名偵探皮卡丘 新組合誕生

發售日期：2016年2月3日

劇情攻略：

一開始主角因為要找父親而遇見了偵探皮卡丘，先是碰到長尾怪手把小女孩的項鍊搶走了，往前去調查會發現是沾了蕃茄醬的長尾怪手搶走項鍊的，牠是逃往中間走道往公園的方向，過去時發現長尾怪手倒在地上，項鍊也不見了，展開調查發現疑似黑色羽毛的鳥神奇寶貝把項鍊搶走的，再進去調查後發現黑色羽毛的持有者是黑暗鴉，並且發現他的巢在公園左側池子旁的大樹。

詢問後黑暗鴉表示項鍊不是牠拿的，到公園中央樹林調查結草兒群，再到公園到處詢問進行推理，得知結草兒會因為附近環境變成3個種類，結草兒身邊的草與公園打掃的女生證詞結合得到結論，這時前去結草兒那選「葉子」這個答案，最後成功找到項鍊，順利還給小女孩。

之後與皮卡丘到事務所打聽父親下落，離開事務所回到父親原本住的房子內找線索，首先在窗戶旁的櫃子調查，再去電視上的罐子找到鑰匙，打開櫃子發現地圖，之後前往洞穴調查。

到了洞穴內發現2個女生被冰鬼護困住，解危後調查四周情況，之後把被岩石壓住的包包撿起，調查之前錄的影像發現附和氣球，可以利用牠來離開洞穴脫困，調查後選畫面下方的推理「メモ」，依序選燭光靈、飄飄球、嗡蝠，再選燭光靈、飄飄球、附和氣球，找到後調查得知需要強風才可以利用附和氣球脫離。

這時與冰鬼護對話，請他用急凍光線將右邊的河凍住，走過去後發現右邊岩壁有石頭擋住，必須要在洞內找到可做成破壞工具的物品，四處找尋可用的道具，選畫面下方的推理「メモ」，依序放木棒、皮帶(向女記者對話借取)、尖石，之後就完成工具製作，破壞岩石之後順利逃出。

隔天在事務所樓下咖啡廳與店長聊天，之後前往PCL神奇寶貝研究所調查父親下落，先和所長打完招呼後並前往研究室，之後到會議室的白板上發現提示，然後在走廊右側發現要通往中庭的門需要密碼，前往左下方資料室的盆栽會發現密碼提示，選下方推理「メモ」，依序放上洛托姆、朽木妖、火狐狸，可獲得密碼進入中庭。

在中庭、右邊幾個研究室來回調查及收集樹果、材料等，再回中庭向研究員對話，選第4個製作壺壺果汁的選項，之後選紅色、黃色的樹果進行調配，可製作出橘色果汁，之後拿去給鑰圈兒，這時要牠打開右邊倉庫，在裡面就會找到要找的試管了。

隔天再到研究所中庭，電視台的女記者也來採訪，過程中突然朽木妖大暴走，這時進行調查，可查出可能是以前住在這裡的神奇寶貝做的，全調查完後選方的推理「メモ」，在謎之神奇寶貝的選項依序選耿鬼及報告2，再選第2個選項，之後去資料室與皮卡丘對話後找到耿鬼，牠會逃到會議室裡面，從所長口中可得知要去倉庫拿補獲裝置才能抓住牠。

抓到後詢問耿鬼後前往資料室，在資料室其中一個書架上依序按黃、藍、綠、紅的書本，會出現密道前往地下室，調查後再去門口的監視器後召集大家，並且犯人選「カルロス」，再選第3個選項，再選第2個選項，之後再選第2個選項，最後查出他和主角父親事故有關，之後他就被警方帶走了。

之後主角被叫去事務所，聊完後皮卡丘建議去父親的事故現場調查，這時超夢出現在夜空中，而故事就暫時在這結束了。