X、Y版與前一世代(第五世代)差異表

招式威力、屬性等及效果資料有更改或新增

本作的招式許多威力有提升或下修、屬性更換，效果也有更換，同時也新增了許多妖精系的招式。

新增屬性「妖精系」，部份神奇寶貝屬性變更

例如瑪力露新增妖精系，布盧從原本普通系變成純妖精系。

新增特殊進化方式及メガ進化

例如等級提升時必須將3DS倒過來才能進化、下雨天氣時等級提升才能進化等…。同時利用主角的手環可以使部份神奇寶貝進行メガ進化，メガ進化的時候也會變化樣貌。

戰鬥背景可進行破壞獲取道具

部份戰鬥場地使用招式「山崩地裂」後會破壞後面的背景(岩石等)，而獲得特殊道具。