2013年1月19日日本神奇寶貝中心將推出與電玩元素相結合的概念商品，有吊飾、文件夾等…，售價為210~1000日圓
1月26日日本神奇寶貝中心推出之前在讀賣新聞報紙上的與神奇一起學習語文的日曆2013年版，每天一篇，售價為1400日圓
1月26日日本神奇寶貝中心推出搖來搖去會動的神奇寶貝布偶，共有皮卡丘、波加曼、妙蛙種子、土龍弟弟、電電蟲5款，售價為850日圓；同天也發售神奇寶貝吊飾指偶，共有5款，以及相關系列商品，售價為500~2980日圓
2月9日日本神奇寶貝中心推出尾巴系列的商品，有皮卡丘、大尾立等各式神奇寶貝尾巴概念商品，商品種類有掛飾、杯子等…售價在280~2000日圓之間
2月上旬日本景品系列推出葉精靈與冰精靈布偶
2月下旬日本景品推出伊布、雷精靈、水精靈、火精靈的模型景品
2月上旬群英社已經正式開賣日本神奇寶貝中心蓋諾賽克特相關商品，有公仔吊飾、耳機塞吊飾、鑰匙圈、絨毛娃娃、T恤等各種生活用品，還有L夾 、筆盒、活頁筆記本等各式文具，另外台北京華城5樓的神奇寶貝城也同步開賣
2月14至18日群英社在「2013台北國際動漫節」期間於攤位上舉辦下載配信「蓋諾賽克特」活動，另2月18日至28日於台灣全省FUNBOX麗嬰國際玩具五家分店也同步進行下載配信活動，該活動也為台灣第二次的配信下載活動
2月23日TPUA與韓國、日本、香港、新加坡、菲律賓進行六國神奇寶貝對戰交流賽，吸引近50位玩家參與
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3月2日日本神奇寶貝中心商品系列「POKEMON TIME」與「Fire-King」公司合作，推出跨企業合作商品「皮卡丘杯」，售價為3500日圓
3月9日日本神奇寶貝中心推出噴火龍系列的相關商品，有皮夾、收納盒、筆記本等等…售價為160~4000日圓
日本為了配合動畫中快龍活躍的登場，在3月14日19時~3月25日13時期間利用夢世界輸入通關密語，就可以免費獲得1隻55等級，夢特性的快龍
3月15日推出新的神奇寶貝戰鬥卡片擴充包，名稱為「メガロキャノン」，售價為158日圓，同時也發售預組系列「最強爆流コンボデッキ60 カメックス＋キュレムEX」，主角為水箭龜和酋雷姆，售價為1680日圓
神奇寶貝中心3月20日推出代歐奇西斯布偶，總共有4款分別為不同型態的樣式，售價為980日圓。另外3月20日至5月6日帶著DS及正版黑、白、黑2、白2版可至日本神奇寶貝中心可下載等級100等的「代歐奇西斯」喔
3月20日至4月7日，日本全國神奇寶貝中心發售神奇寶貝中心名古屋店紀念商品囉！這次有文件夾、筆記本、戰鬥卡片收集冊、戰鬥卡片收納盒等…價錢在170~1200日圓之間
3月23日神奇寶貝中心推出紅色的蓋諾賽克特相關商品，有布偶、文具用品、衣服、生活用品、吊飾等…，售價為160~2400日圓
3月29日日本神奇寶貝公司採用331東北大地震災區產的草莓結合神奇寶貝意象商品，推出神奇寶貝草莓小鬆餅蛋糕，只在神奇寶貝中心東北店及東北地區的JR車站販售
日本神奇寶貝公司與日本知名服裝品牌「BEAMS」4月20日發售結合皮卡丘元素的相關商品，售價為1575~2625日圓
日本神奇寶貝中心4月20日推出色違皮卡丘系列商品，布偶售價為3200日圓，吊飾售價為1260日圓
4月20日至7月12日夢世界可獲得蓋諾賽克特的C-GEAR
神奇寶貝在WiiU平台上的最新遊戲「神奇寶貝亂戰U」 於4月24日發售
日本神奇寶貝動畫於4月25日進入新章節，標題為神奇寶貝超級願望DA！
4月26日至6月11日夢世界可獲得焰白酋雷姆與闇黑酋雷姆的C-GEAR
日本神奇寶貝中心4月27日推出洛托姆的相關商品，有布偶、文件夾等，售價在210~3000日圓之間；此外同一時間也推出新一款神奇寶貝布偶，有蓋諾賽克特、妙蛙花、水箭龜，共計3款，售價為980日圓 ；同一時間也推出伊布系列的手機耳機吊飾配件商品，售價為780日圓
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5月17日至6月30日夢世界推出輸入密語可獲得超夢與夢幻的布偶裝飾
日本神奇寶貝中心為了慶祝15週年，於5月25日起推出相關商品，尤以151隻神奇寶貝為主的徽章組合組最為特別，收錄了最初代151隻神奇寶貝，並附上高達63公分的收納盒，售價高達15000日圓，另外5月25日至6月9日於日本各地神奇寶貝中心消費滿3500日圓，就可以抽獎獲得有關15周年紀念的相關神奇寶貝獎品喔！
6月份起日本神奇寶貝中心為了慶祝15周年紀念，在每家分店的限定時間可下載特定的神奇寶貝喔，另外將下載下來的神奇寶貝給工作人員看，也會獲得該隻神奇寶貝的相關贈品喔
日本神奇寶貝中心6月1日推出仙子精靈及伊布系列的相關商品，有吊飾布偶、筆記本、手機殼等，售價在150~2800日圓之間 ；同時間中心也推出噴火龍、快龍、仙子精靈、超夢計四款布偶，售價為1200~1800日圓之間
6月8日日本神奇寶貝中心要發售本次電影相關的野餐系列商品，有水壺、小野餐盒、食物用具等…，售價在300-1155日圓之間 ；另外同一天也發售電影系列的相關文具商品，有筆、筆記本等…，售價在190-1800日圓之間
神奇寶貝中心6月8日及6月22日分別推出今年電影概念商品，3DS周邊系列物品，有卡匣收納盒、3DS收納盒等…，售價為880至1780日圓之間
6月10日起日本知名品牌「UNIQLO」開始推出本次電影相關系列的服裝，計有十款陸續登場！
6月21日至7月31日夢世界輸入密語可獲得基拉祈布偶裝飾
日本神奇寶貝中心6月22日發售等身大的伊布布偶，售價為3200日圓
6月29日神奇寶貝中心推出iphone5、ipad相關商品，售價為399-3480日圓之間；同時也推出皮卡丘與伊布的概念商品，有生活用品、食具等，售價為680-2000日圓之間
6月10日群英社正式公告神奇寶貝第16部電影版「神速の蓋諾賽克特-超夢覺醒」8月16日於全台上映，並開設中文官網
6月26日起全台開始販售神奇寶貝電影預售票
群英社於6月26日正式發售第15部電影版DVD「酋雷姆VS聖劍士-凱路迪歐」，另外也附贈限定文件夾1份，全台灣的7-11搶先於6月21日開始發售，另外同一時間也發售超級願望動畫DVD(第79集~109集)
6月29日群英社與台北天母大葉高島屋合作，舉辦神奇寶貝見面會活動
7月13日日本神奇寶貝中心發售鑰匙圈、吊飾系列的周邊相關商品，售價為500-700日圓之間 ；同時間也推出電影相關概念商品，有衣服(最大至150cm)、文件夾等，售價為210-2400日圓之間
7月13日至8月31日夢世界輸入密語可獲得蓋諾賽克特布偶裝飾
日本7月13日在「ららぽーと豊洲」舉辦電影公開活動，在該會場限定下載會使用唱歌絕招的伊布！【註:該活動不對外公開，為事先應募】此外無法前往會場的同好，也可利用購買本次電影主題曲限定CD，內含的兌換券，於7月14日至9月1日在全日本神奇寶貝中心也可以兌換下載會使用唱歌絕招的伊布
日本神奇寶貝中心7月13日推出寶貝球與神奇寶貝布偶商品，售價500日圓，寶貝球打開後就有神奇寶貝的迷你布偶(樣式隨機)
日本神奇寶貝中心7月13日推出坐姿系列的伊布與其進化型的布偶，售價為750日圓
神奇寶貝中心7月13日推出以電影主角為主的小布偶，分別為超夢及蓋諾賽克特，售價為980日圓
神奇寶貝公司將在7月13日推出最新神奇寶貝桌遊商品，內容有神奇寶貝問答的益智玩法等， 玩法眾多，每人都可以輕易上手，售價為500日圓
神奇寶貝中心推出皮卡丘「Oops！」系列概念商品，第1彈於7月13日登場，有衣服、布偶等…，售價為210-3200日圓。 第2彈商品於8月3日推出，有文件夾、布偶等…，售價為210~680日圓。第3彈商品於9月7日推出，有保溫杯、手帕等…，售價為210~2800日圓
7月27日日本神奇寶貝中心發售九種類的造型橡皮擦，售價為250日圓
8月3日至9月1日神奇寶貝公司與JR西日本鐵道舉辦車站蓋章收集活動
日本神奇寶貝中心8月3日推出伊布與各世代御三家商品，有布偶吊飾等…售價為360~1200日圓之間
8月10日至9月6日，日本神奇寶貝中心分四個時期，特殊配信動畫中活躍人物的神奇寶貝
2103年1月在日本神奇寶貝中心引起熱賣缺貨的替身布偶系列商品 於8月24日發售30公分大的替身布偶及替身布偶吊飾，價錢分別為2800日圓及700日圓
8月3日群英社於台北圓山兒童育樂中心舉辦神奇寶貝見面及遊行活動
8月15日至20日於台北世貿舉辦的「2013年漫畫博覽會」，群英社除了有販賣神奇寶貝的影音商品、中心限定商品外，本次也新增了今年新品「伊布掛包識別證」與「M16電影文件夾」，另外本次漫博期間前往群英社攤位消費可下載等級100等的皮卡丘喔
8月25日由菁英訓練家委員會舉辦的pokemon only同人活動於台北劍潭青少年中心舉辦，吸引近1200多位同好參與，創下非官方舉辦神奇寶貝活動有史以來紀錄最多人的一次
8月3日台北神奇寶貝聚會因配合任天堂神奇寶貝活動，創下接近200人參與的紀錄
日本9月上旬景品(限定店家)推出耿鬼、不良蛙、燭光靈三款布偶
神奇寶貝中心9月14日推出以幽靈系神奇寶貝為主題的相關商品，有吊飾、束口袋等…，售價為210至5000日圓
日本神奇寶貝中心9月21日推出概念商品系列，有皮卡丘等6款神奇寶貝為主題，有杯子、包包等…，售價為350至2800日圓之間
日本9月下旬景品(限定店家)要推出耿鬼、 月精靈、阿柏梭魯、瑪狃拉、水晶燈火靈共計5款布偶
日本神奇寶貝中心9月15日至28日配信特別的勾魂眼，等級50等
2010年10月於日本東京電視台每週播出的「ポケモンスマッシュ！」於9月29日正式播畢，緊接著接替的節目名稱為「ポケモンゲット☆ＴＶ」，主持陣容有タカアンドトシ、中川翔子、西井幸人等…，也將會承續前一個節目的特色，為大家持續報導神奇寶貝最新情報等，10月6日起每週日早上7:30至8:30於東京電視台播出
10月12日日本神奇寶貝中心七家分店全部更換新的LOGO，以X、Y世代的御三家為主
日本神奇寶貝中心於10月12日推出大量X、Y世代系列的神奇寶貝布偶，除了普通大小，也推出新的御三家等身大尺寸的布偶，售價有1200日圓、3500日圓及4500日圓三種價錢(依種類大小)
10月12日起日本全國神奇寶貝中心為了慶祝X、Y發售，於當日也推出X、Y世代神奇寶貝的相關商品，有文件夾、杯子等…售價在200至1200日圓之間
10月12日日本神奇寶貝中心將要發售X、Y世代，「POKEMON WITH YOU」系列商品新的神奇寶貝徽章，共計9款，售價為250日圓
10月12日日本神奇寶貝中心推出新的文件夾商品， 第一彈共有12款，皆是X、Y世代的新神奇寶貝造型，售價為210日圓，另外也發售可收納40個文件夾的收納夾，售價為780日圓
10月12日神奇寶貝第六世代遊戲「神奇寶貝X、Y版」發售，另特別販售限定版3DS LL主機，內含下載版神奇寶貝X或神奇寶貝Y(可選擇)，售價為22800日圓
神奇寶貝中心10月12日發售pokemon time系列商品第六彈，本次有布偶、文件夾、馬克杯、記事本等等…，售價為315至1780日圓之間。
此外11月22日推出該系列新商品，有吊飾、手機殼等，價錢在400至2200日圓之間
10月下旬日本發售WE LOVE POKEMON雜誌，除了有贈品外，裡面也針對XY遊戲及歷代遊戲等做了介紹，也採訪許多日本藝人及名人對於神奇寶貝的看法或感想等，售價為1365日圓
11月2日日本神奇寶貝中心推出新的文件夾商品第二彈，本次共有11款，皆是X、Y世代的新神奇寶貝造型，售價為210日圓
日本神奇寶貝中心11月2日要發售今年聖誕節系列的商品，有布偶、吊飾等，售價在200至2500日圓之間
11月13日也會發售本次X、Y版的電玩原聲帶，總共收錄了212首BGM等，售價為2625日圓
11月15日日本發售XY系列「新手開始預組DX」系列，區分男生用與女生用的組合，除了有最新的神奇寶貝當戰鬥卡片主角外，還有教學光碟與相關的器具等等，售價為2839日圓
日本TOMY公司在11月16日要推出XY系列的會說話布偶商品，售價為4179日圓
日本神奇寶貝中心推出新的文件夾商品第三彈，本次共有11款，皆是X、Y世代的新神奇寶貝造型，售價為210日圓 ，另外第四彈預計11月30日發售
11月19日至12月18日日本デニーズ・ファミール全店面與神奇寶貝公司合作推出購買指定神奇寶貝套餐組贈送神奇寶貝劍玉玩具
日本神奇寶貝中心11月22日推出XY系列神奇寶貝布偶，計有5款，售價為1200日圓
神奇寶貝東京店(位於千葉縣)分店於11月22日開幕，11月22日至12月15日推出相關紀念商品喔，售價為210至3200日圓之間。
11月29日日本神奇寶貝公司要推出非常有質感的神奇寶貝花牌，日本人過年會玩的小遊戲套牌，售價為2500日圓(額裝版為15100日圓)
日本神奇寶貝公司與日本知名的雜貨設計家「加藤真治」合作推出一系列相關商品，以神奇寶貝們小小的物語為主題，推出許多概念商品，有包包、吊飾等，售價300至5800日圓，11月30日在全日本神奇寶貝中心開始販售
神奇寶貝STORE1號店「神奇寶貝STORE 東京車站店」於2013年12月9日在日本東京車站一番街地下1樓正式開幕
12月13日起日本麥當勞快樂兒童餐贈送神奇寶貝玩具，計有六款，13日與20日發售各三款，另外14日、15日額外贈送XY版小冊子
日本快樂快樂月刊12月號將會贈送學會天龍流星招式的烈咬陸鯊，只要憑著裡面的密碼就可以下載
以神奇寶貝屬系為概念的系列商品，12月14日起在日本神奇寶貝中心發售，有文件夾、包包、背袋、手帕毛巾等…，售價為250至2400日圓之間
12月14日日本神奇寶貝中心推出新的文件夾商品第 五彈，本次共有13款，皆是X、Y世代的新神奇寶貝造型，售價為210日圓
12月19日至2014年1月27日於日本連鎖餐廳デニーズ・ファミール購買指定套餐，贈送皮卡丘造型存錢筒
日本神奇寶貝中心12月21日推出以掌門球為包裝容器的商品，內含指偶、徽章等…(樣式隨機)，售價為500日圓
神奇寶貝公司12月21日、22日於日本幕張メッセ国際展示場舉辦神奇寶貝電玩對戰活動，現場也有商品販賣、藝人聲優出演等…，並且在活動會場可獲得限定道具及Oパワー配信
日本神奇寶貝中心12月26日推出メガ進化神奇寶貝的概念商品，有筆記本、包包、文具等…售價為180-3000日圓之間
日本神奇寶貝中心12月26日「pokemon with you」系列商品徽章推出六款新式款項，售價250日圓
12月26日日本神奇寶貝中心推出新的文件夾商品第 六彈，本次共有11款，皆是X、Y世代的新神奇寶貝造型，售價為210日圓
日本神奇寶貝中心12月26日發售關東及XY世代御三家布偶，同時也發售メガ進化型態的神奇寶貝，計有超夢及火焰雞2款，售價為1050日圓至2300日圓不等
日本TOMY公司12月26日於神奇寶貝中心先行發售ぴたポケ系列新商品，計有小火龍、傑尼龜及妙蛙種子3種類，售價735日圓，在中心購買上述商品滿1000日圓以上限定期間還會送特殊贈品，其餘店面於2014年春季發售
12月下旬日本景品系列推出大型布偶「デデンネ」
日本TOMY公司於2013年12月27日發售與動畫主角一樣的搭配，可放在包包裡的デデンネ布偶組(附與動畫一樣的包包1個)，售價為2980日圓
12月22日台灣任天堂分別於京華城神奇寶貝城舉行神奇寶貝對戰及體驗活動
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