日本上映時間:2002年7月13日，票房約27億日圓
堪稱世界上最美麗的城市-水之都奧多瑪雷，小智一行人在那裡遇見了擁有不可思議的力量的神奇寶貝--拉帝歐斯和拉 帝亞斯。牠們二隻是兄妹，而且感情非常地好，牠們在這個城市裡守護著傳說中的寶物--[心之水滴]。但是 這個時候有二個世界級的怪盜姐妹看中了心之水滴，並且以這為目標來下手 。最後怪盜姐妹得到了心之水滴，結果她們發現可以利用心之水滴來控制整個城市，並且企圖想要以這個來把全世界佔為己有，隨著心之水滴所隱藏的封印即將被解除 ，機器也暴走失控，城市的外海引起了巨大海嘯，眼看就要吞沒了城市了，到底小智和皮卡丘有辦法來平安的渡過危機呢？拉帝亞斯和拉帝歐斯牠們的神秘的力量又是什麼呢？
人物介紹:
拉帝亞斯和拉帝歐斯
他們守護著心之水滴，是這部片的主角。
卡儂和本葛雷
卡農和她的爺爺是聖地的管理者，而卡農是一位畫家，她的爺爺本葛雷是製作木船的高手，同時也是大教堂的解說員。
桑娜和莉安
是世界級的怪盜姐妹，以華麗的手法來犯案，二個人以心之水滴為目標，想儘辦法想得到手。
電影基本資料:
原案：田尻 智
腳本：園田英樹
監督：湯山邦彥
特別演出：
桑達－－神田うの
尼歐－－釈由美子
ポンゴレ－－グッチ裕三
ロッシ－－山寺宏一
アナウンサー－－廣川太一郎
主題曲
我得到了神奇寶貝2002
歌手：coba&松本梨香
片尾曲
不是孤單一個人
歌手：coba&宮沢和史
劇情簡介:
這次皮丘兄弟又再度現身囉!牠們兩隻從回家的交通工具掉了下來,並且掉入森林,和皮卡丘他們又再次重逢.在森林中牠們還認識到各種不同的神奇寶貝,當然路上也有層層危機..皮卡丘牠們能化險為夷，將皮丘兄弟順利送回火車上嗎？
電影基本資料:
原案：田尻 智
腳本：大橋志吉
監督：湯山邦彥
旁白：優香
主題曲
以那山丘為目標
歌手：ポケモン５(雨上がり決死隊、山田 花子、DonDokoDon)
片尾曲
有時神奇有時寶貝
歌手：可名