一、開始至第一道館
一開始選你要玩的語言接著進行設定，再來是有關遊戲及對戰極巨化介紹，之後在房間拿起自己包包就可以出家門，出家門往右走到底進入房子對話，再來出來後往左前往中間上方1號道路，直走後會看到冠軍在那和大家聊天，之後他會讓你選擇一開始旅行可帶的寶可夢(敲音猴、炎兔兒、淚眼蜥)。隔天會和競敵進行一場對戰，打完後左邊的路可以通過了，再來往左邊進入微寐森林。
進入森林後走到最深處開始起霧了，這時遇到了不明的寶可夢，進入戰鬥後攻擊也對牠無效，之後不明寶可夢讓霧越來越大，最後主角什麼都看不到了，醒來之後發現冠軍也在森林裡面，離開森林後回到家找媽媽對話，再來往上方1號道路前進就可來到下一個城市 木桿鎮。
這時前往木桿鎮右邊角落的研究所，這時冠軍在外面，與他進入後可獲得寶可夢圖鑑，再來往右上方走會來到寶可夢中心，然後往上走可進入2號道路，往前走一路上會有不少訓練家與你對戰，再來會看到 木蘭博士的家，這時競敵與冠軍也在那 ，再來會與競敵對戰，結束後會撿到許願星並且博士隔天將他變成「極巨腕帶」送給主角，再來走回木桿鎮中間的車站去搭車，上車前媽媽會給露營組合。
中途會因為事件下車，而在車站與旁邊的2人對話，如果之前有玩letsgo系列遊戲，可獲得伊布或皮卡丘(視之前玩的letsgo版本)，出來後往前走博士的助手會給寶可夢盒，可以隨時存放寶可夢，往前進入曠野地帶可挑戰極巨化的寶可夢，穿過一大片原野後就會來到機擎市，到寶可夢中心會碰到博士助手，再來往前走就會碰到冠軍，這時他會送你道具，往上走進入競技場辦參賽手續，出來後會有人帶你去旅館要辦住宿手續，這時櫃台有吶喊隊的人擋住，與他們對戰三場後會有一位叫瑪俐的人出現，再來就可以辦住宿手續了。
隔天醒來前往競技場參加開幕典禮，結束後往左走會和競敵進行對戰，再來往左陸續進入3號道路、伽勒爾礦山(會和彼特對戰)、4號道路，通過後就會來到草路鎮，這時先到左邊山丘找博士助手索妮亞，再來就可以前往道館進行對戰，每個道館都會有不同任務解完才可進行與道館館主對戰，草路鎮道館館主使用的是草系寶可夢，打贏後獲得徽章和招式學習器10「魔法葉」。
二、第二道館至第四道館
再來往右走進入5號道路，過橋會遇到吶喊隊的人，打贏他們就會獲得自行車，再往前走會和競敵對戰，之後就可進入水舟鎮。進入後會碰到會長一行人，再來前往道館右邊燈塔去道館館主，再回道館進行挑戰，水舟鎮道館館主使用的是水系寶可夢，打贏後獲得徽章和招式學習器36「潮旋」。
接著前往該鎮的海鮮餐廳與會長一行對話，之後索妮亞會給你招式學習器79，往右走進入第二礦山會和彼特對戰，打贏後繼續往內走會碰到吶喊隊，與競敵一起打敗他們，再來往左下走會碰到道館館主，再往左出洞口 會回到機擎市，前往旅館會和瑪俐進行對戰，打完後隔天就可以去競技場打道館館主，機擎市道館館主使用的是火系寶可夢，打贏後獲得徽章和招式學習器38「鬼火」。
再來進礦野地帶往上向拳關市走，進入拳關市會碰到會長一行人，再往拳關市競技場走，過程中會長會解說伽勒爾地區能源使用情況，之後前往左邊6號道路上的寶物庫，進入找索妮亞對話後出來持續再向6號道路左邊前進，途中會碰到吶喊隊，打敗他們後直走就可以到達溯傳鎮，在鎮上會和競敵對戰，再來去挑戰道館館主，溯傳鎮道館館主 如果是劍版的人使用的是格鬥系寶可夢，打贏後獲得徽章和招式學習器42「報復」、盾版的人使用的是幽靈系寶可夢，打贏後獲得徽章和招式學習器77「禍不單行」。
三、第五道館至第七道館
出來後和索妮亞一起前往左邊的遺跡發現彼特在破壞，打敗他後會長一行人也來並且阻止彼特，之後也發現了遺跡另外的秘密，事件結束後從溯傳鎮競技場右邊道路進入迷光森林，通過森林就會來到舞姿鎮。
進入舞姿鎮可以前往競技場與道館館主對戰，舞姿鎮道館館主使用的是妖精系寶可夢，打贏後獲得徽章和招式學習器87「吸取之吻」。 之後和館主波普菈回到拳關市，到拳關市中間會碰到彼特，這時波普菈表示要帶他去修練，離開結束後往右走可進入7號道路，在橋上會和競敵進行對戰，繼續走通過8號道路就會來到戰競鎮，這時可以去競技場挑戰道館館主。戰競鎮道館館主 如果是劍版的人使用的是岩石系寶可夢，打贏後獲得徽章和招式學習器48「岩石封鎖」、盾版的人使用的是冰系寶可夢，打贏後獲得徽章和招式學習器27「冰凍之風」。
再來去鎮上的餐廳，之後會一起去英雄之泉並且在那和競敵對戰，打完後往右下走進9號道路，這時會碰到吶喊隊的人並且對戰，獲勝後你的自行車就可以改裝成在水上也能行走，通過9號道路會來到尖釘鎮外圍但是無法進入城鎮，這時瑪俐會要你走旁邊進入，但是進城前要先打贏他。獲勝之後進入城鎮就直接進入道館挑戰，尖釘鎮道館館主使用的是惡系寶可夢，打贏後獲得徽章和招式學習器85「大聲咆哮」。
四、第七道館至一週目完結
之後出去在9號道路發現冠軍在處理事件，再來往左一路走經過7號道路回到拳關市，在競技場前會觸發劇情，之後就可以去挑戰道館館主。前往拳關市競技場和道館館主奇巴納進行對戰，他使用的是龍系與地面系的寶可夢，打贏後獲得徽章和招式學習器99「廣域破壞 」。
結束出來後會觸發劇情，再來往右邊的車站坐車可到達10號道路，10號道路持續往上走就會來到宮門市。 來到宮門市可以前往競技場進行對戰，陸續打倒瑪俐和競敵後會回到飯店，之後再出來和聶梓、會長秘書對話後要在宮門市內找出壞職員，前2次會在廣場附近、第3次在廣場旁電話亭，打敗他後在聶梓他們的幫忙下來到洛茲大廈。
在洛茲大廈坐電梯一路往上對戰，在頂樓和秘書奧利薇對戰，打完後觸發劇情。隔天從飯店再前往宮門市競技場，一開始會先和彼特對戰，再來要和3個道館館主對戰，打完正要和冠軍對決時洛茲會長突然出現並且發動闇夜的力量讓其失控，這時競敵與你會回到一開始出發旁邊的微寐森林。接著進入森林的最深處會觸發劇情，再來回到拳關市去競技場的地下區域，在地下工廠要和會長進行對戰，打敗他後和競敵一起上去與「無極汰那」對戰，打敗牠第1次後他會極巨化，3回合攻擊無效後這時與競敵拿去傳說的劍與盾，這時藏瑪然特和蒼響牠們也一起來幫忙對付無極汰那，最後打敗就可以收服牠。
再來從飯店前往宮門市競技場與冠軍進行最後對決，打贏後一週目就結束了。
五、一週目之後
回到家之後博士會給你大師球，然後前往微寐森林最深處會和赫普進行對戰，打完後博士也出現並且和赫普一起歸還劍盾，這時遇到自稱伽勒爾純正血統2個怪人過來並且與主角進行對戰，打倒他們之後回木桿鎮博士研究所，對話完後前往草路鎮的草路競技場，進入後發現甜美冷后正在大鬧，與大家合力制伏後那2個怪人又出現，對話完後離開競技場。
再來分別前往水舟鎮和機擎市競技場也是解決相同的極巨事件，之後再回到木桿鎮博士研究所發現2個怪人也在那，結果打敗他們後博士的助手竟然給了他們許願星，原來助手和2個怪人是同一夥的，之後走出研究所陸續前往4個發生極巨事件的競技場解決， 解決後接到博士打來要你去拳關競技場，到達後跟著博士進入地下能源工廠，發現那2個怪人引來藏瑪然特/蒼響，結果反而失控，這時主角必須要打倒藏瑪然特/蒼響，再來就可捕抓另一隻(藏瑪然特/蒼響)封面神獸。
結束之後前往寐森林最深處去找赫普，然後他也成功收服另一隻傳說寶可夢了，最終會和赫普來一場神獸級對戰，結束後2個怪人和丹帝都來了，他們也再向主角道歉自己所引起的騷動，之後與赫普對話二週目劇情也就完成。