拿到車票後前往木桿鎮車站坐車，就可以到鎧之孤島，到達後會碰到一個人與你對戰，之後前往武鬥道館，得知任務要抓3隻飛毛腿呆呆獸，在出道館追之前可先去右邊的房間，和海德對話後就可進行機器鹕合成道具了；出道館往上方草原方向去追3隻飛毛腿呆呆獸，陸續追到打倒牠們後回道館，完成第1個師傅給的任務後會請師母給你傑尼龜或妙蛙種子2選1，未來這2隻是可以進行超極巨化。
接下來要出外去採隻3個極巨菇菇，這時前往最北邊的熱身洞窟裡面，進入後就會看到極巨菇菇，但這時常找你麻煩的人要找主角對戰，打敗後回到道館交付後第2個任務也完成了。
再來師傅給你的第3個任務是要和那位找麻煩的對手進行對戰，打贏後師傅會送你一隻叫「熊徒弟」的寶可夢，師傅會請你帶熊徒弟去4個地方看風景，這4個地方分別在圓環海灣、戰鬥洞窟、挑戰之路惡之塔、鍋底沙漠會有他的徒弟在那，只要和他們對話就可以和熊徒弟看風景，如果等級練到很高不需全部都看過，看其中1、2個就完成條件，再來就回去道館找師傅。
再來師傅會要你選前往水之塔或是惡之塔(需要熊徒弟70等後)，不同的塔會影響熊徒弟進化的型態，水之塔將來進化有格鬥與水系、惡之塔將來進化有格鬥與惡系。選其中1座並且一路對戰，到達最上面之後會和師傅戰鬥，打完後給熊徒弟看掛軸就會進化。
回到道館後發現競敵也在那，師傅要主角找尋特別食材可讓部份寶可夢可以喝極巨湯的，再來和競敵前往專注森林，競敵說要去尋找裙兒小姐和啃果蟲請這兩隻寶可夢吧給食材「蜜汁」，結果會在森林裡找到百合根娃娃，似乎牠和媽媽走失了，再往裡面走會碰到裙兒小姐並且帶牠回百合根娃娃的位置，然後牠們就會贈送蜜汁給主角。 再來往裡面走與競敵找尋啃果蟲，在第1次被牠逃跑後只要在森林繞一下，再回到原本競敵附近的樹果樹上就會發現，之後發現他的蜜也不是需要的，於是競敵提議前往六角形的島嶼尋找蜂女王。
前往左上方外海的六角形島嶼，和競敵對話後搖樹，這時就要打蜂女王的極巨團戰，打倒後會獲得極巨甜蜜，再來回武鬥道館交差後，就可以和師傅進行最終的對戰，打師傅之後鎧之孤島主劇情就完成了。