神奇寶貝不可思議的迷宮-偉大之門與無限大迷宮攻略
遊戲一開始要先選你要擔任的主角，之後再選擇你的夥伴是哪隻神奇寶貝，之後和夥伴相遇後前往でこぼこ山探險，走到3F後出來發現發光的樹，撞倒後就可以繼續前進，結束後和夥伴前往「ポケモンパラダイス」和沼王對話，並且把該土地給買下，之後就成為主角和 夥伴的暫時基地。
隔天一早沼王帶著主角到市集，要找尋可以幫忙蓋房子的神奇寶貝 ，後來得知搬運小匠他們可以幫忙蓋房子，但要問鐵骨土人，牠要主角們帶特殊的石頭給牠，去下一個地點探險後獲取石頭，結果沒想到後來被滑頭小子偷走了，於是前往「カゲロウ峠」尋找。
前往カゲロウ峠之後，要利用發光的樹木基座來觸動可上去的階梯，到了最上面發現滑頭小子，這時鐵骨土人也來了，原來牠和滑頭小子串通好偷主角的石頭來反覆賺錢，打倒牠們後就跑了。這時搬運小匠也來和主角對話，繼續往山上前進，到了山頂發現鐵骨土人，打敗牠之後在 夥伴和搬運小匠的說服下，後來鐵骨土人受到感動決定要幫忙蓋房子了。
後來房子完成後，沼王前來主角家和主角介紹瑪力露麗的設施，這裡是可以接任務的，說明後 夥伴先選了一個尋找土龍弟弟的任務，接著就可以進入右邊開啟的門去接任務了。進入トントン山利用二旁高台發光的木材可以弄出橋渡河，就可以進入中間山洞。中途碰到土龍弟弟的朋友導電飛鼠，快到山頂前夥伴見路邊有漂亮的水晶而撿了一塊，到了山頂順利救到土龍弟弟後回城鎮，這時發現原來牠想成為一流的冒險家才在山上迷路，夥伴受感動而不吝嗇的給牠一直想要的水晶。
接著城鎮來了一隻神奇寶貝，原來是畢力吉翁，大家都很喜歡牠，主角夥伴發現土龍弟弟想要和牠做朋友，於是叫土龍弟弟送牠水晶試試，結果卻被拒絕了，原因是畢力吉翁覺得這世上需要強大力量的人當夥伴，而土龍弟弟不夠強大因此拒絕，土龍弟弟傷心的衝出去，而主角一行也出去追土龍弟弟，在城鎮到處尋找後再回廣場入口處，這時沼王說牠被駒刀小兵 帶走了，夥伴查覺牠有危險因而也前往牠們去的地方「荒れ果て谷」。
到了最上面發現土龍弟弟被駒刀小兵騙了，主角要前來救牠時也被駒刀小兵 派來的手下包圍，這時畢力吉翁首城鎮的大家趕來幫忙了，順利擊倒壞人後回到城鎮，畢力吉翁、土龍弟弟、導電飛鼠也加入了主角的隊伍。隔天一早大家也決定了隊伍的名字，也獲得了隊伍徽章等道具。去瑪力露麗那隨便接一個任務後隔天早上，鐵骨土人也開了一家店，並希望主角幫忙拿取「じょうぶなツタ」，去瑪力露麗那邊的委託看板那邊找尋謝禮有「じょうぶなツタ」的任務接，獲取後拿給鐵骨土人之後，牠很謝謝主角的幫忙。
隔天早上再去接任務，結束後隔天鐵骨土人來說明說，利用金錢及材料就可以開拓主角的這塊荒地，連續接了幾個任務後，這時天空出現火球，原來是比克提尼出現，並且說明每天出現的風都有不同屬性，例如當日是草屬性則對草神奇寶貝有利，而比克提尼可以一天一日有機會變換成自己想要的屬性。
接幾個任務後在一個夜晚裡，主角又夢見當時來這世界的夢了，一直重覆著有人向主角求救的場景，起來後繼續接任務，隔日與一群神奇寶貝遠眺大冰河，大家也有想要去那邊探險的目標，之後繼續接任務 ，接完後在夜裡主角又夢見了奇怪的夢，醒來後出門得知最近城鎮廣場周邊來了一些不速之客，要大家小心，出門前沼王要請主角們把錢交給首席天鵝，交給牠後大家都在談論最近失去未來希望的事，讓主角有點些擔心，看見夥伴開朗的笑容之後也暫時忘了煩憂了，接完任務後，主角在夢中又夢見那奇怪的夢了，起來後出門有人來探訪，原來是保母蟲的小孩不見了，於是主角們前往「シキサイの森」去尋找寶包繭 。
走到最上面後終於找到牠了，之後保母蟲也送你一些獎勵。隔天醒來之後得知城鎮廣場有一隻來路不明的神奇寶貝 ，過去後得知原來是月精靈，而且畢力吉翁也認識牠，原來牠和太陽精靈2隻一起調查大冰河，但詳情還是要等牠復元後才明瞭，於是回去接任務。隔天前往城鎮得知原來牠和太陽精靈二人在研究不思議探險入口有關的卡片，但因為一些原因而與太陽精靈失散了，於是夥伴決定要幫助牠找尋太陽精靈的下落，準備好後就前往「ドウコクの谷」。
「ドウコクの谷」走到最上面發現太陽精靈被圍困了，打敗東施喵和毒骷蛙 後就帶著太陽精靈回城鎮。回去後得知原來太陽精靈的卡片交給寶包繭保管了，於是才沒被壞人給搶走，一件事解決後隔天早上，主角和夥伴前往城鎮內市集上方的山丘，發現月精靈牠們在那邊聊天，這時夥伴提出希望牠們能加入自己的隊伍，沒想到牠們也有意願，加入牠們後就要等著他們的卡片研究完成後才能去前往大家覺得神秘的大冰河，在這之前要先去接任務，順便等待研究完成。
隔日沼王和主角們說要去大冰河前要有人留守才行，這時畢力吉翁跳出來自願負責這項工作，接著前往城鎮山丘找月精靈後，先去接任務，隔日之後導電飛鼠做了籤要以抽籤來決定誰留守，結果土龍弟弟抽到，但大家爭相跳出來要留守，但土龍弟弟還是決定要留守，並且要畢力吉翁前往大冰河。接著前往山丘上找月精靈，決定要前往之後再和牠對話選擇前往，集合大家後發動前往大冰河的入口，這時導電飛鼠要土龍弟弟去探險，於是最後是把自己給留下了，而主角一行也出發前往大冰河。
到了大冰河的入口處後，決定好要編組的隊伍後開始冒險 ，經過重重關卡之後終於到了大冰山的內側，這時發現了像水晶的寶物，原來是可以留下自己聲音的奇妙物體，但有一個曾經留下聲音的水晶在旁邊，解開後竟然是畢力吉翁之前的好友凱路迪歐留下的，但畢力吉翁似乎與凱路迪歐之間有什麼事情…，於是繼續往前走去尋找真相…。
走到最上面碰到泥偶巨人，打倒後這時主角的夥伴和隊友們很痛苦，然後酋雷姆也現身了，突然一道閃光主角牠們離開了原來的地方，後來酋雷姆說剛才那裡很危險才把主角們帶離，後來詢問酋雷姆也沒有凱路迪歐的下落，讓畢力吉翁很失望，酋雷姆說完後就消失了並且留給主角一行許多寶物，看來這次的大冰河冒險非常成功。
隔天要出門時，夥伴被導電飛鼠的惡作劇嚇了一跳，接著繼續去接任務，過了幾天後導電飛鼠前來說天空中有亮光，於是主角一行前往城鎮山丘查看，空中的光球似乎讓城中的神奇寶貝們有些不安…。繼續接任務，幾天後主角又夢到有神奇寶貝向他求助了，原來是食夢夢 ，牠要主角去救牠和這個世界，隔日醒來後主角向大家說明自己是人類等…一切所有的事，讓大家都嚇了一跳，之後主角和夥伴決定要去救食夢夢 ，於是前往城裡山丘那找月精靈，就可以傳送到「ゲノウエア間道」。
往深處走到一個休息處時，夥伴建議主角先睡一覺再前進，但主角在夢中又碰到食夢夢在求救，於是醒來後趕緊上路再出發，到了森林最上面發現食夢夢 ，但這時上次的東施喵和毒骷蛙也出現了，原來牠們是一夥的，食夢夢露出了真面目，原來牠想要抓住主角，這時夥伴和主角趁亂逃跑時也分別走散了，於是主角為了逃命繼續往前進，走到最上面被毒骷蛙和牠的手下包圍了，順利打倒後另一批敵人又出現了，正當危急時突然三頭龍現身來救主角離開…
醒來後和三頭龍繼續逃亡，到了山谷深處後在一個地方休息，三頭龍和主角說酋雷姆和食夢夢是一夥的，而大冰河內的冰觸體是由神奇寶貝的負意識所結合而成的，再這樣下去這個神奇寶貝世界會滅亡，休息完後繼續往前進…逃到最上面後傳來東施喵的聲音，說夥伴被牠們抓走了，主角和三頭龍前去救牠，到了最上面和食夢夢牠們展開了追逐戰，在三頭龍的掩護下主角和夥伴逃了出來，後來和三頭龍一起穿越沙漠要回城鎮。
就快到終點的時候，這時酋雷姆突然出現把三頭龍給打到消失了，原來三頭龍只是一個生命之聲創造出來的，代表著神奇寶貝世界的希望聲音，這時酋雷姆攻擊主角，當主角危機之時夥伴跳出來阻止，酋雷姆於是停手，但牠和夥伴說這世界很冷淡，冰觸體也因為神奇寶貝們的負面意識而越來越壯大，這世界遲早都會滅亡，而酋雷姆選擇了這條滅亡之道，說完就走掉了。
這時導電飛鼠牠們終於趕到，並且將主角牠們帶回城鎮，後來主角醒來後，夥伴說明了整個情況，並且說服隊友們幫忙一起來救這個世界，回去休息後隔日早上夥伴向城鎮的神奇寶貝們說明，但大家後來看到大冰河的異樣後都嚇跑了，回去後正當主角一行人失望之時，小約克前來問主角們如何救這個世界，後來大家也都前來了，讓主角和夥伴們看見了希望。
後來夥伴決定要前往大冰河，醒來後前往城裡山丘去找夥伴，然後大家一起前往大冰河，走到最上面後這時暴蠑螈 包圍了主角，打倒牠們太陽精靈與月精靈來幫助主角前往上空的冰城，走到上面發現導電飛鼠他們被東施喵包圍了，把牠們擊倒吧。之後繼續往上走，此時月精靈牠們也發現了倒在路邊的凱路迪歐，後來主角上到深處後碰到食夢夢牠們，打倒牠們後月精靈和凱路迪歐也出現了，這時食夢夢說牠覺得這世界非常冷淡，大家也都沒有希望，與其這樣不如一起消失，夥伴勸說食夢夢牠們一起解救這個世界並相信大家，而同時畢力吉翁和凱路迪歐也解開了誤會，但這時冰柱突然倒下，結果食夢夢救了主角和夥伴，並且要主角牠們加油。
再來往前走到最深處碰到了酋雷姆，擊敗牠後走向裡面冰觸體的所在地方，經過幾次的對戰再加上大家的聲援，終於擊破冰觸體，在冰城掉落之時大家也突然回到了城鎮，夥伴覺得是酋雷姆救了大家，這時希望彩虹也出現了，大家很開心這個世界得救了，晚上的時候大家也開慶祝會，在主角前往城鎮山丘時，這時三頭龍也出現了，並且向主角說必須要回到人類世界了，到時除了必須要離開大家以外，同時城鎮裡所有大家關於主角的記憶都會消失，這時主角想起當時夥伴說的，如果不知道怎麼回人類世界，就和牠在一起的約束，讓主角有點落寞。
隔天早上主角不忍心叫醒夥伴，於是自己偷偷前去找三頭龍，這時三頭龍也準備讓主角回人類世界了，這時經過樂園上空時發現夥伴出門，並且和大家看著上空的自己，照理來說應該大家的記憶都消除了，但三頭龍準備了以前在大冰河撿到的可以錄音的寶物，原來三頭龍前一天就拿給夥伴錄下牠們想說的話，「我們是不會忘記你的，當你變成光時，我們會抬頭看著你，笑著送你離開的」，對照大家留下來的話，主角發現，原來大家並沒有忘記自己，雖然不能再和夥伴繼續一起了，但在牠的祝福下，充滿了滿滿的幸福…這時本作劇情就暫告一段落。
後來城鎮的神奇寶貝們一直沒有忘記主角的事，同時三頭龍和凱路迪歐也加入夥伴的團隊中，然後這時就要操作夥伴來進行任務，過了幾天之後三頭龍召集大家說其實有方法可以讓主角回來，但這個地方必須只能讓主角的夥伴獨自前往才行 ，夥伴必須要前往「世界のへそ」去，到了最上面後夥伴和三頭龍一起呼喚主角回來，最後終於也讓主角回到了神奇寶貝世界。
接下來就齊心和夥伴一起建造屬於自己的樂園吧！