日本上映時間:2003年7月19日 ，票房約45億日圓
台灣上映時間:2004年1月31日，票房129萬3140元（台北票房）
劇情簡介:
立志成為出色的神奇寶貝訓練師，小智、小遙和小勝，帶著皮卡丘展開了新旅程。為了觀看千年彗星出現的剎那，來到 遊樂場，認識魔術師巴特勒與黛安。在魔術表演中，小勝聽到一陣細微的呼喚聲…那是在「沉眠之繭」中沉睡了千年，可幫助人們達成願望的神奇寶貝─基拉祈。在千年彗星出現的夜晚，如果遇上了擁有純真心靈的夥伴便會甦醒。 為了讓基拉祈醒來，巴特勒請小勝當基拉祈的伙伴，果然，基拉祈從萬花鏡般的光芒中甦醒過來。
雖然基拉祈只能停留短暫的7日後便會消失，但是還沒有屬於自己的神奇寶貝的小勝，對基拉祈卻非常寵愛。充滿野心的魔術師巴特勒，因為知道基拉祈擁有神奇的力量，便把基拉祈給搶走，並且想利用他來完成願望…，原來巴特勒以前是邪惡團體火岩隊的科學家，因為復活固拉多的計畫失敗而被火岩隊趕了出去，巴特勒想要利用基拉祈的力量復活固拉多，雖然小智與小勝成功 逃出巴特勒的魔掌，但是在最後仍被巴特勒給搶走基拉祈並且復活出固拉多，但其實巴特勒的實驗結果失敗了，復活出來的是一隻長得像固拉多的怪物，怪物最後也失控將巴特勒的女朋友黛安也吸收掉了，巴特勒於是決定改過自新協助小智與小勝，到底小智他們有辦法克服這個重大的危機嗎？小勝與基拉祈又會面臨怎樣的生離死別呢？
人物介紹:
巴特勒＆黛安
巴特勒原本是火岩隊的科學家，後來複製固拉多實驗失敗之後就被趕出來，為了證明自己理論沒錯，就想用基拉祈的力量來達成自己的野心，後來在他的青梅竹馬黛安被自己做出來的怪物給吸收掉後才覺醒過來，幫助小智等人。黛安則是和巴特勒從小就是青梅竹馬，深信著巴特勒，既使到最後仍是深愛的巴特勒。事後二個人則是留在法恩斯研究如何將荒蕪的大地變成一片綠草的大地。
波基
跟著馬戲團賣小飾品的商人，賣給小遙七夜的許願星飾品。
基拉祈
在馬戲團的表演中意外和小勝相遇，後來和小勝成為了好朋友，相傳在千年一次的慧星出現的七天時醒來，七天後則又變成沉睡之繭而長眠。
電影基本資料:
原案：田尻 智、增田順一、杉森 建
腳本：園田英樹
監督：湯山邦彥
特別演出：
巴特勒－－山寺宏一
黛安－－牧瀨里穗
波基－－パパイや鈴木
片尾曲：小小的我
歌手：林 明日香
跳舞皮卡丘秘密基地
這個短篇電影是皮卡丘和喵喵主演，是個很容易令人發笑的喜劇電影。在電影裡有所謂的秘密基地，當然!新的神奇寶貝在這部電影裡也很活躍，這個故事很快的展開，到底這些神奇寶貝相處的好不好呢?又會有什麼事要發生呢？
電影基本資料:
原案：田尻 智、增田順一、杉森 建
腳本：大橋志吉
監督：湯山邦彥
旁白：山田花子
主題曲：來跳波爾卡舞
歌手：喵喵（犬山犬子）、ノルソル合唱團
片尾曲：冒險開始了
歌手：KAORI