第101集 大海男兒 四天王源治登場
以第八個徽章為目標的小智等人在前往目的地琉璃市的途中，路過了一座島嶼，正想在其中一家店用餐，偶然遇見四天王之一的源治，一行人興奮不已。源治的身份是船長。在他帶領下小智見識了巨大的帆船，並受邀做一場神奇寶貝對戰比賽。面對這場與四天王的對決，小智摩拳擦掌，正想大顯身手，然而...
第102集 諸星博士之島 化石神奇寶貝出現
前往下一個目的地琉璃市的途中，小智等人來到了一座小島。小勝在島上看到「藤壺神奇寶貝」搖藍百合，追逐在後，因而與大家走散。大伙拼命尋找小勝，途中遇到了名叫諸星博士的男子。他正從事讓古代神奇寶貝復活的研究，並說要讓大家看看罕見的古蝦神奇寶貝太古羽蟲的進化。這時，火箭隊的人又照慣例跑來作怪...
第103集 伊札貝島神奇寶貝華麗大賽!小心勁敵!
為了在最後的道館贏得徽章，小智等人到達召開神奇寶貝華麗大賽的伊札貝島的普里加市。小遙帶著妙蛙種子挑戰第四個緞帶勳章，很幸運地輕鬆通過第一次審查。另一方面，會場一個穿著綠色衣裳的挑戰者哈利，帶著「惡神奇寶貝」夢歌奈亞連戰連勝。不知為何原因，小遙感受到這個人對自己似乎懷有惡意...
第104集 封印巨大念力土偶
以贏得第八個徽章為目標的小智等人，在橫越伊札貝島的途中，來到了毀滅之谷。在那裡，遇到老人重盛，在其帶領下前往傳說封印巨大力量的巨大神奇寶貝球所在的湖泊。此時，聞風而來的火箭隊跑出來了。就在火箭隊想奪走巨大神奇寶貝球的時候，球的封印被解開，巨大的念力土偶甦醒了。小智等人依靠著重盛的古文書，挺身對抗巨大念力土偶...
第105集 大嘴娃談戀愛 蓮帽小童的花之路
旅行途中小智等人在原野上稍做歇息。這時小智為了小試身手，與小剛很難得地做神奇寶貝對戰賽。然而戰鬥中，煤炭龜的「重擊」力道過強，把蓮帽小童炸飛掉，撞到森林中的欺騙神奇寶貝大嘴娃。大嘴娃迷上蓮帽小童，蓮帽小童一點也不領情。另一方面，小遙看過訓練家莎由梨的緞帶舞絕活之後，對大嘴娃大感興趣。然而，遠方還有一群可疑人物看上了大嘴娃...
第106集 大顎蟻與超音波幼蟲 夢幻之湖
向伊札貝島前進的途中，小智等人誤入了廣大的荒野。那裡，有著「獅蟻神奇寶貝」大顎蟻的巢穴。一行人在那裡認識了保護巢穴安全的管理員，秋子，及大顎蟻的研究員平八郎。他正尋找大顎蟻製造的地下迷宮所在地的湖泊。這時火箭隊的人又來偷襲了。並導致皮卡丘掉進大顎蟻的巢穴中...
第107集 阿勃梭魯 悄悄靠近的災難陰影
小智等人以賽羅斯鎮為目標而旅行的途中，來到了山勢險峻的岩山山麓的利亞多村。最近在這個村莊出現了罕見的災禍神奇寶貝阿勃梭魯，村民們正為了可能發生的災禍而困擾。村子的少年阿德說他的哥哥小聰為了證明災禍並非阿勃梭魯引起，而離開了村子。小智等人遂陪伴阿德尋找小聰。另一方面火箭隊偽裝成阿勃梭魯獵人，企圖找機會奪走皮卡丘...
第108集 抓住雪童子!
小智等人以拿到豐緣地方第八個徽章為目標而旅行，來到了伊札貝島的山頂。在那裡，小智的徽章盒被喜好惡作劇的雪笠神奇寶貝雪童子搶走。小智在暴風雪中拼命追逐，在很陡的斜坡上滑倒，掉到山谷的深處。不只這樣，皮卡丘想要救出小智，卻與雪童子一起被火箭隊抓住...
第109集 拯救拉魯拉絲 動作快點 小勝
小智等人在森林中小歇一會兒，看到了身體虛弱倒地不起的感受神奇寶貝拉魯拉絲。牠似乎是掉到河中全身濕透，而發高燒的樣子。小智等人想帶拉魯拉絲到神奇寶貝中心醫治，可是突然出現一位紳士帶著沙奈朵跟奇魯莉安阻擋小智等人。小智被迫應戰，只好拜託小勝先帶著拉魯拉絲離開...
第110集 琉璃道館 水的藝術家 亞當(前篇)
小智等人終於抵達琉璃市，興致高昂，在道館挑戰賽之前，很期待看看有水之都之稱的本地名產，藝術大型慶典。亞當是獲得觀眾熱烈歡迎的水之藝術家。他使用水系神奇寶貝的藝術演出，深深迷住了小智等人的心。當小智等人得知他就是本地的道館訓練家時，非常吃驚。緊接著，一行人被帶往巨大泳池狀的戰鬥場地，看得目瞪口呆...
第111集 琉璃道館 水之藝術家 亞當 (後篇)
小智為了得到第八個徽章而向琉璃道館挑戰。但是，道館訓練家亞當的水系神奇寶貝卻相當難纏，而陷入了苦戰。所依賴的森林蜥蜴、龍蝦小兵都被亞當的出沒神奇寶貝愛心魚，與鯰魚王的巧妙攻擊耍得團團轉，敗下陣來。於是小智拿出學會「迴轉攻」的大王燕對戰...
第112集 直衝熊 友情的形式?!
向下一個目的地前進的小智等人，途中來到了一座小島。在那裡，小遙的神奇寶貝球被人偷走。嫌犯好像是擁有搜集圓型物體的習性的直衝熊。小智等人與其飼主凱真拼命的追逐直衝熊，火箭隊的人又突然出現攪局...
第113集 夢幻島的小果然
為了暮水鎮舉辦的下一場華麗大賽而鬥志旺盛的小遙面前，宿命的勁敵小瞬出現了。倆人在海邊展開戰鬥，期間遭到火箭隊襲擊，所有人都失散各地。小遙拼命尋找同伴，遇到了島上的老人碌介，而知道自己飛到了磁鐵失效的夢幻之島的森林裡頭...。
第114集 滾動吧!愛河中的頓甲
明天就是小遙出場華麗大賽的日子。為此，小智等人急於趕往大會場地暮水島。可是途中船隻故障，只好停靠在咚咚島。小智等人在這座島上，遇到了滾來滾去跳著充滿活力的愛之舞求婚的雄性頓甲。這裡，是鎧甲神奇寶貝頓甲的樂園。現在正是他們戀愛的季節。旁若無人到處滾的頓甲，把小智等人耍得團團轉。到底小遙有沒有辦法平安到達暮水島，參加明天的華麗大賽呢?
第115集 混戰、混亂！神奇寶貝華麗大賽暮水大會！(前篇)
神奇寶貝華麗大賽暮水大會的早晨終於來臨了。在神奇寶貝中心前面的廣場，比賽前的協調訓練家們早早的就與神奇寶貝們展開練習。小遙的神奇寶貝都處於最佳狀況，唯有向尾喵，老是東張西望心不在焉。這時候，與小智做練習的雪童子失去控制，導致廣場一團混亂，而向尾喵也被逃出會場的長尾怪手引開，小遙緊追在後，遇到了住在島上的協調訓練家，利樹與江梨子....。
第117集 用小遙美食 收服小卡比獸!!
小智等人以凱那市為目的地一路旅行，來到了有很多果實的一座小島。小遙利用島上的神奇寶貝中心的果實調理機完成了屬於自己的能量方塊「小遙美食」。她迫不及待的拿給神奇寶貝們試吃，可是小遙美食難吃的程度，足足讓神奇寶貝們都昏倒不起。唯有一隻神奇寶貝一直吃個不停。牠就是大胃王神奇寶貝小卡比獸。這時候，發生了孩子們的能量方塊消失不見的事件。孩子們開始大鬧，認為大胃王小卡比獸就是嫌疑犯....。
第118集 勁敵登場！政宗與鐵啞鈴!!
在前往凱那市的途中的某座島上，小智與雪童子繼續做急凍光線的特訓。突然，山上滾下一個大飯糰。其後面，有個少年正追著飯糰而來。少年名叫政宗，為了成為世界第一的超級訓練家而在外旅行。政宗二話不說就要求與小智決鬥。小智與皮卡丘很乾脆的接受挑戰。到底，這個使用鐵球神奇寶貝鐵啞鈴的訓練家政宗的實力有多少呢?
第119集 怪盜班納伊與緞帶獎盃!!
小智等人搭上豪華客船聖繁花號，欲前往凱那市。但是聽說已經解散的火岩隊的班納伊也在船上。船上公開展示將頒給大型慶典優勝者的緞帶獎盃。這個獎盃卻被神不知鬼不覺的被人掉包。假獎盃的背面還留了一張班納伊的作案卡片。於是小智等人為了引誘班納伊出來，進行了某個作戰計劃......。
第120集 開幕！大型慶典(1)!!
神奇寶貝大型慶典開辦的日子終於來臨了。小遙面對即將展開的預賽，非常緊張。但是在母親美津子的鼓勵與來自各地友人的諸多電報，又士氣大振。小遙遇到了同樣參加大賽的小瞬與哈利，但是聽到哈利說父親橙華道館訓練家千里來到會場。但是照理來說，千里應該忙著道館比賽，無法來到會場的...。
第121集 熱鬥！大型慶典(2)!!
比賽高潮迭起的大型慶典。小遙與小瞬、哈利一起打贏預賽。為了明天的正式比賽，小遙正努力練習中，但是哈利給小遙的建議似乎不懷好意。此時，正與雪童子做特訓的小智遇到了大型慶典的參賽者敦平。敦平的通行證與緞帶勳章不見了。聽說是撞到奇怪的三人組之後不見的。小智等人便分頭尋找”奇怪的三人組”...。
第122集 決戰！大型慶典(3)!!
比賽高潮迭起的大型慶典。第二次審查的華麗對戰第一回戰，小遙與哈利的比賽開始了。面對使用詛咒娃娃與夢歌奈亞的哈利，小遙用狩獵鳳蝶與妙蛙種子來迎擊。遇到哈利讓對手出糗減分的戰術，陷入了苦戰。另一方面，在會場的一角，由於火箭隊企圖偽裝成參賽者參加比賽，冠軍候補羅伯特差點被抓起來。這時候小智出來幫助羅伯特。一團混亂的大型慶典，比賽究竟會如何發展呢？
第123集 來野外求生吧！
小遙中獎得到飛機票，小智一行人持票搭上飛機，想前往彩幽島。然而，這個抽獎與飛機都是火箭隊設下的陷阱。更糟的是飛機出了狀況，迫降在一座小島。小智等人在島上遇到名叫羅賓的男子。搭船遇難的他解釋，自己是被球鯨神奇寶貝"吼吼鯨"救起，在這座島上生活的。小智等人借助羅賓的力量，想一起逃出這座小島，但是...。
第124集 抵達彩幽市！穿著長靴的喵喵!?
小智等人終於來到彩幽市，一到這個地方，一伙人馬上忙著找本地出名的拉麵店彩幽軒。可是他們誤入小巷，遭到黑暗鴉群的攻擊。此時出手解救小智等人的，是穿著長靴的喵喵與其訓練家哲也。哲也身兼大會聖火跑者的工作。而火箭隊一幫人，正打著偷走聖火「火焰鳥的火焰」的鬼主意......。
第125集 預賽開始！政宗登場!!
彩幽大會的前一天，小智為了準備比賽，與神奇寶貝們用心地在做特訓。這時，突然巨大的飯糰滾了過來。從後追過來的是小智的勁敵政宗。政宗掉入火箭隊設下的陷阱裡面，幸好得到哲也的搭救。終於，大會的預賽開始了。政宗最初遇上的對手使用的是電擊獸。政宗的鐵啞鈴沒有別的絕招，只能夠向前衝。電擊獸的嚴密防守使牠陷入苦戰，即使如此，牠還是拿出氣魄站了起來...！
第126集 開幕！彩幽大會!!
採取雙打模式的預賽錦標賽終於來臨了。政宗的對手凱倫使用嘎啦嘎啦與怪力戰鬥。政宗則選擇用卡蒂狗與天蠍。因為雙方實力不相上下，比賽演變成了拉鋸戰。另一方面，小智的對手友野使用熱帶龍與吞食獸戰鬥。小智選擇搭配龍蝦小兵與煤炭龜來迎擊。很快的，激烈的戰鬥即將展開...
第127集 通往決勝錦標賽！戰鬥白熱化的日子！
預賽錦標賽第一回戰、第二回戰都打贏之後，小智第三回戰的對手是人稱微笑指揮家的日向。日向拿出火系神奇寶貝噴火龍與火岩鼠戰鬥，小智也拿出冰系的冰鬼護和草系的森林蜥蜴應戰。面對日向與神奇寶貝完美的協調默契，小智該怎樣來迎戰呢？
第128集 然後…不能打輸的戰鬥依然持續!!
神奇寶貝聯盟彩幽大會。成功打贏預賽錦標賽的小智，在決賽錦標賽第一回合遇到小楓。小智一度為小楓精於算計的風格陷入苦戰，不過最後還是贏了第二回戰。那天晚上，神奇寶貝中心發布了第三回戰的分組。小智將與政宗交戰...
第129集 勁敵對決！VS政宗!!
彩幽大會第二回戰，小智的對手竟然是他視為死對頭的政宗。但是，政宗遲遲不願出手，只是一直逃避。為此，比賽開始成了小智領先的局面。眼看著信賴自己的神奇寶貝被打慘的樣子，政宗最後還是燃起了鬥志。兩人超越友情、真槍實戰的決鬥就此展開！
第130集 最後的激戰！通往優勝之路!!
神奇寶貝聯盟彩幽大會進行到第三回戰。小智的對戰對手是哲也。兩人展開了激烈的拉鋸戰。最後，小智的皮卡丘與哲也的長靴喵喵的戰鬥成了決勝關鍵。到底，誰會打贏這一仗，進入前四強呢？
第131集 亞希達先生與對戰開拓區！
彩幽大會結束了，小智與同伴們紛紛返回自己的家。小智途中來到懷念的回憶之地常磐市。在那裡遇到了戴著眼鏡的奇怪男子。這個男人名字叫做亞希達。他告訴了小智新的對戰設施，對戰開拓區的存在。小智在亞希達勸說下進入常磐道館，遇到新的道館訓練家菊子。然後小智與氣勢逼人的菊子展開不以徽章為目的的大決鬥...
第132集 大木研究所！全員大集合!!
讓人淡忘激烈的戰鬥生活的故鄉，真新鎮。小智回來了。久違的小智媽媽看來顯得很開心。交給大木研究所保管的神奇寶貝們也因為與小智等人重逢而高興得不得了。小智等人為了征服下一個目標對戰開拓區，打算休息片刻，企圖捕獲大量神奇寶貝的火箭隊一伙人又跑來攻擊。
第133集 月見山！皮寶寶與皮皮與皮可西！
小智等人從真新鎮出發，路過月見山的山麓。這附近有珍貴少見的星形神奇寶貝皮寶寶棲息。不親近人的皮寶寶也被小智等人的心所打動，主動上前親近。這時候火箭隊的人突然跑出來，利用加強威力的武器把小智與神奇寶貝們吹得老遠...
第134集 初陣！對戰工廠!!(前篇)
小智等人在前往對戰開拓區的第一個目的地""對戰工廠""的途中迷路。在那裡，他們偶然目擊到傳說神奇寶貝急凍鳥在空中飛行。那飛揚在飄雪中的美麗身姿令小智等人看得痴迷。得到亞希達的幫助，迎接辛苦到來的小智等人的，是名叫達拉的男子。此時他正熱衷於自己發明的奇怪機器...
第135集 初陣！對戰工廠!!(後篇)
小智選擇與達拉的急凍鳥對陣。為了因應這場戰役，小智找來了修行中的噴火龍。相對於冰系神奇寶貝急凍鳥，噴火龍的攻擊顯得效果十足。但是在達拉的指點下，急凍鳥也逐漸的發揮了自己的實力。然後，急凍鳥利用自己速度上的優勢，在陸續躲過噴火龍的攻擊後，在四周噴放出霧氣....
第136集 大巖蛇的王國!!
前往對戰競技場的途中，小智等人進入只有岩石的險峻山中。山路讓一行人走得氣喘吁吁，不得不停下來休息。可是才稍不注意，小智的神奇寶貝就跟小拳石吵起架來。小拳石生氣的跑去找岩山裡的大王，大巖蛇來幫忙…
第137集 胖丁的歌、爸爸的歌！
小智等人來到森林，誤中網子陷阱。設下這個陷阱的是以大聲神奇寶貝吼爆彈為搭擋的光夫。原來這次光夫是捕錯對象了。他真正想捕捉的，是熱氣球神奇寶貝的胖丁。原因是為了女兒里莎想要與胖丁一起唱歌。小智等人為了光夫與里莎，想出力幫忙捕捉胖丁，但是..
第138集 勁敵對決！收服風速狗！
為了陪伴貪嘴的小遙，小智一行人順道來到森林裡的蛋糕店。在那裡，傳說神奇寶貝風速狗突然跑過來。緊接著，小遙的勁敵小瞬也跟著出現。小瞬想收服風速狗，但是風速狗使出絕技「神速」很快就跑得不見蹤影。小遙與小瞬爭相競賽收服風速狗，而開始尋找風速狗的下落...
第139集 可達鴨的憂鬱！
前往即將舉行華麗大賽的金黃市的小智等人，途中發現被腕力等神奇寶貝追趕的可達鴨。小智等人救了可達鴨之後，想將牠送回原來的主人的身邊。然而，可達鴨的主人其實就是派出腕力的安澄。可達鴨似乎已從安澄家不知逃走了幾次...
第140集 狃拉與吸盤魔偶！餐廳屬於誰的!?
以金黃市為目的地的小智一行人，追逐擅自脫隊的小卡比獸，來到了森林中的一家餐廳。同時間，肚子餓扁的火箭隊也進入了隔壁的另一家餐廳。原來這兩家餐廳是感情不和睦的姐妹所開的。為了決定父親留下的餐廳的繼承權，姐妹倆各派出擔任大廚的神奇寶貝─狃拉與吸盤魔偶來比賽手藝。而小智等人，則決定幫助多蘭，火箭隊則幫助蕾西這一邊....
第141集 進化！它的神祕與奇跡!!
小智一行人準備前往金黃市參加神奇寶貝華麗大賽，途中他們在一座森林裡迷路，遇到了善吉和他的綠毛蟲、以及哥頓博士，哥頓博士喜歡研究各種有關神奇寶貝的新發明，火箭隊跑來偷他的發明，結果使得綠毛蟲不小心吞下了哥頓博士發明的藥丸，綠毛蟲開始變大…
第142集 神奇寶貝華麗大賽，金黃大會(前篇)
雖然已經來到金黃市，但是小遙仍遲遲無法決定使用的神奇寶貝。這時候來幫助小遙的，是一再撒謊阻撓她的哈利。小遙看哈利似乎已經改過自新，於是決定接受哈利的建議。而小遙也決定選擇傑尼龜來挑戰大賽。然而其實哈利並沒有改過向善，而是另有詭計要對付小遙…
第143集 神奇寶貝華麗大賽，金黃大會(前篇)
金黃市的華麗大賽終於開始了。小遙又上了卑鄙小人哈利的當。小遙決定在比賽中把憤怒轉化為力量，而鬥志高昂。另一方面，哈利也展現實力，與夢歌奈亞默契十足，做出了漂亮的演出。小遙也毫不示弱，與力壯雞同心協力，進級比賽。此時，不相干的武藏卻插進來搗蛋……。
第144集 格鬥道場！小智對抗小遙
小遙結束神奇寶貝華麗大賽之後，前往報導中的有名拉麵店。然而店老闆恭太郎卻被人帶走了。小遙等人緊追上去，最後到了格鬥神奇寶貝的道場。原來恭太郎的父親是道場的師父，他要求恭太郎關掉拉麵店，來繼承道場。小遙是不是有機會吃到金黃市最好吃的拉麵呢？
第145集 超能力系對抗幽靈系！深夜的決鬥！？
前往下一個目的地，對戰競技場的途中，小智一行人迷路到一個陰森森的小鎮。已成為鬼鎮的這個地方，似乎有許多鬼怪出沒。小智等人嚇得逃進建築物之中，這次卻聽到屋子深處傳來音樂聲。一行人戰戰競競地前去確認，看見的是一群超能力系的神奇寶貝。雖然牠們似乎和外面的鬼怪沒有關係，但是……。
第146集 魔尼尼登場！休息之館！
終於快到達對戰競技場的小智一行人。途中，小卡比獸突然身體不適，毫無食慾。受到某座城堡的老管理員搭救的一行人，居然在城堡裡遇到火箭隊。原來這座城堡是小次郎的家。不知為何小次郎不願在家中暴露自己加入火箭隊的事，於是跟小智提出暫時停戰協定……。
第147集 水躍魚與綿綿！戀愛的特效藥？！
對戰競技場近在眼前，小智與小剛努力做最後的特訓。此時，小剛的水躍魚進化成沼躍魚，而牠沒控制好力道的攻擊，卻誤傷了一隻綿綿。綿綿的主人，桃子，帶著綿綿去接受神奇寶貝中藥店的治療。原來桃子是在這裡跟老婆婆學做中藥的。小剛迷上了美麗的桃子，可是，情敵也隨之出現。不只這樣，沼躍魚也喜歡上了綿綿……。
第148集 對戰競技場！格鬥對決！！
小智抵達對戰競技場，面對比賽可是鬥志滿滿，對擅長使用格鬥型神奇寶貝的開拓之腦黃瓜香提出挑戰。為了對付黃瓜香的冥想神奇寶貝恰雷姆，小智從大木研究所那裡調來卡比獸出賽。神奇寶貝的力量互相激撞。恰雷姆來勢洶洶的攻擊使卡比獸陷入危機……。
第149集 撫養家與神奇寶貝蛋！
以第三個對戰設施「對戰巨蛋」為目標，持續旅行的小智一行人，途中來到某座農場。那是專門幫人保管神奇寶貝蛋，照料並孵育的撫養家。由於小遙從沒看過神奇寶貝蛋，所以顯得非常興奮。農場主人的女兒，代美，夢想成為協調訓練家，但又離不開自己生長的地方，對於旅遊各地、參加華麗大賽的小遙，不禁露出冷漠的態度……。
第150集 對手是上班族？！
前往對戰巨蛋的途中，小遙得知吉魯巴鎮即將舉行神奇寶貝華麗大賽，馬上決定報名參加。在眾多的協調訓練家之中，有個看起來很累了的上班族，緒方。緒方一登上舞台就判若兩人，打扮時髦而且很瀟灑熟練地大彈電吉他。他與巴大蝴的熱情演出讓小遙等人都嚇了一跳。可是，此時緒方的妻兒突然出現……。