第151集 哈克龍之湖！
以對戰巨蛋為目的地，途中小智一行人來到了人稱釣魚勝地的湖泊。但是那裡卻一個釣客也沒有，非常的冷清。遇到看守湖泊的朝霧之後，才曉得是因為突然出現的鐵螯龍蝦惡意搗蛋，使得人們與神奇寶貝都遠離這座湖泊。小智為了讓湖泊恢復往日的盛況，決定趕走這隻鐵螯龍蝦……。
第152集 對戰巨蛋！炎與水的融合！！
小智等人終於抵達對戰巨蛋。此地的開拓之腦希爾斯是廣受群眾喜愛的超級巨星。其華麗的登場所帶來的狂熱氣氛，令小智大吃一驚。面對希爾斯火系的風速狗和水系的巨沼怪，小智決定用龍蝦小兵與大王燕來應戰。但是，在希爾斯精妙的戰術之下，小智還是陷入了危機……。
第153集 嚇人！驚人！電擊怪！！
朝著下一個目的地對戰水管繼續旅行的小智一行人，途中在森林裡遇到亂發電擊招式電人的電擊怪。這隻電擊怪挾著強大的電力，接二連三攻擊森林裡的神奇寶貝。在這團混亂中，小遙不只受到波及，重要的神奇寶貝蛋也因為卡在電擊怪頭頂的關係而被帶走。為了把蛋拿回來，小智等人拼命尋找在森林裡亂跑的電擊怪……。
第154集 神奇寶貝保育家登場！解救雪拉比大作戰！！
為了去淺紅市，小智等人途經一座森林，由於山崩的關係，道路無法通行。小智等人別無他法，只好改變行進的方向。此時皮卡丘不知為何突然跑進森林深處。就在小智等人不知該如何是好時，遇到前來森林進行任務的神奇寶貝保育家日向。小智等人聽說森林發生異變，便與日向一起為了追回皮卡丘而進入森林深處，進而發現傷痕累累的雪拉比……。
第155集 愛哭樹與忍者學園！！
小智等人前往淺紅市的途中，在森林裡認識了忍者學園的學生比久，在比久的邀約下，一行人決定到神奇寶貝忍者學園參加為期一天的體驗課程。而學園裡的學生們則因為栽種的藍橘被偷走，所以開始懷疑突然出現在校園裡的愛哭樹，認為牠的嫌疑最大……。
第156集 穿越時空的小遙！！
小智等人抵達淺紅市。小遙尋找走失的傑尼龜時，在舊車站偶然認識了阿國嫂。阿國嫂沒辦法接受丈夫阿勇死於他鄉的事實，至今仍在舊車站月台痴痴等待。據說二人是在幾十年前分開的。偶然之下小遙與喵喵時光旅行回到了那個時代，他們想救阿勇，但是……。
第157集 對戰水管大熱鬥！對抗水管皇后小薊！！
賭上第四個開拓區的象徵的對戰之日來臨了。先到對戰水管的小智，卻不知道那是火箭隊所搭建的假的對戰設施。在小智的皮卡丘快被擄走時，出面解危的是開拓之腦的小薊。小智立刻向小薊提出挑戰，可是只攻擊不防守的小薊，卻相當的難對付……。
第158集 優勝將落入誰的手中？！神奇寶貝定向越野競賽！！
由於下一個目的地是位在金屬島的第五個對戰設施「對戰宮殿」，小智一行人便搭船旅行橫渡海洋。途中路經香草島時，得知當地有舉辦考驗訓練家與神奇寶貝感情的例行活動「神奇寶貝定向越野競賽」，小智一行人也興致勃勃地報名參加。而且連火箭隊的小次郎也跑來參賽了。為了讓小次郎贏得勝利，武藏和喵喵拼命地干擾小智他們……。
第159集 小卡比獸的出道賽！與哈利的認真比賽！！
小智一行人得知神奇寶貝華麗大賽即將舉行的消息，來到香草島另一頭的藻玉鎮。小遙決定讓這場比賽成為小卡比獸的出道賽，初次搭配演出就以拿下第三個緞帶勳章為目標。雖然如此打算，但小遙還是遇到勁敵哈利的阻撓……。
第160集 森林蜥蜴對抗熱帶龍！草原的決鬥！！
小智一行人前往即將舉辦下一場華麗大賽的地點「讓葉島」。中途路過甘菊島時，森林蜥蜴因為意外事件與水果神奇寶貝熱帶龍打了起來，但卻落敗負傷。這時出來搭救牠的，是喬伊小姐的神奇寶貝大菊花。接受大菊花治療的森林蜥蜴，卻愛上了大菊花。為了找熱帶龍再戰一場，又再度站了起來……。
第161集 神奇寶貝華麗大賽！讓葉大會！！
由於小遙想得到第三個緞帶勳章，所以小智一行人來到讓葉島的神奇寶貝華麗大賽會場。在那裡遇到新人協調訓練家若菜，她是小瞬的支持者並把小遙視為勁敵。大賽開始後，小遙帶領氣勢十足的小卡比獸表演，獲得好評。不服輸的若菜也帶著溜溜糖球做出華麗的表演。但其實若菜有個令人驚訝的打算……。
第162集 蜥蜴王！復活的黎明！！
小智一行人來到對戰宮殿的所在地「金屬島」。島上有廣大的叢林。小智想靠特訓來激勵蜥蜴王，然而還是一直使不出絕招的蜥蜴王，卻沮喪地衝進叢林裡。小智追上蜥蜴王後，卻碰上大群大針蜂的攻擊，因此和皮卡丘走散。皮卡丘被當地的開拓之腦宇康救起，但小智卻還迷失在叢林之中……。
第163集 激戰！在對戰宮殿的叢林對戰賽！！
小智一行人來到第五個對戰設施「對戰宮殿」。開拓之腦宇康提出以廣大叢林為對戰場地的建議。小智很樂意地接受了，但是，面對靈活運用大自然力量的宇康，小智卻陷入了危機。當宇康拿出最後的王牌，土偶神奇寶貝念力土偶時，小智派出了蜥蜴王挑戰，可是……。
第164集 愛哭樹國王與魔尼尼皇后？！
海上之旅結束，小智等人來到港口城市，在那裡差點被火箭隊的人設計搶走神奇寶貝。小卡比獸的絕招「揮指功」使得一伙人勉強脫離危機，但是在混亂之中，皮卡丘、喵喵、愛哭樹、魔尼尼卻走失了。小智一行人跟火箭隊都拼命地在尋找走失的同伴。這時在他們面前出現了魔尼尼與愛哭樹。不知為什麼，兩隻神奇寶貝的樣子卻不太對勁……。
第165集 摩天樓的紅色閃電！
高樓林立的大都會「薦田市」。小智一行人來到此地，聽到「紅色閃電」的傳說。據說以紅色斗蓬蒙面又遮身的紅色閃電不管對方願不願意，都會主動找訓練家的神奇寶貝攻擊，向他們挑戰。而這個會使用神奇寶貝的絕招，但又會講人話的怪人，鬧得地方上人心不安。而此時，與小智一行人走散的傑尼龜，也被紅色閃電盯上了……。
第166集 重要的比賽！小遙對抗小剛！！
小遙以得到第四個緞帶勳章為目標，報名參加神奇寶貝華麗大賽的六道木大會。細心培養的伊布，情況非常良好，接下來就只等大會開始了。而此時，有位叫做祐舞的神奇寶貝培育家偶然路過，也曾經是神奇寶貝協調訓練家的她，對小剛培育的神奇寶貝讚賞有加，並強力勸說小剛參加這次的華麗大賽。於是小剛也報名參加比賽了……。
第167集 迷唇娃與迷唇姐三姐妹！！
小智一行人以對戰塔為目的地，途中在山路上遇到了「吻神奇寶貝」迷唇娃，正當小遙想抱可愛的迷唇娃時，林中突然有人發出絕招阻撓，而下手的正是三隻迷唇姐。在雙方差點大手出手時，小智一行人注意到迷唇姐是為了保護迷唇娃而攻擊他們，於是決定繞道而行。後來，躲在森林中的火箭隊也遇到了這隻可愛的迷唇娃，因此打起了鬼主意……。
第168集 對戰大君、莉拉登場！
向對戰塔挑戰的日子近了，小智與皮卡丘興奮到失眠。黎明時分，小智與皮卡丘等不及地到外頭練跑步，並共誓要打贏比賽。可是這時候野生的大針蜂突然來襲，有個名叫莉拉，相貌端麗的少年出手搭救了慌張失措的小智，當他抱起皮卡丘時，這次換成想抓走皮卡丘的火箭隊來擊……。
第169集 對戰塔！以心傳心的對戰！！
在對戰塔與莉拉的戰鬥中落敗了的小智，雖然他很不甘心地想再度挑戰，但是，他也很清楚按照以往只靠氣勢來戰鬥的話，一定沒有勝算。小智反省到原因出在自己沒有充份發揮神奇寶貝的實力，於是又再展開了特訓。小智也知道要打敗能與神奇寶貝心靈合一的莉拉，用普通的訓練方法是行不通的，於是……。
第170集 神奇寶貝保育家！代歐奇希斯危機！！(前篇)
以挑戰對戰金字塔為目標的小智與其同伴，在中途的山區上空目擊到極光。此時，皮卡丘與周圍的野生神奇寶貝都發生異狀，甚至連神奇寶貝球也無法使用了。在這異變當中，一行人面前出現了過去曾一同行動的神奇寶貝保育家日向…。
第171集 神奇寶貝保育家！代歐奇希斯危機！！(後篇)
異常現象發生時，只有神奇寶貝保育家日向的捕獵游標能正常運作，面對小勝與喵喵被神秘的神奇寶貝代歐奇希斯擄走的情況，日向的獵捕游標成了大家最後的依靠，到底小智一行人的命運會如何呢？
第172集 胡說樹！黃金傳說！？
以挑戰最後的對戰設施對戰金字塔為目標的小智一行人，在森林中遇到了金光閃閃的胡說樹。小智原本想收服，但卻被牠給逃掉了。小智一行人走到附近的城鎮，談論到黃金胡說樹的話題時，卻遭到周圍群眾上前逼問。此時出面解危的是名叫欽也的少年。他似乎知道黃金胡說樹的秘密，但是…。
第173集 哈利與火箭隊！反派角色同盟成立！？
想在神奇寶貝華麗大賽構木大會贏得第五個緞帶勳章的小遙，受到已拿到五個緞帶勳章，擁有華麗大型慶典參賽權的宿敵哈利的刺激，而開始拼命特訓。另一方面，哈利接近這次偽裝參賽的火箭隊，為了打倒小遙，雙方聯手合作了。
第174集 小遙對抗武藏！最後的華麗大賽！！
宿敵哈利與火箭隊的妨礙並沒有發揮作用，小遙成功地通過了第一次審查。然而，第二次審查的華麗對戰賽，遇到的都是些難纏的對手。小遙在苦戰中一路獲勝，但這並不表示哈利等人的陰謀詭計已經結束。在哈利等人設下陷阱等著她時，小遙是否能贏得這場華麗大賽呢？
第175集 火箭隊解散！？各自的道路！
今天火箭隊三人組的捕捉皮卡丘計劃又失敗了，為此鬧翻了的武藏、小次郎、喵喵終於宣告解散。同一時間，小智一行人看到有私人舉辦的神奇寶貝對戰賽，於是就跑去參加。但是那其實是火箭隊的亞馬多與小三郎設下的陷阱。小智一行人與火箭隊三人組的命運將會…？
第176集 小剛與小智！用雙打對戰保護尼比道館！
前往對戰金字塔之前，小智一行人順路先到了尼比市。睽違已久的小剛的老家尼比道館，不知為何，外觀與之前截然不同，變得非常古怪。根據留在家中的弟妹們所言，這是自稱道館改造家的奇怪業者慫恿小剛的父母所導致的。這些可疑的人到底是誰？為了保護可憐的弟妹們與尼比道館，小剛站出來了！
第177集 對戰金字塔！對抗雷吉洛克！！
小智一行人眼看著最後的對戰設施對戰金字塔就在眼前，卻掉到古代的地下通道中，並且誤觸古代遺跡的機關，而陷入危機。幸好遇到了名叫神代的男子搭救。雖然小智被此人指出行為太過散漫，但是小智卻充耳不聞。之後小智又觸動了遺跡的機關…。
第178集 驚異！巨大請假王的山！！
為了小遙即將參加的華麗大型慶典，小智一行人向石英高原的方向前進。途中遇到被農夫追趕的大群長尾怪手。此時小智被搶走了帽子、小遙則是被搶走了重要的緞帶收集盒。好像是因為原本山中溫馴的神奇寶貝們，突然開始在果園鬧事，讓農夫們非常困擾。不僅如此，還聽說山中出現叫聲恐怖的巨大魔怪。於是小智一行人馬上前往調查…。
第179集 開幕！神奇寶貝華麗大賽．華麗大型慶典！！
小智一行人終於來到舉行神奇寶貝華麗大賽•華麗大型慶典的場地，石英高原。這是小遙第二次挑戰華麗大型慶典，她當然是信心滿滿的以取得優勝為目標。然而參賽者都是有拿到五個緞帶勳章的高手，就連勁敵的小瞬、神秘的黑衣人、以及混入會場當工作人員的火箭隊，個個都是不可掉以輕心的人物。到底小遙能不能順利通過預賽呢？
第180集 小遙對抗哈利！在雙打比賽中登上舞台！！
小遙通過了神奇寶貝華麗大賽•華麗大型慶典石英大會的預賽。然而，正式比賽還有更嚴苛的戰鬥在等著她。特別是小瞬，以及從以前就認識他的協調訓練家紗織，目睹他們的實力，小遙不禁有點退縮。然後打進第二次審查華麗對戰賽的小遙，第一個遇上的對手，居然是一再用卑鄙手段整她的哈利…。
第181集 小遙對抗小瞬！最後的戰鬥！！
小遙終於與宿敵小瞬對上。這場雙方都拿出兩隻神奇寶貝來戰鬥的雙打比賽，演變成雙方都毫不讓步的激烈戰鬥。威力強大且美麗無比的絕招不斷迸出激烈的火花，白熱化的戰況讓全場沸騰起來。但是此時，有人漸漸地接近小智…。
第182集 長尾怪手與國王！
前往對戰金字塔的途中，小智在追著愛惡作劇的長尾怪手跑時，遇上附近村落舉行的選國王活動。那個活動是讓所有人爭奪村中流傳的王冠，在日落之時，手持王冠的人就可以當下一年的國王。知道不是此村的村民也可以參加活動時，小智一行人也就參與了，可是…。
第183集 聒噪鳥與神奇寶貝相聲！
小智一行人遇到會模仿人聲的聒噪鳥，以及追逐牠的少女小杏。小杏訓練聒噪鳥想跟牠組隊說相聲。她的夢想是在相聲大賽中贏得第一名，然後以搞笑藝人的身份出道。但是聒噪鳥卻擅自飛走，令小杏頗為困擾。小智一行人決定到小杏家吃午餐，但是路上卻遇到可疑的推銷員…。
第184集 襲擊！落單的瑪狃拉！！
小智一行人遭到臉上有傷痕的瑪狃拉攻擊。雖然皮卡丘與長尾怪手出手反擊，但卻被瑪狃拉的強大攻擊打敗，而且長尾怪手還傷得不輕。幸好有森林警備隊的川田過來搭救，據說這隻瑪狃拉看到帶著神奇寶貝的人，就會上前挑戰。為何這隻瑪狃拉要攻擊人？看來背後與過往發生的某件事情有關，可是…。
第185集 再次挑戰對戰金字塔！對抗雷吉斯奇魯！！
小智終於來到茴香谷，再次挑戰對戰金字塔。可是神代先生有事在忙，將比賽延到隔天。於是小智一行人前往附近的神奇寶貝中心，在那裡受到熱愛神奇寶對戰賽的喬伊小姐歡迎。不只這樣，喬伊小姐還自願當小智的練習對手。可是小智受到喬伊小姐與吉利蛋的巧妙攻擊，竟然陷入了危機…。
第186集 小遙對抗小瞬！永遠的勁敵！！
小智在對戰金字塔敗給了神代，而苦惱不已。此時大木博士來了。看到託給博士保管的神奇寶貝們的加油信息，小智大為感動。可是最打動他的，是勁敵小茂正致力於神奇寶貝研究的消息。於是小智決定再接再厲，要向神代挑戰。正好在此時，小遙的勁敵小瞬也現身了。在華麗大型慶典結束後，失去目標的小遙，最後決定接受小瞬提出的挑戰…。
第187集 神奇寶貝中心忙得不可開交！
為了再度挑戰神代，小智一行人在茴香谷的神奇寶貝中心忙著特訓。可是，一個人掌管神奇寶貝中心的喬伊小姐，突然病倒了。於是小智一行人便幫忙處理神奇寶貝中心的工作。但是此時，附近山路卻發生了眾多神奇寶貝受傷的事故。小智一行人是否能渡過這個難關呢？
第188集 最初的神奇寶貝！最後的戰鬥！！
為了再度挑戰對戰金字塔，小智召回了妙蛙種子、傑尼龜、噴火龍這些老搭擋。他與這些最早收服的神奇寶貝們到山上修行，決定找回初衷，並藉此得到打倒神代的靈感。與這些老同伴共同生活，小智似乎掌握到了什麼。但是，山上還有可疑的黑影潛藏著，想伺機對他們下手…。
第189集 決戰！對抗雷吉艾斯！！
對戰金字塔的戰鬥是採四比四的淘汰賽。雖然小智因為神代巧妙地運用大絕招與小絕招而陷入苦戰，但還是以與生俱來的毅力跟神奇寶貝們的默契，把比賽拉到平手的局面。最後，彼此都只剩下一隻神奇寶貝。此時神代派上場的是傳說中的神奇寶貝雷吉艾斯。小智派出皮卡丘來挑戰雷吉艾斯，可是…。
第190集 小智對抗小遙！最後的戰鬥！！
小智與小遙分別完成自己在對戰開拓區與華麗大型慶典的目標，他們為了回故鄉，來到了港都梣木鎮。小遙與小勝即將渡海，與小智一行人在此地告別。正巧地方上因為祭典活動而熱鬧極了。小智一行人還得知將會舉辦神奇寶貝華麗大賽。小智與小遙報名參加了。比賽最後演變成獲勝晉級的兩人，要爭奪第一的局面…。
第191集 旅程的終點、以及旅程的開始！
小智與小遙在最後的神奇寶貝華麗大賽的決戰交手，兩人都盡全力戰到了最後。令人訝異的結局引來了觀眾盛大的掌聲。然後，戰鬥結束，小智一行人分手的時刻也逼近了。胸懷旅行時的回憶，小智一行人即將回到各自的家。此時，小遙也說出自己考慮許久的決定。然後，在回到真新鎮之前，還有個令人驚奇的邂逅在等著小智…。