一、開始至美樂美樂島劇情結束
一開始的時候輸入自己基本資料與角色，再來到樓下會碰到庫庫伊博士，之後再上去打開箱子拿包包與帽子。拿完後出家門往左上沿1號道路走，與博士碰頭在利利小鎮，再來博士要你上去找島嶼之王，往上深入會碰到莉莉艾與他包包裡的 寶可夢，這時幫忙解決他們碰到的麻煩，之後主角會獲得道具。回到鎮上見到了島嶼之王「哈拉」，他讓主角從御三家中選一隻做為旅行的夥伴，然後博士也給主角一些旅行用裝備，接下來碰到了哈拉的孫子 「哈烏」與你進行對戰，打完後哈拉說要幫主角暫時保管剛才得到的神秘道具，接下來就回到主角的家。
隔天出門和博士前往1號道路，他會教你怎麼抓寶可夢，之後往上走至利利小鎮，在那與哈烏再次進行對戰，打完後哈拉會給你Z手環，之後回到家之後出門莉莉艾要主角一起去找博士，往下走就到達博士的研究所，進入後獲得特別的圖鑑及諸島巡禮所需要的通行證 【之後可以進行通信交換】，之後出去往左上方找到莉莉艾，這時她會帶你進寶可夢中心介紹裡面的設施。 再來往左走與莉莉艾進入訓練家學校，這時博士會給主角學習裝置，再來必須要戰勝裡面的4個訓練家， 打完後至學校2樓與老師進行對戰，結束後由莉莉艾帶至市中心，這時往左走進入海灘區，一直往上走會碰到哈烏，進入詢問處升級圖鑑，出來時會有人向主角說明圖鑑拍照功能， 再來往上走莉莉艾會給主角隱形眼鏡盒，可以換眼瞳的顏色。
再來一路往下的港口走，這時碰到伊利馬隊長與骷髏隊的人，打倒骷髏隊之後要和伊利馬隊長進行對戰，獲勝之後往上走進入2號道路， 往上走後往右進入果樹園發現骷髏隊的人，打倒之後繼續往上走會碰到哈烏，之後再往前走會碰到伊利馬進入洞窟試驗，要打倒在裡面的3隻寶可夢，中途骷髏隊的人會來阻礙主角，打倒後再繼續完成試驗，3隻寶可夢打倒後再往裡面走拿Z結晶，這時必須要打倒這裡的霸主寶可夢拉達，完成試驗後獲得「一般Z」(Z結晶)。
出來之後庫庫伊博士會向你介紹Z招式使用的方式，接下來往3號道路旁進入美樂美樂花園發現莉莉艾，要幫忙把她的小星雲找回來 ，找到後出來與哈烏進行對戰，打完後回利利小鎮與島嶼之王哈啦進行大考驗，打倒他後獲得格鬥Z(Z結晶)，之後也獲得肯泰羅的騎乘裝置，可使用來撞開岩石，再來就必須要回家與媽媽對話，對話完後前往好奧樂市的碼頭與博士一行前往阿卡拉島。
二、阿卡拉島劇情
到達之後會碰到隊長與島嶼之王，再來隨莉莉艾往左上方至聽濤酒店前，這時會碰到有人和主角對戰，打完後獲得「基格爾德多面體」(收集細胞用)，再來往酒店前右方的4號道路前進，途中經過歐哈納鎮和哈烏對戰，打完後繼續往上走，經過牧場時會碰到隊長瑪奧，她會給你長毛狗的騎乘裝置，再來往前走會碰到哈烏與格拉吉歐，打倒他之後往左走進入潺潺之丘去見隊長水蓮，見到她後 會先給你拉普拉斯的騎乘裝置，然後要你一路調查中間的水花，到了最底部要通過她的考驗「打倒霸主弱丁魚」，結束考驗後獲得「水Z」(Z結晶)與釣竿，之後會送你回5號道路上的寶可夢中心前，往下走與小弟對話後原本擋在中間的「樹才怪」就離開了。
繼續往下走會碰到骷髏隊的人，打倒他們之後往皇家巨蛋前進 ，進入後會進行皇家對戰的體驗挑戰，打完後碰到隊長卡奇，他會要去你7號道路找他進行考驗，往右上進7號道路，在左側有通道可進入維拉火山公園，到最上面遇見卡奇進行考驗，要觀察跳舞的動作不一樣的地方，連續2題答對後第3題答對就和霸主寶可夢對戰，打贏後完成試驗獲得「火Z」(Z結晶)，然後也獲得噴火龍的騎乘裝置，選項也增加了「寶可渡假地」可使用。
之後7號道路往上走可進入8號道路，在8號道路上碰到阿克羅瑪博士會給你招式機，再來前進至森林會見到隊長瑪奧，她的考驗是要你收集4樣材料，分別為芒芒果(樹叢旁)、小蘑菇(蘑菇群中挑選)、復活草(長草叢內調查)、奇跡種子(撞石頭後的地上調查)，收集好後回入口與瑪奧對話，再來要打倒霸主寶可夢「蘭螳花」，結束後獲得「草Z」(Z結晶)。
再來庫庫伊博士出現與主角對話，結束後利用噴火龍騎乘裝置飛回慷待市，然後前往空間研究所3樓與裡面的人都對談，再來離開後前往地鼠洞穴遇見島嶼之王麗姿，她要你繼續往前走，途中會碰到骷髏隊的人，這時可以與哈烏一起對付他們，打倒後往前走 出洞穴後由9號道路往左下走進可霓可市， 然後前往寶可夢中心對面的寶石店，進入後大朝北鼻會給你信說島嶼之王麗姿要你去生命遺跡，這時由9號道路右側小路進回憶之丘，再往裡面走就會到了，途中會碰到骷髏隊的手下和幹部與主角對戰，結束後往裡走會碰到麗姿並且進行大考驗，打贏後獲得「岩石Z」(Z結晶)。
接下來利用噴火龍飛回慷待市，往右邊走就會來到豪諾豪諾度假地 ，進入建築物裡面以太基金會的札奧博會帶你去以太樂園，到了之後會到處介紹，之後去見理事長露莎米奈，這時會碰到UB獸虛吾伊德 ，這時無法收服只能打死牠，再來理事長會派人送主角至烏拉烏拉島。
三、烏拉烏拉島劇情
到了烏拉烏拉島後哈烏會要求與主角對戰一場， 再來往左走去馬利埃庭園找庫庫伊博士，找到之後博士要你去10號道路公車站等他，這時出來後往左走會碰到莉莉艾與「成也•大木」博士，他們都要主角去圖書館一趟 ，到上方圖書館和莉莉艾研究完阿羅拉傳說的相關故事後，再來往10號道路走，在公車站會與骷髏隊的人進行對戰，打敗他們後與庫庫伊博士一起上去輝克拉尼山。到達後去輝克拉尼天文台與管理者進行對戰，之後再進入天文台接受馬瑪內考驗，先聽聲音猜謎後最後再與霸主寶可夢「鍬農炮蟲 」對戰，打贏後獲得「電Z」與「鋼Z」(Z結晶)。
這時回馬利埃庭園找庫庫伊博士，結果發現骷髏隊的老大古茲馬並且與他對戰，打完之後往下方11號道路前進，接著通過迷你門進12號道路，這時哈普烏前來幫主角的騎乘裝置增加重泥挽馬，可以用來通過12號道路，再來往下走到13號道路，這時碰到哈烏與格拉吉歐，講完話後往左走會進入卡璞村 ，再來往左邊15號水路走，前往上面的以太之家，進入之後被小朋友強迫進行對戰，結束後阿塞蘿拉出現並且要你接受考驗，一出來發現莉莉艾被骷髏隊的人纏住，打跑後阿塞蘿拉要你往下走去舊址接受考驗，由14號道路往下走，在右側的超值超市舊址進入與阿塞蘿拉確認後，進入超值超市舊址就開始考驗，必須要用寶可搜尋鏡在裡面一一的找可疑點，然後拍照下寶可夢後進行對戰，總共3個可疑點解決後再往裡面走門就打開了，進入會與霸主謎擬Q進行對戰，結束後獲得「幽靈Z」(Z結晶)。
再來回15號水路的以太之家發現骷髏隊的幹部在那，打敗她後得知以太之家的小女孩的寶可夢被搶走了，這時前往15號水路上與有一位穿和服的人對話可獲得巨牙鯊的騎乘裝置，往上走經過16號道路、烏拉烏拉花園、17號道路後，在左邊17號道路旁與骷髏隊2人組打贏後可進入魄鎮，再來利用旁邊的小洞可以往前走，走到魄鎮裡面的建築物，在裡面要蒐集3個密語後才能進2樓中間手下把守的房間，再來去回答3個密語並且選「NO」選項就可以進入，進入後與老大古茲馬進行對戰，打贏後出去後前往以太之家。
回到以太之家後發現莉莉艾被帶走了，這時格拉吉歐衝進來要與主角對戰，打贏他後與他一起去碼頭，這時島嶼之王默丹也來了並且要與主角進行大考驗，打贏他之後就可以獲得「惡Z」(Z結晶)。之後前往以太樂園，與哈烏他們坐電梯上去碰到分部長札奧博並且與他對戰 ，之後和格拉吉歐往下後一路打倒以太樂園的人，到最右邊的房間與哈烏打敗裡面的人，再來調查該房間電腦後出去，坐電梯到1樓並且陸續打倒骷髏隊與以太樂園的人後往前去找理事長， 之後便與理事長進行對戰，打完後她和骷髏隊老大都消失了。
接下來格拉吉歐會給你大師球，再來離開後前往地下一樓碼頭與格拉吉歐對話，就可以前往下一座島嶼「波尼島」。
四、波尼島劇情
到達波尼島的「海洋居民之村」後，往前走會碰到這裡的團長並且對話，之後再往前走通過波尼原野，往右下走進入波尼古島見到哈普烏，之後哈普烏的奶奶會給主角怪力的騎乘裝置，接著往右下走通過波尼鼓浪岩岸到達彼岸遺跡，在裡面與哈普烏對話完後回海洋居民之村 ，回到村子後與團長對話前往椰蛋樹島，在島上探險完可獲得傳說的笛子。
回波尼島後前往波尼大峽谷，在入口處發現骷髏隊的人並且進行對戰，打完後幹部會送你「毒Z」(Z結晶)。再來進入峽谷入口處會與哈普烏進行大考驗，打贏她後可獲得「地面Z」(Z結晶)。再來正式進入峽谷內 的最深處會進行考驗，調查中間的發亮體會出現霸主型態的杖尾鱗甲龍，之後獲得「龍Z」(Z結晶)，再來繼續前往祭壇，然後要與莉莉艾一起吹奏笛子 ，吹完後莉莉艾的小星雲就會變化成封面神獸(索爾迦雷歐/露奈雅拉)並且開啟異世界的空間，進入後與理事長進行對戰。
理事長的隊伍【皮可西(LV50)/穿著熊(LV50)/夢妖魔(LV50)/美納斯(LV50)/裙兒小姐(LV50)】；打贏後離開異空間，再來要進行封面神獸(索爾迦雷歐/露奈雅拉)的捕抓。結束後默丹出現並且回主角是否需要帶領至聯盟，選「是」即可直接前往卡璞村的聯盟入口。
到了之後由村子上方入口處進去，接著與格拉吉歐進行對戰，打贏後繼續往上走 ，在裡面的洞窟可以拿到「冰Z」(Z結晶)，出去後往上走會碰到哈烏並且和他對戰， 再來往上走與庫庫伊博士對話後進入寶可夢聯盟，再來就要打4位訓練家，由左至右分別為
哈拉【鐵掌力士LV54/火爆猴LV54/好勝毛蟹LV55/穿著熊LV54/蚊香泳士LV54】
麗姿【古空棘魚LV54/隆隆岩LV54/鬃岩狼人（黑夜的樣子）LV55/小碎鑽LV54/大朝北鼻LV54】
阿塞蘿拉【勾魂眼LV54/破破舵輪/LV54/沙堡爺LV55/雪妖女LV54/隨風球LV54】
卡希麗【盔甲鳥LV54/禿鷹娜LV54/叉字蝠LV54/花舞鳥(熱辣熱辣風格)LV54/銃嘴大鳥LV55】
打完後進入坐上椅子，這時庫庫伊博士出現與你進行最終決戰
庫庫伊博士【鬃岩狼人（白晝的樣子）LV57/卡比獸LV56/九尾LV56/自爆磁怪LV56/勇士雄鷹LV56/太陽月亮御三家最終進化型(剋主角屬性)LV58】
結束後回利利小鎮，再來與莉莉艾進入遺跡與卡璞・鳴鳴 進行對決，打倒或收服可獲得卡璞Z。接下來隔天哈烏會來家裡找你出去，原來是莉莉艾要去關都，之後大家各自回家，結束1週目劇情。
五、 一週目後劇情
回到家後下樓碰到哈烏，並且會給你另外御三家其中2隻的Z石，也從哈烏那聽到了有關對戰樹的事。之後出來會獲得「奇異卡片」。
在波尼古道會碰到之前給主角「基格爾德多面體」的人並且進行對戰，打贏後獲得鑰石(需要超進化的道具)與胡地進化石。 往右走進波尼鼓浪岩岸後，再往上通過波尼曠野就會來到對戰樹，這裡可以透過與電腦對戰獲得BP以換取道具。
接著前往8號道路的旅館內觸發帥哥事件，然後要和莉拉進行戰鬥，結束後前往以太樂園，在以太樂園2樓上方會碰見格拉吉歐並且會送給主角「屬性：空」(LV40)， 再來去地下2樓與碧珂見面，之後往右走第1間研究室與以太樂園人員對話會獲得「基因之楔」、「懲戒之壺」、「心之水滴」，再來第2間與碧珂對話會獲得10個究極球，接著回到8號道路的旅館報告後，前往第1隻UB異獸「虛吾伊德」出現地點 ，可能會出現在維拉火山公園或地鼠隧道(隨機，只有1隻的機會)，抓到後再回去8號道路旅館和帥哥報告。
報告後這時又再度出現第2隻UB異獸，再來前往美樂美樂島的2號道路上的汽車旅館內找到莉拉對話，這時會從帥哥手上獲得10個 究極球，然後前往第2隻UB異獸 【太陽版是「爆肌蚊」；月亮版是「費洛美螂」】出現地點，就在2號道路上的蔥鬱洞窟內 ，要全部抓完(太陽版2隻、月亮版4隻)後到2號道路上的汽車旅館和帥哥報告，接著回8號道路旅館。
回到8號道路旅館後會與茉莉進行對戰，打贏後帥哥給你10個究極球，之後前往樹蔭叢林或回憶之丘去捕抓第3隻UB異獸「電束木」總共2隻，全抓完後回8號道路旅館和帥哥報告，再來去13號道路的旅館，對話完後帥哥會給你10個究極球，接著去抓第4隻UB異獸【太陽版是「紙御劍」；月亮版是「鐵火輝夜」】，就在哈伊納沙漠或馬利埃庭園，要全部抓完(太陽版4隻、月亮版2隻)，抓完後再回去13號道路旅館和帥哥報告。
報告後前往海洋居民之村左下角的餐廳，在那邊會和島嶼之王默丹進行對戰，之後再來前往終結洞窟的最深處去捕抓第5隻UB異獸「惡食大王」， 終結洞窟在波尼花園的裡面，抓到後回去餐廳和帥哥報告，之後去以太樂園地下2樓研究室右邊，報告後就完成UB異獸任務可獲得賞金，之後前往十克拉山丘最深處的空洞有機會碰到傳說寶可夢「奈克洛茲瑪」並進行捕抓。