一、第1至第2道館
一開始選你要玩的語言，再來博士會要你進行主角及競敵的設定， 出門後往上走會發現博士在草叢內，這時突然寶可夢衝出來(伊布/皮卡丘)，收服後結果寶貝球跑回博士研究所，回到研究所後點選寶貝球牠就會跳出來與主角互動，之後往北邊的城市前進，途中可收服一些寶可夢，抵達城市後前往商店前與人對話，結束後回到博士研究所，再來要與競敵來一場對戰，結束後離開前會有女生教你如何與寶可夢互動，再來往前走通過下一個城市就會進入2號道路。
再往前走就會進入常青森林內，通過森林會來到深灰市，這時可前往道館挑戰(建議使用水、草屬性招式)，打敗道館館長後可獲得招式機01與徽章，再來往右邊3號道路前進，打完路上訓練家後進入月見山內，裡面會遇見火箭隊並且要擊敗他們，之後抵達華藍市並且可前往道館挑戰(建議使用電、草屬性招式)，打敗道館館長後可獲得招式機29與徽章，打完後往華藍市上方走中途會遇到競敵並且要和主角對戰，打贏後持續前進，到上後再往右走會來到正輝研究所，進入發現正輝變成寶可夢了，幫他回復原狀後 他會送你船票，回到華藍市這時前往原本君莎小姐檔住的房子，進入房子後走後面的小路可進入5號道路，往下走會遇到競敵，對話完後走進去地下通道，通過通道上來後就會來到6號道路，通過6號道路往下走就會進入枯葉市。
二、第3至第4道館
在枯葉市寶可夢中心下方，在皮卡丘版抓5隻卡蒂狗、在伊布版抓5隻喵喵給1位女生看的話，就可以獲得風速狗；再來前往枯葉市下方的聖特安努號客輪，中途會和競敵對戰，之後到最裡面找到船長學會「袈裟斬」，再來就可以利用袈裟斬進入枯葉市道館，進入後需連續調查2個垃圾桶(會相鄰在旁邊)並按下開關才能解開電氣鎖與道館館主對戰(建議使用地面屬性招式)，打贏後獲得招式機36與徽章。
出來後小霞要你前往地鼠洞穴，通過後會來到2號道路，下方有一位研究員與他對話可學會「炫光閃」 ，結束後競敵會帶你到9號道路，往右走進10號道路會碰到火箭隊，這時四天王的科拿與你一起戰鬥，打贏後門右走進入岩山隧道，通過隧道來到了紫苑鎮，進入鎮內的寶可夢塔在2樓會與競敵對戰，打完後往上到3樓競敵被幽靈嚇到跑掉了，這時回到紫苑鎮寶可夢中心左下方發現火箭隊把卡拉卡拉帶去玉虹市了，往左走進入8號道路並且利用地下通道前往玉虹市，到達後可前往下方道館進行挑戰(建議使用草、火屬性招式，另外道館館主及裡面訓練家寶可夢等級30等至34等、以及會使用許多異常狀態招式，需準備多一點解狀態的藥和傷藥)，打贏後獲得招式機53與徽章。在玉虹市會碰到小剛他會給你道具「茶」。
接下來前往玉虹市正中間的遊樂場，進入後與右上角火箭隊的守衛進行對戰，打敗他後點選他後方的海報之後左上方就會出現前往地下的通道，進入是火箭隊的秘密基地， 基地內有電梯到老大在的地方但是需要鑰匙，需要走到基地最左邊裡面與一名火箭隊員打，打敗他後他會把鑰匙扔上管線道，這時要利用旁邊的排風孔與桌子旁的椅子讓伊布順利拿到鑰匙，再來去坐電梯到火箭隊首領阪木老大所在位置，打敗他後可獲得「西爾佛檢視鏡」並且救助卡拉卡拉。
回到玉虹市在遊樂場門口有一男子與他對話可學會「凌空渡」。
這時再回到紫苑鎮的寶可夢塔就可破解幽靈之謎，原來是卡拉卡拉死去的母親，送牠回天上就可以繼續往上走到頂樓找到富士老人，這時需要打敗火箭隊3人組，打贏後富士老人會送你「寶可夢之笛」，這樣就可以叫醒擋在路上的卡比獸了。另外可使用小剛送的「茶」就可以從紫苑鎮往左進入金黃市了。
三、第5至第6道館
進入金華市後可先去上方的格鬥道場 ，打敗館長後可選飛腿郎或快拳郎，再來到市中心的西爾佛公司大樓，進入後會在1樓與青綠對戰，再來至3樓中間的房間傳輸點可直達通過火箭隊老大所在處，進入社長辦公室打敗阪木老大後社長會送你大師球，再來可前往右上方的金黃市道館進行挑戰 【由於道館等級約41至45等，因此建議先至別處(往淺紅市路上)打訓練家提升自己寶可夢等級】(建議使用惡屬性招式)，打贏後獲得招式機33與徽章。
再來由紫苑鎮往下或是玉虹市往下走都可以到達下一個道館的所在地「淺紅市」，到達該市後上方是「GOPARK」可以和PMGO連動的地方，然後下方沙灘處會發現火箭隊在那並且拿到假牙這個道具，然後拿去該城市寶可夢中心右邊的小房子內與園長對話可學會「推山掌」，然後可以前往該道館與道館館主對戰(建議使用超能力屬性招式)，打贏後獲得招式機27與徽章。
打完後在「GOPARK」門口左邊與有一位旁邊是拉普拉斯的男子對話可學會「水上飄」，這樣就可以準備渡海了。
四、第7至第8道館
從淺紅市沿著19號水路、20號水路會來到雙子島，裡面需要使用「推山掌」技能將巨石往洞裡面推，使其掉至水中擋住水流才有辦法在裡面渡河通過，在裡面可捕獲急凍鳥，從雙子島出來後往左就可來到紅蓮鎮。
到紅蓮鎮可先至紅蓮研究所，裡面會有人幫你把化石復活成寶可夢。再來前往寶可夢屋，要到不同房間就必須要去按雕像才能切換門，到最底部房間後可拿到鑰匙才可以去挑戰道館。挑戰道館前要回答問題，之後就可以進行對戰，紅蓮鎮道館的館主是使用火屬性寶可夢(建議使用水、地面 、岩石屬性招式)，打贏後獲得招式機46與徽章。
再來可用秘術飛到常青市， 在常青道館門口會遇到競敵，之後對話回大木博士研究所會拿到鑰石(可超級進化用的)及超進化石，出來之後會有一個女生說常青道館已經可以進行了，這時再前往常青道館 進行挑戰(建議使用水、草屬性招式)，打贏後獲得招式機41與徽章。
五、寶可夢聯盟
蒐集完8個徽章之後就可以從常青市左邊進入22、23號道路，再來通過冠軍之路(洞穴裡需推石頭至按鈕上才可解除門鎖)，在冠軍之路會有火焰鳥可捕抓，通過之後就會來到寶可夢聯盟所在地「石英高原」。 接下來可以進入聯盟挑戰四天王與冠軍(競敵)。
四天王分別使用寶可夢如下
第1位-科拿
Lv.51白海獅Lv.51迷唇姐Lv.51呆殼獸Lv.51刺甲貝Lv.52拉普拉斯
第2位-希巴
Lv.52大岩蛇Lv.52蚊香泳士Lv.52飛腿郎Lv.52快拳郎Lv.53怪力
第3位-菊子
Lv.53阿柏怪Lv.53大嘴蝠Lv.53雙彈瓦斯Lv.53耿鬼Lv.54耿鬼
第4位-阿渡
Lv.54海刺龍Lv.54化石翼龍 Lv.54暴鯉龍Lv.54噴火龍Lv.55快龍
冠軍-競敵
Lv.56大比鳥（Mega）Lv.56霸王花Lv.56嘎拉嘎拉Lv.56烈焰馬Lv.56呆殼獸Lv.57雷丘
六、一週目之後
結束後回到真新鎮得知華藍市旁的洞窟已經可以進入，可以前往深處前往捕抓超夢。抓完超夢出來再進入原本抓超夢的地方會出現小藍，與她對戰後可獲得超夢進化石。
各地有各別寶可夢大師，可以前往挑戰獲得稱號。另外打倒6個大師以上就會在石英高原出現赤紅，可以向他對戰。