1.一開始遊戲時，會先要你決定訊息的出現要選擇純平、片假名的日文，或是含有漢字的日文， 接下來紅豆杉博士就會和你介紹神奇寶貝的世界，再來就要選擇主角要選女生或是男生。再來會訴說主角和兒時玩伴白露和「チェレン」的事情，再來就開始遊戲了。
2.博士進來主角家後放了一個禮物盒，這時主角和其他二位兒時玩伴前來打開禮物，原來是要選擇主角要出發前的神奇寶貝，選好之後你要的神奇寶貝之後 他們建議要進行對戰，打完後把房間弄的一團亂，下樓之後媽媽會給主角通訊道具「ライブキャスター」。出門後左下和右下是兒時玩伴的家，打完招呼後就可以前往博士的研究所， 博士的研究所在主角家的左上角，接下來博士向大家說明要出去冒險的事，然後就給主角神奇寶貝圖鑑，接下來就開始冒險了。
3.出門後主角的媽媽會給主角們遊戲地圖，之後往右上方1號道路前進，這時博士會教你如何抓神奇寶貝並且送主角5個神奇寶貝球。通過1號道路之後就來到城鎮唐草鎮【カラクサタウン】， 這時前往當地神奇寶貝中心，博士會和你介紹這裡的設施，此外神奇寶貝中心和商店是合併在一起的，可以在這邊順便買一些補充性的道具喔，從神奇寶貝中心出來之後發現廣場上有 奇怪的團體在演講，在宣導大家要解放神奇寶貝的事，講完之後就走掉了，這時有一個神秘的神奇寶貝訓練家叫做「N」，他要和主角進行一場神奇寶貝對戰，N的神奇寶貝是等級7的「チョロネコ」 ，打敗他後就走掉了。
4.往左前往2號道路，這時媽媽會跑來找主角送主角跑步鞋，接下來就可以用跑步的功能了。之後繼續走會碰到白露然後和你對戰，打贏後再繼續走就會來到三曜市【サンヨウシティ】 。這裡的道館還不能進入，前往神奇寶貝中心左邊的建築物內發現「チェレン」，和他對戰完之後就可以去打道館了。這時可以先去該城市右邊的「ゆめのあとち」，有人會送你一隻神奇寶貝。再來就去挑戰道館吧，該道館進入方式是要踩在布上面屬性圖示有利的圖(例如布是火，要踩水的圖示」，布就會打開了。和道館訓練家進行對戰，他所使用的神奇寶貝主力是會剋主角屬性的神奇寶貝，打贏後得到徽章和招式機83「ふるいたてる」。
5.出道館後博士的朋友「アコモ」 會來找主角並且帶主角前往她那邊，他會給主角秘傳招式機01【一字斬 】，然後他要主角幫忙前往「ゆめのあとち」去找一隻神奇寶貝「食夢夢 」，然後從牠身上拿取「ゆめのけむり」。在入口處發現有一棵樹擋在那邊，這時就可以使用一字斬把樹砍掉，這時白露也過來和主角一起進入，這時發現「食夢夢」在那邊，就在靠近同時突然邪惡團體電漿團出現，把他們打敗後成功拿到「ゆめのけむり」，拿回去給「アコモ」之後就可以得到重要道具「Ｃギア」 ，然後她的助手也會送朋友手冊給主角(Wi-Fi通信用)。
6.往左走進入3號道路，這時發現「チェレン」要和主角對戰，打完後白露和一位小朋友衝過來，原來是他的神奇寶貝被電漿團給搶走了，往左邊走進入山洞發現電漿團，他們一直說神奇寶貝被人類控制很可憐，必須要讓他們自由才行，但搶走別人的神奇寶貝就是不對的，把他們打敗後就可以拿回被搶的神奇寶貝，回去歸還給他之後事件就圓滿結束了。
7.接下來沿3號道路往下走，途中可以拿到招式機46小偷，然後再往前走來到七寶市【シッポウシティ】，在那會碰到「チェレン」並且他會和主角說該城市的道館訓練家是使用普通系的，說完人就走了。左下角房子內的女生會問你當初選的神奇寶貝是哪隻，然後就會送主角提升該屬性威力的道具。
8.到這個城市的道館時，在入口處會碰到「N」，和他打完之後就可以進入了，進入後發現裡面是一間博物館，這時副館長會帶你參觀，然後和主角說往裡面走就是道館了，而道館訓練家 蘆蕙就是他的太太。進入後在第一排書架左邊藍色書本調查可發現道館訓練家留下的問題，接下來再去調查第二排書架左側綠色書本，然後再前往第三排書架左側和女生對話，答是之後就會和主角進行對戰，打完後調查這個書架會發現下一個問題，然後再前往第一排書架右側綠色書本調查，接下來再前往第二排書架右側和女生對話，選是之後進行戰鬥，打完後調查這個書架就會出現地下通道，進入後就可以和道館訓練家進行對戰，要小心她的神奇寶貝會使用催眠術，打贏後獲得徽章和招式機67「かたきうち」。
9.這時突然副館長衝進來說電漿團進來了，出去後發現他們把化石給搶走了，出去後另一位道館訓練家「アーティ」與主角的朋友們都來了，這時蘆蕙要主角和「アーティ」一起去左邊的矢車森林(ヤグルマのもり)找電漿團，走之前白露會送主角尋寶機器，可以使用它找到隱藏的道具。接下來前往矢車森林(ヤグルマのもり)最裡面沿路打敗電漿團的小兵之後，在最深處就可以把化石給搶回來，但他們卻說接下來將會有更大的計畫…。結束後 蘆蕙會送主角月之石當謝禮。
10.通過森林之後在準備前往下一個地方的休息區和大叔說話可得到先制之爪，接下來繼續往前走通過大橋就會來到飛雲市【ヒウンシティ】，在城市最左側的大道旁就是道館所在地，正要進入時「チェレン」 突然出來，之後道館訓練家「アーティ」也出來，並且要主角一起前往「プライムピア」。 前往該城市中間下方的海邊發現白露的神奇寶貝被搶走了，和道館訓練家一起追，在最左側大道發現「プラズマ」團，和他們進行戰鬥後他們就逃進大樓裡，進入後發現他們的幹部也在那，並且向主角們訴說他們的理想和目的，之後就消失了。不過他們也把神奇寶貝還給白露，接下來就可以去道館挑戰了，該道館是使用蟲系的神奇寶貝，黃色的牆壁走正中間可用力穿過去，打贏之後可得到徽章和招式機76「むしのていこう」。
11.接下來往北走，要進4號道路前會碰到白露，和她對戰後繼續走會碰到「チェレン」，和他打完後繼續往北走，通過休息連結區時碰見博士也在那邊，和主角說完話後再往北走就會來到雷文市【ライモンシティ】，這時發現「プラズマ」團要搶老爺爺的神奇寶貝，成功打跑後就會送主角腳踏車，之後白露也跟上來，和主角說完話後就走了。往右走進入遊樂園發現「N」，他要主角和他一起坐摩天輪，這時他表示自己也是「プラズマ」團的一份子，出來後他的手下們也出現，打敗「N」之後他和主角說要解放所有人類的神奇寶貝之後就走掉了。
12.該城市的神奇寶貝中心上方左側大樓裡可拿到秘傳招式機04【勁力】，這時往該城市的右上角走會發現白露，他約主角一起去試玩小遊戲，在裡面有人會送主角參加小遊戲的道具，出來後發現白露的爸爸要把她帶回去，原來是因為不放心白露傻傻的個性所以想帶她回家，這時這個城市的道館訓練家 小菊兒前來幫忙說話，希望白露的爸爸能讓她繼續他的修行之旅，透過旅行使她與神奇寶貝們一起變的更強，後來白露的爸爸同意後就回去了，這時就可以去挑戰這個城市的道館了，道館訓練家是用電氣系的神奇寶貝，打贏她之後可得到徽章和招式機72「ボルトチュンジ」。
13.接下來往左走到5號道路，在那會碰到「チェレン」，和他對戰完之後道館訓練家小菊兒也走了過來，並且在這裡碰到聯盟的冠軍「アデク」，他要主角和「チェレン」組成雙打和小弟們對戰，打贏之後往左走，這時小菊兒幫忙把橋給開通，這下子就可以前往下一個城市了。
14.通過大橋往左走就可以進入帆巴市【ホドモエシティ】，這時該城市的道館訓練家和主角說「プラズマ」團進入這個城市，要主角幫忙找出來，這時往城市的左下方走進入冷凍貨櫃屋和「チェレン」往裡面調查 ，在最裡面發現「プラズマ」團的人，打敗他們後道館訓練家「ヤーコン」也過來並且把他們給帶回去，並且要主角來道館挑戰。「チェレン」和主角說感覺「プラズマ」團會讓人類和神奇寶貝的關係分離。
15.這時前往該城市道館，到了門口發現電漿團的人在那，原來是要向道館訓練家要回他們的同伴，之後就走掉了，接下來就可以挑戰道館了，道館訓練家是使用地面系的好手，打贏後得到徽章，但暫時還不會給主角招式機獎勵，這時他要主角前往6號道路，路上會碰到白露並且和他對戰，打贏後她會送你秘傳招式機02【飛天】。
16.往上走來到電石洞穴前道館訓練家會幫你把擋在洞口的蜘蛛網給打掉，並送給主角招式機78「じならし」，進入山洞後會碰到「N」，他說完後就走掉了，這時白露與博士也都過來並且送主角「幸福的蛋」，帶在神奇寶貝身上可以增加經驗值，並且和主角說這裡的山洞有許多磁石和電力場，可以利用二者關係把擋在路上的磁石推開，往右方走要出洞口前碰到「N」，打贏他之後博士和白露也趕來，這時「N」與博士爭論神奇寶貝和人類的關係，說完他就走了，接下來走出洞口就會來到下一個城市 吹寄市【フキヨセシティ】。
17.在該城市往上走會碰到一位博士，原來他是「アララギ」博士的老爸，他會幫主角提升神奇寶貝圖鑑的功能，這時旁邊的風露也過來和主角對話，要主角前往7號道路上的「タワーオブヘブン」找她，上到頂樓後找到她，這時她要主角敲一下塔頂的鐘，原來這個鐘有淨化神奇寶貝與人類心靈的功用，這時 風露說自己是這個城市的道館訓練家，要主角去道館找她挑戰，該城市的道館在旁邊的跑道北側，道館裡面要利用大砲來移動，地上會有方向標示，部份大砲可飛向二種方向，飛到道館訓練家面前就可以和她對戰，打贏後可以得到徽章和招式機62「アクロバット」。
18.打完後出來碰到「N」，他和主角說完話後就走了，接下來往7號道路往北走，途中碰到「チェレン」並且和他對戰，打贏之後冠軍也會現身，並給主角秘傳招式機03【衝浪】， 接下來就繼續穿越山洞往下一個城市前進，快走出山洞前發現「チェレン」把電漿團的人給打跑了。 接著出洞口之後碰見博士的老爸，他說完話就走掉了，接下來就進入了雪花市【セッカシティ】。
19.接下來就可以打該城市的道館了，這個城市的道館訓練家是使用冰系的，打贏之後得到徽章和招式機79「こおりのいぶき」，出來之後發現「チェレン」與白露，這時道館訓練家也出來了，原來是有人在這裡埋伏，神秘的蒙面人和主角說「N」在這個城市的北邊的塔，於是一行人就前往北方的塔，這時已經可以進入裡面了，一路往上打在最裡面發現「N」和傳說的龍神奇寶貝，他順利的操控傳說龍神奇寶貝並且離開塔，後來大家也趕來了，從對話中得知還有另一隻傳說的龍神奇寶貝，於是趕緊前往4號道路沙漠左側的地下城裡，裡面的流沙如果用跑步的方式會掉下去，要一步步慢慢走的方式才可以踩過邊邊不掉下去，到最裡面發現「プラズマ」團的人和冠軍，「プラズマ」團的人說完話就走掉了，出去之後博士通知主角趕緊前往「シッポウシティ」的研究所。
20.到那邊後大家都在那，「アロエ」會給主角石頭，可以用來喚醒傳說龍神奇寶貝，然後冠軍要主角前往「ソウリュウシティ」，走8號道路前往時碰到白露，和她打完之後她會幫主角加油打氣，之後就走掉了，通過「シリンダーブリッジ」時碰見「プラズマ」團的人，說完話後就走掉了。到了「ソウリュウシティ」和冠軍碰面後，發現電漿團的「ゲーチス」又在發布解放神奇寶貝的言論，並且說「N」將會成為這世界新的王，說完就走掉了，這時冠軍帶你見這城市的道館訓練家，並且到他家獲取相關情報，結束後就前往道館去挑戰吧，該道館是以龍系神奇寶貝為主，打贏之後得到徽章和招式機82「ドラゴンテール」。
21.出來後博士會帶你到城市的北面，然後和主角說有關喚醒傳說神奇寶貝的事，之後會送主角掌門球(可100%捕抓神奇寶貝)，往10號道路走會碰到「チェレン」和白露，繼續往前走進入冠軍之路，再來就是進入神奇寶貝聯盟了，由左至右分別打倒四天王才可以進入冠軍的所在地，由左至右的四天王分別是使用幽靈系、邪惡系、超能力系、格鬥系的好手，打完後調查中間的雕像會出現另一個通道，進入之後發現「N」也在那邊，這時他把「プラズマ」城堡給召喚出來，然後自己就走進去了。這時「チェレン」也趕了過來，要主角必須全力阻止他們的陰謀才行，於是趕緊進入城堡去。
22.進入後突然被「プラズマ」團的七賢人給包圍了，這時全部的道館訓練家出現幫忙主角，讓主角可以前進，往上走到最後發現「N」和傳說的龍神奇寶貝，這時主角的石頭有了反應，也召喚出另一隻龍神奇寶貝，接著就必須要收服他(黑版是レシラム；白版是ゼクロム)，成功之後和「N」進入戰鬥，打敗他後「ゲーチス」也來了，這時大家也都趕來了，「ゲーチス」也露出了真面目，原來他想要支配這世界，才會說出解放神奇寶貝，讓人類和神奇寶貝永遠分離，這樣就沒有人可以阻止他，於是就和他進入最終戰鬥，他的龍系神奇寶貝攻擊力很高，要非常小心！打敗他後「N」思考著自己的想法是否錯了，而「ゲーチス」也被人架走了，「N」對主角說當他第一次碰見主角時，發現主角的神奇寶貝們非常喜愛著主角，讓他非常的吃驚，於是他決定要離開，並且說主角的願望和夢想一定會實現的，說完就走了，這時也就破關囉！
【注意，第一次破關後許多路邊訓練家的神奇寶貝等級在64等以上，請注意！】
23.破關之後在家裡發現有2個媽媽，原來其中一個是國際警察「ハンサム」裝扮的，他說「プラズマ」團裡的七賢人至今還流竄在各地，要主角幫忙尋找他們的下落，答應之後他會送你高級釣竿，可以用來釣野生神奇寶貝。出去之後發現「チェレン」和白露，這時博士也過來，並且幫主角們把圖鑑升級成全國版圖鑑。
24.這時就可以去找七賢人的下落了，除了「ゲーチス」以外，其他6個人分別在「14號道路左側瀑布道路上」、「18號道路」、「ゆめのあとち」、「こだいのしろ裡面」、「ホドモエシティ左下方冷凍庫內」、「でんきいしのほらあな裡面」，並且可以從他們身上得到不同的招式機。這時可以前往「サザナミタウン」，在那邊的民房內會發現神奧地區的冠軍「竹蘭」，可以在春天時和她對戰(等級75左右)，和在這邊的城鎮海邊女生對話可得到秘傳招式機06【潛水 】。
25.這時可以再去打神奇寶貝聯盟，四天王的等級也都有提升(等級約71~73左右)，之後四天王全打完就可以打冠軍(等級約75~77)，打贏之後就登入殿堂。
未完待續…