出去，並且在其他地方將走失的皮丘們給一一找出帶離開，走到出口前發現「ブルーアイ」因為爆炸而被箱子壓到無法逃走，合力將她抬出後打開門大伙就逃出去了，不過「ナッパーズ」的人也是逃走了。後來「イマチ」開著船來接主角他們，然後回到村落後，同伴要主角一起去找「タルガ」報告這件事情。
報告之後，再前往製船老頭的家，老頭幫皮丘的樂器再增加威力，後來老頭也出門幫忙修船了。回到「ドロップじま」將皮丘們送回故鄉，之後回去後有一位女孩說有人要轉交信給主角，原來是「ブルーアイ」寫的，裡面提到上次救她很感謝以外，也透露「レッドアイ」要前往另一座島執行抓火焰鳥的作戰計畫。但是要前往那座島必須要開大船才可以到，於是前往「ナナメむら」看船修好了沒。到了之後船也被老頭修好了，接下來就可以前往「ファルデラかざん」了，到了之後新的任務也開始了，途中會有「ナッパーズ」的成員阻擋主角，一路往上攻。 到了最上層發現「レッドアイ」把火焰鳥給喚醒了，並且說要執行下一個計畫後叫出噴火龍攻擊，把伙伴的捕獲裝置弄壞了，他也利用機會逃了。這時伙伴的姆克鷹也前來支援，伙伴要主角坐姆克鷹去追「レッドアイ」。
在空中和「ナッパーズ」進行追擊，他們會攻擊主角和派出神奇寶貝來阻止主角，追到「レッドアイ」後他會派出噴火龍來阻止主角，成功後之後「レッドアイ」的手下不小心把下一個作戰計畫對準急凍鳥的事說了出來，後來還是讓他們全部都跑掉了，後來主角回到船上和大家會合，任務也算是成功了。
回「ナナメむら」後前往「タルガ」家報告，這時胖子進來說橋旁邊的的屋子怪怪的，之後主角和「タルガ」前往橋旁邊的屋子，進入發
「ナッパーズ」的成員，打敗之後將被關在裡面的姆克鷹群給解放出來，之後回去「タルガ」說就可以利用姆克鷹飛往「ソピアナじま」的「アクアリゾート」了，到附近捕獲姆克鷹便可以飛行了。飛到上空時突然發現「ナッパーズ」的人在追 【男主角:拉帝歐斯、女主角:拉帝亞斯】，成功趕走他們後【男主角:拉帝歐斯、女主角:拉帝亞斯】也不見了。到了「アクアリゾート」後有一位女生叫「ツバサ」，她和鳥神奇寶貝感情特別好，有需要她可以幫忙叫鳥神奇寶貝們來幫助主角喔！往左走有一位叫做「ドレス」的人，會和主角說要尋找的那位人住在這座城市左排的房子中，進入發現人不在，出來又碰到那位醫生，這時村子的人在討論水君出現的事，並且透露要找的人叫「スチュ」，出城市往左走，要利用雷公的力量跳過河流，到了「カナルのいせき」時碰到一個人，他說水君因為「ナッパーズ」的關係而暴走，於是下一個任務就是要阻止水君的暴走。
往裡面走，在下方發現水君和「ナッパーズ」的人，打敗他們之後水君也跑掉了，往裡面追到遺跡內時發現沒有東西，伙伴要主角下水調查，下去後發現「ナッパーズ」，追到底後發現他們又把石板的圖文給拿走了，這時伙伴要主角趕緊回上面，回上面後發現「ナッパーズ」的人和水君，他們看見主角就跑了，水君也追了上去，往回走看見他們在對水君下手，之後「ナッパーズ」的人騙水君說他們和主角是同一掛的人，之後就逃了，水君非常的生氣，於是進入戰鬥。成功之後也出現了圖文，以後就可以召喚水君了。之後發現「スチュ」被困在上面，利用水君可以在水面上行走的力量將他救出來，找到他之後任務也算完成了。
回「スチュ」家後「タルガ」的老婆也來了，這時「スチュ」解釋這地毯是用神奇寶貝的毛做的，皮丘以為他是壞人而生氣的放電，放電的同時突然地毯也出現文字，得知原來急凍鳥住在這座島的山上，出來後發現之前碰到的人，他們說有什麼情報會和主角通知。往這座城市上方的洞窟進入後，出來就是雪山，這時發現「ナッパーズ」的人，他們和主角說有可怕的東西，原來是雪崩，結果他們自己被沖走了。利用石柱可以躲開雪崩往上走。途中發現「レッドアイ」和「ナッパーズ」的成員，擊敗其他成員後一路往上攻，到了上面發現石板擋住去路了，和上次一樣，這回用水君的圖文就可以通過了。到了最上面發現「レッドアイ」他們把急凍鳥給喚醒了，之後「レッドアイ」拿出火 暴獸對付主角，打敗之後他們也跑了，任務也算是完成了。
回去之後和「タルガ」報告，之後他要主角們回「ココナむら」，回去之後發現大家很開心的在慶祝「彩虹慶典」，原本這活動因為「ナッパーズ」引起的騷動而中止，因為主角們的幫忙而再度舉行，於是主角們被選為勇者，必須要通過考驗才行，那位木匠老頭也帶主角們去試驗的地方。共有16個板子，其中有二個圈圈，從其中一個圈圈開始踩板子，每個板子只能踩一次，必須要全部踩過並且走到另一個圈圈就通過考驗了。之後回慶典上大家很開心的慶祝著…。
一早起來之後也發現皮丘的樂器威力提升了，這時「イマチ」通知主角發生事情了，於是趕回「タルガ」的家，發現他受傷了，原來是「ナッパーズ」的人幹的，並且把他的家人全抓走了，得知他們被抓到之後水君那邊遺跡上方的「シルバーフォール」，必須要靠水君的力量才能走到那邊，走到瀑布後走旁邊進入，這時主角的下一個任務就是要救出「パネマ」她們。
進入後不久發現「ナッパーズ」的人，打敗他們之後再往裡面走，發現之前被雪拉比帶去神殿時出現的神秘的盔甲人，他們和「ナッパーズ」的人一起阻止主角前進，一一打倒他們後就會來到「オプリビアいせき」。進入後走到裡面聽見求救聲，後來皮丘進入把門給打開，進入後發現他們的新幹部「パーブルアイ」，就在這時「タルガ」也出現幫忙，終於把她們給救出來，「パーブルアイ」於是拿出烈咬陸鯊來對付主角，打贏之後他們全部都跑掉了，任務也完成了，不過也得知他們好像想要對閃電鳥下手…。
回到「タルガ」家後，大家一起討論，主角決定要前往「ライウンじま」，這座島就在左邊的位置，使用姆克鷹飛過去。飛到上空時發現「ナッパーズ」的人又在追 【男主角:拉帝歐斯、女主角:拉帝亞斯】，趕跑他們後【男主角:拉帝歐斯、女主角:拉帝亞斯】也跑掉了。後來因為打雷的現象太危險了，無法接近這座島，只好先降落到「シクレレじま」，這時得知必須要靠 【男主角:拉帝歐斯、女主角:拉帝亞斯】的力量才能飛得到，要召喚牠就必須要先蒐集5個地方小石塔的光點，於是下一個任務就是要蒐集這五個石塔的光點。依序蒐集4個好了之後剩下右上角海域的第5個，到「ナナメむら」坐船前往該海域下方尋找，在最深處就可以找到。回到村子後前往「シクレレじま」，發現五個地點排成的圖文，坐姆克鷹往上飛發現 【男主角:拉帝歐斯、女主角:拉帝亞斯】，在空中馴服後回島上就會出現召喚牠的圖文，任務也完成了。
接著召喚【男主角:拉帝歐斯、女主角:拉帝亞斯】前往「ライウンじま」，途中要閃過落雷的攻擊，之後抵達後主角的下一個任務就是要找「パーブルアイ」以及保護閃電鳥。到最上層後發現他和他的手下，擊倒他們之後閃電鳥也沒醒來，正當主角事件解決結束任務之時，這時突然有一個神秘的人出現，原來他一直利用「パーブルアイ」和「ナッパーズ」成員，並且也將閃電鳥喚醒了。之後主角和伙伴便上次追趕，來到了「オプリビアいせき」，發現「ナッパーズ」把「ドレス」帶進去了，把他們打跑後「ドレス」也不見了，追到最裡面才發現這一切計劃都是那位醫生「エドワード」和其它三位他的老友做出來的，他們組成了「ティーパーティ」這個團體，並啟動了巨大的空中要塞，發射強力的破壞光線把皮丘的小島故鄉給全毀了，並宣告人民他們將會一一擊沉各個小島，於是主角和伙伴飛上去阻止。
但火焰鳥、閃電鳥、急凍鳥三隻進入空中要塞，形成了結界，使得他們無法進入，回「タルガ」家報告後得知古代文曾經紀錄，勇者把彩虹的力量擊退黑暗勢力的故事，這和主角之前參加的彩虹慶典是一樣的典故，接下來下一個任務就是要把強大的結界給消除。前往製船老頭的家，和他說明需要信物才可以發動彩虹的力量，伙伴拿到後跑去試都不行，老頭說那是複製品，真正的信物在「ヤスリどうくつ」，於是和老頭一起前往，進入後一一通過各種難過，就可以拿到。拿到後主角突然想起之前沉到海底時曾經也看到彩虹的遺跡，於是到「ナナメむら」之後坐船前往。
坐到海中央下去後發現遺址，將信物放入中央後射出一道彩虹並吸引鳳王過來，成功馴服鳳王後就得到了牠的圖文，之後伙伴拜託鳳王將火焰鳥他們給帶出來，利用鳳王的力量順利的將牠們給引出來，並且結界也消失了，這下任務也完成了。接著乘坐 【男主角:拉帝歐斯、女主角:拉帝亞斯】前往空中要塞，途中會受到許多攻擊，之後通過後就抵達了空中要塞，往上打到上層就發現有石板擋住，另外三名其它幹部往不同房間進入，這時「タルガ」和「パネマ」也來幫忙了，這時主角必須要進入三個不同的房間分別打敗他們，才會讓石板的圖文出現。依著圖文畫出就可以打開門，到最裡面發現「エドワード」，他想利用黃金盔甲來統治世界，更想要炸掉其它的小島，後來「タルガ」他們也來了，並且先把空中要塞的大砲給停住了，這時「エドワード」利用超夢來對付主角，打贏之後突然有光點出現，原來是「パーブルアイ」跑出來了，並且把黃金盔甲給搶走穿在身上，叫超夢把「タルガ」和「エドワード」給弄消失，於是和超夢再一次進行決鬥。打贏之後黃金盔甲也飛走了，「パーブルアイ」也倒地不起，這時空中要塞開始往下掉，這時主角們到外面去召喚鳳王使用彩虹的力量成功讓要塞平穩的掉入海上，「タルガ」這時也出現了，後來大家就開著大船來迎接主角們，任務也算是完成了，接著就是破關畫面了。
後來過了幾個月後，教授要主角再回到「オブリビア」，原來「タルガ」要發表這一次事件的研究報告論文而暫時離開，需要有其他保育家來守護那裡才行，於是主角就前往「タルガ」家。送走他們之後前往「アクアリゾート」，之前那位喜歡鳥神奇寶貝的女生和主角們說因為火焰鳥、閃電鳥、急凍鳥的騷動讓所有鳥神奇寶貝們非常害怕而都不見了，於是下一個任務就是要讓這三隻的騷動停止，飛到天空上時發現「レッドアイ」，他已經不再做壞事了，和主角說話後就走了，飛到空中要塞的上空附近發現牠們三隻，一一的追到牠們之後就會各自回到牠們當初覺醒的地方了。火焰鳥在「ファルデラかざん」、閃電鳥在「ライウンじま」、急凍鳥在「ソルベラスやま」 ，因為牠們的關係，上去時會受到許多神奇寶貝的攻擊，上去後會發現牠們前面都會有黃金盔甲的一部分，成功馴服牠們並拿回黃金盔甲後回「アクアリゾート」向那位女生報告，她說許多鳥神奇寶貝都回來了，任務也算是完成了。
之後收到「レッドアイ」的訊息，他要主角們到「ソルベラスやま」找他，到那邊後「レッドアイ」把黃金盔甲的另一部分拿出來，並且希望能夠和主角進行一場堂堂正正的決鬥，於是拿出火焰雞和主角做決鬥，成功之後他也把盔甲還給主角他們，並希望下次有機會能再和主角們相遇，之後教授來訊息要主角回「タルガ」家，回去後總算是所有事件都告一段落了！
未完待續…